PROPOSITION SUJET de MASTER 2016-2017
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PROPOSITION SUJET de MASTER 2016-2017 PHENOSPHINGO : analyse proteomique de la régulation des phénomènes de plasticité génomique chez Sphingobium francense Nom, Prénom du Maitre de Stage : VOGEL, Timothy Qualité : Professeur Téléphone : 06 18 00 67 57 Nom, Prénom du co-encadrant éventuel : Qualité : Assistant Ingénieur Téléphone : 0626990528 E-mail : [email protected] CECILLON, Sebastien E-mail : [email protected] Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : Laboratoire Ampère, Directeur : Bruno Allard ; équipe : Génomique Microbienne Environnementale Adresse : Bat H9, Ecole Centrale de Lyon, 36 avenue Guy de Collongue, 69130 ECULLY Nom du candidat éventuellement proposé : S'il n'est pas retenu, acceptez-vous un autre candidat ? Oui - Non Description du sujet au verso Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) : Contexte : La plasticité génomique est un aspect clé de l’adaptation bactérienne. La plasticité est une caractéristique intrinsèque d’un génome responsable de sa capacité et de son taux d’évolution. De nombreuses études ont montré la plasticité comme le résultat d’une adaptation à un stress : changement de température, présence d’un xenobiotique par exemple. Lors de précédents travaux (Cérémonie et al., 2006), nous avons montré que Sphingobium francense sp+, bactérie degradant le lindane, ne présente pas un phenotype stable en presence ou absence de lindane. Le lindane est un pesticide organique halogéné, classé par la Convention de Stockholm sur la liste des Polluants Organique Persistant. La croissance de Sphingobium francense sp+ sur gélose supplémenté en lindane conduit à la formation de halo de dégradation. Ces cultures produisent un taux de 4% de colonies non dégradantes (absence de halo de dégradation). L’analyse génomique de ces bactéries montre une présence importante de séquence d’insertion (IS) et généralement une large délétion de régions génomiques comprenant les séquences des gènes de dégradation du lindane. La régulation de ces phénomènes et les différences phénotypiques qu’ils amènent demeurent obscurs. Objectifs et hypothèse de travail : Ce projet de master a pour objectif des déterminer l’impact des protéines produites lors de la dégradation du lindane sur la régulation des phénomènes de plasticité génomique. En effet, la délétion de zones responsable de la dégradation du lindane en présence de lindane peut supposer un phénomène de régulation protéique. Ceci nécessite de déterminer au préalable les différences d’expression protéiques entre souches sauvages et mutantes. Dans un second temps, il s’agira de déterminer l’impact des protéines issues des cultures de souches mutantes sur la souche sauvage, et inversement. Démarche expérimentale : 1) Fingerprinting proteique des cultures. Cette première étape sera réalisée par des techniques de PAGE en une et deux dimension à partir de cultures en liquide des souches sauvages et mutantes en présence et absence de xénobiotique organochloré. L’évolution du composé chloré sera suivie par Chromatographie gazeuse couplé à un spectromètre de masse (CPG-MS). 2) Crossfeeding protéique Des cultures seront mises en présence d’extraits protéique de culture des autres souches en absence et présence de lindane Les phénotypes de dégradation seront suivi sur gélose et par PAGE 1D et 2 D, et CPG-MS. 3) analyse génomique Les informations recensées dans les deux premières étapes seront mise en relation (statistique et bioinformatique) avec les données génomiques des souches. Si de nouveaux mutants sont détectés, ils seront séquencés en séquencage haut-débit et analysé.
