PROPOSITION SUJET de MASTER 2016-2017

PROPOSITION SUJET de MASTER 2016-2017
PHENOSPHINGO : analyse proteomique de la régulation des phénomènes de plasticité
génomique chez Sphingobium francense
Nom, Prénom du Maitre de Stage : VOGEL, Timothy
Qualité : Professeur
Téléphone : 06 18 00 67 57 E-mail : [e-mail]
Nom, Prénom du co-encadrant éventuel : CECILLON, Sebastien
Qualité : Assistant Ingénieur
Téléphone : 0626990528 E-mail : Sebastien.cecil[email protected]
Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : Laboratoire Ampère, Directeur : Bruno Allard ; équipe :
Génomique Microbienne Environnementale
Adresse : Bat H9, Ecole Centrale de Lyon, 36 avenue Guy de Collongue, 69130 ECULLY
Nom du candidat éventuellement proposé :
S'il n'est pas retenu, acceptez-vous un autre candidat ? Oui - Non
Description du sujet au verso 

Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) :
Contexte :
La plasticité génomique est un aspect clé de l’adaptation bactérienne. La plasticité est une
caractéristique intrinsèque d’un génome responsable de sa capacité et de son taux
d’évolution. De nombreuses études ont montré la plasticité comme le résultat d’une
adaptation à un stress : changement de température, présence d’un xenobiotique par
exemple. Lors de précédents travaux (Cérémonie et al., 2006), nous avons montré que
Sphingobium francense sp+, bactérie degradant le lindane, ne présente pas un phenotype
stable en presence ou absence de lindane. Le lindane est un pesticide organique halogéné,
classé par la Convention de Stockholm sur la liste des Polluants Organique Persistant. La
croissance de Sphingobium francense sp+ sur gélose supplémenté en lindane conduit à la
formation de halo de dégradation. Ces cultures produisent un taux de 4% de colonies non
dégradantes (absence de halo de dégradation). L’analyse génomique de ces bactéries
montre une présence importante de séquence d’insertion (IS) et généralement une large
délétion de régions génomiques comprenant les séquences des gènes de dégradation du
lindane. La régulation de ces phénomènes et les différences phénotypiques qu’ils amènent
demeurent obscurs.
Objectifs et hypothèse de travail :
Ce projet de master a pour objectif des déterminer l’impact des protéines produites
lors de la dégradation du lindane sur la régulation des phénomènes de plasticité
génomique. En effet, la délétion de zones responsable de la dégradation du lindane en
présence de lindane peut supposer un phénomène de régulation protéique. Ceci nécessite
de déterminer au préalable les différences d’expression protéiques entre souches sauvages
et mutantes. Dans un second temps, il s’agira de déterminer l’impact des protéines issues
des cultures de souches mutantes sur la souche sauvage, et inversement.
Démarche expérimentale :
1) Fingerprinting proteique des cultures.
Cette première étape sera réalisée par des techniques de PAGE en une et deux dimension à
partir de cultures en liquide des souches sauvages et mutantes en présence et absence de
xénobiotique organochloré. L’évolution du composé chloré sera suivie par
Chromatographie gazeuse couplé à un spectromètre de masse (CPG-MS).
2) Crossfeeding protéique
Des cultures seront mises en présence d’extraits protéique de culture des autres souches en
absence et présence de lindane Les phénotypes de dégradation seront suivi sur gélose et par
PAGE 1D et 2 D, et CPG-MS.
3) analyse génomique
Les informations recensées dans les deux premières étapes seront mise en relation
(statistique et bioinformatique) avec les données génomiques des souches. Si de nouveaux
mutants sont détectés, ils seront séquencés en séquencage haut-débit et analysé.