THESE de DOCTORAT « JEUNES CHERCHEURS ENTREPRENEURS » Année 2016 Unité de recherche Directeur de thèse Téléphone et mail Sujet de thèse Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne (ICMUB) UMR CNRS 6302 - Université de Bourgogne Site : http://www.icmub.fr/ Anthony ROMIEU 03.80.39.59.50.00 [email protected] Nouveaux substrats fluorogéniques pour la détection d'analytes en microbiologie Il s'agira de développer de nouveaux substrats fluorogéniques d'enzymes (principalement des hydrolases et des réductases) pour des applications en contrôle microbiologique industriel (dans les domaines agro-alimentaire, pharmaceutique et cosmétique). Plus précisément, le but est de concevoir des sondes moléculaires dites "intelligentes", c'est-à-dire capables de générer un signal de fluorescence détectable uniquement après réaction avec l'enzyme présente dans les bactéries à détecter/dénombrer/identifier. Contrairement aux substrats fluorogéniques conventionnels et actuellement utilisés en microbiologie , ces systèmes pro-fluorescents ne seront pas de simples dérivés de fluorophores exogènes (typiquement des dérivés de coumarine ou xanthène) pour lesquels, il n'est pas toujours possible d'éteindre efficacement et de façon réversible la fluorescence intrinsèque par simple modification chimique. Nous proposons une approche radicalement différente basée sur la conception et l'utilisation de précurseurs "cagés" qui pourront être convertis in situ en coeurs fluorescents, via des réactions fluorogéniques originales, efficaces dans les milieux biologiques et déclenchées par un ou deux analytes . Les avantages d'une telle approche sont nombreux ; on peut citer : la moindre cytotoxicité des sondes, le meilleur rapport signal sur bruit (réponse "OFF-ON" optimale, permettant de maximiser la sensibilité de détection ainsi que la résolution spatiale lors de la visualisation des bactéries), une exemplification aisée à un large éventail d'analytes, ... L'ensemble des validations in bacterio ainsi que les applications diagnostic in vitro seront réalisées par la département R&D Microbiologie de la société bioMérieux. Profil des candidats Etudiant(e) en Master 2 ou élève ingénieur, spécialisé(e) en chimie organique et/ou bio-organique, obligatoirement intéressé(e) à la fois par la synthèse organique et la chimie bio-analytique, en particulier les techniques chromatographiques (HPLC, spectrométrie de masse, …) et spectroscopiques de pointe (fluorescence, …). Une grande rigueur et minutie dans le travail à la paillasse ainsi qu'une bonne aptitude à la rédaction (français-anglais) seront demandées. Une première expérience en chimie des peptides (synthèse et bioconjugaison), biochimie (manipulation d'enzymes) et/ou chimie des fluorophores organiques serait un plus.