ED 398 Géosciences, Ressources Naturelles et Environnement Proposition de sujet de thèse pour la rentrée universitaire 2015-2016 Simulation du métabolisme de la Seine par assimilation de données en continu Nom, label de l'unité de recherche : Centre de Géosciences, MINES ParisTech, équipes SHR et Géostatistique Localisation : 35 rue Saint Honoré, 77305 Fontainebleau Nom du directeur de thèse HDR (et du co-directeur s'il y a lieu) : Nicolas Flipo, MINES ParisTech Nom, prénom et affiliation des co-encadrants éventuels : Thomas Romary, MINES ParisTech Adresse courriel du contact scientifique : [email protected]; [email protected] Description du projet/sujet de thèse : Le projet de thèse a pour objectif d’assimiler les mesures en continu d’oxygène dissous de la colonne d’eau afin de déterminer l’évolution temporelle des propriétés physiologiques des communautés d’espèces autotrophes et hétérotrophes. Ce projet répond à un double objectif. Le premier, cognitif, permettra de mieux appréhender les successions d’espèces, et par là-même, le métabolisme d’un fleuve soumis à une très forte pression anthropique. Le second, technique et opérationnel, vise à poser les bases d’un système garantissant, en temps réel, la pertinence des simulations prospectives du devenir de la qualité d’eau afin d’optimiser la gestion des filières de traitement des effluents. Le travail de thèse sera centré sur la Seine à la traversée de l’agglomération parisienne, pour laquelle, des jeux de données pluri-annuels des rejets urbains de temps secs et de temps de pluie sont disponibles, ainsi que des stations de suivis en continu de la qualité du fleuve (stations de mesure en continu mises en place dans le cadre du projet CARBOSEINE R2DS Ile-de-France 2011-2014, et réseau d’auto-surveillance du SIAAP). Le modèle ProSe1–5, validé depuis l’amont de Paris, jusqu’à l’entrée de l’estuaire de la Seine (soit 220 km de fleuve simulés) sur une période de six années (2007-2012) sera mis en œuvre et utilisé comme modèle direct. Dans un premier temps une analyse de sensibilité6 des paramètres du modèle biogéochimique RIVE7–9 sera menée, et permettra de définir les règles d’assimilation des données10 dans une simulation du modèle ProSe qui couple un module d’hydrodynamique 1D résolvant les équations de Saint-Venant, avec un module de transport advectif, et le module biogéochimique RIVE. L’utilisation de cette plate-forme permettra alors de réanalyser le fonctionnement du système sous l’angle de la variabilité des paramètres physiologiques des communautés. Une telle analyse n’a jamais été réalisée à l’échelle pluri-annuelle proposée ici et devrait permettre une étude approfondie des concepts écologiques sous-tendant le modèle RIVE. Argumentaire scientifique présentant les enjeux de la thèse : Les teneurs en oxygène dans les eaux des cours d’eau résultent de nombreux processus physiques et biologiques. Ces teneurs en oxygène traduisent le métabolisme des cours d’eau, et sont utilisées comme indicateur de la santé de ces derniers. Ce métabolisme des fleuves dépend de la production d’oxygène par les producteurs primaires autotrophes, de la respiration bactérienne hétérotrophe, ainsi que de processus physique de réaération à l’interface air-eau. Le River Continuum concept 11 développé par Vannote dans les années 1980 correspond à un changement de paradigme pour l’hydro-écologie en introduisant le concept d’invariance de physiologie des communautés d’organismes d’amont en aval des cours d’eau ; les structures observées ne dépendant que du champ de contraintes hydro-morphologiques et anthropiques auquel le cours d’eau est soumis. Ce paradigme a permis de développer les modèles biogéochimiques actuels basés sur la notion de communautés d’espèces, qui deviennent des variables des modèles dont le devenir est simulé au fil de l’eau. Ainsi les producteurs primaires, les bactéries hétérotrophes sontils aujourd’hui explicitement simulés. Dans le cas de la Seine, les nombreuses recherches menées dans le cadre du PIREN Seine ont permis dans les années 1990 de déterminer des structures moyennes de communautés, et grâce à de multiples expériences de laboratoire, d’en déterminer les paramètres physiologiques. Cette approche a permis d’établir et de quantifier le lien causal entre pressions humaines, du fait des rejets des grandes agglomérations dans les rivières qui les traversent, et le métabolisme des cours d’eau12. Or depuis quelques années, l’apparition de capteurs in situ en continu et à pas de temps fin permet de suivre très précisément l’évolution des teneurs en oxygène du milieu, que les modèles, aussi sophistiqués soient-ils, peinent à reproduire. Ce constat, ainsi que la forte incertitude liée au transfert du laboratoire au milieu naturel de propriétés moyennes de communautés vivantes, nous pousse à réfléchir à l’usage que nous pouvons faire de ces nouvelles technologies. Parallèlement, des méthodes numériques permettent aujourd’hui d’assimiler des chroniques observées dans une simulation numérique et de modifier au choix les variables d’état des modèles ou les paramètres du modèle. Dans notre cas nous souhaitons assimiler des mesures d’oxygène en continu, afin de corriger au cours du temps les paramètres physiologiques des espèces en compétition dans le métabolisme des rivières. L’évolution de ces paramètres au cours du temps a un double avantage : d’une part cette technologie ouvre les portes à la gestion en temps réel des filières de traitement des effluents urbains sur la base d’objectifs basés sur l’état du milieu récepteur, et d’autre part nous renseignera au cours du temps sur la physiologie moyenne des communautés qui traduit soit des phénomènes d’adaptation, soit des successions d’espèces. Une meilleure compréhension de l’évolution des paramètres physiologiques des communautés d’espèces simulées, et la recherche de facteurs explicatifs et de lois causales les décrivant, est indispensable à l’évaluation du devenir de la qualité des eaux de surface continentales. Programme de rattachement/Financement : Cette thèse s’inscrira dans le programme de recherche PIREN Seine, et sera menée en étroite collaboration avec le SIAAP (Syndicat Intercommunal d’Assainissement de l’Agglomération Parisienne). Un financement de thèse est demandé. Connaissances et compétences requises : De bonnes connaissances en mathématiques et physique sont requises, ainsi qu’un intérêt prononcé pour l’hydrologie et la biogéochimie. Un goût pour la programmation numérique est demandé, et notamment des bases de C. Une bonne connaissance de la langue anglaise est aussi nécessaire. Une lettre de motivation, un descriptif des travaux de stage de Master 2, les résultats d’examen de Master 1 et 2, ainsi que deux lettres de recommandation ou deux référents constitueront les pièces à apporter au dossier de candidature. Références bibliographiques : 1. Even, S. et al. Modeling the impacts of Combined Sewer Overflows on the river Seine water quality. Sciences of Total Environment 375, 140–151 (2007). 2. Flipo, N. et al. Primary production in headwater streams of the Seine basin: the Grand Morin case study. Sciences of Total Environment 375, 98–109 (2007). 3. Raimonet, M., Vilmin, L., Flipo, N., Rocher, V. & Laverman, A. M. Modelling the fate of nitrite in an urbanized river using experimentally obtained nitrifier growth parameters. Water Research 73, 373–387 (2015). 4. Vilmin, L. et al. Impact of hydro-sedimentary processes on the dynamics of soluble reactive phosphorus in the Seine River. Biogeochemistry 122, 229–251 (2014). 5. Vilmin, L., Flipo, N., Fouquet, C. de & Poulin, M. Pluri-annual sediment budget in a navigated river system: the Seine River (France). Sciences of Total Environment 502, 48–59 (2015). 6. Saltelli, A., Chan, K. & Scott, E. M. Sensitivity Analysis (Vol 1.). (New York: Wiley: 2000). 7. Billen, G., Garnier, J. & Hanset, P. Modelling phytoplankton development in whole drainage networks: The riverstrahler model applied to the Seine river system. Hydrobiologia 289, 119–137 (1994). 8. Garnier, J., Billen, G. & Coste, M. Seasonal succession of diatoms and chlorophycae in the drainage network of the river Seine: Observations and modelling. Limnol. Oceanogr. 40, 750–765 (1995). 9. Vilmin, L., Flipo, N. & Poulin, M. Le modèle de simulation biogéochimique C-rive. (PIREN-Seine: 2012). 10. Wikle, C. K. & Berliner, L. M. A Bayesian tutorial for data assimilation. Physica D: Nonlinear Phenomena 230, 1– 16 (2007). 11. Vannote, R. L., Minshall, G. W., Cummins, K. W., Sedell, J. R. & Cushing, C. E. The river continuum concept. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 37, 130–137 (1980). 12. Billen, G., Garnier, J., Mouchel, J.-M. & Silvestre, M. The Seine system: Introduction to a multidisciplinary approach of the functioning of a regional river system. Sciences of Total Environment 375, 1–12 (2007).