Partie 3 – Matériel et méthodes

Université Victor Segalen Bordeaux 2
Année 2011 Thèse n° 1842
THÈSE
pour le
DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 2
Mention : Sciences, Technologie, Santé
Option : Biologie cellulaire et physiopathologie
Présentée et soutenue publiquement
Le 16 Décembre 2011
Par Stéphane PUYO
Né(e) le 13 Décembre 1983 à Bordeaux
Recherche d’alternatives thérapeutiques aux taxanes dans les
cancers de la prostate de hauts grades : Identification d’une
signature prédictive de la réponse à l’oxaliplatine
Membres du Jury
M. Michel MOENNER, Professeur à l’université Bordeaux 1 ........................ Président
M. François RADVANYI, Directeur de recherche CNRS, Paris ..................... Rapporteur
Mme. Gaelle FROMONT-HANKARD, Professeur à l’université de Poitiers . Rapporteur
M. Gwendal LAZENNEC, Chargé de recherche INSERM, Montpellier ........ Examinateur
M. Jacques ROBERT, Professeur à l’université Bordeaux 2 ........................... Examinateur
M. Philippe POURQUIER, Chargé de recherche INSERM, Bordeaux ........... Directeur de thèse

REMERCIEMENTS
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L’exercice de la rédaction reste un exercice solitaire, mais la thèse en elle-même est une grande
épopée humaine. Par ces quelques lignes, je tiens donc à remercier l’ensemble des personnes qui,
par leurs connaissances, leurs compétences, leurs qualités humaines ou tout à la fois, ont
contribué à l’aboutissement de mes travaux de recherche.
Je tiens à remercier tout particulièrement Alexis SERIKOFF, représentant de la société
Astellas, de nous avoir accordé sa confiance en sélectionnant notre projet parmi 57 autres projets
européens. L’apport de 300 000 $ de la part de la fondation Astellas Europe a été déterminant
pour me permettre d’effectuer cette Thèse et de surcroît, dans d’excellentes conditions. Merci
également de nous avoir invités à votre meeting annuel à Stockholm, ce voyage fut très
enrichissant et notre sortie satellite à l’Ice Bar restera dans ma mémoire.
Ce travail a été réalisé au sein de l’équipe de recherche Validation et Identification de Nouvelles
Cibles en Oncologie INSERM U916, dirigée par le Professeur Josy REIFFERS. Je le remercie
de m’avoir donné l’opportunité de travailler dans ce laboratoire.
Je remercie mon directeur de Thèse Philippe POURQUIER de m’avoir offert la possibilité
d’effectuer cette thèse sous sa direction. Je le remercie pour la confiance qu’il m’a accordée et
l’autonomie qu’il m’a laissé acquérir.
Je remercie également les coordonateurs de ce projet, le Docteur Nadine HOUEDÉ pour ses
précieux conseils et ses informations sur les essais cliniques. Enfin, je remercie le Professeur
Pierre RICHAUD et le Professeur Jacques ROBERT pour avoir contribué à la réalisation
de ce projet. Les compétences de chacun furent capitales pour la réalisation de ce projet.
J’exprime toute ma gratitude au Professeur Michel MOENNER de me faire l’honneur de
présider le jury de cette thèse ainsi qu’à Mme Gaelle FROMONT-HANKARD, Mr.
Francois RADVANYI et Mr. Gwendal LAZENNEC d’avoir accepté d’examiner et de juger
mon travail. Merci également à Mr. Jacques ROBERT d’avoir accepté de participer à ce jury.
Il est temps pour moi de remercier les personnes qui furent présentes dans le quotidien du
laboratoire, parce qu’au bout de près de cinq années passées, certains arrivent, d’autres partent…
Mais je n’oublierai jamais les personnes qui ont compté pour moi :
- Merci à Francois, à l’époque thésard alors que je n’étais qu’un petit étudiant naïf de Master2.
Merci à toi de m’avoir accueilli dans le bureau et de m’avoir intégré à l’équipe. On aura passé
des heures à parler bagnoles, sports en tous genres… C’était vraiment sympa. Je te remercie
également de m’avoir appris à jouer au Poker.
- Je remercie Pascal, Marion, Vincent et Alban pour la bonne humeur que vous
communiquiez à tout le laboratoire.

REMERCIEMENTS
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Puis vint mon époque de thésard, avec des souvenirs plein la tête, une maturité acquise et durant
ces trois ans (et un peu plus) j’ai accueilli et vu passer beaucoup de personnes, certaines d’entre
elles resteront toujours dans ma mémoire et vont beaucoup me manquer. Bien s’entendre avec ses
collègues fut indispensable mais en faire de vrais amis fut plutôt inattendu.
- À ce titre, c’est sans surprise que je remercie Émilie pour avoir débarqué de nulle part et d’être
rapidement devenue mon amie et mon meilleur compagnon de thèse. Ton arrivée, dans ton style
caractéristique « salut je m’appelle Émilie… et toi ? », fut une vraie bouffée d’oxygène. Ta
motivation, ton énergie et ton envie de faire bouger les choses m’auront toujours impressionné.
Cette dépense d’énergie a un prix et j’aurai assisté à pas mal de tes siestes en salle de conf ! Je te
remercie d’avoir instauré la pause cappuccino à 4h, c’est devenu notre « bonne pratique de
laboratoire ». Je n’avais jamais rencontré quelqu’un qui faisait 5 repas par jour… je n’ai jamais
compris où tu mettais tout ça. On a passé beaucoup de temps à discuter, à faire partager nos
passions tellement différentes : tu peux regarder trois films d’affilé au ciné alors que j’ai du mal à
tenir une heure sur une chaise ! Bref, côté manip, tu m’en auras fait voir de toutes les couleurs,
avec tes mille et un problèmes en tous genres, mais on a formé un binôme efficace je pense. En
deux ans, on aura essayé de faire bouger les choses, avec plus ou moins de réussite, ce fut une
expérience très intéressante ! Il ne te reste qu’à améliorer tes facultés de politicienne et tu l’auras
ce labo parfait dont tu rêves tant ! Pour finir, je te remercie d’avoir lu l’intégralité de mon
manuscrit et d’avoir corrigé « quelques » fautes de syntaxe et d’orthographe ainsi que d’avoir
grandement rectifié l’écriture de mon article, tu gères vraiment en anglais. À ce propos, je n’ai pas
eu le courage de rédiger tes remerciements dans la langue de Shakespeare comme tu le souhaitais,
j’espère que tu ne m’en tiendras pas rigueur... Je te remercie de ton soutien et de m’avoir supporté
pendant la période très difficile de la rédaction… Pour tout ce que tu m’as apporté, infiniment
merci !
- Je remercie Sofiane, d’avoir quitté son cher Paris pour la banlieue dans laquelle tu te
demandais si tu recevrais l’électricité et Internet ! On aura formé un trio original Émilie, toi et
moi. Tu fus un redoutable compagnon footeux pendant ces deux ans. Je te décerne à cette
occasion le ballon d’or du chauvinisme, jamais tu n’auras lâché un centimètre de terrain, même
quand tu avais tort mille fois haha ! On n’aura pas été souvent du même avis, mais c’est ça qui
rendait nos discussions passionnantes, mais franchement, pour un supporter du Barça, t’as même
pas une écharpe du club hein ! Et après ça vient critiquer le Real ? Ils devraient installer des
radars automatiques au Camp-nou, parce que les mobylettes du Barça ne carburent pas à la
Vittel c’est certain ! Et puis comment tu peux accepter que ton club parisien se prostitue devant
les Qataris juste pour gagner quelques places au classement ? Tu n’auras jamais compris mon
côté casanier, mais y’a rien à faire, pour moi le Nord commence au dessus de la Garonne, et il
n’y a que ceux qui ont vécu dans le Sud-ouest, et plus particulièrement sur la côte Basque, qui
peuvent comprendre. D’ailleurs, notre weekend « pays-basque » fut très sympa, alors t’as trouvé
comment ? Ça te donne pas envie de rester ? C’est vrai que c’est vert et qu’il pleut pas mal mais
pourquoi tout le monde vient en vacances chez nous alors ? Ton côté « je m’en fous de tout »
m’aura déconcerté plus d’une fois, mais c’est ce qui t’a rendu agréable et rarement pénible. Je
retiendrai particulièrement nos longues discussions sur le 11 Septembre. On en aura passé du
temps à se prendre la tête avec ça et j’ai bien compris que c’était peine perdue ! Mais rappelle-toi
« un jour on saura, suffit d’attendre ». À défaut de t’avoir convaincu du bonheur de vivre dans le
Sud-ouest, je te souhaite de retrouver la civilisation de Paris à laquelle tu tiens tant, mais fais
gaffe à tes poches…

REMERCIEMENTS
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- Je tiens à remercie Valérie, ma « maman » du labo. Merci de m’avoir communiqué ta passion
pour la recherche, j’ai beaucoup appris à tes côtés. Tu as des capacités exceptionnelles pour
encadrer les étudiants et nous t’en sommes tous reconnaissants. Je me souviendrai longtemps des
galères qu’on a connues pour la mise au point du pyroséquençage… mais comment mettre au
point un protocole qui marche quand on nous livre une machine défectueuse ? À ce sujet, je me
rappellerai toujours cette anecdote où le réparateur du pyroséquençeur, après être venu plusieurs
fois changer la quasi-totalité des pièces, me dit « bon en fait je savais depuis le début que c’était
cette pièce là qui marchait pas… mais comme c’est celle qui nous coûte le plus cher je vous avais
changé tout ce qu’il y avait autour en espérant que ça règle le problème » ! C’est vrai que quand
on est en panne de moteur en voiture, on appelle un réparateur pour qu’il nous change la
portière, en espérant que ça règle le problème… haha ! Merci infiniment pour ton soutien durant
la rédaction de ce manuscrit et de m’avoir apporté beaucoup de conseils et de corrections.
- Comment pourrai-je continuer ces remerciements sans citer ma meilleure compagne du bureau,
que j’aimais à appeler « Chef Céline » ! Mille mercis pour ton précieux soutien ! Ton actine
ratée aura marqué ton arrivée au labo de la plus belle des façons et on aura bien rigolé pour ça !
Ta présence va beaucoup me manquer, j’aimais jouer le rôle de ton standardiste et te dire « Tiens
Céline, c’est Barbara ! ». « Ma Lisa d’amour » va beaucoup me manquer aussi, je garderai
toujours ses magnifiques dessins et tous ses cœurs qu’elle aimait me scotcher sur la poitrine. Les
séances découpage/coloriage/collage auraient pu figurer dans le matériel et méthodes de ce
manuscrit. Les fêtes de Bayonne en votre compagnie resteront dans ma mémoire, et je pense que
Lisa se souviendra longtemps du réveil du Roi Léon ! Elle se souviendra peut-être un peu moins
du Paquito géant… mais elle contribua quand-même au record du monde ! Quelle festayre !! Je te
remercie aussi d’avoir été de si bon public lorsque je te racontais mes blagues un peu pourries et je
me souviendrai de quelques fous rires mémorables en salle de confs, au Cancéropôle ou nos délires
sur le label « éco » que l’on a attribué à notre laboratoire. Merci aussi pour notre voyage à
Orlando et d’avoir grandement contribué à ce que ce voyage se passe si bien. Ce n’est qu’un au
revoir, je sais qu’on sera amené à se voir régulièrement, en tous cas j’espère qu’on gardera un bon
contact.
- Merci à toi Anne-Lise pour ces 4 années passées à tes côtés, à passer des heures à débattre de
ta Twingo rose. J’ai appris que le rose s’appelait « lilas » parfois, que Longchamp était une
marque de sac à main… Merci pour nos innombrables discussions sur les Girondins de Bordeaux,
rencontrer une fille qui s’y connaissait autant que moi en foot m’a beaucoup étonné ! Tu fus, de
surcroît, un renfort essentiel pour lutter contre l’invasion de notre laboratoire par les parisiens et
les marseillais. Je me souviendrai longtemps de tes aventures dans l’hôtel un peu moisi de
Limoges, ce fut marrant pour nous surtout, mais ça résume bien les situations
abracadabrantesques dans lesquelles tu as une faculté unique pour te retrouver… Tu resteras
également dans ma mémoire pour tes qualités de travail exceptionnelles et ta culture technique et
scientifique impressionnante. Merci beaucoup du soutien, de ta disponibilité et du réconfort que
tu m’as apporté lors de la rédaction de ce manuscrit.
- J’exprime toute ma gratitude à Christophe, qui resta un fidèle compagnon dans cette aventure.
Merci mon pote pour ta présence, tes conseils pour la rédaction de ce manuscrit, ta bonne humeur
quotidienne et pour nos longues discussions sur le sport en général, notre passion réciproque pour
le sport fut une poutre de notre amitié. Je te remercie d’avoir été un si bon élève au Ping-pong, tu
as montré une marge de progression impressionnante et tu seras devenu rapidement un adversaire
redoutable. Il ne te reste plus qu’à perfectionner ton revers. Merci aussi pour nos parties de rami
en revenant du self, nos matchs de tennis endiablés à la fac, les ploufs dans ta piscine et j’en