Atelier logiciel libre pour la modélisation des plantes - Agritrop

ALEA
Atelier logiciel libre
pour la modélisation des plantes
Christophe Pradal, Christophe Godin

Modélisation des plantes
Botanique:
X
X
X
X
X
X
U1
U1 U1
I12
I13 U2
U2 U2
F1
U2U2
I2
I1
I8
I9
I6
I10
I11
F1
F1
F1 F1
F1
F1 U1
U2
I10
I15 X
X
X
X
U2
I7
I8
I9
I10
X
F1
F1 F1
U2
I1
S1
S1
F1
Mesure:
Modélisation:
Simulation:
U1
U1
U2
F1
U2
U2
U1
U2 F1
F1
F1
F1
U2
+
+
+
+
+
<
+
<
<
<
++
+
<
U2
U1
U2
F1
S1
S1
F1
F1
+F1
U2
<
+
+
+
+
+
+
+
A91
A92
A91 A92
A92
A92
A92
A92
A91
A92
A92
A92
A92
A92
A92
A92
<
+
<+
+
+
<
+
+
+
+
+
++
+
F1
feuilles
racines
f
r
dC
dt
CC
RkC
dW
dt C
rfr
rr
rrr
=
−
−
=
R
S
|
T
|
α
dC
dt
CC
RkC
dW
dt C
frf
ff
fff
=
−
−
=
R
S
|
|
T
|
|
α
0 1 2 3 4 5 6
0
0.1
0.2
0.3
0.4
05
0
0.1
0.2
0510
0
0.1
0.2
0 5 10 15 20
0
0.1
0.2
0.3
0 5 10 15 20
0
0.1
0.2
0.3
0 5 10 15
0
0.1
0.2
0 102030

AMAPmod - 1995
MTG
Extraction Models
& tools
Code
Plant
Form ...
Classes ...
Decompos ...
Topology ...
Features ...
Code ...
/P1/U1
+U1 ...
0
50
100
150
200
250
300
350
01234567
AML
Digitalization
Observation
10110000101
00110011101
11101101011
. . .
0
50
100
150
200
250
300
350
01234567
histogramme
loi
2
3
0 1
?
40034010
4440132101133
2300141111
. . .

AMAPmod - 1995
Analyse et modélisation de l'architecture des plantes
–Développé par deux chercheurs en collaboration avec des biologistes.
–400 kl de C++ étendues par le langage «maison» AML
Goulot d'étranglement
–Demandes des biologistes en application
–Formation
–Maintenance
–Nouveaux développements
Choix Logiciel libre
–Licence GPL
–Des utilisateurs dans plus de 20 pays
–150 chercheurs formés, 8 formations
–Architecture statique, sentiment de propriété => pas de co-développement

FSPM - 1996
FSPM (Functional / Structural Plant Modelling)
–Communauté scientifique international de modélisation
des plantes (workshops, ~200 chercheurs)
Modélisation de la croissance et du fonctionnement
des plantes
–Representation 3D de l'architecture des plantes
–Modèles physiologiques et environementaux
–Outils d'analyse et de simulation
Domaines d'application
–Botanique, foresterie, agronomie et écologie