BDBIO - Base de données pour la bioinformatique

BDBIO - Base de données pour la
bioinformatique - Organisation de l’UE
Fabien Duchateau
fabien.duchateau [at] univ-lyon1.fr
Université Claude Bernard Lyon 1
2016 - 2017
http://liris.cnrs.fr/fabien.duchateau/ens/BDBIO/
Informations générales
BDBIO = bases de données pour la bioinformatique (code
INF1151MP1, 3 ECTS)
Document d’organisation sur la page du BDBIO :
http://liris.cnrs.fr/fabien.duchateau/ens/BDBIO/
Salles de cours et horaires sur ADE :
http://edt.univ-lyon1.fr/
Plan du campus de la Doua :
http://plan.univ-lyon1.fr/
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
2/9
Intervenants
I
CM : Fabien Duchateau
I
TD : Fabien Duchateau
I
TP : Fabien Duchateau (A), Guillaume Launay (B)
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
3/9
Planning
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
4/9
Évaluation
Évaluation de l’UE : un examen écrit
I
Durée = 1h30
I
Choix de la date de l’examen : février ou mai/juin ?
I
Deuxième session en juin/juillet (1h30 également)
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
5/9
Objectifs de BDBIO
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
6/9
Statistiques
I
Connaissances en modélisation pour les SGBD relationnels ?
I
Connaissances sur le langage de requêtes SQL ?
I
Connaissances sur XML ?
I
Connaissances sur les SGBD post-relationnels ?
I
Connaissances en intégration de données ?
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
7/9
Statistiques
I
Connaissances en modélisation pour les SGBD relationnels ?
I
Connaissances sur le langage de requêtes SQL ?
I
Connaissances sur XML ?
I
Connaissances sur les SGBD post-relationnels ?
I
Connaissances en intégration de données ?
Distribution des ”petits papiers” pour feedback
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
7/9
Un mot sur les genres
Les transparents de cours, TD et TP utilisent le genre féminin
I
I
I
Guide pratique pour une communication publique sans
stéréotype de sexe :
http://www.haut-conseil-egalite.gouv.fr/
stereotypes-et-roles-sociaux/travaux-du-hcefh-4/
La recommandation d’utiliser les deux genres (e.g., étudiant.e,
utilisateur.ice) alourdit le texte (notamment des transparents)
Encore peu de collègues qui utilisent cette recommandation
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
8/9
Ressources complémentaires
I
I
I
I
S. Abiteboul, R. Hull, V. Vianu, Les fondements des bases de
données, Vuibert
Un court rédigé (et en vidéo) par Serge Abiteboul et al.
http://flot.sillages.info/?portfolio=
bases-de-donnees-relationnelles
H. Garcia-Molina, J. D. Ullman, J. Widom, Database
Systems: the Complete Book, Computer Science Press, 2009.
https://people.inf.elte.hu/nikovits/DB2/Ullman_
The_Complete_Book.pdf
R. Ramakrishnan and J. Gehrke. Database Management
Systems 3e édition, McGraw Hill, 2007.
http://pages.cs.wisc.edu/~dbbook
BDBIO - Base de données pour la bioinformatique // Organisation de l’UE
UCBL Lyon 1
9/9