microbiologie (pr a.klier - Université Paris Diderot

UFR Sciences du vivant
Bâtiment Lamarck
35 rue H Brion
75013 Paris
Directeur : Pr Marc Maïer
Responsable administratif : Mme Françoise Chevalier
MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIE, SANTE
MENTION
« INFECTIOLOGIE : MICROBIOLOGIE , VIROLOGIE ,
IMMUNOLOGIE » *
Responsables de la Mention : Pr Sylvie van der Werf ( [email protected])
Pr André Klier ( [email protected] )
*Cohabilitées avec l’Université Paris Descartes et en convention avec l’Université Pierre et Marie Curie
et l’Institut Pasteur
3 SPÉCIALITÉS « RECHERCHE»
- Microbiologie (Pr A.Klier)
 Fondamentale
 Moléculaire
- Virologie (Pr S.van der Werf)
- Immunologie (M Viguier)
et Médicale
 Mycologie fondamentale
 Fondamentale
 Moléculaire et Médicale
 Fondamentale
 Physiopathologie de le réponse immune
2 SPÉCIALITÉS « PROFESSIONALISANTE »
- Développement des Produits de Santé (JM Sallenave)
- Microbiologie Appliquée et Génie Biologique (Pr A.Klier)
(cohabilitée avec l’Université Paris Sud et AgroParisTech et en convention avec l’ENVA)
Pré-inscription en M1 : Mme Pascale PEREZ [email protected]
Pré-inscription en M2 : Mme Béatrice TREGUIER [email protected]
1
OBJECTIFS ET DEBOUCHES
Avis Aeres (2008)
(extrait)
Appréciation : A
Avis global :(sur la mention et l’offre de formation)
« Il s’agit d’un master de très bonne qualité qui a su établir une politique d’excellence par la mise
en place de programmes de qualité, de procédures d’évaluation solides et d’une orientation
progressive, l’ensemble se révélant efficace quand à l’insertion des étudiants.
…/…
En résumé, il s’agit d’une offre de formation intégrée unique en Ile de France, diversifiée et de
grande qualité »
OBJECTIFS
- Offrir à des étudiants scientifiques, médecins, pharmaciens, vétérinaires et élèves des Grandes Ecoles de
solides connaissances fondamentales et appliquées dans les différentes spécialités de la Mention.
- Formation inscrite résolument dans une approche moléculaire utilisant l’ensemble des concepts et technologies
de la génomique, de la biologie moléculaire et cellulaire appréhendés au niveau le plus fondamental, mais aussi
au niveau de ses nombreuses retombées et applications médicales, industrielles et environnementales.
DÉBOUCHÉS PRÉVUS
- Intégration d'une proportion importante des étudiants dans la filière académique de préparation à la thèse. Les
équipes d'accueil des Ecoles Doctorales « Biochimie, Biothérapies, Biologie Moléculaire et Infectiologie » (B3MI)
et « Génétique, Infectiologie, Immunologie, développement » (GC2ID) constituent un support important pour
l'insertion des étudiants en stage dès le quatrième semestre de formation (S4) au sein des laboratoires de
recherche. Des liens étroits existent aussi avec les laboratoires hospitalo-universitaires
- Perspective professionnelle forte dès la sortie du M2 pour les étudiants ayant choisi de s'orienter vers les
spécialités «Développement des produits de Santé et Microbiologie Appliquée et Génie Biologique». Ces
dernières visent à offrir aux étudiants des débouchés dans les grands groupes du secteur pharmaceutique,
agroalimentaire ou de l’environnement ainsi qu'au sein des entreprises biotechnologiques. La spécialité
microbiologie Appliquée et Génétique Biologique peut également être suivie comme apprenti en alternance.
- Les spécialités « recherche » sont aussi ouvertes aux étudiants du secteur pharmaceutique ou médical. Elles
sont conçues à la fois comme une formation complémentaire et de spécialisation pour ces étudiants intéressés
par des carrières hospitalo-universitaires..
PARTENAIRES
-La mention IMVI est proposée en cohabilitation avec l’Université Paris Descartes et les spécialités « recherche »
sont organisées en convention avec l’Université Pierre et Marie Curie et l’Institut Pasteur. La spécialité
« Microbiologie appliquée et Génie biologique » est cohabilitée avec l’Université Paris Sud et AgroParisTech et en
convention avec l’ENVA. Ces partenariats s’inscrivent dans une logique de regroupement thématique francilien
visant à ce que l’université Paris Diderot propose à ces étudiants un choix élargi de modules d’enseignement et
d’accès à des laboratoires performants et formateurs.
2
CONDITIONS D’ACCES
- L'accès en M1 est ouvert aux étudiants possédant une Licence ou un diplôme équivalent dans le champ des
connaissances couvert par les enseignements de la mention.
- Les UE 15 à 17 (voir maquette du cursus page suivante) du deuxième semestre de M1 représentent les
enseignements les mieux adaptés au M2 de la mention IMVI. L’orientation définitive dans la mention s’effectue en
M2.
- Des étudiants en pharmacie, médecine et odontologie de même que des élèves des Grandes Ecoles
d’Ingénieurs, des ENS et des Ecoles vétérinaires pourront s’intégrer dans la mention en suivant des
enseignements dès le deuxième semestre de M1, ou encore à l’entrée du M2. Les étudiants, ayant suivi un M1
santé peuvent également postuler à l’entrée en M2.
ORGANISATION DES ENSEIGNEMENTS
- Les deux mentions de master proposés par l’UFR Sciences du vivant de l’Université Paris Diderot, BC2T
( « Biochimie, Cellules, Cibles Thérapeutiques ») et IMVI (« Infectiologie : microbiologie, virologie,
immunologie ») partagent les mêmes enseignements au cours du premier semestre de M1. Au cours du
deuxième semestre, le choix des UE suivies permet l’orientation vers l’une ou l’autre de ces deux
mentions.
- D'une valeur de 30 ECTS chacun, les semestres S1 et S2 (année M1) comportent des enseignements
théoriques et pratiques.
- Les deux semestres d’enseignement de la deuxième année (année M2) comportent des enseignements
théoriques et pratiques dispensés au sein de chaque spécialité. Ils sont suivis d’un stage de recherche d’une
durée d’environ 7 mois. A l’issue de ce stage, les étudiants peuvent, le cas échéant, s’engager dans la préparation
d’une thèse de doctorat (Ecole Doctorales B3MI, B2T, GC2ID ou autres) ou entrer dans le milieu professionnel.
3
ARCHITECTURE DE LA MENTION
Licences
M1
S1
Enseignements indifférenciés en S1 (30 ects)
Etudiants
Gdes Ecoles
Médecine…
S2
Pré-orientation possible en S2 (30 ects)
Autres M2
S3
M2
Etudiants autres M1
Etudiants
Gdes Ecoles
Médecine…
1 Tronc commun (10 ects)
S3
Enseignements de spécialité (20 ects)
S4
Stages de recherche ou professionnalisant (30 ects)
MAST ER 1 è re e t 2 è me ANNEE
SCIENCES, T ECHNOLOGIE, SANT E
Me nt io n: Bio c himie , Ce llule s , Cib le s T hé r a pe ut ique s
M1
S1
B C2 T
ou
Infe c t io lo g ie : Immuno lo g ie , Mic r o b io lo g ie e t Vir o lo g ie
Ens e ig ne me nts indiffé re nc ié s c o mmun BC2 T e t IMVI (1 e r s e me s tre ) 3 0 ECT S
IMV I
(do nt 4 e c ts Ate lie rs T P o blig ato ire s )
UE 1 à 6 o blig a t o ir e s (2 7 e c t s ) + 1 UE 7 (3 e c t s ) a u c ho ix pa r mi le s ECUE du s e c o nd s e me s t r e
2
Biologie Moléculaire
1
Biochimie Structurale et
Métabolique
(6 ECTS)
M1
S2
3
Communication Cellulaire et
Immunologie
(4 ECTS)
(6 ECTS)
4
Bioinformatique
5
Ateliers TP
6
Langues
7
Option
(4 ECTS)
(4 ECTS)
(3 ECTS)
(3 ECTS)
Pré - o rie ntatio n (2 è me s e me s tre ) 3 0 ECT S
1 8 e c t s o blig a t o ir e s s uiva nt la me nt io n BC2 T o u IMVI + 1 2 e c t s a u c ho ix (UE de 6 o u 3 e c t s s a uf c e lle c ho is ie po ur le 1 e r s e me s t r e )
UE obligatoires de la Filière dans la mention BC2T (18 ects)
8
Pathologie
Moléculaire
(6 ECTS)
10 (3ECTS)
Pharmacogén des
enzymes du métabo
des médicaments
9
Structure
(6ECTS)
ou
UE obligatoires de l'une des 3 Filières au choix dans la mention IMVI (18 ects)
11
Biotechno des
interactions
(3 ECTS)
ERASMUS
stage Eramus + Erasmus option (3 ects 1er sem)
15
Microbiologie
16
Virologie
17
Immunologie
Stage Erasmus
Erasmus 1er semestre
(18 ECTS)
(18 ECTS)
(18 ECTS)
(30 ECTS)
(3 ECTS)
ECUE au choix pour le parcours BC2T OU IMVI (12 ects) à prendre de 8 à 24 (sauf ECUE comprises dans la Filière obligatoire)
8
Pathologie Mol
9
Structure
(6 ECTS)
(6ECTS)
10
Pharmaco
(3 ECTS)
11
App biotech
(3 ECTS)
15A
Phys.
Gén.Bact
(6 ECTS)
15B
Diversité
Biol Euc
(6 ECTS)
16A
Introd.
Virologie
(6 ECTS)
16B/17B
Hôte Patho
(6 ECTS)
17BA
Immuno.
Fondamen
(6 ECTS)
17C
ImmunoPhysio
(6 ECTS)
18
Economie
19
Marketing
(3 ECTS)
(3 ECTS)
ou
12
Enzymo Pharmaco
Aspect fond mod mol
13
14
Interaction prot-prot
(3 ECTS)
(6 ECTS)
(3 ECTS)
20
Biologie
Mol et Dévt
(3 ECTS)
21
Bioinforma
(3ECTS)
22
Diagnostic
17C
Immunologie
immunotherap
(3 ECTS)
(6 ECTS)
PARCOURS CHIMIE ET T HERAPEUT IQUE
M1
S1
Ens e ig ne me nts indiffé re nc ié s o blig ato ire s
A
Biochimie Structurale et
Métabolique
(6 ECTS)
M1
S2
C
D
E
F
Chimie des Heterocycles
(3 ECTS)
( 6 ECTS)
Méthodes spectroscopiques
d'analyse
(3 ECTS)
Sciences du Médicament
(9 ECTS)
Anglais
(3 ECTS)
Pré - o rie ntatio n o blig ato ire (2 è me s e me s tre ) 3 0 ECT S
G
Aspects fondamentaux de la Modélisation
Moléculaire
(6 ECTS)
M2
S3
BC2T
(1 e r s e me s tre ) 3 0 ECT S
B
Synthèse et Réactivité
H
Interactions Protéine-Protéine
comme Cible Thérapeutique
(3 ECTS)
Orientation (3ème semestre) 30 ECT S
Spécialité 1: Génome et différenciation cellulaire
Parcours Biologie moléculaire et fonctionnelle de l'hématopoïèse
Parcours Génome et destin cellulaire
Spécialité 2: Biomolécules et thérapeutiques
Parcours Structure, fonction et ingénierie des protéines
Parcours Macromolécules pathologiques et thérapeutiques
Parcours Biotechnologies et thérapeutiques (parcours Pro)
Parcours Chimie et thérapeutique
M2
S4
J
Stade de Recherche
(18 ECTS)
Orie ntatio n ve rs le M2 s uivant la me ntio n c ho is ie "BC2 T " o u "IMVI"
SPÉCIALITÉS RECHERCHE
Spécialité 3: Biophysique
I
Enzymologie Pharmacologique
et Thérapeutique
(3 ECTS)
IMVI
SPECIALITÉS RECHERCHE
Microbiologie
Parcours Microbiologie Fondamentale
Parcours Bactériologie Moléculaire et Médical
Parcours Mycologie Fondamentale
Virologie
Parcours Virologie Fondamentale
Parcours Virologie Moléculaire et Médicale
Immunologie
Parcours Immunologie Fondamentale
Parcours Physiopathologie de la réponse immune
SPECIALITÉS PRO
Développement des Produits de Santé
Microbiologie Appliquée et Génie Biologique
Spécialisation (4ème semestres) 30 ECT S
ST AGE
Entré e dans l'Ec o le Do c to rale B3 MI, GC2 ID, B2 T o u autre s
4
SPECIALITES
Spécialité®: Microbiologie (Resp : Pr A.Klier)
Cohabilitations: Universités Paris Descartes – Paris Diderot et convention avec l’Université Paris Pierre et
Marie Curie et l’Institut Pasteur.
Cette spécialité, issue du DEA de Microbiologie-Virologie est subdivisée en deux parcours : : Fondamental d'une
part, et Moléculaire et Médicale d'autre part. Les deux parcours proposeront des enseignements théoriques approfondis et
une initiation à la recherche. Un 3ème parcours « Mycologie Fondamentale » est également proposé aux étudiants désireux
de se former dans cette thématique.
Au sein de cette spécialité sont favorisés les axes de recherche visant à l’étude des microorganismes dans leur
environnement naturel et à comprendre leur fonctionnement (physiologie), et leur impact sur les écosystèmes. Les études font
largement appel aux technologies de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire et de la génomique sous ses différents
aspects (fonctionnelles, physiologiques, comparatives et structurales). Plus spécifiquement, sont abordées les notions de
biodiversité et de phylogénie, de régulation de l’expression génétique, les relations hôtes-pathogènes incluant les réponses de
l’hôte, l’identification des facteurs de virulence, les mécanismes de pathogénicité et les moyens de les contrôler, la
transduction de signaux et les mécanismes adaptatifs chez les microorganismes procaryotes et eucaryotes. Des aspects plus
finalisés comme l’identification bactérienne, la résistance aux antibiotiques et les moyens de contrôle antimicrobien ainsi que
les biotechnologies microbiennes, sont également pris en compte.
Les microorganismes étudiés sont d’une part, des bactéries pathogènes pour l’homme, l’animal et les plantes (Listeria,
Mycobacterium, Leptospires, Yersinia ...) et d’autre part, des bactéries modèles (E. coli ) et des eucaryotes (levures,
champignons). Les sujets de stage proposés aux étudiants relèvent des axes définis ci-dessus et de ces microorganismes.
Les laboratoires d’accueil sélectionnés sont des structures reconnues pour leur production scientifique et leur capacité
d’encadrement et de formation.
D’une manière générale, la priorité dans la formation des étudiants est donnée à des approches intégrées, visant à la
compréhension de la physiologie des microorganismes et qui vont des aspects moléculaires les plus fondamentaux à la
biologie globale et évolutive. Ceci conduit les étudiants à maîtriser de nombreuses technologies et privilégier les concepts et la
question biologique.
Spécialité®: Virologie (Resp : Pr S.van der Werf)
Cohabilitations: Universités Paris Descartes – Paris Diderot et convention avec l’Université Paris Pierre et
Marie Curie et l’Institut Pasteur.
Cette spécialité, issue du DEA de Microbiologie-Virologie est subdivisée en deux parcours : Fondamental d’une
part et Moléculaire et Médicale d’autre part. Les deux parcours proposeront des enseignements pratiques et théoriques et un
stage d’initiation à la recherche
Différents aspects seront abordés . Pour les virus d’intérêt en santé publique (VIH, HTLV, rotavirus, virus des
hépatites, herpesvirus, papillomavirus, virus grippaux) ou leurs virus modèles exogènes ou endogènes, les études portent sur
les interactions entre les virus et leur hôte et leurs conséquences fonctionnelles tant au niveau cellulaire qu'au niveau de
l'organisme.
En privilégiant les cellules cibles naturelles de l'infection, les études portent également sur les mécanismes de l’entrée
virale, de la réplication et de la persistance des génomes viraux, ou de l'assemblage des particules virales, en s’attachant à
identifier la nature des interactions fonctionnelles entre constituants cellulaires et viraux impliqués ainsi que les mécanismes
moléculaires mis en jeu. Elles portent aussi sur les implications de ces interactions en termes de tropisme cellulaire ou de
restriction d'hôte. Un autre aspect concerne les implications des interactions dans la physiopathologie de l'infection et
notamment l'oncogenèse virale, l'évolution des populations virales, ou encore en termes de réponse aux antiviraux.
Les études font appel aux technologies modernes de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire, de l'immunologie et de la
génétique. Par une meilleure compréhension du déroulement du cycle viral et des interactions moléculaires mises en jeu entre
le virus et son hôte, elles sont susceptibles à terme de déboucher sur l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques ou la
définition de nouvelles stratégies vaccinales.
Spécialité®: Immunologie (Resp : Pr :M.Viguier)
5
Cohabilitations: Universités Paris Descartes – Paris Diderot et convention avec l’Université Paris Pierre et
Marie Curie et l’Institut Pasteur.
Cette spécialité est également subdivisée en deux parcours issus du DEA d’ Immunologie et du DEA Bases
génétiques et moléculaires du système immunitaire normal et pathologique . Il y aura donc le choix entre
« Immunologie approfondie » d’une part, et « Physiopathologie de la réponse immune » d’autre part. Des enseignements
théoriques et pratiques suivis d’un stage d’initiation à la Recherche seront proposés aux étudiants.
Différents aspects de l’Immunologie seront traités comme l’ontogenèse, la sélection et la régulation du répertoire des
lymphocytes T et B. Malgré des progrès remarquables sur ce thème, l'ontogenèse et la différenciation des lymphocytes T
restent des questions centrales en immunologie, en particulier chez l'homme. Seront également abordées des études sur les
interactions et la communication cellulaires dans le système immunitaire. Le fonctionnement normal du système immunitaire
implique des interactions entre différents types cellulaires qui communiquent au travers de contacts membranaires et de
nombreux médiateurs solubles. Dans ce contexte, l'étude de nouveaux récepteurs, de leurs voies de signalisation comme celle
de leur intervention dans les interactions cellulaires reste essentielle pour la compréhension des mécanismes immuno-physiopathologiques au cours des maladies infectieuses, cancéreuses ou autoimmunes.
Dans le cadre des relations entre l’organisme-hôte et ses pathogènes, la description de certains mécanismes
d’échappement à la réponse immunitaire atteste de l’incroyable adaptabilité des microorganismes infectieux et en retour de
l’adaptabilité du système immunitaire. Le potentiel de ces recherches est d'ouvrir à terme de nouvelles perspectives pour le
traitement des maladies infectieuses et en particulier l’élaboration rationnelle de nouveaux vaccins.
Spécialité(P):Développement des Produits de Santé
(Resp : Pr. JM Sallenave)
Cette spécialité est destinée à des étudiants intéressés par les domaines de l’application et souhaitant une entrée
dans la vie professionnelle à Bac+5. Elle est organisée sur la base d’enseignements théoriques communs avec les spécialités
« Recherche » ci-dessus et spécifiques suivis d’un stage en entreprise ou laboratoire industriel.
Cette spécialité se propose d’offrir aux étudiants des enseignements visant à leur montrer les différentes étapes du
laboratoire de recherche à la mise sur le marché de médicaments nouveaux. Les aspects scientifiques, industriels, juridiques
et économiques seront abordés par des spécialistes . Un stage d’une durée de sept mois en entreprise permettra à l’étudiant
la découverte du monde industriel et de l’application.
Spécialité(P): Microbiologie Appliquée et Génie Biologique (Resp : Pr.A.Klier)
Cohabilitations : Universités Paris Diderot, Paris Sud et AgroParisTech, convention avec l’ENVA
La spécialité « Microbiologie appliquée et génie biologique » fait suite au DESS de microbiologie appliquée et génie
biologique. Elle offre aux étudiants une promesse crédible d’employabilité dans les secteurs d’activité concernés,
Biotechnologies, Agro-alimentaire, Cosmétologie, Pharmacie-Santé, Environnement, Médical. La spécialité a aussi des liens
étroits avec des laboratoires en recherche appliquée (INRA, AFSSA…) et offre aussi la possibilité d’effectuer des stages
finalisés avec une prolongation éventuelle en thèse grâce à des financements industriels ou régionaux.
La spécialité offre donc des débouchés à bac +5 dans le monde des entreprises et pour ceux qui souhaitent poursuivre
à bac+8 dans la recherche publique ou privée.
Les métiers visés relèvent principalement de la Recherche/Développement, du Marketing, de la Veille technologique et
scientifique, de la Communication scientifique et Technique. Pour les débouchés à bac+5, un accent particulier sera mis sur
les petites et moyennes entreprises (PME) qui représentent les gisements d’emploi du futur. Il s’adresse principalement à des
étudiants motivés, ayant un excellent niveau en Biologie et/ou en Biochimie, et désireux de se positionner principalement sur le
marché de l’emploi à Bac + 5.
Les enseignements seront dispensés sur les différents sites des établissements cohabilités et un stage en entreprise ou en
laboratoire industriel complétera la formation.
De plus, cette formation est également proposée en apprentissage par alternance. Cette possibilité constitue un avantage pour
une future insertion professionnelle.
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