Comment formaliser les recommandations préventives pour faciliter

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UNIVERSITE PIERRE ET MARIE CURIE
PARIS 6
Faculté de médecine Pierre et Marie Curie
Année 2011 Thèse N°2011PA06G068
Comment formaliser les recommandations
préventives pour faciliter leur utilisation
dans des systèmes informatisés d’aide à la
décision médicale ?
Thèse pour obtenir le diplôme d’état
de Docteur en Médecine
Présentée et soutenue publiquement
le 13 décembre 2011
Par Emmanuel JOBEZ
né le 31 mai 1979 à Saint Saulve (59)
Président du jury : Pr Anne Marie Magnier
Membres du jury : Pr Philippe Cornet
Dr Brigitte Séroussi
Pr Stéfan Darmoni
Directeur de thèse : Pr Hector Falcoff

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Remerciements
Au Pr Hector Falcoff, pour avoir accepté de diriger cette thèse, pour l’environnement de
travail qu’il a mis à ma disposition, pour le modèle de chercheur qu’il représente.
Au Pr Anne-Marie Magnier, pour avoir accepté de diriger ce jury de thèse, pour ses qualités
pédagogiques immenses et son soutien constant.
Au Pr Philippe Cornet, pour avoir été mon maître lors de l’apprentissage clinique de la
médecine générale, pour sa culture et son sens humain avec les patients, exemplaire pour moi.
Au Dr Brigitte Séroussi, dont les articles sur les SADM m’ont guidé, pour son rôle fondateur
dans le projet ASTI sur lequel s’appuie ce travail.
Au Pr Stéfan Darmoni, pour les outils informatiques qu’il a développés, CISMEF BP et
Portail Terminologique de Santé, qui ont été essentiels pour ce travail.
C’est un très grand honneur que vous me faites de participer à ce jury de thèse.
Au Dr Harry Karadimas pour son aide à propos de l’Arden Syntax, au Pr Antoine Buemi pour
son aide à propos de SNOMED et au Dr Charles Rica pour son aide à propos de
l’interopérabilité sémantique.
A tous les professeurs de médecine et professionnels de Santé qui m’ont guidé avec
enthousiasme depuis le début de mon cursus et à tous les patients rencontrés pendant ces
années, avec qui les échanges ont toujours été passionnants.
A toute ma famille au sens large et à ma belle-famille.
A ma compagne et à notre fils pour toutes les joies partagées.
A mes amis pour leur soutien sympathique.
Et spécialement à mes parents, pour toute l’affection et le soutien qu’ils m’ont toujours
apporté.

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SERMENT
En présence des Maîtres de cette Ecole, de mes chers
condisciples et devant l’effigie d’Hippocrate, je promets
et je jure d’être fidèle aux lois de l’honneur et de la
probité dans l’Exercice de la Médecine. Je donnerai mes
soins gratuits à l’indigent et n’exigerai jamais un
salaire au-dessus de mon travail.
Admis dans l’intérieur des maisons, mes yeux ne
verront pas ce qui s’y passe, ma langue taira les secrets
qui me seront confiés, et mon état ne servira pas à
corrompre les moeurs ni à favoriser le crime.
Respectueux et reconnaissant envers mes Maîtres, je
rendrai à leurs enfants l’instruction que j’ai reçue de
leurs pères.
Que les hommes m’accordent leur estime si je suis fidèle
à mes promesses ! Que je sois couvert d’opprobre et
méprisé de mes confrères si j’y manque.

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Abréviations utilisées
ADICAP : Association pour le Développement de l’Informatique en Cytologie et Anatomo-
Pathologie.
ANAES : Agence Nationale d’Accréditation et d’Evaluation en santé.
ASTI: Aide au suivi et à la thérapeutique informatisée.
ASIP: Agence des systèmes d’information partagés de Santé.
CIM10: Classification internationale des maladies.
CIRC: Centre International de Recherche sur le Cancer.
CISMEF BP: Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française - Bonne Pratiques.
CISP: Classification Internationale en Soins Primaires.
DGS: Direction Générale de la Santé.
DRC: Dictionnaire des résultats de consultation.
GBD: Global Burden of disease.
GEM: Guideline Element Model.
GLIF3: Guideline Interchange Format 3.
HAS: Haute Autorité en Santé.
HIMSS: Healthcare Information and Management Systems Society.
HL7: Health Level Seven.
HL7 CDA: HL7 Clinical Document Architecture.
ICPPC: International classification of process in primary care.
IHTSDO: International Health Terminology Standards Development Organisation.
IHE: Integrating the Healthcare Enterprise.
INCa : Institut National du Cancer.
LOINC: Logical Observation Identifiers Names and Codes.
PTS: Portail Terminologique de Santé.
PCC: Patient Care Coordination.
SNOMED: Systematized NOmenclature of Medicine.
SNOMED RT = SNOMED Reference Terminology.
SNOMED CT = SNOMED Clinical Term.
SADM: Système d’Aide à la Décision Médicale.
TBS: Tableau de bord de suivi.
UMLS: Unified Medical Langage System.
XML: Extended Marked-up Langage.

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TABLE DES MATIERES
I – INTRODUCTION ............................................................................................................................. 6!
A. CONTEXTE GENERAL ........................................................................................................................ 6!
B. PRINCIPALES APPROCHES DE FORMALISATION EXISTANTES ........................................................... 9!
1) Formalisations centrées sur le document .................................................................................. 10!
2) Formalisations centrées sur un modèle ..................................................................................... 12!
C. PRINCIPALES TERMINOLOGIES DISPONIBLES ................................................................................. 18!
D. HISTORIQUE DU FORMAT « MODELE DE SUIVI » ............................................................................ 20!
E. QUESTIONS ET OBJECTIFS DE L’ETUDE ACTUELLE ......................................................................... 25!
II - METHODES ................................................................................................................................... 27!
A. STRATEGIE DE RECHERCHE ET DE SELECTION DES DOCUMENTS SOURCES. .................................. 28!
B. FORMALISATION DES RECOMMANDATIONS ET ADAPTATION EVENTUELLE DU FORMAT .............. 29!
C. RECHERCHE D’UNE INTEROPERABILITE / CODAGE DU MODELE .................................................... 31!
D. VALIDATION DES MODELES ........................................................................................................... 34!
III – RESULTATS ................................................................................................................................ 35!
A. NOUVEAU FORMAT « MODELE DE SUIVI » .................................................................................... 35!
B. EXEMPLE DE MODELE DE SUIVI : DEPISTAGE DU CANCER DU COL DE L’UTERUS .......................... 38!
C. EVALUATION DE LA CAPACITE DES PRINCIPALES TERMINOLOGIES A CODER LE MODELE DE SUIVI
DEPISTAGE DU CANCER DU COL DE L’UTERUS. ................................................................................... 60!
IV - DISCUSSION ................................................................................................................................ 62!
A. SYNTHESE ET INTERPRETATION DES RESULTATS OBTENUS ........................................................... 62!
1) Formalisation ............................................................................................................................. 62!
2) Possibilités terminologiques ...................................................................................................... 72!
3) Opportunité des modèles de suivi réalisés. ................................................................................ 75!
B. COMPARAISON AUX RESULTATS D’AUTRES EQUIPES .................................................................... 77!
C. PERSPECTIVES ................................................................................................................................ 79!
V – CONCLUSION .............................................................................................................................. 81!
A. MODELE DE SUIVI DEPISTAGE DU CANCER DU SEIN ...................................................................... 82!
B. MODELE DE SUIVI DEPISTAGE DU CANCER COLORECTAL ............................................................ 101!
C. MODELE DE SUIVI REPERAGE / DEPISTAGE DES FACTEURS DE RISQUE CARDIOVASCULAIRE ...... 115!
D. CODES ALTERNATIFS POUR LES MODELES DE SUIVI ET ALIGNEMENT ......................................... 145!
BIBLIOGRAPHIE ............................................................................................................................. 170!
RESUME ............................................................................................................................................. 173!