Thèse Bezeid - Cirad - Afrique de l`Ouest continentale

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UNIVERSITÉ CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR
ECOLE DOCTORALE : Ecole doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et
de l’Environnement (ED-SEV)
FACULTE (OU ECOLE) : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires
(EISMV)
Année : 2016 N° d’ordre : 240
THESE DE DOCTORAT D’UNIVERSITE
Spécialité : Santé et biotechnologies animales
Présentée par : Ahmed Bezeid EL MAMY BEYATT
Titre : Epidémiologie de la fièvre de la Vallée du Rift en zone aride :
Exemple de la Mauritanie
Soutenue le 13 Octobre 2016 devant le jury composé de :
Président : M. Emmanuel BASSENE, Professeur (FMPO/UCAD)
Rapporteurs : M. Ayayi Justin AKAKPO, Professeur (EISMV de Dakar)
M. Yaya Thiongane, Directeur de recherche (ISRA)
M. Issa WONE, Maître de conférences agrégé (UAS de Ziguinchor)
Examinateur : Mme Rianatou BADA-ALAMBEDJI, Professeur (EISMV de Dakar)
Directeur de thèse : M. Yaghouba KANE, Maître de conférences agrégé (EISMV de Dakar)
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Co-Directeur de thèse : Mme Catherine Cêtre-Sossah, PhD, HDR (CIRAD, Sainte Clotilde,
la Réunion, France)
Invité : M. Renaud Lancelot, PhD (CIRAD, Montpellier, France)

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Abréviations
ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire
BAD : Banque Africaine de Développement
CNERV : Centre National d’Elevage et de Recherches Vétérinaires
CIRAD : Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement
CMAEE : Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes
CSLP : Cadre stratégique de lutte contre la pauvreté
DE : Direction de l’Elevage
DSV : Direction des services vétérinaires
ED/SEV : Ecole Doctorale Science de l’Environnement et de la Vie
EISMV : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires
ELISA: Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay
FAO : Food and Agriculture Organization
FVR : fièvre de la Vallée du Rift
IgM: Immunoglobuline de type M
IgG : Immunoglobuline de type G
ISET : Institut Supérieur d’Enseignement technologique
ISRA : Institut Sénégalais de Recherche Agricole
LNERV : Laboratoire National d’Etudes et de Recherches Vétérinaires
ME : Ministère de l’élevage
OIE : Organisation mondiale de la santé animale
OMC : Organisation Mondiale du Commerce
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
PACE : Programme Pan Africain de Contrôle des Epizooties
PADEL : Projet d’Appui au développement de l’Elevage
PCR : Polymerase Chain Reaction
PIB : Produit Intérieur Brut
REMEMA : Réseau Mauritanien d’Epidémiosurveillance des Maladies)
RNP : Ribonucléoprotéine
RT-PCR : Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction
SCAC : Service de Coopération et d’Action culturelle
TAM : Transport de l’Agglomération de Montpellier
TCP : Programme de Coopération Technique
UTR : Unstranslated region

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REMERCIEMENTS
En premier lieu, je tiens à remercier le Service de coopération et d’action culturelle (SCAC)
de l’Ambassade de France en Mauritanie pour l’octroi de la bourse qui a permis de couvrir les
frais de mes trois premières années de thèse ainsi que le projet européen FP7-KBBE-Vmerge
(Emerging, Viral Vector-Borne Diseases) pour avoir pris en charge les frais d’inscription des
autres années.
Je remercie les Professeurs Emmanuel BASSENE, Justin Ayayi AKAKPO, Yaya
THIONGANE, Issa WONE et Rianatou BADA-ALAMBEDJI pour avoir accepté de faire
partie de mon jury.
Je tiens à remercier vivement le Professeur Yaghouba KANE pour avoir d’abord accepté
d’être mon Directeur de thèse et ensuite pour l’encadrement, les conseils fraternels, la rigueur
et le soutien exemplaire tout au long de ce travail.
Au même titre, je tiens à remercier vivement le Dr Catherine CÊTRE-SOSSAH pour la
qualité de son encadrement, sa vision et sa patience.
Sans votre persévérance à tous les 2, ce travail aurait eu du mal à s’achever.
Je remercie également le Dr Renaud LNACELOT, qui, malgré ses multiples occupations, a
toujours consacré son temps pour discuter, orienter et corriger ce manuscrit.
Je remercie aussi Mesdames Cécile SQUARZONI et Caroline COSTE pour leur contribution
importante dans la partie mobilité animale et analyse de risque aussi bien pour les analyses
réalisées que pour la formation qu’elles m’ont délivrée.
Mes sincères remerciements vont également aux différents Directeurs du laboratoire National
d’Elevage et de Recherches Vétérinaires (LNERV) de l’ISRA à Dakar notamment Dr Yaya
THIONGANE, et Dr Momar Tala SECK, au personnel du laboratoire surtout à mon ami et
collègue Moustapha Lo et ma sœur Mariame DIOP pour leur disponibilité et pour la qualité
des analyses de biologie moléculaire et d’isolement qui ont conduit au séquençage des
souches de 2010, et sans oublier Mme NDOYE et tous les autres.
Je tiens également à remercier le CIRAD et particulièrement les responsables de l’UMR 15
Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes (CMAEE), les Drs Thierry

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LEFRANÇOIS et Renaud LANCELOT pour m’avoir accueilli dans leur laboratoire en 2014
et 2015 et leur staff Aurélie PEDARRIEU, Denise BASTRON, Nadège CASSESE, et Patricia
GIL pour leur assistance et encadrement.
Je remercie également Elena ARSVESKA pour son aide précieuse pour l’usage du logiciel
Zotero je n’oublie pas de remercier Paolo Pimenta pour ses services à la TAM.
Je remercie tous les amis du Campus de Baillarguet du CIRAD : François Thiaucourt, Renata,
Olivier, Nicolas Gaidet, Gilles Balança, Marie Noel, Daouda, Thierno, David, Andrea,
Sylvain, la famille Billand.
Je remercie les directeurs respectifs du CNERV, Dr Diallo Boubacar, Dr Diarra Idrissa, Dr
Dia Mamadou Lamine, Dr Doumbia Baba, Mr Isselmou Abdatt et Dr Moctar Abdellah pour
les facilités administratives qu’ils m’ont toujours offertes.
Je remercie aussi Mme Ekaterina Isselmou pour sa disponibilité et pour la qualité des analyses
de laboratoire réalisées et les autres du staff du service (Nava, Sidi Mohamed, Abdellah,
Cheikhna, Hassan, Oumar et Mariéme) pour leur patience et leur diligence.
Je remercie également les collègues des services vétérinaires notamment mon ami et frère Dr
Mohamed Baba Gueya, DSV pour ses multiples services et appuis.
Je remercie Yahya Barry pour sa contribution à la mise en forme finale de ce manuscrit et je
lui souhaite plein succès ainsi qu’à Ahmed Salem El Arbi pour leurs thèses respectives.
Je remercie enfin tous les agents du REMEMA pour les efforts déployés dans la surveillance
de la FVR et dont les résultats ont contribué à enrichir les données de ce travail.

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DEDICACES
Ce travail est dédié à ma famille
A mon pays, la Mauritanie
A l’ordre National des Vétérinaires de Mauritanie
A l’Association Mauritanienne de Santé Publique
A tout le personnel du CNERV et de la DSV
A tous les jeunes chercheurs du CNERV
Au nouveau Ministère de l’Elevage de mon pays
Au Département de Production et Santé Animale (DPSA) de l’ISET de Rosso
A tous mes amis