PROJET CORINE : ECOGENOMIQUE DES VIRUS DU CORAIL

PROJET CORINE : ECOGENOMIQUE DES VIRUS DU CORAIL (AIRE
MARINE PROTEGEE DE HON MUN, VIETNAM)
Yvan BETTAREL1, Anne-Claire BAUDOUX2, Delphine BONNET1, Corinne BOUVIER1,
Thierry BOUVIER1, Marc BOUVY1, Claire CARRE1, Didier DEBROAS3, Christelle
DESNUES4, Hai Nhu DOAN5, Christine FERRIER-PAGES6, Xavier MARI1, Sonia
MONTEIL4, Hanh Kim NGUYEN5, Lam Ngoc NGUYEN5, Thuy Thanh NGUYEN7, Stéphanie
REYNAUD6, Emma ROCHELLE-NEWALL8, Telesphore SIME-NGANDO3, Jean-Pascal
TORRETON1, Huy Quang TRAN7
1UMR 5119 ECOLAG , Montpellier, France ; 2UMR 7144 AD2M, Roscoff, France ; 3UMR
6023 LMGE, Aubière, France ; 4UMR 6236 URMITE, Marseille, France ; 5Institute of
Oceanography IO, Nha Trang, Vietnam ; 6Centre Scientifique de Monaco CSM, Monaco ;
7National Institute of Health and Epidemiology NIHE, Hanoi, Vietnam ; 8UMR 7618
BIOEMCO, Paris, France
Le programme de recherche CORINE (2011-2012) visait, au sens large, à réaliser une description
écologique des communautés virales associées aux coraux, jusque-là très largement ignorées. Plus
spécifiquement, l’objectif était de comprendre si l’activité des virus épibiotiques des coraux (eg.
localisés notamment dans la couche superficielle de mucus) est susceptible d’altérer la santé des récifs,
en favorisant ou au contraire en prévenant l’émergence des principales pathologies coralliennes, telles
que le bleaching (blanchissement). Ce projet, à travers une combinaison de travaux méthodologiques,
de terrain et expérimentaux, a cherché à (i) dresser un bilan des principaux traits écologiques
(abondance, diversité, stratégie de reproduction) de ces nano-parasites et (ii) d’examiner, au sein du
mucus, leurs interactions avec les principaux symbiontes coralliens (bactéries et zooxanthelles). Le
premier volet (méthodologique) de ce programme a conduit à la mise au point d’une méthode rapide,
fiable et peu couteuse permettant l’extraction et le dénombrement des virus du mucus. Les différentes
étapes de ce protocole sont basées sur l’utilisation du citrate de potassium, et ont permis de montrer
que les virus étaient entre 8 et 32 fois plus abondants dans cette matrice organique que dans la colonne
d’eau. Le second volet (terrain) comportait une mission exploratoire qui s’est tenue dans la Baie de
Van Phong (Sud-Vietnam) où différents taxons coralliens ont été collectés dans deux sites contrastés :
(i) une réserve marine protégée et (ii) une station située dans une zone comportant nombreuses fermes
piscicoles flottantes. Les résultats obtenus à l’aide de plusieurs descripteurs chimiques,
microbiologiques et génomiques, montrent que l’abondance, l’activité et la diversité des virus et de
leurs hôtes bactériens varient notablement en fonction des espèces coralliennes, de la qualité de l’eau
et la physiologie des coraux. Enfin, le troisième volet (expérimental) du projet visait à reconstituer
expérimentalement un épisode de blanchissement du corail par augmentation contrôlée de la
température de l’eau de 27°C à 31°C. Nous montrons ici, sur la base d’analyses biomoléculaires et
morphologiques, les différentes étapes microbiologiques et virales, qui ont permis d’aboutir, chez le
scléractiniaire Fungia repanda, à la rupture de la relation symbiotique entre le corail et les
zooxanthelles. Finalement, les résultats préliminaires de ce projet de recherche montrent que les virus
forment une composante extrêmement abondante et dynamique au sein de l’holobionte des coraux. Ils
laissent également entrevoir les relations complexes, parfois contradictoires qu’ils peuvent entretenir
avec leurs hôtes (notamment bactériens), en ciblant de façon encore peu claire, les symbiontes d’un
coté ou les microorganismes pathogènes environnants de l’autre.