Initiation à l`informatique et à l`abstraction en biologie (I)

Année universitaire 2016–2017
Travaux dirigés
Initiation à l’informatique
et
à l’abstraction en biologie (I)
2V315
Licence Sciences de la Vie

Informations générales
Responsables de l’UE : Sophie Pasek et Jacques Pédron
Secrétariat : Couloir 33-34 1er étage porte 112.
— Chaque séance comporte des exercices complémentaires pour s’entraîner.
— Documents en ligne sur le site sakaï du module :
— le calendrier (pour les cours du soir sur le site de la section AHA 1) ;
— la version numérique de ce fascicule ;
— tous les fichiers à utiliser dans les exercices ;
— des liens utiles relatifs à la programmation en Python ;
— des liens utiles pour pratiquer les exercices de programmation chez soi.
— Pour pratiquer les exercices de programmation sur le campus, vous pouvez aller travailler à
l’UTES. Vous y trouverez un environnement de travail analogue à celui des salles de TD.
— Centre pédagogique de ressources multimédias pour les étudiants et enseignants de l’uni-
versité, L’UTES 2assure un accompagnement pédagogique des étudiants en libre-service et
plus généralement, il est le centre d’innovation pédagogique par les TICE de l’UPMC ;
— Ouverture du centre : du lundi au vendredi, de 8h05 à 18h, sans interruption ;
— Accueil et salles de travail de l’UTES : Atrium 1er étage.
1. http://abiens.snv.jussieu.fr/AHA
2. http://www.lutes.upmc.fr/
UPMC – Licence 2

TD – 1 Notions de base : Variable - Affectation - Saisie
- Affichage
Notions de cours
Variables
La formalisation d’un problème nécessite la manipulation de données de différentes natures
(numérique, alphanumérique, booléen, ...). Ceci s’effectue à l’aide de variables. Une variable
permet de représenter une donnée par un nom. Chaque variable est déclarée au début de
l’algorithme : on indique pour chaque variable un nom et un type :
Déclarer nom :type
Par exemple :
Déclarer longueur, rayon : réel
Déclarer titre : chaîne de caractères
Types de données
Le type d’une variable indique la nature des données qui y sont stockées. Il définit les valeurs
possibles et les opérations que l’on peut effectuer sur ces valeurs. Par exemple, il est possible
de diviser des nombres (entiers ou réels) entre eux, mais pas des chaînes de caractères ; on
peut passer une chaîne de caractères en majuscules, mais pas un nombre, etc.
Type de donnée Exemples de valeurs Opération spécifique Résultat
Entier 7 — 2 — -71 7 modulo 3 1
Réel -6,0 — 3,14 — 21,672541 arrondi(3,14) 3
Chaîne de caractères ’z’ — ’Toto’ — ’Turlututu !’ Majuscule(’Toto’) ’TOTO’
Booléen Vrai — Faux ¬Faux Vrai
L’opération de base sur une variable est l’affectation, c’est-à-dire le stockage d’une valeur
dans la variable. On distingue :
Affectation Syntaxe Exemple
Littérale nom ←valeur x←5
Expression nom ←expression y←29 - 4x
Saisie utilisateur nom ←[CLAVIER] R ←[CLAVIER]
Variable nom2 ←nom z←x
Les variables en python
Dans un langage de programmation, le nom de la variable constitue un lien vers une adresse
dans la mémoire de l’ordinateur. La taille de l’emplacement mémoire nécessaire au stockage
de la valeur dépend de son type (entier, réel, caractère, booléen).
UPMC – Licence 3

2V315 TD 1
Type Exemples de valeurs Opération Résultat
int 7 –- 2 –- -71 7 % 3 1
float -6.0 –- 3.14 –- 21.672541 round(3.14) 3.0
string ’z’ –- ’Toto’ –- ’Turlututu !’ ’Toto’.upper() ’TOTO’
bool True –- False not False True
Affectation et L-value
En Python, la création d’une variable et l’allocation de mémoire correspondante s’effectuent
lors de son initialisation, c’est-à-dire lors de la première affectation effectuée avec cette variable.
L’opérateur d’affectation est le signe =. Lors de l’affectation, la valeur à stocker est située à
droite de l’opérateur, c’est la r-value (pour right value). L’emplacement mémoire qui reçoit la
r-value est située à gauche de l’opérateur, c’est la l-value.
La r-value peut être une valeur littérale, une variable, une expression. La l-value est obliga-
toirement un emplacement mémoire. Dans le cadre de cette UE, il s’agira toujours d’un nom
de variable.
Commandes
Description
Commandes Unix
gedit lancer l’application éditeur de texte gedit
python lancer l’interpréteur python interactif
Commandes Python
l-value =r-value affecter r-value dans l-value
r-value : valeur littérale, variable, expression
l-value : emplacement mémoire
print variable_1 [, variable_2 ]afficher variable_1 [, variable_2 ]
int(variable)convertit en entier
float(variable)convertit en réel
str(variable)convertit en chaîne de caractères
round(variable[, n])arrondit un nombre réel [à ndécimales]
variable.upper() convertit une chaîne de caractères en majuscules
variable.lower() convertit une chaîne de caractères en minuscules
variable_1 %variable_2 renvoie le reste de la division entière
variable_1 = raw_input("question") affiche question, attend une entrée au clavier, et
affecte la valeur à variable_1
quit() quitte l’environnement interactif
NB : Les mots en italiques sont des identifiants, c’est-à-dire des noms choisis par le programmeur. Les mots
en caractères droits sont des mots-clés. Les paramètres entre crochets sont optionnels.
UPMC – Licence 42016–2017

2V315 TD 1
Exercice – 1Environnement Python interactif
Python a deux modes de fonctionnement : le mode interactif et le mode « exécution de
script ».
Le mode interactif est un environnement terminal où les instructions sont entrées avec le
clavier. L’interpréteur donne un retour immédiat après chaque instruction. Les instructions
précédentes sont gardées en mémoire. Le mode intéractif est un bon moyen pour se familiariser
avec des instructions en python et pour tester la validité de la syntaxe. Pour lancer le mode
interactif, il faut utiliser la commande python sans argument.
Le mode « exécution de script » correspond au cas où l’ensemble des instructions en python
sont écrites et sauvegardées dans un fichier texte portant l’extension .py, puis exécutées dans
l’interpréteur python. Pour lancer le mode « exécution de script », il faut utiliser la commande
python et donner le nom du fichier contenant les instructions (le script) en argument.
a- Ouvrir un terminal Unix (ou Terminal X).
b- Lancer l’interpréteur python en mode interactif dans le terminal Unix.
[invite_de_commande]$ python
Vous entrez maintenant dans l’environnement python interactif.
Python 2.6.2 (r271:86832, Jul 31 2011, 19:30:53)!
[GCC 4.3.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.!
>>>
NB : Le message varie selon la version de Python installée. Notez que l’invite de commande est différente
de celle de l’environnement UNIX. Ici, ce sont trois signes > à la suite. Vous devez taper vos instructions en
python après cette invite.
c- Taper les instructions suivantes (validez chaque instruction en tapant la touche Entrée).
Observez et commentez les affichages obtenus en retour.
>>> 3 + 4
>>> 3 / 0
>>> "Hello world!"
>>> a="Hello world!"
>>> print a
>>> print "a"
>>> a="Hello"
>>> b="world!"
>>> print a,b
>>> print a+b
>>> print a-b
>>> print c
>>> print a*4
>>> print a/4
>>> quit()
UPMC – Licence 52016–2017