précis de philosophie de la biologie

Cet ouvrage, unique en son genre, présente un panorama des problématiques contemporaines
en philosophie de la biologie.
Réunissant les contributions de vingt-cinq spécialistes français et étrangers, l’ouvrage couvre
l’ensemble des grandes questions qui animent, aujourd’hui, la recherche en biologie, depuis
l’origine de la vie et le fonctionnement de la cellule jusqu’à la coopération au sein des
populations naturelles et l’évolution des espèces.
Ce précis est utile aussi bien aux philosophes qu’aux biologistes. Il constitue pour les étudiants
en Licence et Master de biologie et de philosophie des sciences un indispensable outil d’appro-
fondissement des cours et de préparation aux concours de l’enseignement.
Collection « Philosophie des sciences » dirigée par Thierry Martin
Introduction. La philosophie de la biologie 1
Partie 1. Le cadre théorique de la biologie
Section 1. Structurations intradisciplinaires
1. Biologie et philosophie de la biologie: paradigmes 11
2. Pluralisme et évolution réticulée en microbiologie
évolutive 25
3. De l’action des gènes aux génomes réactifs 37
Section 2. Structurations interdisciplinaires
4. La modélisation mathématique en biologie 51
5. Similarités ontologiques et di érences
épistémologiques entre physique et biologie 71
6. Biologie et chimie: une longue histoire de relations
parfois di ciles 83
7. De l’économie à la biologie: in uences, méthodes,
concepts 95
8. La biologie de la conservation: de la théorie
à la pratique et retour 107
Section 3: Biologie et philosophie générale des sciences
9. Le rôle des diagrammes et des schémas
dans l’activité théorique en biologie 125
10. L’explication en biologie 143
11. Réductionnisme, holisme et émergentisme 157
12. Réalisme, pluralisme et naturalisme en biologie 169
…
…
Partie 2. Ontologie de la biologie
(ou l’ameublement du monde biologique)
13. Dé nir la vie en biologie: trois problèmes 185
14. Cellule et cellule souche: extension et dé nition 197
15. Organisme et individu 211
16. Générer la forme en biologie: une caractéristique
du processus développemental? 221
17. L’hérédité au-delà du tout génétique: problèmes
et enjeux 237
18. L’évolution par sélection naturelle 251
19. La connaissance des espèces 263
20. Les paradoxes du sexe 277
21. Coopération et altruisme 291
22. Métaphysique et biologie 305
Références bibliographiques 321
PRÉCIS
DE
PHILOSOPHIE
DE LA
BIOLOGIE
Sous la direction de Thierry Hoquet & Francesca Merlin
Éric Bapteste, Anouk Barberousse, Frédéric Bouchard, Vincent Devictor, John Dupré, Sébastien Dutreuil,
Evelyn Fox Keller, Jean Gayon, Philippe Huneman, Marie I. Kaiser, Gladys Kostyrka, Lucie Laplane,
Laurent Loison, Virginie Maris, Johannes Martens, Michel Morange, Matteo Mossio, Antonine Nicoglou,
Cédric Paternotte, Karine Prévot, Christian Sachse, Jon Umerez, Marion Vorms
Sous
la
direction
de
Thierry
Hoquet
Francesca
Merlin
PRÉCIS DE PHILOSOPHIE
DE LA BIOLOGIE
Sous la direction de
Thierry Hoquet & Francesca Merlin
PRÉCIS
DE
PHILOSOPHIE
DE LA
BIOLOGIE
Cet ouvrage aborde de manière pédagogique les grands domaines de la philosophie des sciences.
Pour en présenter les développements récents, il couvre aussi bien les questions relevant de
la philosophie générale de l’activité scientifique (qu’est-ce qu’une explication scientifique ?
l’unité des sciences est-elle un mythe ou un idéal ?...) que celles portant sur l’épistémologie
des sciences particulières (de quoi les mathématiques sont-elles l’étude ? l’économie est-elle
une science empirique comme les autres ?...).
Ce précis constitue, pour les étudiants de Licence 3 et de Master en philosophie et en sciences,
un support d’approfondissement de leurs cours mais aussi de préparation aux épreuves d’épisté-
mologie des CAPES scientifiques. Il sera également utile aux doctorants et aux chercheurs
confirmés qui souhaitent élargir ou actualiser leur savoir dans ce domaine.
Collection « Philosophie des sciences » dirigée par Thierry Martin
Les auteurs 1
Introduction 5
Partie 1.
Philosophie générale des sciences
I. L’explication scientique 13
II. Conrmation et induction 62
III. La causalité 100
IV. Le réalisme scientique
et la métaphysique des sciences 141
V. Le changement scientique 171
VI. Philosophie des sciences
et études sur la science 206
VII. Réduction et émergence 232
Partie 2.
Philosophie des sciences spéciales
VIII. Philosophie de la logique 267
IX. Philosophie des mathématiques 293
X. Philosophie de la physique 350
XI. Philosophie de la biologie 378
XII. Philosophie de la médecine 404
XIII. Philosophie des sciences sociales 442
XIV Philosophie de l’économie 473
XV. Philosophie des sciences cognitives 519
XVI. Philosophie de la linguistique 572
Références bibliographiques 643
Index des noms de personnes 697
Index des notions 705 ISBN : 978-2-7117-2070-5
PRÉCIS
DE
PHILOSOPHIE
DES
SCIENCES
Sous la direction de Anouk Barberousse, Denis Bonnay & Mikaël Cozic
Daniel Andler, Jacques Dubucs, Paul Égré, Jon Elster, Michael Esfeld,
Élodie Giroux, Max Kistler, Hélène Landemore, Pascal Ludwig,
Thomas Pradeu, Philippe de Rouilhan & Marion Vorms
Sous la direction de
Anouk Barberousse
Denis Bonnay
Mikaël Cozic
PRÉCIS
DE
PHILOSOPHIE
DES
SCIENCES
Sous la direction de
Anouk Barberousse, Denis Bonnay & Mikaël Cozic
PRÉCIS
DE
PHILOSOPHIE
DES
SCIENCES
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Dans la même collection :
Précis de philosophie
des sciences
ISBN : 978-2-311-40019-9
9782311400199_COUV.indd 1 16/10/14 15:45

Table des matières
Remerciements ........................................................... VIII
Présentation des auteurs ................................................... IX
introduction. La philosophie de la biologie ................................... 1
1. Pourquoi faire marcher ensemble «philosophie» et «biologie»? ............... 1
2. Histoire de l’expression «philosophie de la biologie» ........................ 2
3. Deux styles .......................................................... 3
4. L’autonomie de la biologie? ............................................. 5
première partie
Le cadre théorique de la biologie
section 1
Structurations intradisciplinaires
chapitre 1. Biologie et philosophie de la biologie: paradigmes ................. 11
1. « Biologie » ......................................................... 11
2. La biologie comme discipline: sens intellectuel et institutionnel de la diffusion
d’un mot .......................................................... 14
2.1. Le paradigme disciplinaire de la biologie ............................. 14
2.2. Institutionnalisation de la biologie ................................. 16
2.3. L’unité intellectuelle de la biologie .................................19
3. Conclusion ......................................................... 22
chapitre 2. Pluralisme et évolution réticulée en microbiologie évolutive ......... 25
1. L’évolution microbienne: perspective généalogique ......................... 25
2. Quelques phénomènes mal expliqués par le modèle généalogique classique ...... 28
2.1. Une classe de processus évolutifs non arborescents: l’introgression ....... 28
2.2. Introgression gène-gène: le remodelage massif des gènes ............... 30
2.3. Introgression gène-génome: la découverte des pangénomes ............. 31
2.4. Du réseau du mobilome au réseau social du vivant ..................... 32
2.5. La vie sociale microbienne ........................................33
2.6. Transitions égalitaires et systèmes composés (en partie) de microbes ....... 34
3. Conclusion ......................................................... 36
chapitre 3. De l’action des gènes aux génomes réactifs ........................ 37
1. Prélude ............................................................. 37
2. Au commencement ................................................... 39
3. La génomique entre en scène ........................................... 41
4. Le génome post-génomique ............................................ 45
9782311400199001002.PrécisBIOLOGIE.indb 3 20/10/14 13:08

IV PRÉCIS DE PHILOSOPHIE DE LA BIOLOGIE
section 2
Structurations interdisciplinaires
chapitre 4. La modélisation mathématique en biologie ........................ 51
1. Introduction ........................................................ 51
2. Modèles: patterns, processus, mathématiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3. Modèles de patterns: mathématiques et réalité ............................. 54
4. Modélisation mathématique de processus ................................. 58
4.1. Modèles de processus en biologie évolutive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
4.2. Modèles de processus en biologie fonctionnelle ....................... 64
5. Explications mathématiques vs explications mécanistes ...................... 68
6. Conclusion ......................................................... 69
chapitre 5. Similarités ontologiques et différences épistémologiques
entre physique et biologie ....................................... 71
1. Comparaison sur le plan ontologique ....................................72
2. Comparaison sur le plan ontologique: l’exemple des fonctions ................ 73
3. Comparaison sur le plan épistémologique ................................. 78
4. Comparaison sur le plan épistémologique: l’exemple des espèces .............. 80
chapitre 6. Biologie et chimie: une longue histoire de relations parfois difficiles ... 83
1. Chimie et biologie: un compagnonnage de longue date ..................... 85
2. Une nouvelle forme de chimie .......................................... 85
3. L’invisibilité de la chimie dans les sciences du vivant ........................ 87
4. Explications chimiques et explications biologiques .......................... 89
5. La signification de la biologie synthétique ................................. 91
6. Conclusions ......................................................... 92
chapitre 7. De l’économie à la biologie: influences, méthodes, concepts ........ 95
1. Influences (réelles ou supposées) de l’économie politique sur la pensée de Darwin .. 95
1.1. Malthus et Darwin .............................................. 95
1.2. L’influence de l’économique politique ............................... 97
2. Les années 1960: penser l’évolution en termes stratégiques ................... 99
2.1. L’écologie comportementale ...................................... 99
2.2. La théorie évolutionnaire des jeux ................................. 101
3. Les années 1990 à nos jours: vers une «microéconomie» des mutualismes? .... 103
3.1. Les marchés biologiques ......................................... 103
3.2. Asymétries d’information et modèle du principal-agent ................ 104
4. Conclusion ........................................................ 106
chapitre 8. La biologie de la conservation: de la théorie à la pratique et retour . 107
1. Introduction ....................................................... 107
2. La notion de «biodiversité» à la croisée des théories scientifiques ............. 108
2.1. Diversité biologique et biodiversité ................................ 108
2.2. Vers une quantification de la diversité .............................. 110
3. De la théorie à la pratique ............................................. 111
3.1. La sélection des aires à protéger ................................... 112
3.2. La conservation des espèces ...................................... 113
4. De la pratique à la théorie: une science du particulier ...................... 116
4.1. Logique des études de cas ........................................ 116
4.2. La gestion adaptative ........................................... 117
4.3. La conservation fondée sur les preuves ............................. 117
5. Conclusion: la dimension sociale de la biologie de la conservation ............ 119
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TABLE DES MATIÈRES V
section 3
Biologie et philosophie générale des sciences
chapitre 9. Le rôle des diagrammes et des schémas dans l’activité théorique en biologie 125
1. Introduction ....................................................... 125
2. Formes de représentation et activité théorique ............................ 126
2.1. L’étude des pratiques représentationnelles .......................... 126
2.2. Le cadre goodmanien d’analyse des systèmes symboliques ............. 127
2.3. Les représentations non linguistiques comme représentations théoriques .. 128
3. Images, schémas, diagrammes: éléments pour une typologie ................. 129
3.1. Les images et les mots .......................................... 129
3.2. Schémas et diagrammes ......................................... 131
4. Schémas, diagrammes et activité théorique en génétique classique ............ 135
4.1. Cytologie et mendélisme: deux modes de représentation .............. 135
4.2. La théorie chromosomique de l’hérédité: rencontre de deux types de
représentation ................................................. 136
4.3. La cartographie génétique ....................................... 136
chapitre 10. L’explication en biologie ....................................... 143
1. Introduction ....................................................... 143
2. Théories philosophiques de l’explication .................................144
2.1. Le modèle des lois de couverture .................................. 146
2.2. Le modèle causal-mécanique (CM) ................................ 146
3. L’explication en contexte pragmatique .................................. 148
3.1. La théorie pragmatiste de Van Fraassen ............................. 148
3.2. L’explication devient-elle une pure affaire subjective? ................. 149
3.3. Choisir dans l’ensemble des authentiques relations de pertinence ........ 150
4. Pluralisme explicatif ................................................. 152
4.1. Types d’explications en biologie .................................. 152
4.2. Versions du pluralisme explicatif ..................................153
5. Conclusion ........................................................ 154
chapitre 11. Réductionnisme, holisme et émergentisme ....................... 157
1. Réductionnisme moléculaire et émergentisme ............................. 159
2. Réductionnisme génétique et holisme ................................... 161
3. Vers plus d’holisme, voire d’organicisme ................................. 164
4. Conclusion ........................................................ 166
chapitre 12. Réalisme, pluralisme et naturalisme en biologie .................. 169
1. Réalisme et modèles ................................................. 169
2. Pluralisme ......................................................... 172
3. Contexte et processus ................................................ 176
4. Réalisme et vérité ................................................... 179
5. Naturalisme ........................................................ 180
deuxième partie
Ontologie de la biologie (ou l’ameublement du monde biologique)
chapitre 13. Définir la vie en biologie: trois problèmes ....................... 185
1. Les biologistes ont-ils besoin de définir la vie? ............................ 187
2. Pourquoi y a-t-il plusieurs définitions de la vie? ........................... 189
2.1. Un pluralisme méthodologique ................................... 189
2.2. Le rôle polémique de la pluralité des définitions de la vie:
d’où viennent les désaccords? .................................... 189
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