THESE de DOCTORAT « JEUNES CHERCHEURS

THESE de DOCTORAT « JEUNES CHERCHEURS ENTREPRENEURS »
Année 2016
Unité de recherche
Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne (ICMUB)
UMR CNRS 6302 - Université de Bourgogne
Site : http://www.icmub.fr/
Directeur de thèse
Anthony ROMIEU
Téléphone et mail
03.80.39.59.50.00
[e-mail]
Sujet de thèse
Nouveaux substrats fluorogéniques pour la détection d'analytes en microbiologie
Il s'agira de développer de nouveaux substrats fluorogéniques d'enzymes (principalement des
hydrolases et des réductases) pour des applications en contrôle microbiolo
gique industriel (dans les
domaines agro-
alimentaire, pharmaceutique et cosmétique). Plus précisément, le but est de concevoir des
sondes moléculaires dites "intelligentes", c'est-à-
dire capables de générer un signal de fluorescence
détectable uniquement a
près réaction avec l'enzyme présente dans les bactéries à
détecter/dénombrer/identifier. Contrairement aux substrats fluorogéniques conventionnels et
actuellement utilisés en microbiologie , ces systèmes pro-fluorescents ne seront pas de simples dérivés de
fluorophores exogènes (typiquement des dérivés de coumarine ou xanthène) pour lesquels, il n'est pas
toujours possible d'éteindre efficacement et de façon réversible la fluorescence intrinsèque par simple
modification chimique. Nous proposons une approche
radicalement différente basée sur la conception et
l'utilisation de précurseurs "cagés" qui pourront être convertis in situ en coeurs fluorescents, via des
réactions fluorogéniques originales, efficaces dans les milieux biologiques et déclenchées par un ou deux
analytes . Les avantages d'une telle approche sont nombreux ; on peut citer : la moindre cytotoxicité des
sondes, le meilleur rapport signal sur bruit (réponse "OFF-ON" optimale, permettant de maximiser la
sensibilité de détection ainsi que la résol
ution spatiale lors de la visualisation des bactéries), une
exemplification aisée à un large éventail d'analytes, ... L'ensemble des validations in bacterio ainsi que les
applications diagnostic in vitro seront réalisées par la département R&D Microbiologi
e de la société
bioMérieux.
Profil des candidats
Etudiant(e) en Master 2 ou élève ingénieur, spécialisé(e) en chimie organique et/ou bio-organique,
obligatoirement intéressé(e) à la fois par la synthèse organique et la chimie bio-analytique, en particulier
les techniques chromatographiques (HPLC, spectro
métrie de masse, …) et spectroscopiques de pointe
(fluorescence, …). Une grande rigueur et minutie dans le travail à la paillasse ainsi qu'une bonne aptitude à
la rédaction (français-anglais) seront demandées. Une première expérience en chimie des peptides
(synthèse et bioconjugaison), biochimie (manipulation d'enzymes) et/ou chimie des fluorophores
organiques serait un plus.