Analyse du transcriptome des souches virulentes - Agritrop

THESE DE DOCTORAT DE
L’UNIVERSITE DES ANTILLES ET DE LA GUYANE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L'UNIVERSITE DES ANTILLES ET DE LA GUYANE
Spécialité
Microbiologie Moléculaire
Ecole Doctorale Pluridisciplinaire de l’Université des Antilles et de la Guyane
Présentée et soutenue publiquement par
Loïc EMBOULÉ
Analyse du transcriptome des souches virulentes et atténuées d’Ehrlichia
ruminantium et application au développement de vaccin de deuxième
génération
Devant le jury composé
Présidente
Rapporteur
Rapporteur
Examinateur
Examinateur
Directeur de thèse
Co-directeur
Encadrant
Pr France DAIGLE, Professeur Université de Montréal
Pr Philippe BROUQUI, Faculté de médecine de Marseille, la Timone
Dr Eric DUCHAUD, CR INRA, Université Paris VI
Pr Charles DOZOIS, Institut Armand Frappier
Pr Abel HIOL, IUT Saint Claude, Université des Antilles et de la Guyane
Dr Thierry LEFRANCOIS, Directeur adjoint UMR 15 INRA-CIRAD
Pr Olivier GROS, Université des Antilles et de la Guyane
Dr Nathalie VACHIERY, Chercheur, UMR15

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Analyse du transcriptome des souches virulentes et atténuées
d’Ehrlichia ruminantium et application au développement de
vaccin de deuxième génération

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Remerciements
Les travaux présentés dans ce mémoire ont été réalisés dans le cadre de recherches menées
principalement en Guadeloupe, au laboratoire CIRAD UMR15/ UMR CIRAD-INRA 1309
« contrôle des maladies animales exotiques et émergentes ». Une partie des travaux a aussi été
réalisée, au sein du Département de Microbiologie et d’Immunologie de l’Université de
Montréal ainsi qu’à l’Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Sophia Antipolis.
Ces travaux ont bénéficié de l’appui financier du CIRAD, de la Région Guadeloupe, du Fonds
Social Européen, du projet européen EPIGENEVAC INCO-CT-2005-003713 et du Fonds
France-Canada pour la Recherche.
Je tiens tout d’abord à remercier Nathalie Vachiery pour m’avoir permis d’accomplir ce
travail sous sa direction, ainsi que pour son aide, ses conseils précieux et sa disponibilité. Ta
confiance, ta rigueur scientifique et surtout ton amitié à mon égard ont été des sources de
motivation. Tu m’as fait partager tes connaissances et ton amour profond de la recherche. Les
moments passés avec toi à réfléchir sur les stratégies ou les résultats restent parmi les
meilleurs moments de mon travail de thèse. « Je n’oublie pas les fous rires». Ces quelques
lignes ne sont pas suffisantes pour t’exprimer toute ma gratitude.
Merci à Thierry Lefrançois, responsable de notre équipe en Guadeloupe, pour m’avoir co-
encadré et conseillé tout au long de ces années de thèse. J’ai été ravi de bénéficier de ton
expérience et de ta large culture scientifique. Ton calme à toute épreuve, tes conseils
bienveillants et tes qualités humaines m’ont été d’un grand soutien surtout dans les moments
difficiles.
Je remercie le Professeur Philippe Brouqui et le Docteur Eric Duchaud qui m’ont fait
l’honneur et le plaisir d’accepter d’être les rapporteurs de ce travail.
Merci aussi au Professeur Charles Dozois et au Professeur Abel Hiol pour avoir accepté de
juger cette thèse. Je suis très honoré de votre présence dans mon jury.
Merci aussi au Professeur France Daigle, présidente du jury, pour m’avoir accueilli pendant 3
mois dans son laboratoire à l’Université de Montréal au Canada au cours de ma formation à la
méthode SCOTS. Grâce à toi j’ai pu disposer de tous les moyens nécessaires à la réalisation
de mes travaux de thèse. Ton aide et ta collaboration dans mes recherches ont été précieuses.
A travers toi je tiens également à remercier toute ton équipe qui m’a fait découvrir votre
merveilleuse culture ainsi qu’un pays exceptionnel.
Je remercie tout particulièrement Bernard Mari ainsi que Pascal Barbry de l’IPMC à Sophia
Antipolis pour m’avoir accueilli dans leur laboratoire. Merci de m’avoir fait partager vos
connaissances sur les puces à ADN et surtout sur l’analyse statistique des données. Je tiens à
remercier sincèrement toute l’équipe pour l’aide précieuse et chaleureuse qu’ils m’ont
apportée, avec une attention toute particulière à Virginie Magnone qui m’a montré avec
beaucoup de patience la technique d’hybridation.
Merci au Professeur Olivier Gros qui a accepté d’être mon garant à l’Université des Antilles
et de la Guyane en étant co-directeur de la thèse. Ta participation aux comités de thèse, mais

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surtout les longues discussions que nous avons pu avoir m’ont toujours éclairé et aiguillé ces
dernières années. J’ai réellement apprécié les enseignements que j’ai pu assurer sous ta
responsabilité dans le cadre des vacations puis en tant qu’ATER.
Je remercie le Docteur Dominique Martinez pour m’avoir accueilli à l’UMR15 du CIRAD et
d’avoir participé à mes comités de thèse. Merci pour vos conseils si précieux.
Merci également à Damien Meyer pour m’avoir apporté son aide et ses conseils scientifiques.
L’intérêt que tu as porté à ce travail à travers nos discussions et tes fameux « brainstorming »
m’a toujours stimulé.
Je remercie sincèrement les autres membres de mon comité de thèse que je n’ai pas encore
cités. Il s’agit de Pierre-Yves Teycheney, Jean-Christophe Bambou et Didier Mbegue-
Mbegue, qui ont su nous aider à définir les axes prioritaires à travers leurs commentaires et
conseils avisés. Jean-Christophe tu es un véritable grand frère et un exemple merci pour tous
tes conseils.
Un grand merci à toute l’équipe de l’UMR15 du CIRAD Guadeloupe en particulier Christian
Sheikboudou et Valérie Pinarello, mes acolytes. Christian ou Monsieur culture, Monsieur
protéine, Monsieur QSE, ton aide le samedi et le dimanche et tous les autres jours m’a été
d’un grand secours. Tu as été là du début jusqu’à la fin dans la joie et la bonne ou mauvaise
humeur. Même si on a beaucoup rigolé, j’ai vraiment appris énormément grâce à toi. « mèsi
onpil ». Valérie, ma partenaire de choc, merci pour ton excellence et ta rigueur dans le travail.
Ton amitié a été capitale dans la réalisation de cette thèse et notre complicité a été un véritable
moteur. J’ai adoré défiler avec le « Bagad Karukéra ». Merci à Yolaine Vincent pour m’avoir
aidé dans toute la partie administrative (mission, dossiers, congrès etc), ton efficacité me
laisse admiratif. L’animation et l’ambiance du labo ont toujours été divertissantes avec de
nombreux rebondissements ; il n’y a jamais eu de monotonie ! Merci à Rosalie Aprelon pour
m’avoir si souvent arrêté le thermocycleur et pour avoir partagé ma passion pour la musique
« gwo ka ». Merci à tous les agents du CIRAD Guadeloupe qui m’ont toujours encouragé en
particulier mes amis de Neufchateaux et Roujol. Merci à tous les VCAT et les stagiaires avec
qui j’ai partagé de très bons moments en particulier Sylvie, Nico et Lucie bien sûr !!
Je remercie également Marie-Noëlle Sylvestre qui m’a beaucoup aidé et encouragé la dernière
année. Tu as été très compréhensive et surtout indulgente avec moi. Assurer les
enseignements sous ta responsabilité a été un vrai plaisir. Je n’oublie pas Clara Allayous qui
m’a vraiment soutenu dans la dernière ligne droite avec les TP d’immunologie.
Merci aux amis thésards et néo-docteurs avec lesquels j’ai pas mal échangé aux cours de la
thèse notamment Ludovic, Vanessa, Carole, ma cousine Danitza et le Docteur S. Faucher. Je
n’oublie pas mes Québécoises préférées Marthe et Christine qui ont totalement adopté la
Guadeloupe « Pouuuuuuuu ».
Une petite pensée pour les Professeurs Estelle Jumas-Bilak et Hélène Marchandin avec
lesquelles j’ai découvert le monde de la recherche au sein de l’EA3755 à la faculté de
Pharmacie de Montpellier. Je n’oublie pas notre merveilleux voyage à Madrid pour mon
premier congrès FEMS. Il y a aussi Isabelle et surtout Agnès avec lesquelles j’ai beaucoup
rigolé et travaillé bien sûre !

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Merci à Murielle, Quévin, Luc, Sonny, Olivier, Nico « kaké » et Marion, amis de longue date.
Le chemin a été long mais vous avez toujours été là pour moi, malgré la distance. Nous
sommes comme des frères et sœurs ; notre amitié est sacrée et votre absence me pèse
énormément.
Merci aux amis et membres de la « tribu gwo ka du vendredi » qui m’ont soutenu surtout
pendant la phase de rédaction, en particulier Lina, Servane, Laure et Stéphanie. Grâce à vous
le « Bik a tanbou » est devenu une institution en Guadeloupe. Les soirées de détente m’ont
fait un bien fou.
Je remercie également tous ceux qui m’ont aidé au cours de cette thèse, ceux qui m’ont
dépanné pour du matériel ou autre et que je n’ai pas cité. Je ne vous en remercierai jamais
assez.
Enfin je tiens à remercier tous les êtres chers de ma grande famille. Je voudrais donc tout
particulièrement remercier ma mère qui a toujours cru en moi. Merci « manman Lydia » pour
tes encouragements et ton soutien constant durant mes études, je te dédie cette thèse. Je sais
que rien n’a été facile, tu m’as très tôt fait prendre conscience de la valeur du travail. Merci à
mon frère Matthew qui m’est très cher et à Jacky. Une tendre pensée pour mes taties qui
m’ont toujours gâté sans oublier les tontons, cousins et cousines.
Ce travail n’aurait pas été possible non plus sans tout le soutien de Roxane : ton amour et ta
présence à mes cotés ont été très précieux pour tout ce que j’ai entrepris ces dernières années.
Je sais que cette année n’a pas été facile mais tu m’as toujours réconforté avec tes attentions
tendres à mon égard. Merci de m’offrir le plus beau cadeau dont on puisse rêver.