Thèse Bezeid - Cirad - Afrique de l`Ouest continentale

UNIVERSITÉ CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR
ECOLE DOCTORALE : Ecole doctorale Sciences de la Vie, de la Santé et
de l’Environnement (ED-SEV)
FACULTE (OU ECOLE) : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires
(EISMV)
Année : 2016
N° d’ordre : 240
THESE DE DOCTORAT D’UNIVERSITE
Spécialité : Santé et biotechnologies animales
Présentée par : Ahmed Bezeid EL MAMY BEYATT
Titre : Epidémiologie de la fièvre de la Vallée du Rift en zone aride :
Exemple de la Mauritanie
Soutenue le 13 Octobre 2016 devant le jury composé de :
Président :
M. Emmanuel BASSENE, Professeur (FMPO/UCAD)
Rapporteurs :
M. Ayayi Justin AKAKPO, Professeur (EISMV de Dakar)
M. Yaya Thiongane, Directeur de recherche (ISRA)
M. Issa WONE, Maître de conférences agrégé (UAS de Ziguinchor)
Examinateur :
Mme Rianatou BADA-ALAMBEDJI, Professeur (EISMV de Dakar)
Directeur de thèse : M. Yaghouba KANE, Maître de conférences agrégé (EISMV de Dakar)
****************************************************************************************************************
Co-Directeur de thèse : Mme Catherine Cêtre-Sossah, PhD, HDR (CIRAD, Sainte Clotilde,
la Réunion, France)
Invité :
M. Renaud Lancelot, PhD (CIRAD, Montpellier, France)
i
Abréviations
ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire
BAD : Banque Africaine de Développement
CNERV : Centre National d’Elevage et de Recherches Vétérinaires
CIRAD : Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement
CMAEE : Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes
CSLP : Cadre stratégique de lutte contre la pauvreté
DE : Direction de l’Elevage
DSV : Direction des services vétérinaires
ED/SEV : Ecole Doctorale Science de l’Environnement et de la Vie
EISMV : Ecole Inter-Etats des Sciences et Médecine Vétérinaires
ELISA: Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay
FAO : Food and Agriculture Organization
FVR : fièvre de la Vallée du Rift
IgM: Immunoglobuline de type M
IgG : Immunoglobuline de type G
ISET : Institut Supérieur d’Enseignement technologique
ISRA : Institut Sénégalais de Recherche Agricole
LNERV : Laboratoire National d’Etudes et de Recherches Vétérinaires
ME : Ministère de l’élevage
OIE : Organisation mondiale de la santé animale
OMC : Organisation Mondiale du Commerce
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
PACE : Programme Pan Africain de Contrôle des Epizooties
PADEL : Projet d’Appui au développement de l’Elevage
PCR : Polymerase Chain Reaction
PIB : Produit Intérieur Brut
REMEMA : Réseau Mauritanien d’Epidémiosurveillance des Maladies)
RNP : Ribonucléoprotéine
RT-PCR : Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction
SCAC : Service de Coopération et d’Action culturelle
TAM : Transport de l’Agglomération de Montpellier
TCP : Programme de Coopération Technique
UTR : Unstranslated region
ii
REMERCIEMENTS
En premier lieu, je tiens à remercier le Service de coopération et d’action culturelle (SCAC)
de l’Ambassade de France en Mauritanie pour l’octroi de la bourse qui a permis de couvrir les
frais de mes trois premières années de thèse ainsi que le projet européen FP7-KBBE-Vmerge
(Emerging, Viral Vector-Borne Diseases) pour avoir pris en charge les frais d’inscription des
autres années.
Je remercie les Professeurs Emmanuel BASSENE, Justin Ayayi AKAKPO, Yaya
THIONGANE, Issa WONE et Rianatou BADA-ALAMBEDJI pour avoir accepté de faire
partie de mon jury.
Je tiens à remercier vivement le Professeur Yaghouba KANE pour avoir d’abord accepté
d’être mon Directeur de thèse et ensuite pour l’encadrement, les conseils fraternels, la rigueur
et le soutien exemplaire tout au long de ce travail.
Au même titre, je tiens à remercier vivement le Dr Catherine CÊTRE-SOSSAH pour la
qualité de son encadrement, sa vision et sa patience.
Sans votre persévérance à tous les 2, ce travail aurait eu du mal à s’achever.
Je remercie également le Dr Renaud LNACELOT, qui, malgré ses multiples occupations, a
toujours consacré son temps pour discuter, orienter et corriger ce manuscrit.
Je remercie aussi Mesdames Cécile SQUARZONI et Caroline COSTE pour leur contribution
importante dans la partie mobilité animale et analyse de risque aussi bien pour les analyses
réalisées que pour la formation qu’elles m’ont délivrée.
Mes sincères remerciements vont également aux différents Directeurs du laboratoire National
d’Elevage et de Recherches Vétérinaires (LNERV) de l’ISRA à Dakar notamment Dr Yaya
THIONGANE, et Dr Momar Tala SECK, au personnel du laboratoire surtout à mon ami et
collègue Moustapha Lo et ma sœur Mariame DIOP pour leur disponibilité et pour la qualité
des analyses de biologie moléculaire et d’isolement qui ont conduit au séquençage des
souches de 2010, et sans oublier Mme NDOYE et tous les autres.
Je tiens également à remercier le CIRAD et particulièrement les responsables de l’UMR 15
Contrôle des Maladies Animales Exotiques et Emergentes (CMAEE), les Drs Thierry
iii
LEFRANÇOIS et Renaud LANCELOT pour m’avoir accueilli dans leur laboratoire en 2014
et 2015 et leur staff Aurélie PEDARRIEU, Denise BASTRON, Nadège CASSESE, et Patricia
GIL pour leur assistance et encadrement.
Je remercie également Elena ARSVESKA pour son aide précieuse pour l’usage du logiciel
Zotero je n’oublie pas de remercier Paolo Pimenta pour ses services à la TAM.
Je remercie tous les amis du Campus de Baillarguet du CIRAD : François Thiaucourt, Renata,
Olivier, Nicolas Gaidet, Gilles Balança, Marie Noel, Daouda, Thierno, David, Andrea,
Sylvain, la famille Billand.
Je remercie les directeurs respectifs du CNERV, Dr Diallo Boubacar, Dr Diarra Idrissa, Dr
Dia Mamadou Lamine, Dr Doumbia Baba, Mr Isselmou Abdatt et Dr Moctar Abdellah pour
les facilités administratives qu’ils m’ont toujours offertes.
Je remercie aussi Mme Ekaterina Isselmou pour sa disponibilité et pour la qualité des analyses
de laboratoire réalisées et les autres du staff du service (Nava, Sidi Mohamed, Abdellah,
Cheikhna, Hassan, Oumar et Mariéme) pour leur patience et leur diligence.
Je remercie également les collègues des services vétérinaires notamment mon ami et frère Dr
Mohamed Baba Gueya, DSV pour ses multiples services et appuis.
Je remercie Yahya Barry pour sa contribution à la mise en forme finale de ce manuscrit et je
lui souhaite plein succès ainsi qu’à Ahmed Salem El Arbi pour leurs thèses respectives.
Je remercie enfin tous les agents du REMEMA pour les efforts déployés dans la surveillance
de la FVR et dont les résultats ont contribué à enrichir les données de ce travail.
iv
DEDICACES
Ce travail est dédié à ma famille
A mon pays, la Mauritanie
A l’ordre National des Vétérinaires de Mauritanie
A l’Association Mauritanienne de Santé Publique
A tout le personnel du CNERV et de la DSV
A tous les jeunes chercheurs du CNERV
Au nouveau Ministère de l’Elevage de mon pays
Au Département de Production et Santé Animale (DPSA) de l’ISET de Rosso
A tous mes amis
v
A NOS MAITRES ET JUGES
A notre maître et Président du Jury, le Professeur Emmanuel BASSENE,
Vous avez accepté avec beaucoup d’enthousiasme et de spontanéité de présider ce jury,
malgré votre calendrier très chargé. Vos hautes qualités scientifiques et votre approche facile
justifient notre choix pour la présidence de ce jury de thèse.
Nous vous prions de trouver ici l’expression de notre sincère gratitude et profond respect.
A nos maîtres et rapporteurs de thèse
Le Professeur Ayayi Justin AKAKPO,
Vous nous avez accordé un privilège en acceptant de corriger cette thèse. Comme d’habitude,
vous l’avez fait avec beaucoup de rigueur et d’attention. Votre humilité sans façon, vos
conseils d’homme avisé, vos hautes qualités humaines et intellectuelles nous ont très
profondément marqués et font de vous notre modèle. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre,
de vous témoigner nos sincères remerciements et profonde reconnaissance.
Le Dr Yaya Thiongane
Votre énorme expérience avec la FVR et vos qualités intellectuelles et humaines ont contribué
à améliorer ce travail. La qualité de l’accueil et de l’encadrement lors des multiples séjours
dans votre laboratoire nous ont beaucoup marqué. Que ce travail soit le langage de notre
profonde gratitude.
Le Professeur Issa Wone
Votre persévérance et votre rigueur ont contribué largement à améliorer ce travail. Vous nous
avez honorés de votre participation malgré des circonstances atténuantes survenues à la même
période. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre, de vous témoigner nos sincères remerciements
et profonde reconnaissance.
A notre maître et examinateur de thèse, le Professeur Rianatou BADA-ALAMBEDJI
Malgré vos multiples occupations vous avez accepté de participer à notre jury. Vous nous
avez habitués à cette disponibilité depuis que nous avons eu l’honneur de faire votre
connaissance. Trouvez ici l’expression de nos sincères remerciements et notre gratitude.
vi
A notre maître et Directeur de thèse le Professeur Yaghouba KANE
Vous avez été la clé principale de l’aboutissement de ce travail à travers votre rigueur, votre
persévérance et vos orientations. Vous avez également été un correspondant à tout résoudre.
Vous avez été tout pour nous. C’est ici l’occasion pour nous, Maitre, de vous témoigner nos
sincères remerciements et profonde reconnaissance.
A notre maître et Co-directeur de thèse Dr Catherine Cêtre-Sossah
Vous avez été également la clé en double de l’aboutissement de ce travail malgré vos
occupations et la distance qui nous sépare. Votre rigueur scientifique et votre optimisme nous
toujours poussé à avancer et à traverser les périodes difficiles. Que ce travail reflète notre
profonde gratitude et la sincérité de notre collaboration.
A notre maître et Co-directeur de thèse Dr Renaud Lancelot
Malgré vos multiples tâches et votre calendrier ultra chargé vous avez nous toujours consacré
des moments précieux pour apporter votre contribution à ce travail. Trouvez ici, Maitre,
l’expression de nos sincères remerciements et profonde reconnaissance.
vii
TABLE DES MATIERES
Introduction générale .......................................................................................................... 16
PREMIERE PARTIE : Synthèse bibliographique ........................................................... 19
Chapitre I : Généralités sur la Mauritanie .......................................................................... 19
1.
Ressources naturelles ............................................................................................... 21
1.1.
Zones agro écologiques ........................................................................................... 21
1.2.
Les eaux souterraines ............................................................................................... 22
1.3.
Les sols .................................................................................................................... 22
1.4.
Les ressources forestières ........................................................................................ 23
1.5.
Les eaux de surface .................................................................................................. 23
1.6.
Les cultures oasiennes ............................................................................................. 23
2.
Elevage .................................................................................................................... 23
2.1.
Races exploitées (Soule, 2003) ................................................................................ 24
2.2.
Systèmes de production ........................................................................................... 26
2.3.
Mouvements de transhumance ................................................................................ 27
2.4.
Répercussions de la sécheresse ................................................................................ 30
2.5.
Organigramme du Ministère de l’élevage ............................................................... 30
2.6.
Le réseau national d’épidémiosurveillance des maladies animales ......................... 31
2.7.
Nature de la surveillance ......................................................................................... 32
Chapitre II. Généralités sur la fièvre de la Vallée du Rift ................................................. 34
1.
Historique et définition ............................................................................................ 34
2.
Etiologie................................................................................................................... 35
2.1.
Structure du virus..................................................................................................... 35
2.2.
Fonctions des protéines ........................................................................................... 36
a)
Segment L ................................................................................................................ 36
b)
Segment M ............................................................................................................... 37
c)
Segment S ................................................................................................................ 37
2.3.
Fonctions des régions virales non traduites ............................................................. 37
2.4.
Cycle viral................................................................................................................ 38
2.4.1. L’Adsorption et l'entrée (Phases 1 à 3) .................................................................... 38
2.4.2. La réplication et la transcription de l'ARN (Phases 4 à 6)....................................... 39
2.4.3. La morphogenèse et le relargage des virions (Phases 7 - 8) .................................... 40
viii
2.5.
Propriétés du virus ................................................................................................... 40
2.6.
Epidémiologie et répartition géographique ............................................................. 40
2.6.1. Sources et transmission de l’infection ..................................................................... 40
2.6.2. Distribution géographique de la maladie ................................................................. 43
2.6.3. Conditions d’apparition ........................................................................................... 45
2.6.4. Zones écologiques favorables à la maladie ............................................................. 45
2.6.5. Espèces affectées ..................................................................................................... 46
3.
Symptômes et lésions .............................................................................................. 47
4.
Diagnostic ................................................................................................................ 48
4.1.
Diagnostic clinique .................................................................................................. 48
4.2.
Détection d’anticorps spécifiques du virus de la FVR ............................................ 48
4.3.
Détection du génome viral ....................................................................................... 49
5.
Impact socio-économique de la FVR ...................................................................... 51
6.
Moyens de lutte et de contrôle ................................................................................. 51
6.1.
Traitement et prophylaxie ........................................................................................ 51
a)
Les vaccins inactivés ............................................................................................... 52
b)
Les vaccins atténués par passage in vitro, in vivo ou sur support cellulaire ........... 53
c)
Les vaccins de nouvelle génération ......................................................................... 53
6.2.
La surveillance ......................................................................................................... 54
6.3.
Prédiction des épidémies par la modélisation.......................................................... 55
Chapitre III : La fièvre de la Vallée du Rift en Mauritanie et dans la sous-région .............. 58
SECONDE PARTIE : Compréhension des mécanismes d’émergence et de diffusion du
virus de la FVR en Mauritanie entre 2010 et 2013 ............................................................. 70
Chapitre I : Occurrence d’une épidémie inattendue dans le Nord du pays ........................ 70
Chapitre II : Implication du dromadaire dans l’épidémie de 2010 ..................................... 79
Chapitre III. Epidémiologie descriptive de l’épidémie de FVR survenue en 2012/ 2013 : 90
distribution des foyers dans l’espace et dans le temps en lien avec la mobilité animale. .. 90
Chapitre IV: Surveillance et gestion de la FVR pour une meilleure appréciation du ..... 131
risque d’émergence (évolution du risque chez l’homme et l’animal due ......................... 131
à la fréquence des épidémies dans la région Afrique de l’Ouest). ................................... 131
IV.1. Renforcement de la surveillance évènementielle et maintien du .............................. 131
système de surveillance sentinelle. .................................................................................... 131
IV.2. Renforcement du Concept OneHealth pour une meilleure gestion ........................ 132
ix
des épidémies/épizooties .................................................................................................... 132
IV.4. Intégration de modèles prédictifs .............................................................................. 135
IV.5. Vaccination ciblée .................................................................................................... 136
Chapitre V : Discussion et perspectives ........................................................................... 138
I. Facteurs et mécanismes impliqués dans le maintien de la circulation et l’émergence ... 138
du virus FVR en Mauritanie ? ............................................................................................ 138
II. Quelle est la place du dromadaire dans l’épidémiologie de la FVR en Mauritanie ? ... 140
III. Quelle serait la stratégie à adopter pour améliorer la surveillance et réduire / ............ 141
Conclusion générale ......................................................................................................... 144
Recommandations ............................................................................................................ 146
Références Bibliographiques ............................................................................................ 147
ANNEXES........................................................................................................................ 165
x
LISTE DES FIGURES
Figure 1: Carte administrative de la Mauritanie. (Source : office nationale des statistiques,
Nouakchott, Mauritanie, 2005) ................................................................................................ 20
Figure 2: Illustrations des races bovine, ovine et cameline ...................................................... 26
Figure 3: Couloirs de transhumance transnationaux en Afrique de l'Ouest (Hellendorff et al.,
2012)......................................................................................................................................... 28
Figure 4: Principaux axes de transhumance (DE, 2005) .......................................................... 29
Figure 5: Organigramme du Ministère de l'Elevage ................................................................ 31
Figure 6: Structure du virus FVR (Pépin et al., 2010) ............................................................. 36
Figure 7: Représentation du génome du virus de la FVR de la souche MP12 ......................... 36
Figure 8: Représentation schématique du cycle de réplications virale du virus de la FVR ..... 38
Figure 9: Cycle de transmission de la FVR (Bird, et al., 2009) ............................................... 43
Figure 10: Carte de l’Afrique et de la Péninsule arabique illustrant la distribution spatiotemporelle des foyers cumulés de rift de 1977 à 2012. ( Nanyingi et al., 2015) ..................... 44
Figure 11: Diagnostic de la FVR associée aux symptômes chez l’homme et l’animal.
A:
Cinétique de la virémie et de l’apparition des anticorps anti-FVR chez les animaux, B :
Cinétique des symptômes observés chez les animaux ; C : Cinétique des symptômes observés
chez l’homme d’après Bird et al., 2009. .................................................................................. 50
Figure 12: Régions touchées par l’épidémie de FVR en 2010 ................................................. 71
Figure 13: Ecosystème des palmiers de l’Adrar ....................................................................... 71
Figure 14: Précipitations totales (en mm) à Atar (région d’Adrar), de 1950 à Oct. 2010.
Source: CLIMPAG / FAOClimNet and meteorological service of the Ministry of Rural
Development, Mauritania. ........................................................................................................ 72
Figure 15 : Photos prises en octobre 2012 lors de l’épidémie de la même année. ................... 91
Figure 16: Trajets des missions pour la collecte de données sur la mobilité animale en
Mauritanie. ............................................................................................................................. 102
Figure 17 : Caractéristiques du réseau de mobilité animale en Mauritanie selon les espèces
animales et selon les mois, année 2014. ................................................................................. 104
Figure 18 : Fluctuations animales en fonction du mode de transport emprunté .................... 106
Figure 19 : Fluctuations du nombre d’animaux incluant les distances parcourues par mode de
transport emprunté.................................................................................................................. 107
Figure 20: Mouvements animaux en Mauritanie, Janvier à Décembre 2014. Les flux majeurs
sont représentés en rouge et noir et les flux intermédiaires en orange. .................................. 108
xi
Figure 21 : Fréquence des nœuds au sein du réseau de ruminants, Mauritanie, 2014 ........... 110
Figure 22 : Histogramme présentant les nœuds au sein du réseau ruminants, Mauritanie, 2014
................................................................................................................................................ 111
Figure 23 : Cartographie des probabilités d’émission des pays voisins ................................. 118
Figure 24: Distribution des foyers de FVR en Mauritanie (de 2012 à 2013).
Les localités
des foyers sont écrites en bleu. ............................................................................................... 119
Figure 25: Carte de densité des ruminants (bovins, petits ruminants), en Mauritanie, établie à
partir de 2009 (Sources : Direction de l’élevage, 2013) ........................................................ 120
Figure 26: Carte de densité des petits ruminants et camelins, en Mauritanie, établie à partir de
2009 (Sources : Direction de l’élevage, 2013) ....................................................................... 120
Figure 27: Echanges commerciaux au niveau national et transfrontalier, année 2014 .......... 121
Figure 28: Zones écologiques favorables aux vecteurs du virus de la FVR en Mauritanie. .. 122
Figure 29: Cartes de risque de diffusion de la FVR en Mauritanie en associant la densité
animale et celle des vecteurs. ................................................................................................. 123
Figure 30 : Fréquence des degrés (Moyenne 6; Ecart-type : 13) ........................................... 124
Figure 31 : Fréquence de l’intermédiarité (ou betweeness) (Moyenne 48 ; Ecart-type : 181)
................................................................................................................................................ 125
Figure 32: Carte finale de risque vis-à-vis de la FVR. Les zones où le risque est très élevé sont
présentées en rouge, les zones indemnes à risque d’introduction élevé en orange, et les zones
indemnes à risque d’introduction modéré en marron. ............................................................ 127
Figure 33: Distribution présumée des postes vétérinaires (en vert) de Mauritanie. ............... 128
xii
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I: Principales espèces et races animales élevées en Mauritanie (FAO 2003)............. 25
Tableau II: Espèces affectées par le virus FVR et sensibilité observée (Swanepoel & Coetzer,
1996): ....................................................................................................................................... 46
Tableau III: Résultats des sérums de Mauritanie par PCR et Isolement viral à LNERV ........ 80
Tableau IV: Résultats des analyses réalisées au CIRAD. ........................................................ 81
Tableau V: Répartition des foyers de FVR en Mauritanie en 2013 ......................................... 93
Tableau VI : Paramètres de description du réseau ruminants en Mauritanie en 2014 ........... 109
Tableau VII: Classement des localités selon l’intermédiarité (betweeness) obtenue. ........... 112
Tableau VIII: : Probabilité d’émission du virus FVR estimée par pays en fonction de son
statut et de ses dispositifs de surveillance et de contrôle existants (Squarzoni et al., 2015, en
cours de publication) .............................................................................................................. 117
xiii
Résumé :
La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une arbovirose zoonotique préoccupante en
Mauritanie. Entre 1987 et 2015, il y a eu six épizooties/épidémies causant des centaines de
décès chez l’Homme et des dégâts économiques considérables liés aux pertes animales
directes et indirectes. Malgré une prise en charge relativement correcte sur le plan diagnostic,
et une surveillance renforcée, les derniers épisodes de FVR ont pris de vitesse les services
vétérinaires et ceux de santé publique, car la maladie a été souvent détectée après l’occurrence
des premiers cas humains graves. Il s’est avéré par ailleurs que des erreurs d’appréciation de
la situation épidémiologique ont contribué, en partie, aux échecs de maîtrise de ces
épizooties/épidémies.
L’objectif de ce travail est d’évaluer l’importance des paramètres clés de l’épidémiologie de
la FVR, dont la prise en compte dans le système de surveillance pourrait améliorer la gestion
des épidémies. Ainsi, le statut des dromadaires vis-à-vis de la FVR a été reconsidéré,
confirmant leur sensibilité au virus et leur rôle dans sa dissémination. Le rôle de la mobilité
animale dans la diffusion du virus s’avère aussi crucial dans cette dissémination. L’intégration
de la surveillance entomologique, notamment dans les zones humides, apporterait des
informations supplémentaires quant à la dynamique des vecteurs en favorisant une alerte
précoce de la maladie. L’analyse qualitative du risque basée, d’une part, sur des critères
environnementaux, et, d’autre part, sur l’analyse des réseaux commerciaux et de
transhumance des ruminants, montre l’existence de plusieurs zones à risque qui n’étaient pas
intégrées, jusqu’à présent, dans la surveillance. La prise en compte de la situation
météorologique en temps quasi-réel, grâce à des jeux de données régionaux ou mondiaux,
combinant les informations au sol à des images satellitaires, permet d’identifier les zones et
périodes à risque. D’autre part, les tendances épidémiologiques peuvent être prédites en
s’appuyant sur des scénarios issus de modèles climatiques.
Mots-clés : fièvre de la Vallée du Rift, zoonose, dromadaire, analyse de risque, Mauritanie.
xiv
Summary:
Rift Valley fever (RVF) is a zoonotic arbovirosis of concern in Mauritania. Between 1987 and
2015, six epizootics and epidemics were recorded, causing hundreds of human deaths and
considerable direct and indirect economic losses. Despite good diagnosis capacities and
specific surveillance system, the latest RVF episodes have overtaken veterinary as well as
public health services. Indeed, RVF was only detected after the occurrence of severe clinical
cases in humans. Also, misunderstanding the epidemiological situation led to failures in
outbreak management.
This work aims at assessing the importance of some drivers of RVF epidemiology in
Mauritania to improve disease surveillance and control. Thus, the RVF status of dromedaries
has been reconsidered, confirming their sensitivity and their role in spreading the virus. As a
matter of fact, livestock mobility (trade, transhumance) is of crucial importance in
disseminating the virus. The integration of entomological surveillance including wetlands,
would provide additional information about the dynamics of the vectors by promoting early
warning of the disease. Qualitative risk analysis accounting for both environmental and
animal mobility indicators pointed out high-risk areas and periods that had been overlooked
before.
The integration of these data, as well as the availability of near-real time meteorological data
sets combining ground and satellite information, allows the early detection of areas with an
epidemic potential. Also, future epidemiological trends can be predicted using climatic
scenarios derived from climatic models.
Keywords: Rift Valley Fever, zoonosis, dromedary, risk analysis, Mauritania.
xv
Introduction générale
La fièvre de la Vallée du Rift (FVR) est une maladie infectieuse zoonotique et vectorielle
affectant les ruminants et les hommes. Son agent causal est un virus qui appartient à la famille
des Bunyaviridæ et au genre Phlebovirus. Elle a été décrite, pour la première fois, au Kenya
par Daubney en 1931 (Daubney et al. 1931).
La maladie fut responsable de nombreuses épizooties limitées au bétail et à l’Afrique
subsaharienne jusqu’en 1976. Ces épizooties, de grande importance économique (100 000
moutons morts en Afrique du Sud en 1951, 60 000 avortements au Zimbabwe en 1978),
atteignaient principalement le bétail en Afrique de l’Est et du Sud (Meegan et al., 1979). La
maladie était alors considérée comme peu dangereuse pour l’homme. Cependant, l’épidémie
égyptienne de 1977 marqua, d’une part, le passage de la maladie, jusque-là décrite dans des
régions d’altitude, aux régions des grandes vallées fluviales et, d’autre part, l’ampleur de la
maladie pour la première fois chez l’homme. Dès lors, la maladie fut considérée comme une
zoonose de réel intérêt et s’est étendue à la quasi-totalité de l’Afrique sub-saharienne où elle
se manifeste sous différentes formes. En effet, elle est apparue sous forme épizoo-épidémique
en 1987 à la frontière sénégalo-mauritanienne (Digoutte and Peters, 1989; Jouan et al., 1989;
Philippe et al., 1989), puis en Egypte en 1993 et en 1997 (Abd el-Rahim et al., 1999; Arthur et
al., 1993), au Kenya en 1997-98 (Anyamba et al., 2001; Sang and Dunster, 2001; Woods et
al., 2002) et 2006-07 (Bird et al., 2008b; Labeaud et al., 2008; Labeaud et al., 2011a).
En 2000, la FVR a été signalée, pour la première fois, en dehors du continent africain
précisément au Yémen et en Arabie Saoudite où elle a été à l’origine de très nombreux décès
(Al-Afaleq et al., 2003; Balkhy and Memish, 2003; Madani et al., 2003; Shoemaker et al.,
2002).
Les descriptions d’épidémies de FVR sont souvent liées à la présence de différents facteurs
tels que les aménagements hydrauliques tel qu’observé en Egypte, en 1977, avec le barrage
d’Assouan ou en Mauritanie, en 1987, avec le barrage de Diama (Jouan et al., 1990a), des
adaptations et des changements biologiques, les trafics et les commerces internationaux, la
démographie et les comportements humains (Balkhy and Memish, 2003; Gad et al., 1986;
Hoogstraal et al., 1979; Wilson, 1994), et des évènements climatiques tels que des pluies
diluviennes qui font suite à une période de sécheresse (Davies, 1981; Gerdes, 2002; Pépin, ,
2011).
16
En Afrique, il est supposé deux cas de figures: i) l’Afrique de l’Est et du Sud où il y a une
relation entre l’augmentation inhabituelle de la pluviométrie, l’abondance de vecteurs et les
épidémies de FVR (Davies et al., 1985, 1992; McIntosh, and Jupp, 1981), ii) l’Afrique de
l’Ouest où des foyers de FVR peuvent apparaître sans une pluviométrie importante, mais
surtout suite à des pluies qui se terminent par un pic pluviométrique précédé d’une pause
assez longue, ayant entraîné par endroits l’assèchement des mares avant leur remise en eau
(Caminade et al., 2014 ; Linthicum et al., 1991 ; Ndione et al., 2005; Zeller et al., 1997).
En Mauritanie, la fièvre de la Vallée du Rift est à l’origine de plusieurs épidémies en 1987,
1998, 2003, 2010 et en 2012-2013.
Si l’épidémie de 1987 est probablement liée aux changements hydro-écologiques, survenus à
la suite de la mise en eau du barrage de Diama sur le fleuve Sénégal en 1987 (Jouan et al.,
1990b; Lefèvre, 1997), les conditions d’émergence des autres épidémies ne sont pas encore
élucidées de manière précise. C’est le cas notamment de l’épidémie survenue en 2010 dans la
région de l’Adrar, dans le nord de la Mauritanie, zone désertique jusque-là considérée comme
peu propice et à faible risque pour le développement des vecteurs de la maladie en
l’occurrence les moustiques. La principale espèce animale incriminée dans la contamination
humaine fut le dromadaire dont le rôle était considéré, jadis, comme mineur dans
l’épidémiologie de la maladie (El Mamy et al., 2011).
Si les épidémies de 1998, 2003, 2010 et 2012 étaient associées à des précipitations
pluviométriques relativement abondantes succédant à des périodes de sécheresse (Caminade
et al., 2014), d’autres facteurs sont probablement impliqués dans l’émergence ou la
réémergence de la FVR et ces facteurs restent à élucider au vu de l’épidémie survenue dans
l’Adrar en 2010.
Aujourd’hui, la plupart des maladies émergentes du fait notamment des changements
écologiques (réchauffement climatique, modification des écosystèmes) sont des maladies à
transmission vectorielle. En effet, ces maladies sont particulièrement sensibles aux
changements écologiques susceptibles de modifier l'aire de répartition de certains pathogènes
et/ou vecteurs et de favoriser la propagation de maladies (Tran et al., 2005). C’est le cas, par
exemple, de l’émergence récente de la fièvre catarrhale ovine dans le bassin méditerranéen
(Purse et al., 2006) ou de la fièvre du Nil occidental aux Etats-Unis (Glaser, 2004).
Ainsi, l’expansion des maladies à transmission vectorielle, comme la FVR, découle
aujourd’hui principalement de l’intensification et de la mondialisation des échanges de biens
17
et des mouvements de personnes. Les interactions de l’homme avec son environnement, ainsi
que les changements climatiques représentent également des facteurs facilitant la propagation
de ces maladies.
La diversité et l’abondance des espèces de vecteurs potentiels pour la transmission du virus de
la FVR varient d’une zone géographique à une autre. En Afrique de l’Ouest, les principaux
genres de vecteurs identifiés sont Aedes (Ae. vexans) et Culex (Cx. poicilipes) (Diallo et al.,
2000 ; Fontenille et al., 1998). Les moustiques du genre Aedes peupleraient le milieu dès les
premières pluies et assureraient la survie du virus par le biais d’une transmission verticale ;
par contre les moustiques du genre Culex apparaitraient plus tardivement, et deviendraient
plus abondants à la fin de l’hivernage (Fontenille et al., 1998).
La FVR évolue de façon endémique actuellement en Mauritanie avec des foyers épisodiques
cycliques
avec
souvent
une
allure
épidémique.
Si
au
cours
des
nombreuses
épidémies/épizooties survenues, des avancées sont obtenues par rapport à l’isolement viral et
les aspects cliniques de la maladie, des questions demeurent par rapport aux facteurs et
mécanismes d’émergence ou de réémergence de cette zoonose majeure.
Ce travail s’inscrit dans la perspective d’identifier les facteurs et les mécanismes de maintien
de la FVR tout en proposant des stratégies de contrôle.
Compte tenu de l’évolution de la maladie lors des deux dernières épidémies/épizooties, les
questions suivantes peuvent être formulées :
1. Quel rôle joue le dromadaire dans l’épidémiologie de la FVR en Mauritanie ?
2. Comment la phylogénie / phytogéographie des souches du virus FVR, isolées en
Mauritanie et ailleurs en Afrique, peut-elle permettre de mieux comprendre l’épidémiologie
de la FVR ?
3. Quels sont les facteurs et les mécanismes de maintien et d’émergence du virus de la FVR
en Mauritanie ?
4. Quelle serait la stratégie à adopter pour améliorer la surveillance (y compris moléculaire) et
réduire / prédire le risque d’émergence de la FVR en Mauritanie et dans la sous-région ?
Ce manuscrit de thèse s’organisera en deux parties distinctes :
-
Une première partie incluant la synthèse bibliographique
-
Une deuxième partie reflétant le travail personnel
Ces parties comportent elles-mêmes un certain nombre de chapitres.
18
PREMIERE PARTIE : Synthèse bibliographique
La première partie de ce manuscrit est composée de 3 chapitres distincts présentant une
synthèse bibliographique de la FVR en Mauritanie. Un premier chapitre (Chapitre I) décrira
les généralités sur la Mauritanie, et le second (Chapitre II) abordera des généralités sur la
FVR. Le dernier chapitre (Chapitre III) est présenté sous forme d’un article déjà publié dans
le bulletin épidémiologique de l’ANSES qui décrit la fièvre de la Vallée du Rift en Mauritanie
et dans la sous-région.
Chapitre I : Généralités sur la Mauritanie
La Mauritanie est située au nord-ouest du continent africain entre le 15ème et le 27ème degré de
latitude Nord et le 5ème et 17ème de longitude Ouest. Elle est bordée sur sa façade occidentale
par l’océan atlantique, bordée au nord-ouest par le Sahara occidental, au nord-est par
l’Algérie, à l’est et sud-est par le Mali, et enfin au sud-ouest par le Sénégal. Elle s’étend sur
une superficie de 1.030 700 Km2 pour une population voisine de trois millions d’habitants
(Malainine, 2001). C’est un pays essentiellement désertique, à l’exception de la vallée du
fleuve Sénégal au sud. La saison des pluies s’étend de Juin à Octobre et la pluviométrie
annuelle varie de moins de 100 mm au nord à 650 mm dans la vallée du Sénégal.
Sur le plan administratif, la Mauritanie est divisée en quinze régions (ou wilayas) avec la
subdivision de Nouakchott en trois régions (fig. 1). Ainsi au sud-est, on retrouve le Hodh
Chargui, le Hodh El Gharbi et l’Assaba, au sud tout au long de la vallée du fleuve Sénégal, le
Guidimakha, le Gorgol, le Brakna et le Trarza, au centre le Tagant, l’Inchiri et l’Adrar et au
nord le Tiris-Zemmour et Dakhlet Nouadhibou. L’ensemble de ces régions regroupe 55
départements et 216 communes.
19
Figure 1: Carte administrative de la Mauritanie. (Source : office nationale des statistiques,
Nouakchott, Mauritanie, 2005)
20
1.
Ressources naturelles
1.1. Zones agro écologiques
Le territoire mauritanien peut être divisé en 5 zones agro-écologiques :

Zone aride : elle couvre toute la zone située au nord de l’isohyète 150 mm à l’exclusion
de la bande du littoral. Elle correspond au climat saharien.

Zone sahélienne Est : elle est comprise entre l’isohyète 150 mm au nord et la frontière
des deux Hodhs avec le Mali. Cette zone renferme 50% des potentialités sylvopastorales
du pays.

Zone sahélienne Ouest : elle est comprise entre l’isohyète 150 mm au nord et la vallée
du fleuve Sénégal au sud.

Zone du fleuve : c’est dans cette zone qu’est concentré l’essentiel de l’activité agricole
mauritanienne.

Façade maritime : c’est une étroite bande de 50 km de profondeur en moyenne qui
s’étend de Nouadhibou à N’Diago.
Dans ces zones écologiques, on rencontre des zones humides servant de transit aux
oiseaux migrateurs et dont certaines hébergent une riche avifaune. Les principales zones
humides du pays sont :
-
Le fleuve Sénégal,
-
Le lac de R’kiz,
-
Le lac d’Aleg,
-
Le lac de Mâl,
-
La Tamourt N’âaj,
-
Le Parc National du Banc d’Arguin,
-
Parc National de Diawling
-
La mare de Mahmouda
21
1.2. Les eaux souterraines
Elles sont rares dans la chaîne des Mauritanides, toutefois, les nappes sont abondantes dans
les bassins cénozoïques constitués de roches poreuses. Il existe les aquifères régionaux
suivants :
-
L'aquifère des sables ou du Brakna situé aux environs de 20 à 30 m de profondeur,
-
L'aquifère de l'Ameehhil, à l'Ouest de la nappe du Brakna (profondeur à 40 et 85 m) ;
-
L'aquifère du Trarza au Sud-ouest qui alimente les villes de Boutilimit et de
Nouakchott ;
-
Deux autres aquifères sont également situés dans les sables et les grès argileux du
continental terminal et les sables du quaternaire. Il s'agit de Bénichab et Tirhersioun,
Fossiles et exploités pour la fourniture d'eau minérale.
-
Les aquifères superficiels qui, bien que de faible importance, constituent l'unique
ressource en eau pour les pasteurs nomades.
-
L'aquifère alluvial du Fleuve Sénégal de 20 km de large de part et d'autre du lit majeur.
-
Les aquifères du centre - Est et du Sud-est.
1.3. Les sols
Les sols de Mauritanie sont classiquement divisés en régions climatiques comme suit (Wa
Nsanga, 1982):
• La région de sol A : située dans l’extrême sud du pays, c’est la zone la plus arrosée du pays.
Elle reçoit des précipitations supérieures à 500 mm. Elle correspond à la limite septentrionale
de la savane sèche. Cette zone climatique de sol offre le meilleur potentiel pour la culture sous
pluies et les pâturages.
• La région de sol B : englobe l’ensemble des zones à précipitations comprises entre 225 et
500 mm. Dans l’ordre de prédominance, les pâturages sont les dunes de sable ou autres sables
éoliens, les terres rocheuses, les pédiments ou affleurements de désert, les terres hautes
indifférenciées les terres alluviales, les dunes côtières, les sebkhas et les sols complexes. La
pâture et l’agriculture sont les principales utilisations de cette zone.
• La région de sol C : englobe tout le reste du pays où la pluviométrie moyenne est
généralement inférieure à 225 mm. Dans cette région on y rencontre les trois formes
22
principales de relief ; le groupe le plus important est composé de dunes de sable, suivi par les
terres rocheuses et les pédiments qui sont moins nombreux (Soule, 2003)
1.4. Les ressources forestières
La Mauritanie est caractérisée par une faible densité de végétation. La plupart des régions
sont en zone désertique avec quelquefois des régions dotées d'une végétation composée de
bouquets épars de gommiers.
Par ailleurs, il existe des zones boisées dans la partie sud du pays et en particulier dans les
régions des Hodhs, Assaba, Gorgol et du Guidimakha. Le potentiel forestier le plus important,
du point de vue densité, se trouve dans la vallée du Fleuve Sénégal et le long de ses affluents.
Il est estimé que le pays compte 138.000 ha de forêts protégées et 48.000 ha de forêts
classées.
1.5. Les eaux de surface
Le pays est caractérisé par un réseau hydrogéologique quasi nul à l'exception de la vallée du
Sénégal au sud. Des cours d'eau saisonniers sont localisés dans les régions montagneuses de
l'Adrar et du Tagant qui alimentent les nappes souterraines. Un barrage a été construit sur le
Gorgol, principal affluent du fleuve Sénégal. D’autres affluents du fleuve Sénégal remplissent
des lacs tels que celui de R'kiz localisé dans la région du Trarza.
Le barrage de Diama joue un très grand rôle dans le blocage de la remontée de la langue salée
et permet d'irriguer de nombreux terrains dans le cadre des aménagements, au sein de
l'Organisation de la Mise en Valeur du Fleuve Sénégal (O.M.V.S.).
1.6.
Les cultures oasiennes
Les oasis sont célèbres pour leur palmier dattier. On rencontre les palmiers essentiellement
dans les régions de l’Adrar, du Tagant, de l’Assaba et des deux Hodhs. On estime 1 870 780
le nombre de palmiers dattiers recouvrant une superficie moyenne de 5500 hectares. Dans ces
palmeraies le palmier-dattier est cultivé en association avec les légumes et les cultures
fourragères (surtout la luzerne, Medicago et Sativa). Les principales productions des oasis
sont les dattes, les cultures maraîchères, la luzerne et accessoirement le blé, l’orge, le sorgho
et le niébé (Soule, 2003).
2.
Elevage
La Mauritanie dispose d’un important cheptel, estimé en 2013 à 20 millions de têtes réparties
entre les petits ruminants (16 millions), les bovins (1.7 à 2 millions) et les camelins (1.5 à 2
23
millions), équidés (250 000), Asins (630 000) et volailles (4 200 000) (Source : direction de
l’élevage Mauritanien, 2009).
Le secteur de l’élevage contribue largement à la croissance de l’économie nationale. Sa
contribution à la formation de la valeur ajoutée nationale est estimée à 17% du PIB (CSLP,
2001). Il apparaît également comme "redistributeur" car cette valeur ajoutée bénéficie à une
grande partie de la population. Son rôle social apparaît déterminant dans la lutte contre la
pauvreté. La plus grande partie du cheptel est concentrée dans les régions du sud sur une
bande ouest-est (Soule, 2003).
2.1. Races exploitées (Soule, 2003)
 Les bovins (Bos indicus)
En Mauritanie, il y a deux races distinctes :

Le zébu maure : représente 75% des effectifs.

Le zébu peul : se rencontre exclusivement dans le sud du pays (surtout dans le Gorgol
Assaba et Guidimakha).
 Les ovins (Ovis aries)
Il existe trois races de mouton :

Le mouton maure à poils ras (Touabir ou Ladoum) : il est très apprécié pour ces
qualités bouchères.

Le mouton maure à poils longs : il est nettement plus petit que le type précédent. Il est
apprécié pour son poil de couleur noir assez long pour être tissé.

Le mouton peul ou poulfouti : il a des caractéristiques assez voisines de celles des
moutons maures à poils ras. Il se rencontre uniquement dans le sud du pays.
 Les caprins (Capra hircus) : on rencontre les races suivantes :

la chèvre du Sahel ou chèvre bariolée que l’on rencontre dans tout le pays,

la chèvre du Sahara ou chèvre espagnole ou Gouéra et

la chèvre naine de l’est ou Djouguer.
 Les camelins (Camelus dromedarius) : on rencontre les deux races suivantes :

le dromadaire du Sahel ou Rgueïbi

le dromadaire de l’aftout ou chameau de Brabiches.
 Les équins (Equus caballus)
On distingue la présence de deux races en Mauritanie :

Le cheval barbe

Le cheval arabe ou race des deux Hodhs.
24
 Les asins (Equus asinus) :

On rencontre une seule race, la race locale (l’âne de Mauritanie) dans tout le pays.
 Les volailles :
Elles sont représentées essentiellement par des races locales (Gallus gallus) ou exotiques.
Les principales races des animaux domestiques exploités en Mauritanie figurent dans le
tableau I et des images de certaines races sont présentées dans la figure 2.
Tableau I: Principales espèces et races animales élevées en Mauritanie (Soule, 2003)
Espèce
Camelins
Bovins
Ovins
Caprins
Asins
Equins
Volailles
Race
Localisation
Aptitudes
principale
prédominantes
Dromadaire de l'Aftout
Centre
Lait, viande, transport
Dromadaire du Sahel
Nord et Nord Est
Lait, viande, transport
Zébu maure
Centre et Est
Lait (viande)
Zébu peul (Gobra)
Sud et Sud Est
Viande (lait)
M. Maure à poils ras
Sud et Sud Est
Viande
M. maure à poils longs
Sud et Sud Est
Viande et poils
Mouton peul
Sud et Sud Est
Viande
Chèvre du Sahel
Tout le pays
Lait et viande
Chèvre naine de l'Est
Sud et Sud Est
Lait (viande)
Gouéra
Agglomérations
Lait
Âne commun d'Afrique
Tout le pays
Travail
Cheval Arabe
Centre et Sud Est
Transport
Cheval Barbe
Sud
Transport
Poule locale
Tout le pays
Viande (œufs)
25
Race Zébu peulh (crédit Photo : Dr Bezeid)
Dromadaire race Rguibi (crédit Photo : Dr
Bezeid)
Race zébu maure (crédit Photo : Dr Bezeid)
Mouton Touabir (crédit Photo : Dr Bezeid)
Figure 2: Illustrations des races bovine, ovine et cameline
2.2. Systèmes de production
Plusieurs systèmes de production ont été identifiés :

Système pastoral nomade : exploitation des camelins et des caprins en zones désertique et
semi-aride ;

Systèmes pastoral transhumant : exploitation des camelins, bovins, et des petits ruminants
en zones non désertiques ;
26

Système sédentaire associé à l'agriculture : exploitation des bovins et des petits ruminants
dans les zones à pluviométrie supérieure à 350 mm ;

Système extensif urbain : exploitation des petits ruminants surtout ;

Système semi-intensif laitier : exploitation des camelins et des bovins en zones
périurbaines ;

Système intensif, en zone urbaine, qui reste très marginal
2.3. Mouvements de transhumance
Les conditions climatiques de la Mauritanie incitent à un mode d’élevage essentiellement de
type extensif Cette mobilité organisée des hommes et des troupeaux est une stratégie de base
pour s’adapter à la forte inégalité spatio-temporelle des ressources pastorales et hydrauliques
(Hellendorff et al., 2012).
Comme pour la plupart des pays de l’Afrique de l’Ouest, cette mobilité va très souvent audelà des frontières (fig.3).
La transhumance est un mode d’élevage pastoral qui fait référence à une pratique de
déplacement des troupeaux, saisonnier, pendulaire, selon des parcours bien précis, répétés
chaque année. Ce mot provient du latin trans et hummus « au-delà des terres ».
La Mauritanie est liée au Sénégal et au Mali par des accords de transhumance qui fixent
notamment les conditions d’entrée, le quota autorisé et les zones d’accueil.
Les mouvements annuels de transhumance s’effectuent comme suit :
Dès l’annonce de la saison sèche, avec la raréfaction progressive des eaux d’abord et des
pâturages ensuite, les troupeaux descendent vers le sud Certains de ces troupeaux se
regroupent sur les pâturages et autour de points d’eau, au point de constituer de fortes
concentrations d’animaux D’autres, situés, essentiellement dans le Sud-Est du pays,
traversent la frontière avec le Mali pour séjourner dans des zones qui leur assurent eau et
pâturages Quant aux animaux en transhumance au Sénégal, leur traversée s’effectue
essentiellement à partir des postes situés sur le fleuve Sénégal.
Le trajet du circuit de commerce n’est pas très différent et les animaux destinés à la
commercialisation vers les Sénégal peuvent traverser soit directement à partir de Rosso ou du
barrage de Diama, soit transitent par le Mali avant d’arriver au Sénégal.
A noter aussi que la transhumance du Sénégal vers la Mauritanie est courante et que dans de
rares cas, les troupeaux maliens transhument en Mauritanie.
27
Après les premières pluies et les pousses d’herbes, les troupeaux mauritaniens amorcent la
remontée vers le Nord et cette remontée continue au fur et à mesure du développement des
pâturages
Ce mode d’élevage, qui occasionne des déplacements incessants et des rassemblements
d’effectifs importants, bien souvent avec des animaux du Mali et du Sénégal fait que la
Mauritanie est fortement impliquée dans ce contexte épidémiologique régional
Cette transhumance transfrontalière concerne principalement quatre grandes régions du pays :
les deux Hodhs, l’Assaba et le Guidimakha (fig.4)
Figure 3: Couloirs de transhumance transnationaux en Afrique de l'Ouest (Hellendorff
et al., 2012)
28
Figure 4: Principaux axes de transhumance (DE, 2005)
29
2.4. Répercussions de la sécheresse
Avant l’indépendance, la population mauritanienne était constituée essentiellement de
nomades conduisant des troupeaux à la recherche de pâturages.
A partir de l’indépendance en 1960, une sédentarisation progressive de la population nomade
a été amorcée. Les nomades sont passés de 75% de la population totale en 1965 à 12% en
1988. Ils sont estimés à un peu moins de 6% de la population totale en l’an 2000 (Malainine,
2001). Cette sédentarisation rapide et spectaculaire s’explique par plusieurs facteurs, dont
notamment la sécheresse qui a sévi durant les décennies 1970 et 1980 et les opportunités
d’emploi améliorant relativement les conditions de vie des populations, particulièrement dans
les milieux sédentaires surtout urbains. La sédentarisation accrue des populations et
l’urbanisation accélérée ont contribué à créer de nouveaux débouchés pour les produits
d’origine animale, auxquels les populations sont restées très attachées. La filière lait a
notamment connu une évolution favorable, à la fin des années 1980, grâce aux
investissements privés. Cette filière a permis la création d’un pôle laitier dans le Trarza. Ce
pôle s’est étendu progressivement vers le Brakna et le Gorgol.
Mais, en Mauritanie, l’élevage, reste confronté à des contraintes majeures d’ordre sanitaire et
zootechnique. Les principales maladies affectant le cheptel sont la péripneumonie contagieuse
bovine, la fièvre de la Vallée du Rift (FVR), la fièvre aphteuse, les poxviroses, la peste de
petits ruminants, la rage, la pasteurellose et certaines maladies parasitaires dont les
trypanosomoses et les helminthiases gastro-intestinales. La gestion de ces maladies animales
est attribuée à des structures au sein du Ministère de l’Elevage crée en 2014.
2.5. Organigramme du Ministère de l’élevage
Au niveau central, la Direction des Services Vétérinaires (DSV) qui est responsable des
politiques de santé animale et le Centre National d’Elevage et de recherches vétérinaires
(CNERV) responsable du diagnostic des maladies animales, sont les établissements les plus
impliqués dans le système de santé animale. Au niveau périphérique, dans chaque région ou
Wilaya, le ministère de l’élevage (ME) est représenté par une délégation régionale à laquelle
sont rattachées des inspections au niveau départemental. Les autres Directions centrales sont
la Direction des Politiques de la Coopération et des Statistiques (DPCS) et la Direction de
Développement des Filières Animales (DDFA)
30
Figure 5: Organigramme du Ministère de l'Elevage
2.6. Le réseau national d’épidémiosurveillance des maladies animales
Un réseau national d’épidémiosurveillance a été mis en place en 1999 et a été identifié sous
l’acronyme REMEMA (Réseau Mauritanien d’Epidémiosurveillance des Maladies Animales).
Ce réseau vient répondre aux nouvelles exigences internationales en matière de santé animale
et des échanges internationaux, dictées par l’OIE (Organisation Mondiale de la Santé
Animale), l’OMC (Organisation Mondiale du Commerce) et autres organisations
internationales (Dufour and Hendrickx, 2005). Ce réseau est dirigé par un comité de
pilotage composé de :
-
Le chargé de mission pour l’élevage du Ministre de l’élevage, président
-
Le Directeur de l’élevage, membre
-
Le Directeur du CNERV, membre
-
Les délégués régionaux de l’élevage, membres
-
Les représentants des associations socioprofessionnelles d’éleveurs, membres.
L’organe exécutif est constitué par une unité centrale qui comprend des vétérinaires de la
Direction de l’élevage, du Centre National d’élevage et de Recherches Vétérinaires (CNERV)
et des représentants des projets d’appui à l’élevage. Cet organe supervise le travail de terrain,
31
élabore les supports pédagogiques et dispense les formations pour les agents de terrain qui
constituent la charnière de ce réseau. Lors de sa mise en place, le REMEMA comptait 55
agents vétérinaires couvrant l’ensemble des départements du pays, l’activité de surveillance
étant une activité régalienne.
Le réseau renferme également des éleveurs qui ont été formés dans le cadre de
l’épidémiosurveillance et auxquels on attribue le nom d’éleveurs informateurs.
La surveillance épidémiologique concerne d’abord les maladies présentes provoquant des
pertes économiques considérables comme la peste bovine, la Péripneumonie Contagieuse
bovine (PPCB), la peste des petits ruminants (PPR), la fièvre aphteuse, la fièvre de la Vallée
du Rift (FVR), la maladie de Newcastle et la pasteurellose, ou des conséquences sur la santé
publique comme la rage et la FVR et l’Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP). Ces
maladies sont dites prioritaires et bénéficient de supports pédagogiques appropriés pour la
surveillance.
Ensuite, d’autres pathologies considérées de moindre impact sont également suivies et
rapportées. C’est le cas du botulisme, du charbon symptomatique de la dermatose nodulaire et
de différentes affections parasitaires. La faune sauvage représentée par le phacochère (déjà
surveillée dans le cadre de procédure d’éradication de la peste bovine entre 1998 et 2005) a
été ajoutée aux espèces animales surveillées dans une poche de la zone de Keur-Masséne et
autour du lac de R’kiz.
2.7. Nature de la surveillance
Pour la plupart des pathologies prioritaires, la surveillance est souvent évènementielle
déclenchée par l’éleveur qui constate des phénomènes d’alerte au sein de son troupeau et qui
avertit l’assistant vétérinaire de terrain ou le service vétérinaire le plus proche.
Pour la FVR, le renforcement de la surveillance par la mise en place de troupeaux sentinelles
a été initié en 2000 par un programme de coopération technique régional de la FAO.
IlWWsfggvg s'agit du TCP/RAF/8931" Implémentation of a Rift Valley fever surveillance
system in Mali, Mauritania and Sénégal" d’une durée d’un an.
Entre 2001 et 2006, la surveillance sentinelle a été réalisée avec succès grâce à l’appui du
Programme PACE. Entre 2007 et 2009 elle a été réalisée avec l’appui du projet d’appui au
développement de l’Elevage (BAD/PADEL). Depuis lors, elle n’a jamais pu être reconduite
convenablement.
32
Dans ce premier chapitre, il a été présenté les généralités sur les sols, le climat et l’élevage en
Mauritanie en évoquant tous les éléments qui pourraient intervenir dans le cas d’émergences
de maladies. La présence d’un cheptel sensible très important, en perpétuel mouvement, et de
conditions favorables pour la pullulation des vecteurs (zones humides, type d’agriculture…)
sont des facteurs de risque d’une épizootie/épidémie de la fièvre de la Vallée du Rift, et ce en
présence d’un réseau de surveillance en baisse de performance.
Afin de mieux connaitre l’importance des épidémies/épizooties de la FVR, le second chapitre
est consacré à cette zoonose majeure sous ses différents aspects.
33
Chapitre II. Généralités sur la fièvre de la Vallée du Rift
1.
Historique et définition
La fièvre de la Vallée du Rift, aussi appelée à l’origine « hépatite enzootique » en raison de la
lésion hépatique majeure qu’elle provoque, a été décrite pour la première fois en 1931 par
Daubney au Kenya dans la région du lac Naivasha en signalant qu’elle peut atteindre
l’homme et serait transmise par des insectes hématophages (Daubney et al., 1931 ; Provost,
1980 ; Coetzer and Tustin, 2004). Après la seconde guerre mondiale, elle est signalée en
Afrique de l’Est où elle sévit périodiquement comme une maladie essentiellement animale
avec de véritables flambées épizootiques. En 1951, en Afrique du Sud, l’épizootie est restée
célèbre par la grande mortalité engendrée et c’est à cette époque que la transmission
vectorielle est définitivement prouvée par Smithburn et ses collaborateurs (Smithburn et al.,
1949). Jusqu’en 1975, la FVR fut considérée comme une maladie africaine, d’importance
essentiellement vétérinaire. Ainsi, elle s’est traduite par des épizooties principalement chez les
ovins en Afrique Orientale et Australe, et l’homme n’était qu’un hôte accidentel et les cas
humains étaient rarement mortels. Mais en 1974/75, lors d’une épizootie, en Afrique du Sud,
chez les bovins et les ovins, un nombre élevé de cas humains est signalé (Gear, 1982;
McIntosh et al., 1980). Par la suite, en 1976, le Soudan fut également touché (Eisa et al.,
1980). L’épizootie-épidémie de 1977 en Egypte constitua un véritable tournant dans l’histoire
de la maladie puisqu’elle a provoqué plus de 600 cas humains mortels (Meegan, 1979). Puis
en 1979, le virus de la FVR est mis en évidence à Madagascar sans aucun impact sur la santé
humaine ou animale avant 1990 et 1991 (Mathiot et al., 1984; Morvan et al., 1991; Saluzzo et
al., 1989) ; ce n’est qu’après qu’elle provoqua plusieurs épizooties marquées par des
avortements massifs chez les bovins (Morvan et al., 1992).
Par la suite, la maladie s’est étendue à la quasi-totalité de l’Afrique sub-saharienne où elle
s’est manifestée sous différentes formes. En effet, elle est apparue sous forme épizooépidémique en 1987 à la frontière sénégalo-mauritanienne (Digoutte and Peters, 1989;
Rweyemamu et al., 2000; Wilson et al., 1994), puis en Egypte en 1993 et en 1997 (Arthur et
al., 1993 ; Abd el-Rahim et al., 1999), au Kenya en 1997-98 (Anyamba et al., 2001 ; Woods
et al., 2002) et 2006-2007 (Flick and Bouloy, 2005; Gerdes, 2002, 2004). Lors de l’épidémie
de 1997-1998, le virus s’est propagé vers le Yémen et l’Arabie Saoudite qui, en 2000,
subirent un grave épisode épizootique et épidémique avec une mortalité humaine, pour la
première fois en dehors du continent africain (Madani et al., 2003). Des épidémies de FVR de
forte ampleur se sont succédées en Afrique de l’Est, notamment au Kenya (Anyamba et al.,
34
2001; Bowen et al., 2001; Nderitu et al., 2011), en Afrique du Sud (Métras et al., 2011), au
Zimbabwe, en Zambie et à Madagascar avec une extension vers la Somalie (Bowen et al.,
2001; Nderitu et al., 2011) et en Tanzanie (2007-2008) (Jost et al., 2010 ; Nderitu et al.,
2011). Fin 2007, la FVR cause une grave épidémie au Soudan, 601 cas cliniques humains ont
été rapportés dont 211 mortels, aucun cas clinique animal n’a été officiellement notifié. En
avril et mai 2008, Madagascar notifie, dans la région d’Antananarivo, un foyer de FVR
touchant des bovins, et plusieurs dizaines de cas humains. En avril 2008, pour la première
fois, l’île de Mayotte notifie des cas d’infection humaine et bovine de FVR autochtones
(Sissoko et al., 2009; Cêtre-Sossah et al., 2012). Plus récemment, début 2010, une grande
épidémie-épizootie a eu lieu en Afrique du Sud (Métras et al., 2015). Par ailleurs, la
circulation virale a été documentée dans de nombreux pays de l’Afrique de l’Ouest (Akakpo
et al., 1991, 1989; Formenty et al., 1992; Provost, 1980) et du Centre (Maurice, 1967).
Finalement, la fièvre de la Vallée du Rift (FVR) apparait comme une arbovirose à caractère
zoonotique, transmise par des arthropodes. Le Code zoo-sanitaire international de l’OIE inclut
la FVR dans les maladies transmissibles qui ont un grand pouvoir de diffusion et une gravité
particulière, susceptibles de s’étendre au-delà des frontières nationales, dont les conséquences
socioéconomiques ou sanitaires sont graves et dont l’incidence sur les échanges
internationaux d’animaux et de produits d’origine animale est très importante (Geering et al.,
2003).
Cette affection est due à un agent causal qu’il faut connaitre afin de mieux comprendre ses
mécanismes d’action.
2.
Etiologie
2.1. Structure du virus
Le virus responsable de la FVR appartient à la famille des Bunyaviridae et au genre
Phlebovirus. C’est un virus à ARN segmenté, composé de trois segments d’ARN de polarité
négative (fig. 5 et 6) et de taille variable désignés par L (large), M (medium) et S (small)
(Swanepoel et al., 1986). Ce virus code pour quatre protéines structurales et deux protéines
non structurales. Le segment L code pour la protéine RdRp, le segment M code pour deux
glycoprotéines (Gc et le GN) et une protéine non structurale NSm, et le segment S pour la
protéine N et une protéine non structurale NSs (Saluzzo, 2000, Elliott et al., 1991).
35
Figure 6: Structure du virus FVR (Pépin et al., 2010)
Figure 7: Représentation du génome du virus de la FVR de la souche MP12
(Flick & Bouloy, 2005)
2.2. Fonctions des protéines
a)
Segment L
A l’instar des autres virus à ARN, le virus de la FVR ne peut assurer sa réplication et sa
transcription avec seulement la machinerie cellulaire. Par conséquent, ce virus a besoin de sa
propre ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp), une enzyme multifonctionnelle pour la
réplication et la transcription. Cette enzyme est la moins exprimée par le virus et est associée
36
avec des membranes périnucléaires. Il est supposé que la RdRp interagit avec la protéine N et
avec l'UTR (Untranslated Region) du virus.
b)
Segment M
Le segment M code pour deux glycoprotéines (Gc et le GN) et une protéine transmembranaire
non structurale NSm nécessaire pour la croissance du virus dans les cultures cellulaires. Ces
trois protéines sont transcrites en ARNm unique qui se traduit par une polyprotéine qui est
clivée par la suite. Les produits synthétisés sont importés dans l'appareil de Golgi.
Contrairement aux autres segments, les produits du segment M du virus de la FVR font l'objet
d'un post-traitement de la transcription. Leur accumulation dans l'appareil de Golgi conduit à
une caractéristique notable de la plupart des membres de la famille des Bunyaviridae : la
maturation et le bourgeonnement. L'appareil de Golgi contient des signaux de rétention
nécessaires pour la localisation des protéines. La protéine GN (segment M) se trouve
également être un facteur déterminant dans la fixation du virus à la cellule hôte, et joue un
rôle important dans la virulence du virus.
c)
Segment S
Le segment S code pour deux protéines, la protéine structurale de la nucléocapside (N) et la
protéine non structurale NSs (Lefèvre, 2003). La nucléocapside N est la première protéine
exprimée dans les cellules infectées et la plus abondante. N est la composante du virus
responsable de l'encapsidation de l'ARN viral et est située dans le cytoplasme. La protéine N a
un rôle dans la fixation de la RNP nouvellement synthétisée aux filaments d'actine, ce qui
pourrait faciliter le transport à l'intérieur de la cellule (Ravkov et al., 1997). Les premières
approches sur les fonctions de la protéine NSs, basées sur des virus mutants pour le gène NSs,
ont montré que c'est une protéine non-essentielle aidant dans la pathogénie virale. Le mutant a
une capacité réduite dans l'arrêt de la synthèse protéique cellulaire, il progresse plus lentement
que le type sauvage et induit une réponse interféron β forte. Le même phénomène a été
observé pour la protéine NSs de la FVR (Le May et al., 2004). Les expériences ont aussi
montré que cette protéine est capable de contrôler l'activation du système de l'interféron.
2.3. Fonctions des régions virales non traduites
Les régions virales non traduites sont situées à l'extrémité 3 'et 5' de la séquence codante. Ces
séquences terminales (11 à 21 derniers nucléotides), sont complémentaires les uns aux autres
et sont conservées entre les segments, tandis que le reste de la séquence UTR (Untranslated
region) présente une grande variabilité (Lowen et al., 2005). Cette complémentarité participe
à la création de la conformation circulaire RNP observée. Ces séquences par elles- mêmes
37
sont capables de diriger la transcription, l’encapsidation, la réplication et l’emballage des
segments. Bien que les membres de la famille des Bunyaviridae ne présentent pas une queue
poly-A, deux types de signaux de terminaison potentiels ont été trouvés : séquences riches en
GU et un motif CCCACCC. Le segment S possède deux signaux de terminaison indépendants
composé d'un penta-nucléotide séquence (3'-UGUCG-5 ') (Barr et al., 2006). Enfin, les
séquences UTR des Bunyaviridae sont nécessaires et suffisantes pour l'emballage des
segments. Ce processus est complexe pour les virus segmentés, car ils doivent être en mesure
d'emballer au moins un de chacun des segments afin de générer une particule infectieuse.
2.4. Cycle viral
Le cycle de réplication du virus commence par son adsorption et son entrée dans la cellule.
Une fois à l'intérieur, la transcription de la protéine virale peut commencer, avec la production
des composants de la Ribonucléoprotéine (RNP) qui, à leur tour vont permettre la réplication
du génome. Après ces processus, le virus s'assemble dans l'appareil de Golgi et est relargué
hors de la cellule (figure 7).
Figure 8: Représentation schématique du cycle de réplications virale du virus de la FVR
2.4.1. L’Adsorption et l'entrée (Phases 1 à 3)
Le mécanisme par lequel les Bunyavirus entrent dans la cellule n'est pas entièrement élucidé.
L'attachement du virus aux cellules se fait par une interaction entre l’une des glycoprotéines
38
virales ou les 2 avec des récepteurs cellulaires inconnus. L'existence d'anticorps neutralisants,
dirigés contre les deux glycoprotéines chez les Phlebovirus et les Hantavirus, pourrait être
une indication que les deux glycoprotéines sont impliquées dans ce processus. Le processus
infectieux est dépendant du pH, sans doute parce qu'il affecte la conformation de la
glycoprotéine (Overby et al., 2008). Le virus pénètre dans la cellule par endocytose dans des
vésicules qui sont alors transportées vers l’endosome où le processus membranaire conduit à
la libération des RNP dans le cytoplasme.
2.4.2. La réplication et la transcription de l'ARN (Phases 4 à 6)
Les processus de réplication et de transcription sont contrôlés par l’ARN polymérase ARN
dépendante (RdRp). Une fois dans la cellule, le virus démarre la transcription primaire dans le
cytoplasme, où il produit l’ARNm qui est traduit en protéines virales. L'ARN viral (ARNv)
transcrit donne lieu à un ARNm sens positif. La transcription est initiée par un processus dans
lequel le virus clive la coiffe de l'ARNm hôte et l'utilise comme une amorce pour sa
transcription (Jin et Elliott, 1993). La réplication du génome conduit à la formation d'un ARN
complémentaire (ARNc) qui n'est pas traduit en protéines, Mais peut, à son tour, servir de
matrice pour la synthèse de l’ARNv, sens négatif. Parce que ni l’ARNv ni l'ARNc ne peuvent
servir de messager, l'ARN nu en soi n'est pas infectieux. Il doit être transcrit en ARNm par la
RdRp, en passant par une encapsidation par la protéine N. Ainsi, la charge virale et les
protéines L et N sont nécessaires et suffisantes pour la transcription et la réplication, et le
complexe RNP est l'unité minimale de la réplication du virus. Les ARNc produits lors de la
réplication virale fournissent alors de nouveaux génomes encapsidés. D’autre part, lors de
l'encapsidation de l'ARN, le virus peut commencer sa transcription secondaire sur les trois
segments. Cette transcription varie en quantité en fonction des segments, avec une expression
à taux élevé pour le segment S et avec un taux faible pour le segment L. Afin de synthétiser
toute la longueur de l’ARNm, la traduction de l'ARNm naissant doit être couplée avec la
transcription (Barr et al., 2006). Une fois les protéines N et L traduites, le virus peut passer à
la phase de réplication avec la génération, de nouvelles copies du génome complémentaires.
Ces copies sont encapsidées par la protéine N (Schmaljohn & Hooper, 1996). L'accumulation
de la protéine N semble pouvoir influer sur l’activité de la polymérase et donc de la
réplication. Les protéines virales commencent à être synthétisées peu de temps après
l'infection. La transcription, la réplication et la traduction continuent de se produire au cours
des étapes de l'infection et de la libération des virions.
39
2.4.3. La morphogenèse et le relargage des virions (Phases 7 - 8)
Chez les Bunyavirus, les glycoprotéines sont d'abord transportées pour former des
hétérodimères. Le signal d’hétérodimérisation qui dirige les protéines de l'appareil de Golgi se
trouve dans la protéine GC, et va permettre à la GN d’être transportée dans l’appareil de Golgi
également (Pettersson & Melin, 1996). Ces dimères vont s’accumuler dans l'appareil de Golgi
et induisent des changements morphologiques qui sont caractérisés par une vacuolisation et
une dispersion (Gahmberg et al., 1986). En microscopie électronique, la visualisation de la
RNP, une fois dans l'appareil de Golgi, se fait sous les membranes qui présentent les spicules
correspondant aux glycoprotéines, ce qui suggère une interaction directe entre ce complexe
RNP et les protéines. Tant la N que les glycoprotéines vont s’accumuler dans l'appareil de
Golgi, aucune accumulation de cette protéine N ne se fera dans le réticulum endoplasmique
(RE). Par la suite, les virus vont être libérés sous forme de petites particules. Cette libération
se fait probablement par exocytose (Matsuoka et al., 1991).
2.5. Propriétés du virus
Le virus est sensible aux solvants lipidiques tels que l’éther ou le chloroforme. Il est inactivé
par les désinfectants habituels comme le formol et la bétapropiolactone. Par contre, il est
stable pour les pH compris entre 6.2 et 8. Il résiste relativement bien à la chaleur, mais il est
inactivé à 56°C pendant 3 heures (Jansen van Vuren and Paweska, 2009), . Il se conserve 1
mois à – 20°C et 1 an à -40°C.
2.6. Epidémiologie et répartition géographique
2.6.1. Sources et transmission de l’infection
Les principales sources de contamination sont constituées par les liquides biologiques des
animaux virémiques (sang, secrétions diverses, etc.), les organes et tissus des animaux
malades et les objets souillés.
Les moustiques se nourrissent sur des animaux virémiques pour aller ensuite transmettre le
virus à des animaux sains. L’aptitude d’un vecteur à s’infecter sur un hôte vertébré puis à
assurer le développement d’un pathogène et enfin à transmettre ce pathogène à un autre hôte
est le signe de sa compétence vectorielle.
L’infection s’effectue chez l'animal par l'intermédiaire de piqûres de moustiques infectés. De
nombreux genres de moustiques tels que Aedes, Anopheles, Culex, Eretmapodites et
40
Mansonia sont connus comme vecteurs avérés du virus de la FVR (Meegan et Bailey, 1988,
Fontenille et al., 1998 ; Moutailler et al., 2008 ; Sang et al., 2010 ; Turell et al., 2008a,
2008b). Ces genres se rencontrent davantage les années à fortes précipitations ou
précipitations exceptionnelles provoquant la prolifération des populations vectrices.
Certaines espèces d’Aedes font survivre le virus à travers une transmission verticale
(transovarienne). Les œufs issus de cette transmission peuvent survivre durablement (parfois
plusieurs années) dans des conditions de sécheresse extrêmes.
Lorsque les conditions
deviennent favorables comme les fortes précipitations et/ou d’inondations, les œufs éclosent
donnant naissance à des adultes infectés qui, en présence d’animaux sensibles, amorcent le
début d’une épizootie.
En Afrique de l’Est et du Sud, les principaux vecteurs sont ceux du genre Aedes (Ae.
cumminsii, Ae. circumluteolus et Ae. mcintoshi). Ces moustiques sont capables de
transmission transovarienne (Turell et al., 1984) ce qui lui permet de se maintenir
durablement dans la nature malgré une diminution de la fécondité et de l’espérance de vie de
l’insecte. Ainsi, les femelles pondent leurs œufs infectés dans la boue des mares de surface
asséchées ou de surfaces peu profondes ou dans les plaines d’inondation où ils restent parfois
inactifs pendant de nombreuses années, en attendant les crues. Une fois recouverts d’eau, les
œufs se transforment en larves puis en moustiques infectés, capables de répandre le virus
(Fontenille et al., 1998 ; Zeller et al., 1997). Ceci pourrait expliquer la présence du virus dans
des régions arides en l’absence de réservoirs. A noter que l’exposition aux piqûres de
moustiques varie en fonction de certains paramètres tels que la profondeur des mares inondées
(Chevalier et al., 2004b).
En Egypte, Cx. pipiens a été identifié comme le principal vecteur lors de l’épidémie de 197778 (Hoogstraal et al., 1979). En Afrique de l’Ouest, les principaux vecteurs compétents pour
le virus FVR sont les espèces Aedes vexans et Culex poicilipes (Diallo et al., 2000 ; Fontenille
et al., 1998). Les moustiques du genre Aedes peupleraient le milieu dès les premières pluies et
assureraient la survie du virus par le biais d’une transmission verticale. Les moustiques du
genre Culex apparaissent plus tardivement mais sont les plus abondants à la fin de l’hivernage
(Fontenille et al., 1998).
Le taux d’infection des moustiques par le virus de la FVR est faible (moins de 0,1 %), malgré
cela l’efficacité de la transmission est assurée par la pullulation des insectes quand les
conditions sont favorables (Lefevre, 2000; Swanepoel and Coetzer, 2004). Les moustiques
infectés peuvent être transportés sur de longues distances par des vents ou des courants d’air
41
de basse altitude, ce qui explique la propagation facile du virus d’une région à une autre. A
noter qu’une transmission mécanique est également possible par des Culicoides (Chevalier et
al., 2004a; Lefevre, 2000)
L’Homme pourrait s’infecter par piqûre de moustiques, mais la plupart des cas la
contamination est secondaire à l’épizootie animale. En effet, les cas humains résultent de la
manipulation de matières contaminées issues des animaux infectés (avortons, sang, lait, etc.).
De ce fait, les populations à risque sont les éleveurs, les employés d’abattoirs, les bouchers et
les vétérinaires (Durand et al., 2002; Zeller et al., 1997). Le virus pénètre chez l'homme par
inoculation (blessure avec un couteau souillé), par inhalation d’aérosols infectieux ou par
ingestion (lait ou viande crus).
La transmission interhumaine directe du virus par le sang et les autres liquides biologiques,
bien que possible, n’est pas encore démontrée.
Les espèces domestiques sensibles au virus sont les bovins, les moutons, les chameaux et les
chèvres. Il existe certainement un cycle sauvage du virus, mais les espèces sauvages sensibles
ne sont pas connues.
Chez les ruminants, la possibilité d’une transmission directe a été prouvée expérimentalement
(Yedlensching et al., 1981a) mais elle n’est pas significative (Geering et al., 2003). Par
ailleurs, le virus a été isolé chez quatre espèces de rongeurs de la famille des Muridae, au
Sénégal pendant que d’autres espèces sauvages restent suspectées d’héberger le virus (Gora et
al., 2000; Olive et al., 2012).
Lorsqu’ils sont infectés, les animaux demeurent contagieux pendant la période de virémie qui
peut être brève (6 à 18 heures) ou persister jusqu’à six à huit jours. A noter que la circulation
virale n’est pas toujours associée à l’expression clinique de la maladie chez les animaux
sensibles.
Il existe plusieurs représentations du cycle épidémiologique avec une séquence au niveau de
la faune sauvage et l’autre au niveau des animaux domestiques, l’homme représentant un culde-sac épidémiologique. Nous présentons ici le cycle proposé par Bird en 2009 (Fig.8).
42
Figure 9: Cycle de transmission de la FVR (Bird, et al., 2009)
2.6.2. Distribution géographique de la maladie
Les principales épidémies ont été décrites en Afrique du Sud (1951), en Egypte (1977-1978),
au Sénégal et en Mauritanie (1987), au Kenya et en Somalie (1997-1998). Considérée comme
une maladie “émergente”, la FVR s'est étendue pour la première fois hors d'Afrique, en
Arabie saoudite et au Yémen en 2000 (Abdo-Salem et al., 2006). Cette maladie est aussi
connue à Madagascar où le virus a été isolé pour la première fois en 1979 à partir de
moustiques. Une épizootie a été signalée chez des bovins en 1990 sur la côte Est de l'île et en
43
1991 sur les Hauts Plateaux. Des cas humains (formes asymptomatiques) ont été observés à
l'abattoir d'Antananarivo la même année ainsi qu’en 2008 où le virus a pu être isolé à partir de
différents moustiques des espèces Aedes et Culex (Ratovonjato et al., 2011). Les dernières
épizooties qui ont sévi en Afrique du Sud et en Mauritanie permettent de confirmer la
circulation quasi-permanente de ce virus sur le continent (Fig.9).
Figure 10: Carte de l’Afrique et de la Péninsule arabique illustrant la distribution
spatio-temporelle des foyers cumulés de rift de 1977 à 2012. ( Nanyingi et al., 2015)
44
2.6.3. Conditions d’apparition
Les épidémies de FVR sont souvent associées à des facteurs de risque tels que les
aménagements hydrauliques (Egypte 1977, Mauritanie 1987), des adaptations et changements
biologiques, le trafic et le commerce internationaux, la démographie et les comportements
humains (Wilson, 1994), et des pluies diluviennes qui font suite à une période de sécheresse
(Martin, 2001). Cependant, la relation entre l’augmentation inhabituelle de la pluviométrie et
les épizooties de FVR telle qu’observée en Afrique de l’Est (Davies et al., 1992; McIntosh,
BM. and Jupp, PG., 1981) ne semble pas être toujours le cas, selon certains auteurs, en zone
sahélienne (Zeller et al., 1997) . C’est pourquoi, dans la sous-région ouest-africaine
notamment au Sénégal, en Mauritanie et au Mali, les facteurs déterminant l’émergence
d’épizooties de FVR ne sont pas tous connus comme en témoigne la circulation virale
silencieuse, notée à plusieurs reprises, au Sénégal (Fontenille et al., 1995; Wilson et al., 1994)
et en Mauritanie (Digoutte et al., 1987 ; Schneegans, 1999).
2.6.4. Zones écologiques favorables à la maladie
Le déclenchement de la maladie est en général concomitant à la pluviométrie, la pullulation
des moustiques vecteurs et la présence d’animaux sensibles. En zone à climat semi-aride,
voire aride, les zones géographiques où l’on a observé des épizooties et des épidémies de
FVR sont caractérisées par l’alternance d’une saison sèche et d’une saison humide marquée
par la présence d’eau et une forte concentration de troupeaux transhumants (Soti et al., 2012).
Ainsi, deux zones sont particulièrement incriminées :
a) Les vallées irriguées
Les foyers de FVR, survenus en Egypte en 1977 (Meegan et al., 1979), en Mauritanie en 1987
(Jouan et al., 1990a; Lancelot et al., 1989), et en 2000 au Yemen (Al Qadasi, 2002) et en
Arabie Saoudite (Ahmad, 2000) ont tous eu lieu dans des vallées occupées par les cultures
irriguées.
Ces vallées, constituées à la fois de zones humides naturelles et de zones de cultures, sont des
territoires favorables à la fois aux moustiques, aux animaux domestiques ou sauvages, et aux
hommes. Elles constituent ainsi des zones favorables à l’émergence de maladies dont la FVR.
b) Les zones d’eau temporaires
Ce sont des dépressions localisées dans le lit ou dans les bras du cours d’eau principal
appelées communément « dambos » en Afrique de l’Est et « mares temporaires » en Afrique
de l’Ouest. Ces dépressions se remplissent au cours de la saison des pluies par la pluie directe
45
et par le débordement de l’eau du lit principal. Les Dambos se différencient des mares
temporaires par la présence d’un couvert herbeux souvent généreux et dense.
Ces dambos ou mares temporaires constituent des zones de pontes et de reproduction
favorables aux moustiques vecteurs de la FVR. Au Kenya, les dambos sont favorables au
genre Aedes (Davies et al., 1985). De la même manière, au Sénégal, les petites mares
temporaires seraient plutôt favorables aux moustiques du genre Aedes, alors que les grandes
mares seraient plutôt favorables au genre Culex (Chevalier et al., 2004b, 2005).
2.6.5. Espèces affectées
L’infection par le virus de la fièvre de la Vallée du Rift se manifeste cliniquement chez
l’animal et chez l’homme par des symptômes variables (tableau II).
Tableau II: Espèces affectées par le virus FVR et sensibilité observée (Swanepoel &
Coetzer, 1996):
Espèces
Espèces réceptives
Mortalité >
Mortalité
70%
entre 10-70 %
Réfractaires
Maladie grave
Espèces
rarement
présentant une
mortelle
séroconversion
Agneaux
Ovins
Humains
Dromadaires
Oiseaux
Chevreaux
Veaux
Bovins
Chevaux
Reptiles
Caprins
Chats
Amphibiens
Buffles africains
Chiens
Chiots
Chatons
Souris
Rats
Certains
rongeurs
Buffles
asiatiques
Singes
Porcs
Anes
46
Dans les conditions naturelles, les ovins sont connus pour être les espèces les plus sensibles,
suivies dans l’ordre décroissant, par les caprins, les bovins, les dromadaires et les buffles
domestiques. En Afrique, les races bovines exotiques sont bien plus sensibles à l’infection
que les races locales (Geering et al., 2003). D’autres espèces animales sensibles ont été
décrites : les antilopes, les buffles du Cap, les singes, les chats, les chiens et les rongeurs. De
même, l’espèce équine est également réceptive car le virus a été isolé du sang de chevaux lors
de l’épidémie égyptienne de 1977. Ces animaux ne développent pas de signes cliniques et le
titre viral y est assez faible, il est donc peu probable que cette espèce soit impliquée dans le
cycle de la FVR (Meegan, 1981).
Jusqu’ici, les camelins étaient considérés comme une espèce peu sensible à la FVR avec une
virémie transitoire (Scott, 1963 ; Davies, 1985 ; Lefèvre, 2003). Les données, acquises en
Mauritanie lors de l’épizootie de Décembre 2010 en Adrar, ont montré que cette épizootie a
occasionné des dizaines de mortalités chez cette espèce. Plusieurs foyers ont été confirmés
par des analyses de laboratoire (El Mamy et al., 2011). Lors des différentes épizooties, le
virus a été isolé une seule fois chez l’espèce cameline lors de l’épidémie de 1977 en Égypte
(Imam et al., 1979). C’est la première fois que le virus a été isolé et séquencé chez cette
espèce (El Mamy et al., 2014b ; Jäckel et al., 2013b).
L’homme est sensible à la FVR. La maladie, souvent considérée bénigne, peut, dans de rares
cas, se manifester par des formes très graves avec des complications sévères (Provost, 1980).
3.
Symptômes et lésions
La durée d’incubation est très variable, de quelques heures, dans la forme suraiguë, à trois
semaines dans la forme subaiguë. Le Code zoo-sanitaire de l’OIE a retenu 30 jours comme
durée maximale (OIE).
Les symptômes varient en fonction de l’âge, de l’espèce atteinte et de la gravité de l’infection.
Chez les ovins, les caprins, les bovins, les camelins et les buffles domestiques, la maladie se
manifeste par des avortements chez les femelles gestantes et une forte mortalité chez les
jeunes. Le taux de morbidité, chez les troupeaux de petits ruminants infectés avoisine les 100
pour cent. Le taux de mortalité peut atteindre 95 pour cent chez les agneaux de moins d’une
semaine, environ 40 à 60 pour cent chez les agneaux sevrés, et 5 à 30 pour cent chez les ovins
adultes. Le taux d’avortement peut aller jusqu’à 100 pour cent (Geering et al., 2003).
47
Sur le plan lésionnel, le foie est l’organe le plus affecté, d’autres organes sont également
touchés (rate, ganglions, intestins). La lésion caractéristique est la nécrose multifocale du
parenchyme hépatique (Lefevre, 2000; Provost, 1980; Tomori and Kasali, 1979).
Chez l’Homme, la gravité de la maladie varie d’un syndrome pseudo-grippal avec fièvre,
céphalées, myalgies et douleurs cervicales, à, dans des rares cas, des formes plus graves
(méningo-encéphalites, fièvres hémorragiques, pathologies oculaires) souvent mortelles
(Geering et al., 2003). En Mauritanie, les formes les plus graves (hémorragiques et
neurologiques) de la FVR ont été rapportées lors des épidémies de 1987 (Philippe et al., 1989;
Riou, O. et al., 1989) et de 1998 (Nabeth et al., 2001). Lors de l’épidémie survenue en Arabie
Saoudite en 2000, on notait un taux élevé d’insuffisance hépatorénale, de la rétinite et une
méningo-encéphalite chez les personnes décédées (Al-Hazmi et al., 2003).
4.
Diagnostic
La mise en évidence du virus de la FVR doit faire partie d’une approche intégrée impliquant
le diagnostic basé sur un examen clinique du cheptel touché, la détection du génome viral (par
RT-PCR ou PCR temps réel), la détection de l’antigène et des anticorps de type IgM ou IgG
par ELISA ou Immunofluorescence. La réalisation de tests virologiques ne sont réalisables
que par des laboratoires spécialisés de type BSL-3 (Biosafety Level 3), en raison du
classement du virus en tant que virus de classe 3.
4.1. Diagnostic clinique
La FVR doit être suspectée lorsqu’il y a un nombre considérable d’avortements dans le
cheptel associé à une mortalité néonatale et à des hépatites nécrosantes puis des cas de fièvre
chez l’Homme (Davies & Martin, 2003). Cependant, le diagnostic clinique reste difficile à
établir, car les symptômes sont peu spécifiques. En effet, de nombreuses pathologies abortives
touchant les bovins et les petits ruminants peuvent avoir une symptomatologie semblable ;
c’est le cas, entre autres, de la brucellose, la fièvre Q, et d’une sous-alimentation. Cependant,
l’existence de vagues d’avortements chez les animaux sensibles, associée à une mortalité
élevée des jeunes au cours d’une période favorable au développement des vecteurs et à un
syndrome fébrile chez les personnes en contact avec ces animaux, doit conduire à une forte
suspicion de la maladie.
4.2. Détection d’anticorps spécifiques du virus de la FVR
La détection des anticorps de type IgM et IgG est possible à partir de 4 à 6 jours d’évolution
clinique de la maladie (Fig.10). La détection des anticorps spécifiques anti-FVR peut se faire
par la technique de séroneutralisation virale nécessitant l’utilisation de lignées cellulaires et la
48
manipulation de virus vivant ou par des tests ELISA. Pour ces derniers, plusieurs tests ont été
mis au point ; ils sont souvent basés sur la protéine N, protéine connue pour être immunodominante ou à partir d’antigènes entiers inactivés et sont à la fois sensibles, spécifiques et
faciles d’emploi (Niklasson et al., 1983; Peters et al., 1989; Fafetine et al., 2007; Van Vuren
et al., 2007; Van Vuren and Paweska, 2009; Paweska et al., 2005, 2007, 2008). Ainsi, à
l’heure actuelle, plusieurs gammes de techniques sérologiques ELISA ont été mises au point.
C’est le cas de l’ELISA indirect utilisant la glycoprotéine G N
comme un antigène de
diagnostic ou par compétition utilisant la nucléoprotéine recombinante pour la détection
spécifique d'anticorps de type IgG (Cêtre-Sossah et al., 2009; Jäckel et al., 2013a; Kortekaas
et al., 2013; Williams et al., 2011). L’intérêt de ces techniques rapides, peu onéreuses et
d’utilisation facile, est évident pour les enquêtes sérologiques en vue d’identifier des zones ou
des périodes à risque et d’éventuels cycles d’amplification. Par ailleurs, des tests ELISA, qui
permettraient de différencier les animaux infectés des animaux vaccinés, sont en cours
d’étude (McElroy et al., 2009).
4.3. Détection du génome viral
Le virus peut être détecté soit à partir de sang ou sérums d’animaux malades, prélevés
pendant la phase fébrile, soit à partir de différents organes (foie, rate, reins, tissus fœtaux). La
détection du virus apporte la preuve de la présence du virus dans l’organisme au moment du
prélèvement.
Comme présenté en figure 10, le virus peut être détecté très rapidement dans la première
semaine qui suit l’infection par immunofluorescence ou par différentes méthodes de biologie
moléculaire (RT-PCR conventionnelle) qui se révèlent extrêmement sensibles (Jupp et al.,
2000; Sall et al., 2002, 2001). Des techniques de PCR temps réel ont également été
développées récemment et sont basées soit sur le gène L (Bird et al., 2007; LaBeaud et al.,
2011b; Le Roux et al., 2009; Peyrefitte et al., 2008), le gène GN (Drosten et al., 2002; Njenga
et al., 2009), le gène N (Näslund et al., 2008) ou le gène NSs (Garcia et al., 2001) soit sur les
3 en même temps (Wilson et al., 2013). Ces techniques peuvent se réaliser à partir de
prélèvements de foie, rate ou cerveau d’avortons et de sang total sur animaux malades.
L’isolement du virus se fait soit sur animaux de laboratoire (hamsters ou souris adultes) par
voies intra-péritonéale et intracérébrale (souriceaux nouveau-nés), soit sur culture cellulaire in
vitro. De nombreuses lignées cellulaires sont utilisées pour isoler le virus notamment les
cellules primaires de rein ou de testicules de mouton, les cellules de lignées (VERO, C6/36,
49
BHK21 (Baby Hamster Kidney)), et les cellules de moustiques de type C6/36 (Aedes
albopictus) (Anderson et al., 1989).
En histopathologie, il est recherché une nécrose hépatocytaire associée à la présence des
inclusions intranucléaires éosinophiles et d’un infiltrat de cellules lymphoïdes (Tomori, 1979 ;
Kane, 2001)
Figure 11: Diagnostic de la FVR associée aux symptômes chez l’homme et l’animal. A :
Cinétique de la virémie et de l’apparition des anticorps anti-FVR chez les animaux, B :
Cinétique des symptômes observés chez les animaux ; C : Cinétique des symptômes observés
chez l’homme d’après Bird et al., 2009.
50
5.
Impact socio-économique de la FVR
Chez l’animal, la maladie entraîne un taux d’avortement élevé, une baisse des productions, et
une mortalité chez les jeunes sans oublier les coûts liés aux mesures de prophylaxie
(vaccination, mesures de biosécurité). Les pertes conséquentes à la FVR peuvent atteindre
70% du cheptel (Davies et al., 2003). En Afrique Australe, en 1950, la FVR a provoqué 100
000 morts et 500 000 avortements chez les ovins (Geering et al., 2003).
L’épidémie égyptienne de 1977 a provoqué un taux élevé d’avortements et de mortalité au
sein du cheptel (Meegan et al., 1979). Elle a affecté un million de personnes et provoqué 2000
cas cliniques dont 600 décès (Lefèvre, 1997). L’épidémie de 1997/98, qui a débuté au Kenya
pour s’étendre en Somalie et en Tanzanie, a fait plusieurs centaines de victimes. Au Kenya
seulement, 27 000 infections ont été rapportées engendrant plus de 200 morts (Woods et al.,
2002). L’épidémie de 1987, en Mauritanie, a touché plusieurs milliers de personnes et
entraîné plusieurs centaines de morts (Jouan et al., 1988). En plus de ces pertes économiques
et en vies humaines, d’autres répercussions économiques (mesures sanitaires exceptionnelles,
embargo sur les exportations, …) sont également considérables (Soumare et al., 2007).
L’épidémie de 2000 en Arabie Saoudite a fait 882 cas confirmés avec 124 décès (Balkhy and
Memish, 2003). Elle a également causé 1087 cas dont 121 décès au Yémen. Les épidémies de
2010 et de 2012/2013 en Mauritanie ont fait respectivement 13 et 19 décès et des centaines de
malades en plus de d'une mortalité et d'un taux d'avortement élevés au niveau du cheptel (EL
Mamy et al. 2011 et 2014a ; Caminade et al. 2014).
6.
Moyens de lutte et de contrôle
6.1. Traitement et prophylaxie
Comme la plupart des maladies virales, il n’existe pas de traitement spécifique contre le virus
de la FVR. Un traitement symptomatique est instauré chez l’homme dans les cas sévères pour
améliorer l’état général du patient.
Chez les animaux, les moyens de lutte contre cette maladie sont basés sur la prophylaxie et
l’application des mesures de biosécurité.
Pour la prophylaxie médicale, deux catégories de vaccins sont disponibles et présentent des
avantages, Mais chacune des catégories a une contrainte principale qui a limité son usage à
grande échelle. En effet, d’un côté, il y a les vaccins vivants atténués, représentés par la
souche « Smithburn », qui confère une immunité de longue durée, après une seule inoculation.
Cependant, cette souche conserve un effet abortif et tératogène résiduel chez les femelles
51
gestantes ; ce qui rend son utilisation délicate dans les zones non régulièrement touchées par
la maladie (Shimshony and Barzilai, 1983a). Deux autres vaccins atténués ont vu le jour plus
récemment : le clone MP12 et le Clone 13 (Caplen et al., 1985; Dungu et al., 2010)
De l’autre côté, il y a les vaccins de type inactivés qui n’entraînent pas d’effets secondaires,
Mais leur faible immunogénicité exige un protocole vaccinal plus contraignant : deux primovaccinations à quelques semaines d’intervalle, puis un rappel annuel.
Le détail des différents types de vaccins seront décrits ci-dessous en fonction de leur
conception.
a)
Les vaccins inactivés
Un vaccin inactivé au formol, à usage humain et désigné par TSI-GSD-200, a été produit aux
Etats-Unis (Randall et al., 1964, 1962) . Son utilisation est restée expérimentale pour les
vétérinaires et les personnels des laboratoires à fort risque d’exposition au virus malgré que
son immunogénicité ait été prouvée (Pittman et al., 1999)
Un vaccin inactivé au formol, à usage vétérinaire, a été développé Mais son administration
nécessite 3 inoculations successives espacées de 1 à 2 mois suivie d’un rappel annuel
(Barnard, 1979; Barnard and Botha, 1977; Harrington et al., 1980).
52
b)
Les vaccins atténués par passage in vitro, in vivo ou sur support
cellulaire
-
La souche neurotrope Smithburn a été et reste encore largement employée. Il s’agit
d’une souche isolée en Ouganda (Entebbe), neuro-adaptée par passage intracérébral chez des
souriceaux nouveau-nés et des œufs embryonnés (Shimshony and Barzilai, 1983). Toutefois,
ce vaccin entraîne des effets tératogènes chez 15 % des brebis gestantes avec des anomalies
du système nerveux central chez les fœtus (Shimshony and Barzilai, 1983b).
-
La souche MVP12, obtenue par mutagenèse d’une souche virulente isolée en Egypte
(Zagazig 548) en 1977, elle semble induire une bonne immunité (Caplen et al., 1985; Saluzzo
and Smith, 1990). Elle présente des mutations dans chacun des trois segments du génome
viral et pourrait être utilisée aussi bien chez les ruminants adultes que chez les jeunes animaux
(Morrill et al., 1997a, 1997b). Toutefois, elle provoque des effets abortifs et tératogènes chez
les brebis gestantes (Hunter et al., 2002)et elle est neuro-virulente pour les singes inoculés par
voie intracérébrale (Morrill and Peters, 2003).
-
Le Clone 13 est un virus naturellement atténué et possédant une large délétion dans le
gène NSs à l’origine de son avirulence et rendant improbable toute réversion vers un
phénotype virulent. Il est fortement immunogène pour la souris et le mouton et son
inoculation est sans effet nocif chez la brebis gestante. Ce Clone 13 serait un bon candidat
vaccin (Dungu et al., 2010; Kortekaas et al., 2014; Le Coupanec et al., 2014; Muller et al.,
1995, 1995; von Teichman et al., 2011)
De même, le virus dépourvu des gènes NSs et NSm, hautement atténué , confère une bonne
immunité et permet d’identifier les animaux vaccinés des animaux infectés (Bird et al.,
2008a)- La souche R566, un ressortant associant le segment S du clone 13 et les segments M
et L du MVP12 est également un candidat sérieux (Bouloy and Flick, 2009)
c)
–
Les vaccins de nouvelle génération
Les vaccins basés sur la génétique inverse : La manipulation des génomes des virus à
ARN négatif permet de générer des virions infectieux à partir de cDNAs clonés par génétique
inverse (Bouloy and Flick, 2009; Habjan et al., 2009). Ces procédés de génétique inverse ont
révolutionné l’étude de l’expression des gènes viraux et ont permis de mieux comprendre le rôle
des protéines de régulation durant les étapes de transcription/réplication et d’identifier les
composants viraux interagissant avec la cellule hôte. Les avancées de génétique inverse
devraient permettre de construire des virus modifiés, conduisant à de nouvelles perspectives pour
produire des vaccins efficaces et inoffensifs (Murakami et al., 2016 ; Wichgers et al., 2014,
53
Ikgami, 2012). Le clone 13, un clone naturellement atténué, est un vaccin prometteur qui a été
utilisé lors de l'épidémie de 2009-2010 en Afrique du Sud, et qui a joué un rôle clé dans le
contrôle de la maladie. Il a été déjà testé dans certains pays comme le Sénégal ou le Maroc
(Lecoupenac et al., 2014 ; Lo et al. 2015). Cependant l’innocuité du clone 13 sur les femelles
gestantes est parfois discutée (Makoshey et al., 2016).
–
Les VLPs (virus-like particles): les gènes codant pour la nucléocapside ou les
glycoprotéines majeures contre lesquelles la réponse immune de l’hôte est dirigée peuvent
également être clonés dans un vecteur (bactérie, virus) tel que le système baculovirus très utilisé
pour la production de structures protéiques reconstituant le virus VLPs) (de Boer et al., 2010;
Habjan et al., 2009; Näslund et al., 2008).
–
Les vaccins recombinants : le système des vaccins recombinants adénoviraux ou
alphaviraux a également été très largement testé Mais reste à l’état de recherche et n’est pas
commercialisé (Heise et al., 2009; Holman et al., 2009). Des recombinants poxviraux ont
également été très récemment construits à partir du virus de la vaccine (Kakach et al., 1988)ou
de capripoxvirus (Ayari-Fakhfakh et al., 2012; Wallace et al., 2006; Wallace and Viljoen, 2005).
Un paramyxovirus a été aussi récemment étudié comme candidat vecteur de recombinaison
vaccinale pour la FVR (Kortekaas et al., 2010)
–
La vaccination par ADN est une stratégie qui a été abordée dans le cas de la FVR. Les
constructions ont induit une immunogénicité chez les souris dans certains cas (Lagerqvist et al.,
2009; Lorenzo et al., 2010) et beaucoup moins dans d’autres (Spik et al., 2006). Des
combinaisons d’ADN nu et de constructions basées sur les alphavirus semblent donner une
bonne protection (Bhardwaj et al., 2010).
6.2. La surveillance
Les épidémies de FVR sont le plus souvent précédées d’une phase d’amplification virale
pouvant être mise en évidence par des outils de surveillance habituels (enquêtes sérologiques
répétées dans les zones à risque). Cette amplification pré épidémique a été observée avant
l’épizootie au Soudan de 1973 à 1976 (Eisa et al., 1980), celle d’ Egypte, 1977-78 (Meegan,
1979) et celles la Mauritanie en 1987 et 1998 (Saluzzo et al., 1987, 1985; Zeller et al., 1995)
La surveillance peut être passive ou évènementielle au sein de laquelle l’alerte est souvent
déclenchée par l’éleveur. Cela nécessite la sensibilisation et la vulgarisation au sein des
différentes communautés d’éleveurs pour améliorer la sensibilité de cette surveillance
(Shabani et al., 2015).
54
Cette surveillance peut être renforcée dans les zones à risque par une surveillance
programmée basée sur une recherche systématique d’informations selon un échantillonnage
représentatif du système étudié.
La surveillance « passive » par les animaux sentinelles est également utilisée pour apprécier
l’intensité de la circulation du virus dans une zone infectée ou pour la détection précoce dans
une zone indemne (Toma, 2009).
La sensibilité d’un système de surveillance est évaluée par la détection précoce des cas
animaux pour éviter ou limiter les cas humains. Ceci nécessite :

Un maillage serré des zones à surveiller

Des acteurs (éleveurs, auxiliaires, vétérinaires) capables de déclarer des suspicions

Des moyens de diagnostic rapides et spécifiques

Une communication formalisée entre SV et de santé humaine, suivie d’actions rapides

(Information du public, plan de prévention. . .)

L’existence d’un plan de contingence (Lancelot, 2014)
6.3.
Prédiction des épidémies par la modélisation
Le contrôle des maladies vectorielles constitue aujourd’hui un enjeu majeur. Ce contrôle
passe par la compréhension des mécanismes de transmission de la maladie, qui sont
généralement complexes du fait du mode de transmission indirect des maladies à transmission
vectorielle faisant intervenir de nombreux acteurs : plusieurs vecteurs impliqués dans le cycle
de transmission, éventuellement plusieurs hôtes, ou la présence d’un réservoir (population,
vertébrée ou invertébrée, assurant le maintien de l’agent infectieux dans la nature (Rodhain et
Pérez-Eid, 1985)).
Il est donc important d’établir des modèles pour ces maladies vectorielles dont l’objectif est
de décrire la distribution spatiale des vecteurs, des animaux sensibles ou de la maladie, afin
d’identifier et cartographier les zones à risque de manière à ce que les efforts de contrôle et les
stratégies d’intervention soient les plus efficaces et les plus ciblés possible.
La modélisation est actuellement utilisée à grande échelle pour le contrôle de certaines
maladies vectorielles telles que la fièvre catarrhale ovine (FCO) dans le bassin méditerranéen
(Tran et al., 2005), la fièvre du Nil occidental (West Nile) aux Etats-Unis (Glaser, 2004) ou la
trypanosomiase animale en Afrique (Bouyer et al., 2006).
55
Au fil des années, les progrès techniques réalisés en imagerie satellitaire ont permis
l’utilisation d’images ayant une résolution spatiale de plus en plus fine. Il est ainsi désormais
possible d’élaborer des modèles à haute résolution à partir d’images satellites SPOT13 (taille
du pixel de 5 à 20 m), Ikonos (1 m) ou QuickBird (60 cm) (Tran et al., 2005).
Parmi les modèles dédiés aux maladies vectorielles, on distingue deux familles (Soti, 2011):
-
Les modèles basés sur l’analyse statistique des données épidémiologiques et
environnementales par une approche statistique. Ce modèle est utilisé pour étudier les
relations entre l’environnement et la maladie, ou l’environnement et le vecteur de la maladie.
-
Les modèles basés sur les processus permettant de décrire les mécanismes
d’émergence/ou de transmission de la maladie.
En Afrique de l’Est et en Afrique Australe, l’occurrence des foyers de FVR est liée à des
indicateurs climatiques (température de surface de l’Océan Indien) liés au phénomène El Niño
et à l’occurrence de fortes pluies automnales (Davies et al., 1985 ,1992 ; Linthicum et al.,
1999). L’indice de végétation par différence normalisée, noté NDVI (Normalized Difference
Vegetation Index), connu pour être un bon indicateur de la biomasse végétale au sol, pourrait
également être une mesure indirecte efficace pour détecter les évènements pluvieux et donc
les périodes à risque de FVR (Linthicum et al., 1987 ; Anyamba et al., 2001 ; Glancey et al.,
2015). C’est également un bon indicateur de l’état d’inondation des dambos, considéré
comme l’étape préliminaire à une épizootie de FVR (Linthicum et al., 1990).
Les modèles concernant l’Afrique de l’Est, et plus particulièrement ceux développés au
Kenya, ont abouti à la mise en place d’un système d’alerte de foyers de FVR pour l’Afrique
de l’Est utilisé par la FAO (Meynard et al., 2003, Soti, 2011).
Ces modèles sont utilisés par la FAO et l’OMS pour fournir aux pays touchés une stratégie de
contrôle coordonnées et intégrée avant, durant et après l’épizootie/épidémie (FAO/WHO,
2009).
Grâce à ces modèles il a été possible de prédire l’épidémie de 2006/2007 au Kenya avec des
délais de deux à 4 mois avant l’occurrence de l’épizootie (Anyamba et al., 2010), soit un
temps permettant au moins de réduire les impacts humains.
La FAO et l'OMS travaillent actuellement sur la définition de lignes directrices communes
pour les pays dans le but d’améliorer le niveau de préparation et la capacité d'intervention
rapide aux flambées de FVR. L'alerte précoce basée sur la modélisation et la prévision de la
FVR est cruciale dans cette approche car elle peut fournir un délai de temps suffisant pour
56
prendre des mesures préventives avant que l'amplification du virus ne soit hors de contrôle
(FAO/WHO, 2009).
L’efficacité des modèles prédictifs basés sur le surplus pluviométrique n’a pas été aussi
évidente en Afrique de l’Ouest qu’elle ne l’est en Afrique de l’Est (Ndione et al., 2003; Zeller
et al., 1997). Cependant, des études, menées dans des zones limitées comme la zone de
Barkédji, au nord du Sénégal , ont montré que la présence et les caractéristiques des points
d’eau structurent la distribution spatiale des principaux vecteurs de la FVR et du risque de
transmission dans le nord Sénégal (Chevalier et al., 2004b; 2005, 2009, Pin-Diop, 2006; Soti,
2011). En outre, les épidémies, survenues en Mauritanie en 2010 et 2012, ont probablement
été étroitement liées à la pluviométrie (Caminade et al., 2014; El Mamy et al., 2011). Ces
résultats pourront être mieux étayés grâce aux nouveaux modèles prédictifs dédiés à la zone
sahélienne (Giannini et al., 2013). Ces modèles se basent sur le fait que les conditions de
sécheresse, dans le Sahel, se produisent à des périodes où les océans de l’hémisphère sud et de
l’Océan Indien du nord sont plus chauds que les océans restant de l’hémisphère nord. C’est le
passage à cette configuration de la température qui est maintenant largement accepté comme
étant responsable de l’installation de l’aridité dans le Sahel à la fin des années 1960 (Giannini
et al., 2003). Ces modèles sont orientés sur l'influence des océans sur le climat de cette région,
sur l’appréciation de la température de surface de l’Océan atlantique Nord et Sud.
Le
refroidissement de l'Atlantique Nord par rapport à l'Atlantique Sud qui a caractérisé la fin du
20ème siècle a contribué à l'assèchement du Sahel. La tendance s’est inversée ces dernières
années marquées par le réchauffement de l'Atlantique Nord par rapport aux océans tropicaux
mondiaux (Giannini et al., 2013 ; Salack et al., 2013).
Même s’il y a des modèles alarmistes en terme de déficit pluviométrique (Held et al., 2005),
le scénario le plus plausible à court terme est que cette tendance au réchauffement de
l’Atlantique Nord va se maintenir encore entraînant un climat plus pluvieux au Sahel
(Giannini et al., 2013; Giannini et al., 2003)
Ces modèles prédictifs, en Afrique de l’Est ou au Sahel, représentent potentiellement un outil
important pour les organisations locales, nationales et internationales impliquées dans la
prévention et le contrôle des maladies animales et humaines, en permettant la mise en œuvre
ciblée et en temps opportun des stratégies de contrôle de la maladie plusieurs mois avant une
épidémie.
57
Chapitre III : La fièvre de la Vallée du Rift en Mauritanie et dans la sous-région
La fièvre de la Vallée du Rift a été suspectée en Afrique de l’Ouest au cours des années 1940.
Plusieurs foyers ont été signalés depuis l’épidémie majeure de 1987 ayant lieu à la frontière
du Sénégal et de la Mauritanie. A rappeler cependant que les premières enquêtes sérologiques,
réalisées entre 1981 et 1986, ont mis en évidence une importante circulation du virus de la
FVR dans le Sud de la Mauritanie avec une séropositivité de 17,8 % chez les petits ruminants
et de 13,3% chez des éleveurs (Saluzzo et al., 1987). Avant 1987, bien que la circulation du
virus de la FVR soit mise en évidence dans toute les zones d'élevage de Mauritanie et plus
largement dans tous les pays de la sous-région ouest-africaine (Saluzzo et al., 1985 ; Saluzzo
et al., 1987 ; Digoutte et al., 1985), ce virus n'avait, semble-t-il, jamais provoqué de flambée
épidémique en Afrique de l'Ouest.
Ce n’est qu’au cours de l'hivernage 1987 qu’une épizootie de FVR a touché la basse et la
moyenne vallée du fleuve Sénégal entraînant une vague d’avortements chez les ruminants et
une mortalité élevée chez les jeunes animaux. Cette flambée a été suivie, quelques semaines
plus tard, dans cette même zone, par une épidémie qui a entraîné la mort de plusieurs
centaines de personnes. L’étendue géographique de l’épidémie, par rapport à la ville de
Rosso, s’est étendue jusqu’à Keur Masséne à l’Ouest (63 km), Tiguent au Nord (90 km),
Mbout à l’Est (325 km) en passant par Rkiz et Boghé (Jouan et al., 1988, 1990 ; Lancelot et
al.,1989). L’épizootie a également touché l’axe frontalier avec le Sénégal, notamment l’axe
Saint-Louis-Podor. Cette épidémie est probablement due aux changements hydro-écologiques
survenus à la suite de la mise en eau du barrage de Diama sur le fleuve Sénégal en 1987
(Jouan et al., 1990)
Par la suite, deux foyers de FVR ont été observés, en 1993, dans les régions du Gorgol et du
Guidimakha en Mauritanie et dans la région de St-Louis au Sénégal (Fontenille et al., 1998).
Une étude de prévalence de la FVR, conduite en Mauritanie en 1993, conclut à une reprise de
la circulation du virus dans les régions du Gorgol, de l’Assaba et du Hodh El Gharbi
(Schneegans, 1999).
En 1998, une deuxième épidémie a affecté la région du Hodh El Gharbi, à environ 800 km de
la zone des foyers de 1987. Cette épidémie a provoqué six décès (Nabet et al., 2001). Après,
la reprise de la circulation du virus en 2003 la maladie s’est manifestée par une épidémie dans
une zone où on l’attendait le moins, en l’occurrence la région de l’Adrar au Nord de la
58
Mauritanie (El Mamy et al., 2011). Moins de deux années plus tard, une nouvelle épidémie, la
plus étendue de l’histoire de la Mauritanie a sévi dans les régions des deux Hodhs de
l’Assaba, du Tagant, du Brakna et du Gorgol. Elle a causé la mort de 19 personnes et des
pertes énormes notamment dans les cheptels de petits ruminants et des camelins.
Dans la sous-région, des preuves sérologiques et virologiques ont montré que le virus est
présent au Nigeria (Adeyeye et al., 2011). De même, une étude longitudinale, réalisée entre
1985 et 1989, sur plus de 461 sérums humains, a montré une positivité de 23% (107/461) en
IGM (Olaleye et al., 1996). En Guinée, le virus a été isolé chez les chauves-souris (Boiro et
al., 1987; Butenko, 1996; Konstantinov et al., 2006) mais peu d’informations sont disponibles
sur la situation de la maladie dans ce pays. En Sierra Leone, l’analyse de sérums de patients,
admis pour des cas de fièvre et qui étaient négatifs pour la malaria et la fièvre Lassa, a révélé
que 25% de ces sérums étaient positifs en IgM pour des maladies vectorielles dont la FVR
(Schoepp et al., 2014).
Sur l’introduction du virus en Mauritanie, une étude rétrospective, sur les données de 1944 à
2008, obtenues à partir de 18 localités du Sénégal et de la Mauritanie et de 15 autres pays, a
révélé qu’il y a eu au moins cinq introductions du virus de la FVR au Sénégal et en
Mauritanie à partir d’autres régions d’Afrique notamment de l’Ouganda (Soumaré et al.,
2012). Cette étude a montré également que la zone de Barkédji au Sénégal est peut-être la
plaque tournante en étant associée à trois entrées distinctes du virus. Néanmoins,
l’introduction du virus de la FVR en Mauritanie n’a pas encore été élucidée de manière
précise. Selon Jouan et al. (1990), les provinces du Sud du pays sont connues infectées depuis
longtemps par le virus, car l’hépatite infectieuse du bétail y a été décrite depuis 1940. Ce sont
ces provinces qui approvisionnent principalement le marché de Nouakchott, le Trarza et le
Nord du Sénégal en petits ruminants. C’est dans cette zone que le virus de la FVR a été isolé,
pour la première fois, en 1974, à partir de lots d’Aedes dalzieli capturés dans la région de
Kédougou (Digoutte et al., 1974). Considérant la nature des échanges dans cette zone et avec
la Mauritanie, une introduction du virus à partir du Sénégal n’est pas exclue. Il est probable
que le virus ait été ainsi importé à Rosso en 1987. L’ensemble de ces données a fait l’objet
d’une publication dans le Bulletin Epidémiologique de l’ANSES (cf. ci-dessous) dont
l’accessibilité est prévue en juin 2016 sur le site http://bulletinepidemiologique.mag.anses.fr/
(Arsevska et al., 2016).
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
En résumé, la FVR est bien installée en Mauritanie et dans certains pays de l’Afrique de
l’Ouest. Ainsi, plusieurs foyers d’intensité et de gravité variables ont été notés. L’apparition
de ces foyers est certes liée à des facteurs et des mécanismes non encore élucidés. C’est
pourquoi une seconde partie est consacrée à la compréhension des mécanismes d’émergence
et de diffusion du virus de la FVR en Mauritanie entre 2010 et 2013.
69
SECONDE PARTIE : Compréhension des mécanismes d’émergence et de
diffusion du virus de la FVR en Mauritanie entre 2010 et 2013
La seconde partie de ce manuscrit est composée de 4 chapitres distincts visant à mieux
comprendre les mécanismes d’émergence et de diffusion du virus de la FVR en Mauritanie
entre 2010 et 2013. Le premier chapitre (Chapitre I) décrit l’épidémie inattendue dans le Nord
du pays en 2010, le second (Chapitre II) mentionne le rôle du dromadaire dans cette même
épizootie de 2010 avec des résultats présentés sous forme d’un article déjà publié (EL Mamy
et al., 2014a). La description de l’épizootie/épidémie de 2012/2013 en lien avec les mobilités
animales et les facteurs environnementaux fait l’objet du troisième chapitre (Chapitre III).
Enfin, le dernier chapitre tentera d’apporter des réponses quant à la gestion et la surveillance
de la FVR afin de mieux anticiper le risque d’émergence de la FVR en Mauritanie.
Chapitre I : Occurrence d’une épidémie inattendue dans le Nord du pays
Ce premier chapitre détaille l’épidémie survenue en Octobre 2010 dans une zone
géographique qui était, pour le moins inattendue, compte tenu de son climat désertique. En
effet, l’épidémie est apparue dans les deux régions de l’Adrar et de l’Inchiri (fig. 11), mais
dans cette dernière, la maladie était limitée à des foyers chez les petits ruminants. C’est
pourquoi la région de l’Adrar sera plus amplement étudiée, car les conséquences cliniques y
étant plus graves.
L'Adrar est la 7e région (ou Wilaya) administrative de la Mauritanie. Située au cœur du pays,
elle doit son nom au plateau de l'Adrar qui domine une région désertique relativement plate –
le mot adar désignant « une montagne » ou une « crête montagneuse » en langue berbère. Le
climat de l'Adrar est de type désertique –saharien, sec et chaud. Les températures estivales
(Juillet-Septembre) sont généralement comprises entre 28 et 38 °C, Mais elles peuvent
atteindre 46-48 °C. Au cours d'une même journée, l'amplitude est souvent forte, couramment
de l'ordre de 20 °C.
C’est une zone de culture oasienne. Elle est célèbre par ces palmiers dattiers qui attirent,
chaque année, des milliers de visiteurs venus de tout horizon pour la saison de la cueillette des
dattes ou « Guetna » en langue Hassanya. Ces palmiers sont implantés sur des reliefs
diversifiés (Fig.12).
70
Figure 12: Régions touchées par l’épidémie de FVR en 2010
Figure 13: Ecosystème des palmiers de l’Adrar
71
Sur le plan pluviométrie, l’Adrar est généralement une région très peu approvisionnée en eau
recevant en moyenne moins de 100 mm par an. Cependant, durant l’année 2010, la
pluviométrie enregistrée a été inhabituelle. D’après le témoignage de personnes âgées,
rencontrées sur le terrain, ce niveau de pluie n’a jamais été enregistré en Adrar depuis les
années 1950, information confirmée par les relevés pluviométriques au niveau d’Atar entre
1950 et 2010 (Fig. 13).
Figure 14: Précipitations totales (en mm) à Atar (région d’Adrar), de 1950 à Oct. 2010.
Source: CLIMPAG / FAOClimNet and meteorological service of the Ministry of Rural Development,
Mauritania.
Avec cette pluviométrie exceptionnelle, le paysage de la zone s’est transformé, le sol est
devenu vert et le pâturage abondant. La disponibilité d’un pâturage de qualité a entraîné la
convergence, vers cette zone, d’effectifs importants d’animaux (Dromadaires et petits
ruminants) à partir des zones du sud et sud-est du pays. Ces troupeaux ont été conduits à pied
ou plus souvent par camions.
Peu de temps après les premières pluies très abondantes, les différents éléments favorables au
déclenchement d’une épidémie de FVR étaient présents de façon concomitante : la présence
de mares à leur plus haut niveau grâce à l’abondance des eaux pluviales , une pullulation de
moustiques vecteurs, et une densité élevée d’animaux sensibles non immunisés. Les
72
conséquences révélatrices de ces conditions favorables ont été l’apparition d’une série
d’avortements de grande ampleur ainsi que le diagnostic de cas cliniques humains avérés de
FVR (EL Mamy et al., 2011).
La méthodologie des investigations et les résultats sérologiques relatifs aux animaux affectés
(petits ruminants, dromadaires), en lien avec leur distribution géographique, ont été présentés
dans l’article EL Mamy et al., publié dans Emerging Infectious Diseases, 2011, 17 (10) :
1894-1896 et présenté ci-dessous.
73
74
75
76
Depuis son épisode fatal de 1987, dans la région du Trarza, la FVR est considérée enzootique
en Mauritanie avec, par ailleurs, des épidémies en 1998,dans la région du Hodh EL Gharbi, en
2003, dans les régions du Brakna, Gorgol et du Tagant, 2010 en Adrar et 2012/2013 au
niveau des régions de l’est et du sud-est. Malgré la répartition géographique et donc la
circulation virale de 2003 assez étendue, rien ne laissait prédire une circulation possible ou
une extension de foyers de cette maladie au nord de la Mauritanie. En effet, compte tenu de ce
qui était considéré comme conditions favorables à l’apparition de la FVR, différents facteurs
n’étaient pas en faveur d’une telle explosion de cas cliniques : i/le climat chaud et sec, ii/la
présence de l’espèce animale prédominante (le dromadaire). Le rôle de ces facteurs, dans
l’épidémiologie de la FVR, n’était, jusqu’ici, considéré que comme secondaire (Swanepoel et
al.1996). Cette considération prend toute sa valeur dans le contexte de « changements
climatiques » observé dans notre cas, en Mauritanie sauf pour le cas du dromadaire, considéré
d’alors comme peu sensible à l’infection par le virus responsable de cette maladie. En effet,
au cours de l’hivernage 2010, la zone de l’Adrar a reçu de grosses quantités d’eau qu’elle n’a
jamais reçu depuis une cinquantaine d’années comme le montre le relevé de la ville d’Atar
(Fig. 13). Cette abondance d’eau a changé le biotope de la zone, habituellement sèche et
pauvre en pâturage, qui s’est transformée en zone verte de pâturages et remplie de mares
d’eau étendues, favorisant l’arrivée massive de troupeaux avec une prédominance de
dromadaires.
La particularité de cette épizootie/épidémie, dans la région de l’Adrar, réside dans le fait qu’il
s’agit de la première description de la FVR dans cette zone. Ainsi, se pose la question de
l’origine de ce virus ? Deux hypothèses sont évoquées :
-
la plus plausible est que, durant le mouvement des animaux (dromadaires et petits
ruminants) du Sud vers le Nord, avec un temps de trajet relativement court, les
animaux hébergeaient déjà le virus sous forme latente.
-
la seconde est, qu’en 2003, année également considérée comme pluvieuse et
caractérisée par une circulation virale intense avec des foyers de FVR dans le Sud,
le virus aurait circulé dans l’Adrar, grâce à la transhumance des animaux infectés
venant du sud, avec une intensité plus faible ne permettant pas de déclencher une
épidémie, mais suffisante pour que des moustiques du genre Aedes le transmettent,
par voie verticale, à leurs œufs qui seraient restés latents jusqu’en 2010.
77
Pour continuer dans la compréhension des mécanismes d’émergence et de diffusion de virus,
et notamment l’origine du virus de la FVR responsable de l’épizootie/épidémie 2010, le
chapitre II explicite l’implication de l’espèce cameline dans cette épidémie de 2010 dans la
région de l’Adrar.
78
Chapitre II : Implication du dromadaire dans l’épidémie de 2010
Il a été déjà rappelé le contexte dans lequel est apparue l’épidémie de 2010 en Adrar dans le
chapitre précédent. La recherche de l’implication de l’espèce cameline dans cette épidémie
n’est pas dans le but de culpabiliser cette espèce précieuse et vitale pour les populations du
Nord du pays, mais plutôt dans le sens de mieux comprendre les mécanismes de diffusion de
la FVR afin de mieux protéger, entre autres, cette espèce dont la sensibilité vis-à-vis de la
FVR est sous-estimée ou méconnue.
Jusqu’à très récemment, la confirmation d’un foyer de FVR en Mauritanie reposait sur la
détection d’anticorps de type IgM dans les sérums d’animaux suspects au CNERV. Ce
résultat permet, en effet, aux services vétérinaires à la fois de confirmer la suspicion du foyer
de FVR et de déclarer une notification à l’OIE.
Lors de l’épizootie de 2010, par manque de réactifs au CNERV, 35 sérums ont été envoyés au
laboratoire national d’élevage et de recherches vétérinaires (LNER) de l’ISRA à Dakar
(Sénégal) où un diagnostic moléculaire par PCR et un isolement viral ont été réalisés et puis
le séquençage du virus a été fait, plus tard, au CIRAD, Montpellier (France).
Ainsi, la détection du génome viral au LNERV, par les techniques de Sall et al. 2001 et de
Bird et al 2007, a permis de révéler 7 échantillons positifs (2 chèvres et 5 dromadaires) parmi
les 32 échantillons testés (tableaux III). Parmi les 7 sérums positifs, 5 (1 chèvre et 4
dromadaires) ont été acheminés, conformément à la réglementation en vigueur de l’ANSM
(Tableau IV) pour séquençage complet des segments S et M au CIRAD (UMR CMAEE,
Montpellier). Sur les 5 échantillons analysés au CIRAD, les 4 issus des dromadaires se sont
révélés positifs aussi bien en RT PCR qu’en isolement alors que celui de la chèvre s’est
révélée négatif en RT PCR mais faiblement positif (non spécifique) en isolement (tableau IV).
79
Tableau III: Résultats des sérums de Mauritanie par PCR et Isolement viral à LNERV
N°
Echantillon
Espèce
Résultats PCR
Résultats Isolement
1
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
2
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
3
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
4
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
5
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
6
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
7
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
8
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
9
Sérum
Chèvre
Négatif
Positif
10
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
11
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
12
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
13
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
14
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
15
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
16
Sérum
Chèvre
Négatif
Positif
17
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
18
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
19
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
20
Sérum
Chèvre
Négatif
Négatif
21
Sérum
Dromadaire
Positif
Négatif
22
Sérum
Dromadaire
Positif
Négatif
23
Sérum
Dromadaire
Négatif
Négatif
24
Sérum
Dromadaire
Positif
Positif
25
Sérum
Dromadaire
Négatif
Négatif
26
Sérum
Dromadaire
Négatif
Négatif
27
Sérum
Dromadaire
Négatif
Négatif
28
Sérum
Dromadaire
Positif
Négatif
29
Sérum
Dromadaire
Négatif
Négatif
30
Sérum
Dromadaire
Positif
Positif
31
32
Sérum
Sérum
Dromadaire
Chèvre
Négatif
Négatif
Négatif
Négatif
80
Tableau IV: Résultats des analyses réalisées au CIRAD.
No CIRAD
N°LNE
RV
Origine
Espèce/Lieu
Date
isolement
RT PCR
sur sérum
Isolement
(ECP+)
Lnerv/
24010-16
S 16
Sérum
Chèvre
6/10/2010
Négatif
Lnerv/
25010-24
S 24
Sérum
6/10/2010
POSITIF
Lnerv/
25010-30
30
Sérum
6/10/2010
POSITIF
POSITIF
Lnerv/
26010-Yk7
7
Sang
8/10/2010
POSITIF
POSITIF
Lnerv/
26010-30
SN
Sérum
Dromadaire
Site de AoujeftLocalité
Lemsayddi
Dromadaire
Site de AoujeftLocalité
Lemsayddi
Dromadaire
Site AtarLocalité Agjadt
Dromadaire
Site AtarLocalité Agjadt
Faiblement
POSITIF (non
spécifique)
POSITIF
8/10/2010
POSITIF
POSITIF
Les analyses moléculaires et phylogénétiques, réalisées sur 5 isolats viraux, sont présentées
dans l’article Ould El Mamy et al., publié dans Vector Borne and Zoonotic Diseases, 2014, 14
(12) : 856-861 présenté ci-dessous.
81
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84
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86
87
L’épidémie de 2010 vient enrichir la compréhension de l’épidémiologie de la FVR à travers
l’influence du changement climatique au Nord de la Mauritanie et l’implication du
dromadaire. L’épidémie est apparue dans une zone désertique initialement hostile au
développement des moustiques. Cette zone s’est transformée par l’effet du changement
climatique en un écosystème favorable à l’émergence de la FVR.
Lors de l’apparition de la FVR dans la région de l’Adrar, des signes cliniques et une mortalité
élevée ont été observées chez le dromadaire. Les investigations ont permis, pour la première
fois, d’isoler et de séquencer le virus de la FVR chez cette espèce.
Le risque d’apparition d’une épidémie de la FVR, dans une zone comme l’Adrar, était
considérée comme négligeable. En effet, le rôle épidémiologique du dromadaire, dans les
différentes épizooties/épidémies dans le monde, a été toujours considéré comme un rôle de
second plan par rapport aux autres espèces que sont les ovins, les bovins ou les caprins. Noter
quand même que le dromadaire est connu comme une espèce sensible à la FVR (Kamal,
2011) et des prévalences sérologiques par fois élevées (15 à 57%) ont été rapportées à
plusieurs reprises chez cette espèce au Kenya (Davies et al. 1985, Britch et al. 2013), au
Maroc (El Harrak et al., 2011).
Par ailleurs, le virus a été également isolé sur des dromadaires apparemment sains en Egypte
lors de l’épisode de 1997 (Imam et al., 1979).
Le rôle épidémiologique de l’espèce cameline dans les épidémies est donc resté incertain
pendant un certain nombre d’années.
De nos travaux, nous pouvons émettre l’hypothèse de l’existence d’un lien direct entre
l’isolement viral en phase de virémie et l’observation de signes cliniques chez les dromadaires
lors de l’épidémie de 2010. L’implication du dromadaire est encore étayée par les faits relatés
par les proches des premières personnes décédées lors de cette épidémie. En effet, les
premiers cas cliniques observés correspondaient à un groupe de personnes ayant dépouillé,
transporté ou consommé de la viande d’un dromadaire malade (El Mamy et al.,2011).
Par ailleurs, pour tenter d’apporter une réponse à la question de recherche initiale visant à
identifier l’origine de la circulation virale lors du foyer de 2010, un ensemble de 50 souches
de FVR publiées (Segments S et M complets) a été aligné. Les analyses phylogénétiques par
la méthode du Maximum de vraisemblance permettent de suggérer l’existence d’un ancêtre
commun entre la souche de dromadaire identifiée « 25010_24 Mauritania 2010 » et celles du
88
Zimbabwe identifiées “2269, 763 and 2373”, du Kenya (155_57 and 56IB8), d’Afrique du
Sud (Kakamas, SA75 et SA51VanWyck), et d’Ouganda (Entebbe), et d’autres souches liées
aux foyers de FVR de Mauritanie de 1987 (OS1, OS3, OS8, and OS9) (El Mamy et al.,
2014a). Les signatures en acides aminés démontrent le fait que la souche « Mauritania 2010 »
est proche des 4 souches de Mauritanie de 1987, la souche 2269_du Zimbabwe de 1974 (huit
mutations) et celles d’Afrique du Sud (VanWyck_South Africa 1951 and Kakamas_South
Africa 2009 (neuf mutations). Ces analyses ne sont pas en complet accord avec ce qui a été
décrit pour les souches virales humaines (Faye et al. 2014).
Au total, l’apparition du foyer de 2010 a permis de démontrer la sensibilité du dromadaire à la
FVR et l’importance de la prise en considération de cette espèce dans l’épidémiologie de cette
affection avec une possibilité de l’extension de la maladie dans des zones considérées jadis
comme non propices.
Le chapitre III de cette partie va tenter d’illustrer davantage les possibilités d’extension de la
FVR en Mauritanie à travers l’épidémie de FVR survenue en 2012 /2013.
89
Chapitre III. Epidémiologie descriptive de l’épidémie de FVR survenue en 2012/ 2013 :
distribution des foyers dans l’espace et dans le temps en lien avec la
mobilité animale.
III.1 L’épidémie de fièvre de la Vallée du Rift en Mauritanie en 2012.
Dans ce sous-chapitre, nous abordons l’épidémie de la FVR survenue en 2012 dans le sud-est
(wilayas des Hodhs et Assaba) et le centre (wilayas de Tagant et Brakna) de la Mauritanie.
Cette épidémie a été la plus fatale en termes de pertes en vies humaines (19 décès) et de pertes
économiques (une mortalité et un taux d’avortement très élevé chez les camélidés et les petits
ruminants) après celle de 1987. Cette épidémie s’est étendue par la suite en 2013 sur toute la
rive droite du fleuve Sénégal. Les méthodes d’investigation et les résultats ont fait l’objet
d’une publication d’un article (EL Mamy et al., 2014b).
Brièvement, au niveau météorologique, l’année 2012 a été pluvieuse notamment dans les
zones où les foyers sont apparus, comme le montrent les photos du paysage prises à la même
période (fig. 14). Suite à l’alerte donnée par les services de la Santé et relative aux cas
humains de FVR, une enquête vétérinaire a été réalisée sur tout le territoire.
a
b
90
c
d
Figure 15 : Photos prises en octobre 2012 lors de l’épidémie de la même année.
Légende : a : une mare d’eau à Nbeika (wilaya du Tagant),
b : paysage herbacé et boisé à
Tintane (wilaya de Hodh EL Gharbi), c : troupeau de dromadaire en abreuvement dans une
mare en présence de son propriétaire à Oualata (wilaya du Hodh Chargui), d : un cours d’eau
à Maghtaa Lahjar (wilaya de Brakna) (Crédits Photo : Dr Bezeid)
Dans les zones touchées par l’épidémie, les données collectées, auprès des éleveurs et agents
de terrain, ont révélé une pression de moustiques très élevée. Pour décrire les signes cliniques
observés, les éleveurs ont évoqué surtout d’avortements chez les petits ruminants et les
dromadaires. Chez ces derniers, ils ont déclaré des cas très fréquents d’hémorragies et de mort
foudroyante des femelles suite aux avortements.
Quant à l’épizootie de 2013, elle s’est manifestée par des foyers chez les animaux dans les
wilayas du Brakna, Traza, Gorgol et Guidimakha. Seule la wialaya du Brakna était affectée
par l’épisode FVR en 2012. Aucun cas humain n’a été rapporté. Les suspicions de la FVR ont
été confirmées au CNERV par la mise en évidence d’IgM par la technique ELISA grâce aux
kits dédiés (ID-Screen RVF IgM, IDVet, Grabels, France). Sur 638 sérums (essentiellement
de petits ruminants et de bovins) testés, 117 (environ 18%) se sont révélés positif en IgM.
91
Tous les sérums positifs sont ceux des petits ruminants, alors que ceux des bovins et des
dromadaires ont été négatifs (tableau VI).
D’après la répartition géographique des foyers de 2013, il semble que ceux de la FVR en
2013 soient une extension de la FVR de 2012 en raison d’importants flux animaux entre les
wilayas du affectées en 2012 et celles affectées en 2013.
En effet, les animaux des wilayas affectées en 2012 séjournent dans les wilayas infectées en
2013 soit en y restant durant toute la durée de la transhumance, soit de passage pour continuer
dans les pays voisins (Mali, Sénégal). Le séjour plus ou moins long des troupeaux sensibles
(petits ruminants, dromadaires, bovins) dans les différentes zones au cours de la transhumance
ainsi que le caractère extensif de l’élevage en Mauritanie, conduisent à supposer fortement
que la mobilité animale a probablement joué un rôle prépondérant dans la dissémination du
virus dans les wilayas touchées en 2013.
92
Tableau V: Répartition des foyers de FVR en Mauritanie en 2013
Wilaya (région)
Moughataa
(département)
Espèce
Nombre de
sérums testés
Nombre de
Positifs en IgM
(%)
Trarza
Petits ruminants
et bovins
97
54 (55,67)
Bovins
10
0
Keur Macène
Petits ruminants
13
0
Maghtaa Lahjar
Petits ruminants
32
26 (81,25)
Bababe
Petits ruminants
15
11 (73,33)
Sélibaby
Petits ruminants
58
21 (36,20)
Sélibaby
Bovins
50
0
Mbout
Petits ruminants
10
5 (50)
Petits ruminants
et dromadaires
114
Petits ruminants
50
0
dromadaires
9
0
Petits ruminants
44
0
Hodh EL Gharbi
Petits ruminants
47
0
Assaba
Petits ruminants
46
0
Tagant
Petits ruminants
43
0
638
117 (18,33)
Brakna
Guidimakha
Gorgol
Adrar
Inchiri
Rosso
0
Hodh chargui
Total
93
94
95
96
97
98
III.2. Suivi de la mobilité animale en Mauritanie.
La dynamique spatio-temporelle des maladies dépend à la fois des paramètres spécifiques de
la maladie elle-même qui sont liés à la vulnérabilité des hôtes (espèce, âge, race, statut
immunitaire, alimentation), aux caractéristiques des pathogènes eux-mêmes et aux vecteurs
qui
transmettent
ses
pathogènes
(présence/absence,
diversité)
et
aux
interactions/connections entre les différentes zones d’activités relatives à l’élevage lui-même
(production/élevage, transformation, commerce). Ces interrelations forment un réseau
complexe reliant les différentes zones de rassemblement d’animaux (marchés, élevages,
abattoirs, centres de rassemblement ou d’engraissement) et dont l’étude permet de mieux
comprendre la propagation des maladies.
Selon Wasserman (1994) un réseau est composé de nœuds, qui sont les entités d’étude et, de
liens /relations entre ces nœuds. L’analyse structurale des réseaux sociaux caractérise les
réseaux en calculant des indicateurs pour les nœuds et leurs relations, indiquant leurs places et
leurs rôles dans ces réseaux.
Afin de mieux cerner la complexité d’un réseau, il est nécessaire de se rappeler de quelques
définitions des termes utilisés dans l’analyse des réseaux sociaux (ou Social Network
Analysis = SNA) (Rautureau, 2012).

Un graphe ou réseau est un ensemble de points dont certains sont directement reliés
par un lien. Ces liens peuvent être dirigés, c’est-à-dire qu’un lien entre deux points u
et v relie soit u vers v soit v vers u. Dans ce cas, le réseau est dit orienté, le lien est
appelé « arc ». Dans le cas d’un réseau non-orienté, les liens sont symétriques et
nommés « arêtes ».
Ainsi, un graphe ou réseau est connecté si tous les nœuds sont accessibles par les liens
existants à partir de n’importe quel nœud du graphe. On distingue les composants
faiblement connectés (CFC) ou « weakly connected component (WC) » et les
composants fortement connectés (CFC) ou « Strongly connected components (SC) ».

Les CFC (ou WC) constituent un sous-réseau pour lequel un chemin existe entre
chaque paire de nœuds sans prendre en compte la direction des liens. Un SC est un
sous-réseau où la direction des liens est prise en compte.
99

Centralité de « degrés » (ou degree) correspond au nombre de liens adjacents à un
nœud. Elle reflète l’activité relationnelle directe de l’élément en question au réseau.
L’élément qui occupe la position la plus centrale dans un graphe est celui qui détient
le plus de connexions directes avec d’autres éléments. Les degrés apportent également
une information sur la connexion des nœuds tout comme la moyenne des distances
géodésiques « average path length ».

Centralité de « proximité » (ou closenes) est une mesure qui repose sur la distance
géodésique c’est à dire la longueur du plus court chemin reliant deux éléments. C’est
une mesure de la capacité d’autonomie ou d’indépendance des éléments du réseau.
L’élément qui occupe la position la plus centrale peut agir avec les autres éléments car
il est le plus proche.

Centralité d’ « intermédiarité » ou betweeness est une mesure correspondant au
nombre de chemins possibles entre deux sommets (les plus courts) sur lesquels se
trouve le nœud étudié.
Ainsi, la méthode d’analyse de réseaux sociaux peut être utilisée pour étudier le risque de
diffusion de maladies dans des réseaux composés d’établissements d’élevages et de
mouvements d’animaux. Cette méthode est désormais utilisée en médecine vétérinaire en lien
avec les mouvements d’animaux pour évaluer l’impact de ces mouvements sur la propagation
des maladies récentes (Dube et al., 2009 ; Martinez-Lopez et al., 2009). Elle se centre sur les
relations et les contacts entre acteurs pour pouvoir détecter et interpréter leurs rôles dans le
réseau (Rautureau, 2012). Elle nécessite donc le recensement des principaux flux d’animaux
réalisé notamment par des enquêtes de mobilité animale.
Cette méthode est fondée sur l’étude des relations entre des entités ou des groupes d’entités et
sur l’intensité de ces relations. Elle a développé de nombreux indicateurs pour les nœuds,
leurs relations et des méthodes d’identification de groupes de nœuds fortement structurés. Elle
utilise plusieurs notions telles que la centralité (avec des indicateurs tels que l’intermédiarité,
le degré, la cohésion (ou strong component, cluster) ou encore la connectivité. La définition
de ces indicateurs et leurs implications, en épidémiologie, sont présentés dans l’annexe 2.
100
III.2.1. Enquête de mobilité animale en Mauritanie.
La mobilité animale, en Mauritanie, a été évaluée grâce à une enquête dont l’objectif final
était de cartographier les déplacements d’animaux appartenant à différentes espèces (bovins,
ovins, caprins et camélidés) à l’échelle nationale. La collecte des données a été réalisée grâce
à la méthode des enquêtes synthétiques.
Les objectifs spécifiques de cette enquête étaient de :
1/ Etablir la cartographie des mouvements (licites ou pas, transfrontaliers) par espèce et par
mois ;
2/ Dresser une liste de zones de rassemblement : marchés, lieux d’embouche, zones de repos,
abattoirs et élevages ;
3/ Estimer les zones à risque (entrants, sortants) par modélisation.
En Mauritanie, les informations sur le mouvement des ruminants, détenues par la Direction
des Services Vétérinaires (DSV), ne sont pas nombreuses. L’acquisition d’informations sur
les mouvements collectifs de bétail a pu être faite par des enquêtes de type synthétiques plus
ou moins légères. De telles enquêtes donnent une représentativité spatiale correcte en termes
de déplacements. Les analyses basées sur les mouvements des animaux peuvent prendre en
compte des flux au niveau individuel mais également au niveau collectif. Il ne s’agit pas d’un
simple comptage mais d’une prise en compte des données provenant de différents corps de
métiers en lien avec les animaux tels que le boucher, le chef de poste vétérinaire, l’inspecteur
vétérinaire ou le responsable du marché qui ont une connaissance synthétique des flux
entrants et sortants dans leurs régions. La personne interrogée donne la provenance et la
destination des animaux sous forme d’estimations pour chaque espèce ; tout ceci dans le but
d’obtenir une cartographie des différents mouvements avec une qualification de l’intensité de
flux sans avoir de dénombrement. Les données relatives à chaque espèce ont été collectées
séparément. Au sein des petits ruminants, les données ont été également collectées de manière
séparée pour les ovins et les caprins.
101
C’est ainsi que des enquêtes ont été réalisées en différentes phases et elles ont concerné 12
wilayas. Une première phase s’est déroulée du 30 Mai au 14 Juin 2015 et a été réalisée par
deux équipes du CNERV. La première équipe a mené l’enquête dans 5 wilayas (Trarza,
Brakna, Gorgol, Guidimakha, Tagant), et la seconde dans 3 Wilayas (Hodh Chargui, Hodh EL
Gharbi, Assaba). En outre, pour les Wilayas de l’Adrar, Inchiri, Tiris Zemmour et
Nouadhibou, les données ont été collectées à travers des interviews ou conférences
téléphoniques avec les responsables des services vétérinaires conformément aux trajets
indiqués dans la figure 15.
Figure 16: Trajets des missions pour la collecte de données sur la mobilité animale en
Mauritanie.
Le trait violet correspond au trajet de la première équipe, les traits rose et vert ceux de
la deuxième équipe. Le trait marron représente le trajet des zones où les informations
ont été collectées par interview.
102
L’enquête a été réalisée sur la base d’un questionnaire administré (enquête synthétique)
auprès des inspecteurs et chefs de poste vétérinaire à partir des données datant de 2014
(Annexe 1 : Enquête origine destination). Ces agents ont une connaissance synthétique sur les
mouvements animaux grâce à certains supports tels que les certificats zoosanitaires ou les
certificats de transhumance. Les missions de terrain ont permis également d’enregistrer les
coordonnées géographiques de tous les villages ou campements visités. Certaines localités ont
été géo-référencées par Google Map ou grâce à des informations transmises par les services
vétérinaires.
Pour les mouvements transfrontaliers, différents sites de transits ont été retenus selon les
frontières comme Matam et Podor pour le Sénégal, Kayes et Nara pour le Mali et Dakhla et
Tichla pour le Maroc. Contrairement avec le Sénégal et le Mali, il n’y a pas de points de
passage formalisés avec le Maroc. Les dromadaires transhumants au Maroc ont quitté la
Mauritanie avec un laisser passer sanitaire vers le Sahara Occidental octroyé par les services
de l’Inspection vétérinaire de Zouerate.
Les données enregistrées dans la feuille de calcul Excel, selon le formulaire de l’Annexe I, ont
été traitées lors d’une formation, organisée par l’unité mixte de recherche CMAEE du
CIRAD, Montpellier du 05 au 16 Octobre 2015, sur l’utilisation du logiciel de Cartographie
Qgis et du logiciel R pour calculer les indicateurs (la densité, le degré, la betweeness)
permettant de caractériser les réseaux.
103
Ainsi, les caractéristiques du réseau de mobilité animale, en Mauritanie, selon les espèces et
suivant les périodes, sont présentées dans la Figure 16.
Figure 17 : Caractéristiques du réseau de mobilité animale en Mauritanie selon les
espèces animales et selon les mois, année 2014.
Au vu des fluctuations saisonnières animales internationales (Figure 16), on peut noter une
amplitude importante pour les petits ruminants où il y a 2 périodes importantes de mobilité :
 Avril à juin qui correspond au pic de la période de soudure
 Septembre à octobre qui correspond à la fête de Tabaski
Pour les autres espèces (bovins, dromadaires), un seul pic important a été noté, c’est-à-dire
d’avril à juillet correspondant à la période de soudure pendant laquelle les animaux effectuent
la transhumance au Mali et au Sénégal.
Les mouvements nationaux ont été graphiquement volontairement séparés des mouvements
internationaux afin d’illustrer l’importance des mouvements transfrontaliers.
Selon les données des services vétérinaires, la plus grande concentration du cheptel se trouve
au niveau des trois régions du Sud-Est qui sont les deux Hodhs, l’Assaba et le Guidimakha
comme le montre la figure 24 sur la densité animale. Cela est lié au fait que, généralement, les
animaux trouvent suffisamment de pâturages, dans ces zones, pendant les mois d’août à
novembre. C’est à la fin du mois de novembre que débutent les mouvements de transhumance
104
vers le Mali. Dans d’autres régions telles que Trarza, Brakna, Gorgol, la transhumance a lieu,
le plus souvent, vers le Sénégal à partir du mois de mars.
Un autre mouvement animal, à sens unique et à but commercial, est opéré pour alimenter la
forte demande des grands centres urbains de Mauritanie (Nouakchott, Nouadhibou) ou du
Sénégal (Dakar et autres). L’expédition des animaux vers les marchés du Sénégal a lieu
directement à travers les frontières avec la Mauritanie ou via celles du Mali. Les mouvements
commerciaux sont amplifiés au cours des fêtes religieuses notamment la Tabaski, la fête du
mouton dans la religion musulmane qui a correspondu à la période de Septembre –Octobre
pour l’année 2014.
On peut dire qu’une grosse partie du cheptel national se déplace au Sénégal et au Mali,
parfois dès la fin d’octobre ou novembre pour revenir au début d’hivernage (juillet). La
précocité ou non de la transhumance est dépendante de la pluviométrie enregistrée et par
conséquent le temps de disponibilité des pâturages. Pour les années de sécheresse ou les
années d’envahissement par les criquets pèlerins, la transhumance est souvent précoce. Le pic
du flux enregistré, bien avant la période des fêtes de la Tabaski, montre une sortie massive de
petits ruminants notamment pour l’espèce ovine, qui est la plus ciblée pour le sacrifice lors de
la Tabaski. En effet, les spéculations commerciales commencent deux mois environs avant la
date de la fête pour ravitailler les marchés de Nouakchott, du Sénégal et ceux du Mali.
Pour les bovins, les fluctuations saisonnières existent également avec notamment un pic
d’Avril à Juin 2014 pour les mouvements internationaux allant de la Mauritanie vers le Mali
et à un degré moindre allant vers le Sénégal. Le mouvement dans le sens inverse a lieu à partir
du mois d’Août.
Les bovins comme les dromadaires sont moins concernés par les fêtes de Tabaski mais il y a
toutefois un besoin continu pour l’approvisionnement des grands centres urbains. Les bovins
sont destinés à Nouakchott, au Sénégal ou au Mali. Les dromadaires sont destinés à
Nouakchott et aux zones du Nord du pays où la consommation de viande bovine n’est pas
coutumière. La viande caméline est très appréciée par les populations du Nord de la
Mauritanie, celles des camps de réfugiés sahraouis et celle du Sud du Maroc. Les laisserpasser sont délivrés pour les animaux à destination des camps du Sahara mais il y a toujours
des passages non formalisés vers le Sud du Maroc (Aïoun et Dakhla).
105
Figure 18 : Fluctuations animales en fonction du mode de transport emprunté
106
Figure 19 : Fluctuations du nombre d’animaux incluant les distances parcourues par
mode de transport emprunté
Les histogrammes présentés en figure 17 et 18 ci-dessus montrent que la majorité des
animaux sont acheminés vers des pays voisins par voie terrestre, à pied (transhumance) avec
finalement de faibles distances parcourues. Les animaux destinés aux marchés du Sénégal
arrivent à pied au Mali et, c’est à partir de ce moment, que leur transport est organisé par
camions vers Dakar et les autres marchés du Sénégal.
Par ailleurs l’acheminement vers les marchés du Sénégal peut également s’opérer directement
à travers la frontière sénégalo-mauritanienne. Dans ce cas, les animaux sont soit conduits à
pieds ou transportés par camions, jusqu’aux frontières.
Pour le ravitaillement des marchés nationaux, les animaux sont transportés par camion depuis
les grands centres de rassemblements comme Adel Bagrou, Bassiknou, Boustaila ou depuis
107
les grandes villes comme Nema, Timbedra, Tintane ou Kiffa. Les camions-remorques
employés ont une capacité de 200 petits ruminants et 25 à 35 gros ruminants en moyenne.
L’analyse des flux a permis d’aboutir à la typologie réseau présentée en Figure 18.
Zouerate
Nouadhibou
Nouakchott
Rosso
Podor
Nara
Kayes
Figure 20: Mouvements animaux en Mauritanie, Janvier à Décembre 2014. Les flux
majeurs sont représentés en rouge et noir et les flux intermédiaires en orange.
Comme présenté dans la figure 19, les flux majeurs, au niveau national, sont, par ordre
d’importance, représentés par les ravitaillements de Nouakchott, Rosso, Zouerate et de
Nouadhibou. Au niveau du Sénégal et du Mali, les flux sont représentés respectivement par
les ravitaillements de Matam et de Podor, d’une part, et de Nara et de Kayes d’autre part.
La longueur de trajet entre toutes les paires de nœuds possibles et le diamètre du réseau
fournissent des informations sur la possibilité pour une maladie à accéder à l’intérieur du
réseau. Un petit diamètre signifie qu’une maladie a tendance à se propager beaucoup plus vite
au sein du réseau.
108
Comme illustré dans le tableau VI ci-dessous, le réseau des ruminants contient 93 nœuds et
203 liens. Deux nœuds sont séparés par plus de 2 mouvements d’animaux (average Path
length=2.6). Le chemin le plus long, c’est-à-dire le diamètre, contient 9 arcs (diamètres). Dans
ce réseau quelques localités sont attractives, c’est-à-dire ont beaucoup de liens (degré élevé),
mais la plupart des localités ont moins de 3 liens. C’est un réseau faiblement connecté
(densité faible).
Le tableau VI ci-dessous montre les valeurs des différents paramètres de ce réseau. La taille
est exprimée en nombre de nœuds alors que les autres paramètres (distance, diamètre, degree
et betweeness) sont exprimés en nombre de liens.
Tableau VI : Paramètres de description du réseau ruminants en Mauritanie en 2014
Densité
Taille (nombre de nœuds)
Distance des plus courts chemins
Diamètre
Degree
0.018
93
8.39
9
3.355 [1 ; 23]
Indegree
1.67 [1,11]
Outdegree
1.67 [1,11]
Betweeness
19 [0,424]
109
Figure 21 : Fréquence des nœuds au sein du réseau de ruminants, Mauritanie, 2014
110
Figure 22 : Histogramme présentant les nœuds au sein du réseau ruminants, Mauritanie,
2014
Rares sont les nœuds ayant beaucoup de connections, car le nombre moyen se situe à 3 (fig. 20). Cet
aspect traduit clairement le réseau de type « scale free » ; ce qui signifie que s’il y a une introduction
d’un virus, sa propagation se fera très vite, mais pas très longtemps. Les nœuds à forte centralité
(degree ou betweeness) sont notés à Podor, Nouakchott, Boutilimit, M’bout, et à Kiffa (Tableau VII).
La ville de Podor est considérée comme le passage principal des animaux de Mauritanie vers le
Sénégal. Pour le cas de Nouakchott, il s’agit du plus grand marché central de Mauritanie, car c’est la
ville la plus peuplée et où le pouvoir d’achat est le plus élevé. Kiffa est la deuxième plus grande ville
du pays et capitale de la région d’élevage d’Assaba. C’est un pont entre les deux wilayas de Hodh et
111
le reste du pays. Boutilimit et Mbout sont des destinations intermédiaires pour l’élevage transhumant
très souvent vers le Sénégal ainsi que pour la commercialisation du bétail vers Nouakchott.
L’intermédiarité (ou betweeness) identifie les acteurs clés lors d’un début de la diffusion d’un virus
par exemple. Le degré prend en compte le nombre d’entrées et de sorties.
Plusieurs localités telles que Bassiknou, Mbout, Maghtaa Lahjar, Boutilimit ou Mederdra présentent
de nombreux mouvements et de nombreuses connexions. Ces localités sont plus vulnérables à la
diffusion des maladies.
Tableau VII: Classement des localités selon l’intermédiarité (betweeness) obtenue.
112
Conclusion de la partie enquête sur la mobilité animale
Les mouvements du côté de Podor sont plus nombreux en raison de la présence de certaines
infrastructures tels que le bac de Rosso et le Barrage de Diama permettant d’aller au Sénégal. Les
localités de Boutilimit, Mbout, Kaédi, Mederdra et de Ouad Naga sont des passages intermédiaires
pour les couloirs de la transhumance vers le Sénégal ou vers le sud de la Mauritanie et sont
également des passages pour les circuits de commerce vers Nouakchott ou Nouadhibou. Sur la base
des données collectées on peut considérer que la destination de Nouakchott constitue un marché
terminal. Il y a probablement des sorties, quoique limitées, à partir de ce marché mais nous n’avons
pas pu avoir de données disponibles sur ces sorties.
L’étude a également été réalisée séparément pour les bovins, les camélidés et les petits ruminants
(présenté en annexe III) sans apporter d’informations supplémentaires sur la compréhension du
réseau commercial de ces animaux. Pour les dromadaires, en plus de Nouakchott, c’est Zouerate, la
capitale du Nord, qui a été mise en évidence comme un pôle attractif pour cette espèce. Les
mouvements des dromadaires vers le Nord sont lié à un certain nombre de considérations telles que i)
l’adaptation parfaite de cette espèce au climat désertique contrairement aux autres espèces ii) le choix
porté par les populations du Nord au regard de cette espèce à travers les habitudes alimentaires et les
traditions ancestrales iii) l’approvisionnement des populations du Sud du Maroc et du Sahara
occidental qui ont les mêmes habitudes alimentaires et traditions socio-culturelles que celles des
populations du Nord de la Mauritanie.
Les indicateurs calculés permettent de repérer le rôle important du réseau commercial dans les
différentes localités.
Par exemple, Podor reçoit (indegree) les troupeaux mauritaniens de la vallée du fleuve
Sénégal qui en fait un point très important de passage des animaux. Il y a probablement
d’autres points de passages secondaires entre la Mauritanie et le Sénégal mais seuls les points
de passage au niveau de Podor et de Matam ont été considérés.
M’bout et Kaédi (betweeness) sont des villes proches du Sénégal avec lequel il y a beaucoup
de mouvements d’entrée ou de sortie d’animaux. Ces échanges pourtant stratégiques, sont
difficiles à contrôler de par la porosité des frontières et la faible activité des services de
contrôle. Les mouvements d’animaux à partir de Mbout et Kaédi vers le Sénégal se font
généralement à Travers Matam.
Les zones de rassemblement, à haute intermédiarité telles que Podor, Boutilimit, M’bout
seront à la fois plus vulnérables aux maladies en facilitant leur diffusion par une plus grande
113
dispersion. Les localités faisant partie d’un « strong component » sont à surveiller par la mise
en place d’animaux sentinelles par exemple. Cet indicateur montre une forte cohésion au sein
d’un sous-groupe d’acteurs ou éléments d’un réseau.
Les axes principalement empruntés concernent Boutilimit qui est un point de passage obligé
pour ravitailler Nouakchott à partir des Wilayas du sud-est du pays. En effet, pour ravitailler
Nouakchott, tous les camions transportant le bétail passent obligatoirement par Boutilimit
avec une zone de repos dans la localité de Kandelek qui se transforme, d’ailleurs, en un grand
marché pendant les mois d’hivernage.
Ainsi, la ville de Boutilimit, de par sa position géographique, est un grand axe commercial qui
achemine le bétail jusqu’à Nouakchott qui est l’échelon terminal de la filière commerciale
avec ses abattoirs et surtout sa forte densité humaine
Boustaile, village frontalier avec le Mali, est le deuxième plus grand marché hebdomadaire du
pays. Depuis le développement des récentes techniques de communication, ce marché est
devenu encore plus florissant avec d’importantes transactions commerciales et des flux de
commerçants et bétails venant de tous horizons.
Le département de Ouad Naga est dans le même positionnement et la même position
géographique que celui de Boutilimit.
Les localités comme Kiffa et Aleg ont pu être identifiées comme localités d’origine qui ont
des marchés de ruminants très importants. Ce sont respectivement les capitales régionales de
l’Assaba et du Brakna qui sont des grandes régions d’élevage.
En définitive, une meilleure connaissance des circuits commerciaux et les pistes de
transhumance des ruminants domestiques de la Mauritanie permet d’améliorer la surveillance
des maladies avec une définition précise des zones et les périodes plus à risque où cette
surveillance doit être renforcée.
Pour les périodes à risque, le pic observé du nombre d’animaux en mobilité n’est pas
seulement la période correspondant à la fête de Tabaski mais aussi la période d’Avril à Juin,
pour l’année 2014. La période de Tabaski, variable d’une année à une autre (septembreoctobre pour l’année 2014), attire un flux très massif de petits ruminants notamment les ovins
destinés à l’abattage le jour de la fête. La période d’avril à juin correspond au pic de la
période de soudure avec des éleveurs en perpétuel mouvement à la recherche de pâturages
devenus très rares, d’une part, et l’arrivée des premières gouttes de pluie, d’autre part.
114
Le calcul des indicateurs de l’analyse des réseaux sociaux SNA permet de se centrer sur les
relations et les contacts entre acteurs ou éléments d’un réseau pour pouvoir détecter et
interpréter leurs rôles dans la structure. Ainsi, il a été mis en évidence l’importance de
localités telles que Abdel Bagrou, Boutilimit, M’bout ou Podor, Nouakchott, situées soit à la
frontière, soit étant considérées comme des lieux de consommation finale. Leur rôle
stratégique, dans la surveillance des maladies animales, encourage la mise en place de moyens
de surveillance et de contrôle dans ces zones afin de limiter la possible propagation de
maladies. Par exemple, la mise en place de troupeaux sentinelles et de leur suivi pourraient
être envisagés pour la surveillance active des zones les plus à risque vis à vis de la FVR.
III.2.2 Analyse qualitative du risque
L’analyse de risque est utilisée, de manière qualitative, pour mesurer le risque d’introduction
du virus en Mauritanie et également pour estimer la probabilité de diffusion de la maladie.
L’objectif général est d’identifier les régions du pays les plus à risque où le virus est
susceptible d’être diffusé largement en fonction de plusieurs facteurs de risque qui auront été
préalablement listés et sélectionnés pour la FVR en Mauritanie. Les objectifs spécifiques, à
partir des données de mobilité spatialisées, visent à :
- lister les mouvements à risque (mouvements d’animaux, commerce, transhumance)
- déduire les localités à risque
- croiser ces localités avec les zones identifiées comme à risque par les réseaux de mobilité
animale précédentes
- pondérer les risques avec les données spatialisées des pays frontaliers, pour lesquels une
estimation de la probabilité d’introduction aura été menée.
A partir de données collectées sur le terrain, une analyse de risque qualitative a été menée
pour une optimisation de la surveillance. Cette méthode intégrée a été utilisée comme support
méthodologique pour cette section du manuscrit. Elle a consisté en trois étapes:
1/ évaluation de la probabilité d’émission du virus afin d’estimer la source et la probabilité
d’introduction du virus par des animaux vivants,
2/ évaluation de la probabilité d’exposition des animaux sensibles au virus afin d’identifier les
zones à risque de transmission et de persistance du virus,
115
3/ identification des conséquences sanitaires et économiques pour cette maladie, endémique
dans le pays, à partir de données de mobilité spatialisées et de probabilités estimées.
Les résultats obtenus ont permis d’identifier les communes les plus à risque à un temps t, visà-vis de la FVR en Mauritanie et de proposer des optimisations du système de surveillance de
cette maladie telles que :
-
une organisation structurelle et fonctionnelle du réseau de surveillance améliorée en
lien avec les zones à risque identifiées et les contraintes de terrain, la répartition des
poste de surveillance (PS) et les postes d’inspection frontaliers (PIF), la délocalisation
des moyens, …)
-
une surveillance événementielle et active (orientée, ciblée) et des protocoles adaptés.
III.2.2.1 Cartographie de la probabilité d’émission à partir des pays voisins
Pour la première étape, il a fallu cartographier la probabilité du risque d’émission à partir des
pays voisins (Tableau VIII et Figure 22). Ces pays sont classés selon leur statut vis-à-vis de la
présence ou pas de la maladie et de leurs systèmes de surveillance et de contrôle. Le risque est
ensuite requalifié selon quatre niveaux (faible, peu élevé, élevé, très élevé).
116
Tableau VIII: : Probabilité d’émission du virus FVR estimée par pays en fonction de son
statut et de ses dispositifs de surveillance et de contrôle existants (Squarzoni et al., 2015, en
cours de publication)
117
Cette estimation de la probabilité d’émission est ensuite représentée cartographiquement selon
les risques requalifiés et est présentée sur la figure 22.
Figure 23 : Cartographie des probabilités d’émission des pays voisins
Ainsi, le Mali (en rouge) connait un risque très élevé suivi de l’Algérie et du Sahara
Occidental (en rose) avec un risque assez élevé, et enfin le Maroc et Sénégal (en marron) avec
un risque peu élevé.
III.2.2.2. Liste des facteurs de risque à prendre en compte pour l’estimation de la
probabilité d’exposition et la représentation cartographique des risques
La seconde étape vise à sélectionner et prioriser les différents facteurs de risque pouvant avoir
un rôle majeur dans la propagation et diffusion du virus dans le pays, tels que la présence
d’animaux sensibles au virus, leur densité, la présence de vecteurs compétents, les antécédents
avec la maladie, et la présence d’étendues d’eau.
Les résultats sur la distribution des foyers de la FVR en fonction de ces différents facteurs de
risque sont donnés sur la figure 23.
118
Figure 24: Distribution des foyers de FVR en Mauritanie (de 2012 à 2013). Les
localités des foyers sont écrites en bleu.
Ces foyers sont plus observés dans les zones où la densité des ruminants (ici nous avons
donné la densité des petits ruminants), considérés comme des hôtes sensibles à la FVR, est
très élevée (localités écrites en bleu sur la figure 24). Les densités sont représentées selon 4
classes en fonction des valeurs et configuration des troupeaux à l’échelle nationale. Les
foyers observés en Adrar (faible densité) correspondent à ceux de 2010 où la situation
pastorale favorable a entrainé des flux très importants de camelins et de petits ruminants
engendrant ainsi une densité animale provisoire élevée ;
119
Bovins
Figure 25: Carte de densité des ruminants (bovins, petits ruminants), en Mauritanie,
établie à partir de 2009 (Sources : Direction de l’élevage, 2013)
Petits ruminants
Camelins
Figure 26: Carte de densité des petits ruminants et camelins, en Mauritanie, établie à
partir de 2009 (Sources : Direction de l’élevage, 2013)
120
Les échanges commerciaux des animaux (ovins, caprins, bovins, camélidés) sont présentés
dans la figure 26.
Figure 27: Echanges commerciaux au niveau national et transfrontalier, année 2014
Au niveau national, ce sont les grands centres urbains, éloignés des zones d’élevage,
représentés par Nouakchott, Nouadhibou et Zouerate qui attirent les plus grands flux en raison
de la demande élevée en consommation de viande et de lait.
Au Sénégal et au Mali, les échanges passent respectivement par des localités comme Podor et
Nara qui constituent des hubs (matérialisés par les gros points sur la figure 26).
Pour définir les zones écologiques favorables à la présence de vecteurs incluant les points
d’eau et les rivières permanentes, il a été considéré une zone tampon de 5 km autour des
rivières et des points d’eau. Cette zone correspond au rayon où s’effectue le déplacement des
animaux autour des zones humides (fig.27).
121
Figure 28: Zones écologiques favorables aux vecteurs du virus de la FVR en
Mauritanie.
En associant la densité animale à la distribution du réseau hydrique (mares permanentes ou
temporaires, fleuves, cours d’eau), on note qu’une grande partie du territoire mauritanien
représente une zone favorable aux vecteurs du virus de la FVR (figure 27).
III.2.2.3. Production de cartes de risque de probabilité de survenue du danger
Sur la base des démarches et données précédentes, la troisième étape de cette analyse de
risque qualitative a consisté en l’estimation de la probabilité de survenue du danger en
croisant la probabilité d’émission et de diffusion. L’élaboration de cartes représentant les
différents niveaux de risque, dans le temps et dans l’espace, a permis d’identifier différentes
zones à risques dans le pays compte tenu des facteurs de risque listés et pondérés (fig.28).
122
Figure 29: Cartes de risque de diffusion de la FVR en Mauritanie en associant la densité
animale et celle des vecteurs.
Légende : zones à forte densité animale (en jaune clair), zones favorables aux vecteurs (en
jaune foncé), et zones d’intersection des deux (en marron).
De cette carte, la forte densité animale correspond à toute la partie sud et sud-est du pays ;
celles favorables aux vecteurs de la FVR se situent au sud et sud-ouest avec une poche au
nord-ouest représentant les oasis de l’Adrar. Les zones d’intersection correspondent à la partie
extrême du sud et sud-est correspondant à la frontière avec le Sénégal où se situe le fleuve du
même nom.
Les données ont été pondérées en fonction de l’estimation de survenue du danger, et en tenant
compte de l’analyse SNA des données sur les mouvements d’animaux dans le pays et avec les
pays frontaliers. Des strates différentes ont été définies en lien avec les périodes les plus à
risque sur une année (cycles et saisons) et en lien avec les autres facteurs de risque considérés
selon la méthode adoptée.
Afin de majorer le risque par rapport aux densités d’animaux, les 2 classes, les plus élevées,
ont été conservées. Ainsi, on a choisi de prendre la valeur « Ecart-type » pour les couches
concernant la représentation des densités des espèces ciblées. Par exemple, les zones
considérées comme étant à risque élevé sont celles où les effectifs de bovins sont supérieurs à
109. Ces zones ont été donc retenues dans l’analyse cartographique.
En matière de diffusion d’agents pathogènes, les mouvements d’animaux représentent la voie
principale de transmission de maladie (Caron et al., 2016 ; Arum et al., 2016 ; Métras et al.,
2015 ; Mohamed et al., 2014). Le calcul des indicateurs SNA a permis de se centrer sur les
relations et contacts entre acteurs pour pouvoir détecter et interpréter leurs rôles dans la
structure. Cette méthode a mis en exergue de nombreux indicateurs, mais nous ne retiendrons
que ceux ayant à la fois une intermédiarité (ou betweeness) et un degré élevé (Hubs) pour
mesurer les mouvements à risque. On a choisi comme précédemment de prendre la valeur
« Ecart-type » pour chacun de ces indicateurs (fig. 29 et 30).
123
Figure 30 : Fréquence des degrés (Moyenne 6; Ecart-type : 13)
124
Figure 31 : Fréquence de l’intermédiarité (ou betweeness) (Moyenne 48 ; Ecart-type :
181)
Les valeurs de degré et d’intermédiarité reflètent un réseau de faibles liens au départ, mais en
raison de la mobilité animale constante, il y a de situations où ces constantes changent. C’est
le cas observé en Adrar en 2010 où le rassemblement d’effectifs très importants d’animaux a
probablement favorisé la diffusion de la FVR.
125
La méthode intégrée, utilisée dans ce travail, permet aussi d’aller jusqu’à l’optimisation de la
surveillance sur le terrain en définissant des protocoles de surveillance au regard des cartes de
risque obtenues. Pour cela, il est utilisé la surveillance basée sur le risque afin d’affiner les
protocoles. Les cartes de risque finales (fig.31) permettent de catégoriser le risque et de
rédiger des adaptations du dispositif de surveillance qui seront à mettre en place sur le terrain.
Sur cette carte, il apparait des zones à risque très élevé (en rouge), celles à risque élevé (en
orange), et enfin celles indemnes (en marron). Par exemple, il peut être proposé en accord
avec les services vétérinaires nationaux et au regard de la faisabilité sur le terrain, de :
-
renforcer la surveillance dans les zones déjà infectées et dans les zones qui sont
considérées comme de grands carrefours commerciaux. Par exemple, la surveillance
doit être renforcée dans les zones où le risque est très élevé (26 communes sur les 231
recensées),
-
augmenter les contrôles aux frontières afin de réduire les risques d’introduction du
virus en zone indemne à risque élevé, en surveillant plus spécifiquement les
mouvements liés au commerce d’animaux sur pieds et à la transhumance (55
communes sur les 231 communes),
-
surveiller régulièrement les zones indemnes à risque d’introduction modéré (zones
favorables aux vecteurs et avec de fortes densités animale) (21 communes sur les 231
présentes) en réalisant par exemple des enquêtes transversales répétées.
126
Figure 32: Carte finale de risque vis-à-vis de la FVR. Les zones où le risque est très élevé
sont présentées en rouge, les zones indemnes à risque d’introduction élevé en orange, et les
zones indemnes à risque d’introduction modéré en marron.
A partir des résultats issus de l’analyse de risque et des cartes de risque construites, du
maillage du réseau de surveillance (postes vétérinaires représentés en vert sur la figure 32 cidessous), des propositions d’amélioration du système de surveillance peuvent être envisagées.
127
Figure 33: Distribution présumée des postes vétérinaires (en vert) de Mauritanie.
A travers cette carte, il apparait que la répartition actuelle des postes vétérinaires ne tient pas
réellement en compte des zones à risque très élevé. Il peut donc être proposé, en tenant
compte aussi des autres maladies prioritaires pour la Mauritanie, de restructurer le réseau en
fonction de ces nouveaux éléments.
D’autres activités telles que la surveillance évènementielle orientée, la surveillance active
ciblée programmée, des campagnes de vaccination, et la mise en place de méthodes de
lutte/contrôle pourront être définies et déployées afin d’optimiser la surveillance et le contrôle
de la FVR de façon efficace sur le terrain afin d’éviter/retarder l’apparition de nouvelles
épizooties
128
Ainsi, différentes propositions peuvent être suggérées afin de renforcer des activités de
surveillance telles que :
o Le maillage resserré de la surveillance dans les zones à risque élevé et très
élevé ;
o La réorganisation plus adaptée des postes vétérinaires en lien avec les
zones à risque correctement identifiées ;
o La mise en place d’une communication formalisée entre les Services
vétérinaires et les Services de santé humaine, suivie d’actions rapides
(information du public, plan de prévention. . .) en cas de forte suspicion ou
foyer avéré,
o La rédaction et validation d’un plan de contingence national intégré.
Pour conclure cette partie sur la mobilité, on peut dire que le rôle de la mobilité animale dans
la diffusion des maladies infectieuses, en général, et celle de la FVR en particulier, n’est plus
à démontrer. En effet, le commerce des ruminants a souvent été associé à une diffusion locale,
régionale, voire continentale de la FVR. C’est le cas de la diffusion de la maladie entre le
Soudan et l’Egypte au cours des années 1970 (Shoemaker et al., 2002) ou de la Corne de
l'Afrique à la péninsule arabique en 2000 (Abd el-Rahim et al., 1999).
Par conséquent, il y a urgence à améliorer les mécanismes de suivi de cette mobilité animale
dans un pays comme la Mauritanie où le système d’élevage est presque exclusivement de type
extensif et transhumant. L’amélioration de contrôle de maladies comme la FVR, dans un tel
système, doit passer obligatoirement par sa réorganisation, entre autres, tant sur le plan
administratif que législatif. Par exemple, l’affectation des agents d’élevage au niveau des
marchés terminaux est nécessaire pour la collecte des données sur les différentes espèces
animales réceptives au virus de la FVR. Ce qui permettra d’avoir des données pour le suivi et
la traçabilité en cas d’apparition de foyers de la maladie.
Pour que ces données aient une plus-value sur le plan épidémiologique, il est nécessaire que
ces agents disposent des carnets de bords d’accompagnement permettant de collecter des
données sur les effectifs, l’origine, et les trajets des différentes espèces concernées par la
maladie. Cette approche nécessite l’intégration de nouvelles procédures de contrôle qui
associent plusieurs départements comme les postes de contrôle en interne comme à la
frontière, les autorités communales et les services vétérinaires. Ce qui assurera l’acquisition
129
des flux des mouvements d’animaux précis par la Direction des Services Vétérinaires, à
travers des documents fournis régulièrement par les différents acteurs.
Pour conclure ce chapitre, l’épidémie de 2012/2013 a été moins surprenante que celle de
2010, car elle est apparue dans des zones où le virus avait déjà circulé les années précédentes
et les conditions climatiques ont été très favorables à son émergence. Sa particularité a été sa
large diffusion atteignant cinq Wilayas en une même période. Par ailleurs, l’espèce cameline a
été fortement touchée par cette nouvelle épizootie/épidémie.
Le suivi de la mobilité animale semble être une approche indispensable pour mieux cerner las
mécanismes de diffusion des pathogènes et améliorer le système de surveillance et de contrôle
des maladies vectorielles comme la FVR.
Afin de déceler précocement les premiers cas de FVR chez les animaux puis chez les
humains, il importe que les systèmes de surveillance, en général, et ceux de la surveillance
animale en particulier, soient bien organisés, proactifs et réactifs. C’est pourquoi il est
important d’améliorer cette surveillance pour une meilleure gestion de l’émergence des
pathologies graves telles que la FVR. C’est pourquoi le chapitre IV aborde la surveillance et
la gestion de la FVR pour une meilleure appréciation du risque d’émergence en précisant
l’évolution du risque, chez l’homme et chez l’animal, dû à l’augmentation des fréquences des
épidémies dans la région Afrique de l’Ouest.
130
Chapitre IV: Surveillance et gestion de la FVR pour une meilleure appréciation du
risque d’émergence (évolution du risque chez l’homme et l’animal due
à la fréquence des épidémies dans la région Afrique de l’Ouest).
Le contrôle de la fièvre de la vallée du Rift requiert, comme pour la plupart des maladies
vectorielles surtout zoonotiques, la mise en place d’une approche intégrée multisectorielle et
régionale incluant une collaboration étroite entre les services vétérinaires, ceux de la santé
publique, et ceux d’autres spécialistes (entomologistes, climatologues, environnementalistes,
…) (Cito et al., 2013).
Les différentes épidémies de la FVR, survenues en Mauritanie, ont montré que ce sont
souvent les cas humains qui déclenchent l’alerte au niveau national. Cela met en exergue les
failles du système de surveillance ainsi que celles du système d’alerte et de riposte existantes,
car la source est d’origine animale. Ces failles semblent être dues surtout au manque de
collaborations entre les systèmes de surveillance vétérinaire et humain, car, dans bien des cas,
la mise en évidence d’anticorps de type IgM signant une infection récente des animaux n’a
pas entrainé une alerte en amont de premiers cas humains détectés. Parfois aussi, les services
techniques sanitaires sont plutôt enclin à jouer aux sapeurs-pompiers au lieu d’appliquer
l’adage qui dit « mieux vaut prévenir que guérir ».
Ainsi donc, le système de surveillance actuel peut être amélioré à plusieurs niveaux.
IV.1. Renforcement de la surveillance évènementielle et maintien du
système de surveillance sentinelle.
Les épidémies de FVR sont précédées d’une phase d’amplification virale comme cela a été en
Egypte en 1977-1978 (Meegan et al., 1979), au Soudan de 1973 à 1976 (Eisa et al., 1980), en
Mauritanie en 1987-1988 (Saluzzo et al., 1985 ; 1987) ou en 1998 (Zeller et al., 1995).
Par conséquent, la surveillance évènementielle, basée sur les déclarations d’éleveurs et sur les
signes cliniques, peut servir d’alerte précoce qui pourrait limiter les effets chez les humains
par la sensibilisation et l’éducation sanitaire. Cette surveillance peut être renforcée par une
surveillance programmée, basée sur une recherche systématique d’informations selon un
échantillonnage représentatif de la population sensible permettant alors une détection précoce
des infections animales (cas individuels) et une sensibilité élevée pour permettre la détection
des foyers (Lancelot, 2009).
131
Comme la circulation virale, durant les périodes inter-épizootiques de la FVR est souvent
rapportée (Owange et al., 2014 ; Gray et al., 2015 ; Sumaye et al., 2015), il est pertinent de
maintenir la surveillance aussi pendant les périodes inter-épizootiques par le biais d’enquêtes.
Par ailleurs, les zones arides du centre telles que les régions de l’Adrar et du Tagant, où il y a
une forte concentration d’Oasis, doivent également susciter une attention particulière par
rapport au risque de la FVR (Arsevska et al., 2015; Conley et al., 2014).
Le système de surveillance sentinelle, destiné à collecter, systématiquement et régulièrement,
des données sur des animaux exposés à des risques sanitaires (Toma, 2009) permet également
de mettre en évidence une circulation virale à bas bruit.
Pour réduire le risque chez l’homme, et dans le cadre de l’esprit OneHealth, les résultats
positifs obtenus chez l’animal seront transmis au Ministère de la Santé pour prendre les
mesures de riposte appropriées.
IV.2. Renforcement du Concept OneHealth pour une meilleure gestion
des épidémies/épizooties
La fièvre de la vallée du Rift étant une zoonose, elle est un bon exemple où l’approche « une
santé » peut s’appliquer pour améliorer, de façon significative, la prévention et la gestion des
épidémies qu’elle engendre (de La Rocque et al., 2014).
Actuellement, une commission nationale intersectorielle, regroupant différents ministères
(santé, élevage, environnement, intérieur, finances, commerce) existe avec des antennes
(commissions) régionales. Cependant, cette commission se réunit très rarement, et manque de
vision pour anticiper les évènements sanitaires importants.
Le niveau de mobilisation suscité par la FVR n’a pas encore atteint le niveau d’autres
zoonoses comme l’Influenza Aviaire Hautement Pathogène qui a suscité la mise en place de
plans de contingence conjoints, de plans stratégiques conjoints et de formations conjointes
impliquant des acteurs de la santé humaine et de la santé vétérinaires.
En effet, les expériences montrent que la riposte aux évènements sanitaires majeurs est
souvent tardive, car la collaboration entre les services sanitaires, vétérinaires et autres services
concernés est encore très limitée. Bien que les commissions existent sur le plan formel, elles
ont démontré leurs limites à plusieurs reprises dans le cadre de l’émergence des
épizooties/épidémies de FVR notamment en 2010, 2012 et 2013.
132
Ce concept pourrait bien être appliqué dans le cadre des maladies vectorielles transmissibles
en général et de la FVR en particulier. De même, ce concept multisectoriel est applicable à
plusieurs situations telles que la gestion de la mobilité animale dans un pays comme la
Mauritanie où les éleveurs et leurs animaux sont en perpétuel mouvement.
Dans la gestion de cette mobilité animale, l’identification du bétail et des parcours de
transhumance est essentielle pour la traçabilité des mouvements d’animaux afin de faciliter la
gestion des maladies animales comme le recommande l’Organisation Mondiale de la Santé
Animale (OIE, 2003).
Par ailleurs, la transhumance doit être mieux organisée et encadrée car elle peut être sources
de conflits sociaux et de maladies dont des maladies transfrontalières. A titre d’exemple, on
peut rappeler la contamination, en 1978, de bovins du Sénégal dans la région du fleuve par
les bovins transhumants atteints de la peste bovine et la réapparition de la péripneumonie
contagieuse bovine dans le département de Niamey au Niger en 1980 à la suite de
mouvements de transhumance d'animaux au-delà des frontières nationales (Abiola et al.,
2005).
L’intérêt des acteurs de la santé publique à adapter leur politique de gestion de la santé est de
permettre la mise en place de nouvelles approches et d’outils de prévision des risques face à
l’émergence ou la réémergence des maladies infectieuses potentiellement zoonotiques.
Il faut noter aussi l’importance des facteurs climatiques et environnementaux dans le
déclenchement et l’amplification des maladies vectorielles. Il est également important de
considérer les zones d’exposition du bétail et des hommes aux vecteurs de la Fièvre de la
Vallée du Rift dans le but de proposer des stratégies adaptatives à moindre risque.
IV.3. Intégration d’un réseau de surveillance entomologique
Comme pour toutes les maladies vectorielles, l’épidémiologie de la FVR est fortement liée à
la triade vecteur-hôte-environnement. Parmi ces trois éléments, le vecteur semble être celui
qui détermine le plus le déclenchement et l’ampleur d’une épizootie. Les enquêtes
entomologiques sont donc d’un grand apport pour une meilleure compréhension de
l’épidémiologie de la maladie et pour la surveillance en général.
Bien qu’en Afrique de l’Ouest, la Mauritanie soit le pays qui paie le plus lourd tribut à la
FVR, les enquêtes entomologiques y sont très rares.
A titre d’exemple, une enquête
entomologique réalisée en 1998, à la suite de l’épidémie d’Aïoun, avait permis de collecter
133
essentiellement les espèces des genres Culex et Anopheles. Le nombre de moustiques capturés
était trop limité (546) et le genre Aedes était absent dans cette collecte. Cela peut être lié, en
partie, au fait que l’enquête a lieu au mois de Novembre où la plupart des mares temporaires
commençaient à se dessécher ; ce qui raréfierait les moustiques (Nabeth et al., 1998). Par
ailleurs, aucune souche du virus de la FVR n’a été isolée à partir des moustiques analysés.
Selon certaines études, le genre Aedes est considéré être l’un des principaux vecteurs du virus
de la FVR en Afrique de l’ouest (Traoré et al., 2001). Ce genre était aussi le plus abondant
lors de l’enquête entomologique réalisée à Barkédji et Kédougou au Sénégal, à la suite de
l’épidémie de 1987 (Fontenille et al., 1998).
Concernant les vecteurs du virus de la FVR dans la zone, les genres Aedes et Culex ont été
identifiés comme vecteurs (Fontenille et al.,1998 ; Diallo et al., 2000 ; Ba et al, 2006). De
même, lors de l’épidémie de 1998, une nouvelle espèce vectrice (Culex poicilipes) du virus de
FVR a été identifiée et trente-six souches virales ont été isolées de cette espèce au Sénégal
contre vingt souches en Mauritanie (Diallo et al., 2005).
Lors des épidémies de 2010 et 2012, des enquêtes entomologiques ont été réalisées par une
équipe de l’Institut Pasteur de Dakar ; mais le nombre de moustiques collectés est encore resté
limité peut-être pour les mêmes raisons évoquées précédemment.
Lors de l’enquête de 2010, réalisée en fin Novembre, un total de 2800 moustiques ont été
collectés en Adrar avec une prédominance des espèces Anopheles gambiae et Culex
antennatus. Seulement 13 individus d’Aedes vexans ont été collectés. Le virus de de la FVR a
été isolé chez Culex antennatus (rapport de mission). Au moins deux espèces de moustiques
(Culex poicilipes et Culex antennatus) sont donc identifiés comme vectrices du virus FVR. En
Mauritanie (Dialo et al. 2005).
En 2012, la mission de terrain a eu lieu du 21 au 29 Novembre dans 21 localités des wilayas
du Tagant, du Hodh El Gharbi, de l’Assaba, du Brakna et du Trarza. Les résultats des
investigations ont indiqué i) une collecte de 13 espèces, ii) la présence, en faible densité,
d’Aedes vexans, de Culex poicilipes, de Culex antennatus et de Mansonia uniformis qui sont
des vecteurs connus de la FVR dans la sous-région dont deux (Culex poicilipes et Culex
antennatus) ont déjà été impliqués dans des épidémies de FVR en Mauritanie,
Sur le plan abondance, un total de 152 moustiques a été récolté. Les vecteurs, déjà impliqués
dans la transmission du virus de la FVR dans la zone, ont représenté 53% du total collecté
134
avec une prédominance d’Aedes vexans (30%) et Culex antennatus (13%). Parmi les autres
vecteurs potentiels du virus FVR, il y a 121 phlébotomes et 19 culicoides.
En plus de la situation préoccupante de la FVR, les épidémies de dengue, à Nouakchott en
2014 et 2015, la circulation massive des espèces comme Aedes aegypti et la menace du virus
Zika, sont autant de facteurs qui justifient, très amplement, la prise en considération, à sa juste
valeur, la composante « entomologie » dans la compréhension et la lutte contre les maladies
vectorielles en Mauritanie et dans la sous-région.
IV.4. Intégration de modèles prédictifs
La complexité des maladies vectorielles exige de prendre en considération un grand nombre
de paramètres intervenant dans leur épidémiologie. L’objectif principal des modèles prédictifs
est de décrire la distribution spatiale des vecteurs et/ou de la maladie afin d’identifier et de
cartographier les zones à risque de manière à ce que les efforts de contrôle et les stratégies
d’intervention soient rendus les plus efficace et les plus ciblées possible.
C’est pourquoi les modèles mathématiques sont devenus des outils importants pour
comprendre les processus de transmission des maladies, d’en évaluer les prévalences et les
risques d’émergence et d’optimiser les stratégies de contrôle (Gao et al., 2013).
Une revue globale sur l’épidémiologie de la fièvre de la vallée du Rift a mis en exergue les
métadonnées disponibles entre 1931 et 2014 (Nanyingi et al., 2015). Ces auteurs ont mis en
exergue certains facteurs de risque comme i) la consommation de produits d'origine animale,
ii) le contact avec des animaux infectés, et iii) l’installation dans les zones de basse altitude
associées aux conditions climatiques et écologiques favorables à l’émergence des vecteurs.
Ces facteurs sont communs aux différentes zones touchées par la FVR. L’étude a montré aussi
le rôle des modèles prédictifs pour un meilleur contrôle de la maladie. Le même constat a été
fait, de façon plus spécifique en Tanzanie, sur la base d’une revue bibliographique synthétique
des données de 1930 à 2007 (Sindato et al., 2014).
Par ailleurs, au fil des années, les progrès technologiques en imagerie satellitaire ont permis
l’utilisation d’images ayant une résolution spatiale de plus en plus fine. Il est ainsi désormais
possible d’élaborer des modèles à haute résolution à partir d’images satellites SPOT13 (taille
du pixel de 5 à 20 m), Ikonos (1 m) ou QuickBird (60 cm)(Tran et al., 2005). Ces données
d’images satellitaires auraient probablement pu prédire, si elles avaient été exploitées dans
135
notre contexte, le risque d’une épidémie de FVR en Adrar en 2010, en raison de la
pluviométrie anormalement élevée cette année-là.
D’un point de vue pratique, la surveillance des événements pluviométriques doit être d’une
grande utilité, d’où l’importance d’intégrer les données sanitaires et météorologiques qui
serviront à la modélisation pour mieux gérer les événements sanitaires en fonction des
prévisions climatiques.
IV.5. Vaccination ciblée
La vaccination du cheptel est considérée comme l’une des mesures de contrôle les plus
efficaces pour limiter l’expansion des épizooties comme celles de la FVR (Ikegami et al.,
2015; Kortekaas et al., 2014a; Nishiyama and Ikegami, 2015). Cependant, la disponibilité
d’un vaccin approprié n’est pas toujours aisée ; c’est pourquoi il faut recourir au système de
banques de vaccins et cibler des zones à haut risque pour la vaccination.
Par rapport à la FVR, malgré la large distribution géographique des souches virales, ces
souches restent étroitement liées avec une forte homologie tant au niveau de leurs
compositions en acides aminés qu’en nucléotides, et il existe un seul et unique génotype du
virus de la FVR. La forte homologie observée pour l’ARN polymérase dépendante de l'ARN
viral (segment L), entre les différentes souches, implique qu’une stratégie antivirale ciblant
cette enzyme a de grandes chances d’être efficace contre l’ensemble des souches circulantes
(Ikegami et al., 2012).
Il faut noter qu’un certain nombre de candidats vaccinaux ont été développés. Parmi ces
candidats, le clone 13 est déjà homologué et produit sous licence en Afrique du Sud par OBP
(Onderstepport Biological Products, Pretoria). Cette souche conférerait une immunité
protectrice durable sans induire d’effets secondaires sur les femelles gravides ( Le Coupanec
et al., 2014; Brown et al., 2015; Lo et al., 2015).Testé sur les veaux, ce candidat vaccin a
montré une efficacité similaire à celle de la souche Smithburn (Von Teichman et al., 2011).
Une étude de terrain a été menée au Sénégal pour évaluer l'innocuité et l'immunogénicité du
clone 13 chez les moutons et les chèvres, de race locale, dans des conditions naturelles. Cette
étude a conclu sur la protection élevée du vaccin et de l’absence d’effets secondaires sur les
femelles gravides (Lo et al., 2015). Une autre étude, plus récente, a montré que ce vaccin
pouvait induire une réponse protectrice et efficace chez les agneaux, mais qu’en revanche des
136
précautions devaient être prises lors du premier trimestre de gestation des brebis (Makoschey
et al. 2016).
La souche MP12, un autre candidat-vaccin, administrée seule ou couplée avec le clone 13,
présente des résultats prometteurs également (Miller et al., 2015). Cette souche, dérivée de la
souche humaine pathogène ZH548, confère une sécurité et une protection suffisante. Elle a
obtenu une licence aux États-Unis pour être utilisée à des fins vétérinaires (Ikegami et al.,
2015).
La seconde partie de ce manuscrit a été consacrée à la problématique des phénomènes
d’émergence de la FVR, aux insuffisances du système de contrôle mis en place ainsi qu’aux
voies et moyens de renforcer ce système. La troisième et dernière partie qui suit porte sur la
discussion et les perspectives.
137
Chapitre V : Discussion et perspectives
La fièvre de la Vallée du Rift est enzootique en Mauritanie. Les différentes épidémies qui se
sont produites, entre 1987 et 2013 (1987 au Trarza, 1998 au Hodh EL Gharbi, 2003
circulation au sein la majorité des sites sentinelles, 2010 en Adrar et Inchiri, 2012 dans les
wilayas du sud et sud-est) montrent que le virus responsable de cette maladie est présent et a
circulé dans la majorité des Wilayas du pays.
Malgré le nombre d’épidémies, survenues en Mauritanie, il n’a pas été possible de cerner, de
manière précise, les facteurs de risque liés aux flambées de ces épidémies. Cet état de fait a
été également constaté dans d’autres pays tels que l’Egypte (Drake et al., 2013) et l’Afrique
du Sud (Pienaar et Thompson, 2013).
Les liens entre la disponibilité de l'eau, l’existence d'habitats favorables à la multiplication des
moustiques et l'abondance puis la saisonnalité des différentes espèces vectrices et les foyers
de FVR sont bien documentés (Abdo-Salem et al., 2011; Bicout et Sabatier, 2004; Davies et
al., 1985; Elfadil et al., 2006). Ces liens ont également été constatés lors des dernières
épidémies.
Ainsi, si la première épidémie de de la FVR en 1987 est très probablement liée à la mise en
place du barrage de Diama au sud-ouest de Rosso (Jouan et al. 1990, Jouan et al. 1990a),les
épidémies successives de 2010 et 2012 sont, quant à elles, probablement liées à la
pluviométrie enregistrée dans la zone des foyers (El Mamy et al. 2011, Caminade et al. 2014).
Mais force est de constater que la pluviométrie seule ne suffit pas pour expliquer entièrement
l’émergence des foyers de FVR en Mauritanie. C’est pourquoi d’autres facteurs sont
éventuellement impliqués.
I. Facteurs et mécanismes impliqués dans le maintien de la circulation et l’émergence
du virus FVR en Mauritanie ?
L’épidémie, qui a sévi dans les régions de l’Adrar et de l’Inchiri en 2010, a été la première
notification de FVR dans cette zone 23 années après la 1ère notification dans la région du
Trarza. C’est aussi la première fois que l’espèce cameline a été dramatiquement touchée. A
noter que l’année 2010 a été marquée par les plus importantes précipitations pluviométriques
enregistrées depuis une cinquantaine d’années selon les témoignages des autochtones. Ces
témoignages sont corroborés par les enregistrements des services météorologiques (fig. 14).
138
Donc, l’occurrence de la fièvre la vallée du Rift dans la région de l’Adrar permet d’émettre
plusieurs hypothèses quant à son émergence :
-
soit le virus de la FVR circulait, dans la région de l’Adrar de manière silencieuse,
sans avoir été détecté par les outils de surveillance mis en place. Ce risque lié à
l’endémicité a été évoqué en Afrique de l’Est où la probabilité d’apparition d’une
épidémie de FVR est 5 fois supérieure pour une zone endémique que pour une
zone n’ayant jamais connu de circulation virale (Murithi et al., 2011).
-
soit les moustiques du genre Aedes, infectés par le virus de la FVR, lors d’une
épidémie précédente, hébergeaient le virus dans leurs d’œufs enfouis dans les sols,
et auraient pu transmettre de manière verticale le virus. Bien que cela soit possible,
il est plus difficile d’imaginer ce scénario avec une persistance d’œufs infectés
dans les sols jusqu’aux inondations de 2010 avec l’apparition de l’épidémie de la
FVR dans la région de l’Adrar. Il est cependant reconnu que les œufs d’Aedes sont
capables de survivre des dizaines d’années dans les sols en attendant des
conditions favorables pour éclore (Linthicum et al. 1985, Davies et al., 1992 ;
Wilson et al., 1994). En revanche, on peut facilement imaginer, qu’en 2003, lors de
la circulation intense du virus FVR dans le pays, une épizootie limitée soit passée
inaperçue dans la région de l’Adrar, compte-tenu du niveau de surveillance très
faible, notamment vis-à-vis de la FVR, au niveau de cette zone. Ce qui aurait
permis une transmission verticale du virus au sein des vecteurs Aedes dans les
mares temporaires de la zone. Ces œufs seraient restés en dormance jusqu’aux
inondations de 2010 qui ont permis leur éclosion donnant naissance à des larves
puis des adultes infectés.
-
soit que le virus ait été introduit par des mouvements d’animaux venant du Sud de
la Mauritanie ou du Sud du continent africain où la maladie est déjà présente. Ce
qui va dans le sens des analyses phylogénétiques illustrant une proximité entre les
souches virales de la Mauritanie et celles d’Afrique du Sud et du Zimbabwe.
Cette dernière hypothèse est la plus vraisemblable compte tenu de l’importance des effectifs
d’animaux ayant convergé vers cette zone en 2010. Par ailleurs, ce mode de transmission de la
maladie a été documenté à plusieurs reprises. En effet, le virus a été introduit en Arabie
Saoudite et au Yémen par l’importation d’animaux porteurs du virus à partir des pays de la
Corne d’Afrique comme Djibouti et la Somalie (Abdo-Salem et al., 2011). De même, le virus
a été introduit à Madagascar et aux Comores par l’importation d’animaux à partir des pays de
139
l’Afrique de l’Est (Carroll et al., 2011 ; Maquart et al., 2014). C’est également le cas de
l’introduction du virus en Egypte à travers la frontière avec le Soudan (Gad et al., 1986).
II. Quelle rôle joue le dromadaire dans l’épidémiologie de la FVR en Mauritanie ?
Cette partie est abordée en mettant l’accent sur le mode d’élevage prédominant en Mauritanie
et qui se résume en une perpétuelle mobilité à la recherche des pâturages, c’est-à-dire la
transhumance. Dans les zones désertiques, la rareté de points d’eau limite le déplacement des
espèces animales comme les bovins, les ovins et, dans un degré moindre, les caprins, vers ces
zones contrairement aux camelins dont l’adaptation à ces zones est légendaire ; ce qui les
permet d’être les seuls à être en mesure de les exploiter pour l’élevage.
En 2010, une intense activité de mobilité animale a été notée du sud-est et du centre de la
Mauritanie vers la zone nord (l’Adrar). Les animaux ont été conduits à pied et par camions.
Cette zone du nord est rarement arrosée, mais quand elle l’est, elle devient une prédilection
pour les éleveurs des dromadaires et des petits ruminants, surtout les caprins. Les dromadaires
sont coutumiers d’une mobilité vers les points d’eau avec des distances énormes qu’ils sont en
mesure de parcourir en très peu de temps.
Compte tenu du statut peu sensible, initialement accordé à l’espèce caméline, vis-à-vis du
virus de la FVR, la surveillance de la maladie chez cette espèce et, en particulier dans la zone
du nord, était presque inexistante avant 2010. Pourtant, une enquête sérologique, réalisée en
2008, dans les camps de réfugiés Sahraouis au Sahara Occidental, faisait état d’une positivité
vis-à-vis de la FVR (Di Nardo et al., 2014).
L’espèce caméline a été fortement incriminée dans la transmission de la FVR en 2010 en
Adrar lorsque les premières victimes humaines décédèrent suite à la manipulation et la
consommation de la viande d’un camelin malade sacrifié (El Mamy et al., 2011). Cette
incrimination est renforcée par la mise en évidence d’anticorps dirigés contre le virus de la
FVR chez les dromadaires (Davies et al., 1985, EL Mamy et al. 2011, Di Nardo et al., 2014).
L’espèce cameline est également désignée comme la principale source de la transmission de
la FVR chez l’homme en Egypte lors de l’épidémie de 1977 (Eisa et al., 1980).
D’après certains auteurs, les dromadaires ont joué un rôle dans l'introduction continue du
virus de la FVR en Egypte (Kamal, 2011). Le plus souvent ces animaux traversent la frontière
sans faire l’objet d’aucune prophylaxie, ni enquête virologique/sérologique ni quarantaine lors
140
de leurs importations. Généralement, les autorités gouvernementales considèrent que les
dromadaires infectés ont largement le temps d’extérioriser des signes cliniques avant de
franchir les frontières en raison des longues distances à parcourir avant la frontière.
Cependant ceci ne correspond pas aux règles de l’OIE en matière d'importation d'animaux
vivants (Kamal, 2011).
Les différentes épidémies, intervenues en Mauritanie entre 2010 et 2015, montrent que le
virus est probablement capable de se maintenir dans l’environnement pendant les périodes
inter- épidémiques. En plus du maintien probable du virus au sein des œufs d’Aedes, les
différents mouvements d’animaux domestiques, notamment des dromadaires, pourraient
également avoir joué un rôle dans ce maintien. Cette hypothèse est étayée par l’absence,
jusque-là, de cycle selvatique du virus de la FVR en Mauritanie.
Donc le dromadaire doit susciter plus d’intérêt dans l’avenir aussi bien sur le plan
épidémiosurveillance que sur le plan diagnostic en développant de nouveaux kits validés pour
cette espèce.
III. Quelle serait la stratégie à adopter pour améliorer la surveillance et réduire /
prédire le risque d’émergence de la FVR en Mauritanie et dans la sous-région ?
La FVR est largement répandue en Afrique sub-saharienne où l’élevage transhumant est
encore largement représenté. Les mouvements d’animaux représentent un risque élevé
d’introduction et de diffusion de la maladie. Ce risque augmente avec la demande accrue de
viande liée à l’explosion démographique.
Les derniers foyers de FVR, qui ont éclaté en Mauritanie ces dernières années, ont montré,
d’une part, les limites des services vétérinaires et ceux de la santé publique à contenir les
impacts de la maladie, et, d’autre part, le manque de concertation, de collaboration et de
préparation, à tous les niveaux, à de telles situations.
Par conséquent, il est nécessaire d’avoir une approche nationale d’abord, ensuite régionale,
voire continentale, harmonisées et coordonnées, en matière de surveillance et de riposte face à
la FVR. Les réseaux régionaux de santé (services vétérinaires et services de santé), les
instituts de recherche du Sud et du Nord, les laboratoires de référence et les organisations
internationales, sont appelés à collaborer ensemble pour jouer un rôle de plus en plus
important.
141
Le renforcement des compétences en épidémiologie, en diagnostic et en communication, la
mise en place de stratégies régionales de surveillance et de contrôle de la FVR (vigilance en
zone encore indemne, surveillance et contrôle en zone d’enzootie), la mise en place de plans
de contingence (Geering et al. (2003)), la déclaration des foyers, la collaboration avec les
laboratoires internationaux de référence, la collaboration en recherche pour améliorer les
connaissances sur la bio-écologie des vecteurs et des virus, la construction de modèles
prédictifs du risque d’occurrence sont autant d’actions pertinentes à consolider pour mieux
contrôler et limiter les impacts des épizooties de la FVR.
La recherche du virus pendant les périodes inter-épizootiques pourrait également aider à
mieux comprendre les mécanismes du maintien, de la persistance, et d’émergence des foyers
de FVR (Owange et al., 2014). Ce qui demande différentes actions envisageables à différents
niveaux comme ci-dessous exposé.
 Actions nationales
-
Faire une analyse du risque d’introduction en mettant l’accent sur les mouvements
d’animaux,
-
Cartographier les zones à risque d’installation telles que les zones humides (y
compris celles d’irrigation, les oasis. . .), marchés à bestiaux,
-
Initier les enquêtes épidémiologiques pour repérer la dynamique et la distribution
des vecteurs, la distribution des facteurs de risques (espèces sensibles, cours d’eau,
densité animale et humaine),
-
Adapter le plan d’action de la FAO (Geering et al., 2003) pour une meilleure
riposte en cas de foyers de FVR.
 Actions régionales
-
Harmoniser et coordonner les analyses de risque et mutualiser les résultats obtenus
dans les activités relatives à la FVR et aux autres maladies transfrontalières,
-
Développer la cartographie du risque d’émergence et de diffusion (méthodes et
outils, systèmes d’information régionaux, etc.),
-
Harmoniser les protocoles et coordonner les enquêtes,
-
Adapter les politiques régionales de surveillance et de contrôle aux contextes
spécifiques.
142
Par rapport à la vaccination, le plan de contingence de la FVR, en Mauritanie, s’appuie sur
une stratégie basée sur la vaccination, au moins dans les zones les plus exposées. Suivant les
prévisions de risque de FVR, les services vétérinaires pourraient recourir aux stocks de
banques de vaccins.
143
Conclusion générale
La fièvre de la vallée du Rift est un bon exemple de maladie pour laquelle une approche « une
seule santé » peut améliorer, de façon significative, la gestion des épidémies (de La Rocque et
al., 2014).
Avec un cheptel estimé à environ 20 millions de têtes de ruminants domestiques (bovins,
petits ruminants, dromadaires), tous sensibles à la FVR, un système d’élevage extensif,
caractérisé par une mobilité animale de grande ampleur et une situation d’enzootie de la
maladie, la Mauritanie est donc, de plus en plus, exposée aux émergences de nouveaux foyers,
voire de nouvelles épidémies de FVR. La chronologie des épizooties/épidémies montre que la
cyclicité est de plus en plus serrée compte tenu d’un certain nombre de facteurs dont le
changement climatique. L’impact de cette maladie, en termes de santé publique, est très
important avec la perte de nombreuses vies humaines. Côté productions animales, l’impact
économique et sanitaire est considérable également compte-tenu des mortalités animales et
des taux d’avortements élevés engendrés au niveau des cheptels touchés.
Ce travail est le fruit de plusieurs années de suivi épidémiologique de la FVR en Mauritanie.
Il a permis de mettre en évidence (i) le rôle majeur que pourrait jouer le dromadaire et la
mobilité animale dans l’épidémiologie de cette maladie, (ii) l’importance des facteurs
climatiques dans l’émergence de l’affection, (iii) et les insuffisances du système de
surveillance
(animale
et
humaine)
mis
en
place.
Si
l’ossature
de
réseaux
d’épidémiosurveillance existe, les mécanismes d’alerte précoce et de riposte sont très limités.
En effet, les agents de terrain ne disposent que de très peu de moyens leur permettant l’accès
au terrain, d’une part, et la disponibilité de la logistique et du matériel de prélèvement
permettant d’intervenir à temps est un facteur limitant d’autre part. Par ailleurs, les approches
de surveillance événementielle et par les troupeaux sentinelles sont de plus en plus aléatoires
et mal exécutées.
Par ailleurs, pour la FVR, comme c’est le cas pour les autres zoonoses, il y a une grande
dichotomie entre les services vétérinaires et les services de la santé publique dans la gestion
des foyers. La collaboration entre ces services, aussi bien au niveau central que périphérique,
reste très limitée. La gestion pluridisciplinaire, en amont des crises, est inexistante. Le plus
souvent les commissions multidisciplinaires sont mises en place sous forme de cellule de
veille suite à la déclaration des cas humains.
144
Les approches épidémiologiques qui ont prouvé leur pertinence dans le contrôle et la lutte
contre la FVR dans le monde, comme la modélisation basée sur l’analyse de risque, la
recherche entomologique et la vaccination, sont encore inexistantes en Mauritanie.
Nous avons donc essayé d’expliciter, dans ce travail, les différents outils et approches qui
pourraient améliorer le système de surveillance et d’alerte précoce de la FVR en Mauritanie.
Le contrôle de la FVR passe inéluctablement par la réorganisation du système de surveillance,
la sensibilisation et la collaboration entre les différentes structures impliquées et la mise en
place d’un plan de contingence. Cette démarche doit décortiquer les aspects de la mobilité
animale (suivi cartographié des parcours), la distribution des vecteurs et des zones
écologiquement favorables (enquêtes entomologiques) et les modèles prédictifs (valorisation
des données climatiques).
Compte tenu de l’épidémiologie de la FVR, la sensibilité d’un système de surveillance est
évaluée par la détection précoce des cas animaux pour éviter ou limiter les cas humains.
Ce travail a également contribué à mettre en exergue le rôle, de plus en plus évident, de
l’espèce cameline dans l’épidémiologie de la fièvre de la Vallée du Rift. Pour la première fois,
les preuves sérologiques et virologiques ont été corrélées avec des signes cliniques de FVR
chez cette espèce. Par conséquent, ce contribuera, sans nul doute, à la reconsidération du
statut de cette espèce vis-à-vis de la FVR.
Je regrette qu’au moment précis de la rédaction de cette dernière partie de mon manuscrit à
Montpellier, la FVR ait encore frappé en Mauritanie. Cependant, j’ai bon espoir que les
résultats de ce travail contribueront à une meilleure approche basée sur le concept « une seule
santé » pour la lutte contre cette zoonose majeure à travers la conjugaison des efforts de tous
les acteurs concernés (décideurs, techniciens, communautés).
145
Recommandations
A l’issue de ce travail, un certain nombre de recommandations pourraient être formulées aux
services vétérinaires mauritaniens pour une meilleure gestion de la FVR en Mauritanie :
-
Redynamiser le réseau national d’épidémiosurveillance à travers un renforcement de
capacités en diagnostic et en équipements ;
-
Renforcer des ressources humaines par le recrutement du personnel technique et la
formation des différents acteurs (éleveurs, auxiliaires, vétérinaires) afin de détecter
précocement les foyers de la maladie ;
-
Réorganiser de manière plus adaptée des postes vétérinaires en lien avec les zones à risque
correctement identifiées ;
-
Sensibiliser les différents partenaires impliqués dans la surveillance de la FVR pour une
approche intégrée multisectorielle à tous les niveaux ;
-
Accroître le rythme des enquêtes épidémiologiques afin de mieux cerner les zones et les
périodes à risque et de détecter les événements sanitaires de manière précoce ;
-
Définir et mettre en place le plan national de contingence avec des moyens et des outils
appropriés et facilement mobilisables en cas d’alertes ;
-
Elaborer un plan de communication adapté et efficace ;
-
Valoriser les données de la mobilité animale pour un meilleur suivi de la diffusion des
maladies animales notamment la FVR ;
-
Mener des recherches sur les facteurs de risque/réservoir dans les zones humides au désert
(Oasis) ;
-
Programmer des enquêtes épidémiologiques au plus tard à partir de fin juin pour une
détection précoce et une anticipation de la riposte ;
-
Œuvrer pour une stratégie de vaccination du cheptel avec un vaccin adapté.
146
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164
ANNEXES
Annexe I : Données sur la mobilité animale en Mauritanie
Annexe
I:Table III :
Données sur
mobilité
animale en
Mauritaniee
d’élevage
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Origine
Aleg
Saint-Louis (Senegal)
Kiffa
Mbout
Djigueni
Kiffa
Kiffa
Oum Lahbal
Oum Lahbal
Oum Lahbal
Oum Lahbal
Oum Lahbal
Ain Bahah
Ain Bahah
Ain Bahah
Ain Bahah
Oum Lahiadh
Ain Bahah
AouinatZbel
AouinatZbel
Type
Destination
Elevage
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Boutilimit
Rosso
Bababe
Boutilimit
Bassiknou
Nouakchott
Djigueni
Kobeni
Nouakchott
Nouakchott
Kobeni
Aouker
Oum Lahiadh
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Tichit
Ferenni
Kayes (Mali)
Kayes (Mali)
Type
Zone de repos
Elevage
Marchés
Zone de repos
Marchés
Abattoirs
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Transit
Boustaile-Adel Bagrou-Bassiknou
Kankossa- EL Ghatta- Kobeni
Aioun- Nouakchott
Aioun- Nouakchott
Oum Lahbal- Kobeni
OumLahbal-OumLaadham- Aouker
Ain Bahah-Oum Lahiadh
Ain Bahah-Nouakchott
Ain Bahah-Nouakchott
Ain Bahah-Nouakchott
Ain Bahah-Aouker-Tichit
Ain Bahah-Ferenni
AouinatZbel-Ferenni-Tourougoumbé
AouinatZbel-Ferenni-Tourougoumbé
Espèces
Caprins
Bovins
Ovins
Ovins
Ovins
Ovins
Camélins
Bovins
Ovins
Ovins
Ovins
Camélins
Bovins
Caprins
Ovins
Camélins
Camélins
Bovins
Bovins
Ovins
165
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
AouinatZbel
AouinatZbel
Oum Lahiadh
Oum Lahiadh
Oum Lahiadh
Oum Lahiadh
Oum Laadham
Oum Laadham
Oum Laadham
Timbedra
Timbedra
Timbedra
Timbedra
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Kayes (Mali)
Aouker
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Mabrouk
Mabrouk
Mabrouk
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Extensif
Timbedra
Elevage
Zouerate
Elevage
Extensif
Timbedra
Elevage
Zouerate
Elevage
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Timbedra
Chamia
Chamia
Chamia
Souleymaniya
Souleymaniya
Souleymaniya
EL Ghouds
EL Ghouds
Nezaha
Nezaha
Nezaha
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Zouerate
Nouakchott
Nouakchott
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Elevage
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Extensif
EL Ghassimiya
Elevage
Abdel Bagrou
Elevage
AouinatZbel-Ferenni-Tourougoumbé
AouinatZbel-Aouker
Oum Lahiadh-Nouakchott
Oum Lahiadh-Nouakchott
Oum Lahiadh-Nouakchott
Oum Lahiadh-Nouakchott
Oum Laadham- Mabrouk
Oum Laadham- Mabrouk
Oum Laadham- Mabrouk
Timbedra-Nouakchott
Timbedra-Nouakchott
Timbedra-Nouakchott
Timbedra-Nouakchott
Timbedra-Tintane-Tamchekett-TagantAdrar-Tiris
Timbedra-Tintane-Tamchekett-TagantAdrar-Tiris
Timbedra-Tintane-Tamchekett-TagantAdrar-Tiris
Chamia-Timbedra-Nouakchott
Chamia-Timbedra-Nouakchott
Chamia-Boustaile
Souleymaniya-Boustaile
Souleymaniya-Boustaile
Souleymaniya-Boustaile
EL Ghouds-Boustaile-Tirou
EL Ghouds-Boustaile-Tirou
Nezaha-Ael Bagrou-Tirou(Mali)
Nezaha-Ael Bagrou-Tirou(Mali)
Nezaha-Ael Bagrou-Tirou(Mali)
EL Ghassimiya-Adel Bagrou-Tirou
(Mali)
Caprins
Camélins
Ovins
Camélins
Bovins
Ovins
Bovins
Ovins
Caprins
Ovins
Caprins
Bovins
Camélins
Camélins
Ovins
Caprins
Caprins
Ovins
Bovins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Ovins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
166
Extensif
EL Ghassimiya
Elevage
Abdel Bagrou
Elevage
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
EL Ghassimiya
Mdeivina
Mdeivina
Werken3
Werken3
Werken3
Werken1
HassiHamady
HassiHamady
HassiHamady
MaghamTeissir
MaghamTeissir
MaghamTeissir
Leaneigre
Leaneigre
Leaneigre
Leaneigre
Leaneigre
Leaneigre
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Extensif
Gneiba
Elevage
Marchés
Gneiba-Timbedra-Aleg
Ovins
Extensif
Extensif
Gneiba
Gneiba
Elevage
Elevage
Abdel Bagrou
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Oum Laadham
Oum Laadham
Oum Laadham
Oum Laadham
Oum Laadham
Oum Laadham
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Katawan
Katawan
Katawan
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Rosso
(Sénégal)
Rosso
(Sénégal)
Rosso
EL Ghassimiya-Adel Bagrou-Tirou
(Mali)
EL Ghassimiya-Adel Bagrou-Tirou
(Mali)
Mdeivina-Boustaile
Mdeivina-Boustaile
Werken3-Bostaile
Werken3-Bostaile
Werken3-Bostaile
Werken1-Bostaile
HassiHamady-Oum Laadham
HassiHamady-Oum Laadham
HassiHamady-Oum Laadham
Magham T-Oum Laadham
Magham T-Oum Laadham
Magham T-Oum Laadham
Leaneigre-Boustaile
Leaneigre-Boustaile
Leaneigre-Boustaile
Leaneigre-Katawan
Leaneigre-Katawan
Leaneigre-Katawan
Gneiba-Bassiknou
Gneiba-Bassiknou
Gneiba-Bassiknou
Gneiba-Bassiknou
Gneiba-Bassiknou
Marchés
Marchés
Gneiba-Timbedra-Aleg
Gneiba-Timbedra-Aleg
Caprins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Ovins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Caprins
Ovins
Camélins
Camélins
167
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
MmatLaakarich II
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
TichellatenoulBoukerch
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
(Sénégal)
Abdel Bagrou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Boustaile
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Nouakchott
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Mmat LII-Adel Bagrou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Bassiknou
Mmat LII-Gneiba
Mmat LII-Gneiba
Mmat LII-Gneiba
Tichit-Boustaile
Tichit-Boustaile
Tichit-Boustaile
Tichit-Boustaile
Tichit-Gneiba
Tichit-Gneiba
Tichit-Gneiba
Tichit-Gneiba
Tichit-Bassiknou
Tichit-Bassiknou
Tichit-Bassiknou
Tichit-Bassiknou
Tichit-Timbedra-Nouakchott
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Bassiknou
Bovins
Bovins
Caprins
Ovins
Bovins
Caprins
Ovins
Ovins
Caprins
Bovins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
168
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Lewhiyyat
Echayif
Echayif
Echayif
Echayif
Echayif
Echayif
Echayif
Echayif
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
EL Masgoul
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Bassiknou
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Gneiba
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Bassiknou
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Nara (Mali)
Nara (Mali)
Nara (Mali)
Nara (Mali)
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Extensif
Extensif
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Elevage
Elevage
Nouakchott
Nouakchott
Marchés
Marchés
Lewhiyyat-Bassiknou
Lewhiyyat-Gneiba
Lewhiyyat-Gneiba
Lewhiyyat-Gneiba
Lewhiyyat-Gneiba
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Echayif-Bassiknou
Bassiknou -Nouakchott
Bassiknou -Nouakchott
Bassiknou -Nouakchott
Bassiknou -Nouakchott
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
EL Masgoul-Adel Bagrou
Adel Bagrou-Nara
Adel Bagrou-Nara
Adel Bagrou-Nara
Adel Bagrou-Nara
Adel Bagrou-Boustaila-TimbedraNouakchott
Adel Bagrou-Boustaila-Timbedra-
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
Caprins
Camélins
Bovins
Ovins
169
Extensif
Abdel Bagrou
Elevage
Nouakchott
Marchés
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Extensif
Abdel Bagrou
Legaide
Legaide
Legaide
Legaide
Legaide
Legaide
Amourj
Amourj
Amourj
Kiffa
Kiffa
Kiffa
Kiffa
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Nouakchott
Nara (Mali)
Nara (Mali)
Nara (Mali)
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Abdel Bagrou
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Nouakchott
Marchés
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Elevage
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Marchés
Extensif
Kiffa
Elevage
Zouerate
Elevage
Extensif
Extensif
Guerou
Boumdeid
Elevage
Elevage
Zouerate
Zouerate
Elevage
Elevage
Nouakchott
Adel Bagrou-Boustaila-TimbedraNouakchott
Caprins
Adel Bagrou-Boustaila-TimbedraNouakchott
Camélins
Legaide-Adel Bagrou-Nara
Bovins
Legaide-Adel Bagrou-Nara
Ovins
Legaide-Adel Bagrou-Nara
Caprins
Legaide-Adel Bagrou
Bovins
Legaide-Adel Bagrou
Ovins
Legaide-Adel Bagrou
Caprins
Amourj-Timbedra-Nouakchott
Bovins
Amourj-Timbedra-Nouakchott
Ovins
Amourj-Timbedra-Nouakchott
Caprins
Kiffa-Aleg-Kandelek
Ovins
Kiffa-Aleg-Kandelek
Caprins
Kiffa-Aleg-Kandelek
Bovins
Kiffa-Kandelek
Camélins
Kiffa-Achram-Aleg-Aoukar-AkjoujtChoum-Zouerate
Camélins
Guerou-Achram-Aleg-Aoukar-AkjoujtChoum-Zouerate
Camélins
Boumdeid-Tijikja-Aoujeft-Atar-Choum-Zouerate
170
Nombre
total
période
5
100
7400
1200
200
150
100
6000
600
3000
8000
7000
40
300
100
30
50000
9000
40000
50000
10000
15000
200
35
35
1000
8000
20000
5000
2400
400
Mode
Mois ou période
Annee
A pied
Camion
Camion
Camion
Camion
Camion
Camion
pied
Camion
Camion
pied
pied
pied
Camion
Camion
Camion
pied
pied
pied
pied
pied
pied
Camion
Camion
Camion
Camion
pied
pied
pied
Camion
Camion
année
année
Octobre-Novembre
tabaski
année
Avril-Juin
Hivernage
Avril-Juin
année
tabaski
Avril-Juin
Avril-Juin
année
Aoùt-Novembre
Aoùt-Novembre
Aoùt-Novembre
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
année
année
année
tabaski
année
année
année
aoùt-Février
aoùt-Février
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2015
2015
2015
2015
2015
2015
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
Fréquence
M
M
H
H
H
M
M
A
H
H
A
A
H
H
H
M
A
A
A
A
A
A
H
H
H
A
A
A
A
H
H
Durée
jours
Duree
heures
1
1
1
1
1
2
2
2
2
2
1
2
2
2
1
4
4
4
4
2
2
2
2
2
2
2
2
2
2
Débarquement
6 Non
6 Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Oui
oui
Non
Non
Non
oui
Oui
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Oui
Non
Non
Oui
Non
Non
Non
Oui
Oui
Source
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
171
60
56
360
3000
1000
200
200
4000
3000
1500
500
1000
700
4000
2000
1000
4000
7000
3000
3000
4000
500
500
500
3000
600
1500
500
4000
4000
2000
20000
4000
2000
Camion
Camion
pied
pied
pied
Camion
Camion
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
pied
aoùt-Février
Avril-Juin
Mars-Juillet
Mars-Juillet
Mars-Juillet
tabaski
tabaski
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
H
H
A
A
A
M
M
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
2
2
25
25
25
2
2
3
3
3
3
4
4
4
6
6
6
6
6
7
7
7
7
7
7
4
4
4
4
4
4
7
7
7
Non
Non
Non
Non
Non
Oui
Oui
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
172
300
300
100
7000
10000
5000
4000
100
1000
2000
2000
1000
1000
8000
4000
100
400
300
500
600
200
3000
4000
2000
5000
50
300
100
40
70
300
100
120
400
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
Camion
année
année
année
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
année
année
année
année
année
année
année
année
année
année
année
année
année
année
Mars-Juillet
Mars-Juillet
Mars-Juillet
Mars-Juillet
année
année
année
année
année
année
année
année
année
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
H
H
H
A
A
A
A
H
A
A
A
A
A
A
A
H
H
H
H
H
H
A
A
A
A
H
H
H
H
H
H
H
H
H
10
10
10
10
3
60
60
60
7
7
7
7
2
2
2
2
2
2
7
7
7
7
1
1
1
1
1
1
1
1
3
3 Non
3 Non
3 Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
173
2000
3000
5000
6000
400
200
300
300
200
200
200
200
12000
20000
5000
5000
70
200
100
20
514
3600
2500
1100
13000
14000
6000
10000
200
400
200
100
100000
500000
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
Camion
Camion
Camion
Camion
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
Mars-Juillet
Mars-Juillet
Mars-Juillet
Mars-Juillet
année
année
année
année
année
année
année
année
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
année
année
année
année
année
année
année
année
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
Avril-Juin
année
année
année
année
Avril-Juin
Avril-Juin
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
7
7
7
7
2
2
2
2
2
2
2
2
5
5
5
5
2
2
2
2
3
3
3
3
5
5
5
5
2
2
2
2
3
3
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
174
300000
200000
100
600
300
60
20000
25000
10000
200
400
100
150
2200
1100
400
200
400
100
20000
10000
A pied
A pied
Camion
Camion
Camion
Camion
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
A pied
Camion
Camion
Camion
Camion
Camion
Camion
Camion
A pied
A pied
Avril-Juin
Avril-Juin
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
année
année
année
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
année
Juillet-Octobre
Juillet-Octobre
année
Avril-Juin
Avril-Juin
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
2014
A
A
Q
Q
Q
Q
A
A
A
Q
Q
Q
Q
Q
Q
H
h
M
M
A
A
3
3
3
3
3
3
4
4
4
1
1
1
3
3
3
2
2
2
2
30
30
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Oui
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Non
Oui
Oui
Oui
Oui
Non
Non
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Certificat
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
Enquêtes
175
Annexe II: Tableau des indicateurs d’analyse de réseau et définitions
Notion
Indicateurs
Définition
Implication en épidémiologie
Cohésion
Densité
Proportion entre les contacts existants observés et l’ensemble des
contacts possibles du réseau
Un réseau dense a de nombreuses connexions et est plus
vulnérable à la diffusion des maladies
Cohésion centralité
Degré
Nombre de liens adjacents à un nœud
Un établissement à forte centralité sera à la fois plus
vulnérable mais aussi facilitera la diffusion de la maladie par
une dispersion plus large
In degree : Nombre de liens entrants
Out degree : Nombre de liens sortants
Centralité

Eloignement

Distance moyenne

Diamètre
La somme des distances géodésiques
Moyenne des plus courts chemins
Informe sur la distance (nombre de mouvements et
d’exploitations intermédiaires entre deux exploitations). Ces
indicateurs sont en relation avec la vitesse de diffusion d’une
maladie
Chemin le plus long
Centralité
Permet de mesure la capacité d’autonomie ou d’indépendance
des acteurs
Proximité
Inverse de l’éloignement
Centralité
Intermédiarité
Proportions des chemins (les plus courts) sur lesquels se trouve le
nœud étudié
Un établissement à forte centralité ou « Hub » sera à la fois
plus vulnérable, mais aussi facilitera la diffusion de la
maladie Carrefour commercial incontournable Mais capacité
de contrôler cette circulation
Cohésion
Composant fortement/faiblement
connecté (Weak component/Strong
component)
Un WC est un sous réseau pour lequel un chemin existe entre chaque
paire de nœud qu’elle que soit la direction des liens. Un Sc est un sous
réseau où la direction des liens est prise en compte
WC renseignent sur la fragmentation du réseau. Détection
d’établissements isolés
SC sont des prédicteurs de la taille finale d’une épizootie
176
Cohésion
Coefficient de Clustering
Probabilité que les voisins d’un nœud soient connectés entre eux
Détermine la cohésion entre un établissement et les
établissements en lien direct. Favorise la diffusion.
Centralité
Chaine d’infection entrante/sortante
Identifie le nombre de nœuds connectés à un nœud incluant les nœuds
adjacents et tous les autres nœuds sur les chemins menant à ce noeud
Nombre d’établissements connectés à une exploitation
incluant les contacts directs (adjacents) et indirects (tous les
chemins menant à cette exploitation )en tenant compte de la
chronologie des contacts ; identifie les établissements à risque
avec le plus de contacts
177
Annexe III. Caractéristiques du réseau par espèce
Tableau IX. Paramètre de description du réseau des petits ruminants.
Taille (nombre de nœuds)
Nombre de liens
Densité
80
1179
0.0181
Distance des plus courts chemins
Diamètre
6.65
7
Degree
2.87 [1 ;19]
Indegree
1.48 [1,19]
Outdegree
1.67 [1,8]
Betweeness
8.4 [0,149]
Fig.33 : Flux des petits ruminants, Mauritanie (2014).
La taille du cercle correspond à l’activité commerciale de la commune. Le degré « degree »
correspond à l’activité commerciale, la Betweeness correspond au carrefour commercial.
Ainsi Nouakchott et Podor sont des centres à forte activité commerciale à cause de la
convergence massive des mouvements d’animaux vers ces localités. Nouakchott est la
178
direction privilégiée au niveau national et Podor est celle au niveau des échanges avec le
Sénégal
Tableau X : Paramètres de description du réseau des dromadaires
Taille (nombre de nœuds)
55
Nombre de liens
358
Densité
0.017
Distance des plus courts chemins
1.96
Diamètre
2
Degree
1.927
Indegree
0.96
Outdegree
0.96
Betweeness
0.29
Figure 33: Réseau de dromadaires en Mauritanie, 2014.
En plus de Nouakchott qui reste également un centre d’attraction pour les dromadaires, c’est
Zouerate, la capitale du nord, qui est une zone importante pour les mouvements de l’espèce
cameline vers le nord du fait de la grande adaptation de cette espèce au désert et à la
dépendance des populations du nord de la Mauritanie et du sud du Maroc à la viande et au lait
de cette espèce.
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Tableau XII. Paramètre de description du réseau des bovins
Taille (nombre de nœuds)
664
Nombre de liens
75
Densité
0.017
Distance des plus courts chemins
6.64
Diamètre
7
Degree
Indegree
Outdegree
Betweeness
Figure 34. Réseau bovins en Mauritanie, 2014.
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