fiche_resume 2017_EvolCovv2

Profil N° (à remplir par VAS) FINANCEMENT Demandé Anses/ARED
Acquis
Fiche Résumé du sujet de thèse 2017 Champs disciplinaire Autres et Autres
Titre de la thèse : (1-2 lignes)
Etude de la variabilité et de la recombinaison de coronavirus porcins et aviaires
3 mots-clés : (1 ligne) ACRONYME EvolCov
Variabilité /recombinaison /coronavirus
Unité/équipe encadrante :
Unité de génétique virale et biosécurité/unité de virologie aviaire (VIPAC)
Nom du responsable scientifique
Béatrice Grasland
nom du codirecteur le cas échéant :
Paul Brown
Contact :
beatrice.grasl[email protected] 0296010169 / [email protected] 0296010135
Contexte socioéconomique et scientifique : (10 lignes)
Les maladies virales sont prédominantes dans la production aviaire et porcine, et permettent aux infections
bactériennes secondaires d’être plus importantes. Ce projet de thèse va donc se focaliser sur des agents
pathogènes primaires des deux types de production, des coronavirus, aviaires tels que les virus de la bronchite
infectieuse (IBV) et de la dinde (TCoV), et porcins tels que le virus de la diarrhée épidémique porcine (PEDV) et de
la gastroentérite transmissible (TGEV). Ces coronavirus sont associés à des pertes économiques importantes comme
en 2013-3014 aux Etats-Unis où une épizootie de diarrhée épidémique porcine a provoqué la mort de 8 millions de
porcelets. L’infection par ces coronavirus aviaires et porcins peut être contrôlée par l’utilisation de vaccins inactivés
ou atténués. Cependant des études épidémiologiques moléculaires ont montré que ces virus évoluent rapidement et
peuvent échapper aux programmes de vaccination.
Les hypothèses et questions posées (8 lignes)
Les taux de mutations élevés de ces coronavirus peuvent entraîner l’émergence d’une population hétérogène de
génomes viraux au niveau d’un individu ce qui représente le concept de « quasi-espèces ». L’adaptation
permanente du virus à son environnement est un problème majeur pour l’émergence virale et particulièrement en
cas d’échappement à la réponse immunitaire protectif. De plus, les animaux (volailles ou porcs) peuvent se faire
infecter simultanément par deux types de coronavirus (gamma-coronavirus pour les volailles et alpha-coronavirus
pour le porc) aboutissant à des évènements de recombinaison entre génomes viraux. Suite à ces phénomènes, de
nouveaux coronavirus potentiellement plus pathogènes peuvent apparaître. A l’heure actuelle, même si les données
bibliographiques indiquent que les coronavirus ont des taux de mutation élevés et qu’ils recombinent, il existe peu
de données sur les mécanismes d’évolution des coronavirus porcins et aviaires.
Les grandes étapes de la thèse et démarche (10-12 lignes)
Les objectifs de cette thèse sont d’étudier les mécanismes permettant à des virus de deux genres de coronavirus
d’évoluer rapidement ce qui leur confèrent une capacité d’échapper à la réponse immunitaire suite une pression de
sélection telle que la vaccination.
Le premier objectif est l’étude de la variabilité des coronavirus chez leur hôte après plusieurs cycles d’infection en
déterminant les quasi-espèces in vitro tout d’abord et in vivo par la suite. Deux souches d’alpha-coronavirus porcins
à tropisme entérique seront sélectionnées (une souche de PEDV et une souche de TGEV) ainsi que deux souches de
gamma-coronavirus aviaires à tropisme entérique et/ou respiratoire (une souche d’IBV et une souche de TCoV).
Le second objectif est l’étude des évènements de recombinaison entre deux coronavirus du même genre. Pour
atteindre cet objectif, des co-infections avec les souches de même genre de coronavirus seront réalisées in vitro afin
de déterminer les évènements de recombinaison possibles et leur fréquence.
Approches méthodologiques et techniques envisagées (4-6 lignes)
Virologie : infection cellulaire, titrage viral, RT-qPCR, ELISA, extraction ARN, préparation de librairies ARN pour
séquençage NGS…
Expérimentation animale sur porcs et sur volailles
Compétences scientifiques et techniques requises par le candidat (2 lignes)
Le candidat devra avoir des compétences en virologie et sera amené à passer son niveau I en expérimentation
animale pour réaliser les essais expérimentaux sur porcs et volailles.