Etude des déterminants de la distribution géographique des agents

Ingénieur du Génie Sanitaire
Promotion : 2009-2010
Date du Jury : 12 octobre 2010
Etude des déterminants de la distribution
géographique des agents infectieux et
discussion pour des politiques intégrées de
contrôle et surveillance des maladies
infectieuses
Kévin JEAN
Lieu de stage : Référent professionnel :
UMR 2724 (CNRS-IRD-Univ. Montpellier) Jean-François Guégan
Génétique et Evolution des Référent pédagogique :
Maladies Infectieuses Pierre Le Cann

Kévin JEAN - Mémoire de l'Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique - 2010
Remerciements
Mes remerciements vont…
… à Jean-François Guégan, mon maître de stage. Toujours présent,
jamais pesant, il m’a laissé une grande autonomie, a su me recadrer dans mon
travail lorsqu’il le fallait et a été une source de conseils, d’idées et de réflexions
tout au long de ces quatre mois.
… à Pierre Le Cann, pour ses encouragements, ses remarques et ses
commentaires durant mon travail de rédaction. Merci également à Michèle
Legeas, pour m’avoir aidé à cadrer le sujet de ce stage et à le rendre compatible
aux exigences de la formation IGS.
… à Benjamin Roche, pour ses réponses, ses conseils et sa disponibilité.
… à Eric Elguero et Marc Choisy, qui m’ont fait une place dans leur
bureau et étaient toujours disponibles pour répondre à mes questions.
… à tout les membres du GEMI, et en particulier au secrétariat, pour
m’avoir accueilli au sein de leur laboratoire.
… à Frédérique Jourdain, Thierry Paux et Dominique Tricard, tous trois
de la Direction Générale de la Santé, qui ont accepté de répondre à mes
questions.
… enfin, à Tarik Benmarhnia, pour toutes nos discussions, nos échanges
et le soutien qu’il m’a apporté.

Kévin JEAN - Mémoire de l'Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique - 2010
Sommaire
INTRODUCTION ________________________________________________________1
1 CONTEXTE, OBJECTIFS ET ENJEUX ___________________________________5
1.1 Quelques notions de base __________________________________________________5
1.2 Acteurs et contexte _______________________________________________________7
1.3 Objectifs ________________________________________________________________9
1.4 Enjeux__________________________________________________________________9
2 ETUDE DE LA DISTRIBUTION GEOGRAPHIQUE DES AGENTS INFECTIEUX _11
2.1 Matériel et Méthodes_____________________________________________________11
2.1.1 Acquisition des données _______________________________________________11
2.1.2 Analyses statistiques __________________________________________________ 13
2.2 Résultats_______________________________________________________________17
2.2.1 Etudes des déterminants intrinsèques à l’agent pathogène _____________________17
2.2.2 Etude des déterminants de la richesse spécifique en agents pathogènes___________19
2.2.3 Etude des déterminants de la présence/absence des maladies___________________21
2.3 Discussion______________________________________________________________25
2.3.1 Données utilisées et indicateurs choisis ___________________________________ 25
2.3.2 Déterminants intrinsèques à l’agent ______________________________________26
2.3.3 Déterminants de la richesse spécifique en agents pathogènes___________________28
2.3.4 Déterminants de la présence/absence des maladies___________________________ 29
Conclusions de l’étude__________________________________________________________31
3 DISCUSSION POUR DES POLITIQUES INTEGREES DE CONTROLE ET DE
SURVEILLANCE DES MALADIES INFECTIEUSES ___________________________32
3.1 Intégrer les connaissances sur l’agent pathogène______________________________32
3.1.1 Risque d’apparition d’un nouvel agent pathogène de l’humain _________________32

3.1.2 Risque de propagation mondiale ________________________________________ 34
3.1.3 Risque de spécialisation à l’humain______________________________________ 36
3.2 Intégrer les informations concernant l’environnement et les populations humaines 37
3.2.1 Où faut-il focaliser la surveillance du risque émergent ?______________________ 37
3.2.2 Quelles priorités dans la lutte contre les maladies infectieuses ?________________ 39
3.3 Des causes souvent multifactorielles________________________________________ 42
3.3.1 Les changements comme cause principale d’émergence______________________ 43
3.3.2 Comment prendre en compte ces changements ?____________________________ 45
Epilogue : le dialogue entre chercheurs et décideurs ________________________________ 48
CONCLUSION_________________________________________________________ 51
BIBLIOGRAPHIE ______________________________________________________ 53
LISTE DES ANNEXES ____________________________________________________I
Kévin JEAN - Mémoire de l'Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique - 2010

Kévin JEAN - Mémoire de l'Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique - 2010
Liste des sigles utilisés
ANOVA : ANalysis Of VAriance (analyse de variance)
AVCI : Années de Vie perdues Corrigées par l’Incapacité
CDC : Center for Disease Control and Prevention (Centre pour le contrôle et la
prévention des maladies)
CIA : Central Intelligence Agency (Agence centrale de renseignement des Etats-
Unis)
FAO : Food and Agriculture Organisation (Organisation des Nations Unies pour
l’agriculture et l’alimentation)
GIDEON : Global Infectious Diseases and Epidemiology Network
GLM : Generalized Linear Model (modèle linéaire généralisé)
HCSP : Haut Conseil de la Santé Publique
IDH : Indice de Développement Humain
NTD : Neglected Tropical Diseases (en français : maladies tropicales négligées)
OIE : Office International des Epizooties, désormais Organisation mondiale de la
santé animale
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
OR : Odds Ratio (en français : Rapport de cote)
PIB : Produit Intérieur Brut
RS : Richesse Spécifique (i.e. nombre d’espèces différentes)
RSI : Règlement Sanitaire International