UFR SMBH, Licence 3 Sciences du Vivant 25 novembre 2016 Examen d’informatique Seuls documents autorisés : 2 feuilles A4 recto verso manuscrites. Durée : 2 heures Question 1 (2 points) Écrire un algorithme abstrait qui compte combien de fois apparaît le nombre 38 dans un tableau d’entiers t, et met le résultat dans une variable n. Implémenter cet algorithme en Perl. Solution: Algorithme abstrait : n←0 pour tout i de t faire si i est égal à 38 alors n←n+1 fin si fin pour Traduction en Perl : $n = 0; foreach my $i (@t){ if ($i == 38){ $n=$n+1; } } Barême: algo abstrait : boucle=.5, compteur=.5 implementation : 1 Question 2 (2 points) On a placé des nombres dans un fichier f (un nombre par ligne), comme dans l’exemple ci-contre. Écrire un algorithme abstrait qui lit le fichier f et écrit dans un fichier g les mêmes nombres, un par ligne, mais divisés par 2. Implémenter l’algorithme en Perl. Solution: Algorithme abstrait : ouvrir une communication F pour lire le fichier f ouvrir une communication G pour ecrire dans le fichier g pour tout n de f faire enlever les caracteres blancs de n ecrire n/2 en utilisant G ecrire un retour chariot en utilisant G fin pour fermer la communication F fermer la communication G Traduction en Perl : open(F,’<’,"f"); open(G,’>>’,"g"); while (my $n = <F>){ exemple de fichier f 4 3.5 189 fichier g 2 1.75 94.5 chomp $n; print G ($n/2)."\n"; } close F; close G; Barême: algorithme :lecture ligne a ligne=0.5,ecriture=0.5, implementation :1 Question 3 (2 points) Écrire l’algorithme abstrait d’une fonction nb_de_fois qui compte dans un tableau combien de fois apparaît chacun de ses éléments, et renvoie le résultat sous forme d’un tableau associatif. Par exemple, l’appel nb_de_fois(4,’c’,7,4) renverra le tableau associatif (4 => 2, 7 => 1, ’c’ => 1) car le nombre 4 apparaît 2 fois, et le nombre 7 et le caractère c apparaissent 1 fois. Implémenter cet algorithme en Perl. Solution: Algorithme abstrait : fonction nb_de_fois(t : Tableau) :Entier Tableau associatif h ← Tableau vide pour tout e de t faire si h contient la clé e alors ajouter 1 à la valeur associée dans h à la clé e else associer la valeur 1 dans h à la clé e fin si fin pour return h fin Traduction en Perl : sub nb_de_fois { my @t = @_; my %res = (); foreach my $e (@t) { if ($res{$e}){ $res{$e}+=1; } else { $res{$e}=1; } } return %res; } Barême: algo abstrait : boucle=.5, conditionnelle=.5 implementation : boucle=.5, conditionnelle=.5 Question 4 (2 points) Écrire une fonction decouper_en_codons qui découpe une séquence de nucléotides en codons (suites de trois lettres A, C, T, ou G). Cette fonction prend comme argument une chaîne de caractères (représentant la séquence de nucléotides) et renvoie un tableau de chaînes de caractères de trois caractères (les codons). Solution: sub decouper_en_codons { my $s = $_[0]; my @t = ($s =~ m/[ATCG]{3}/g); # ou simplement m/.../g Page 2 return @t; } Barême: fonction qui renvoie un tableau :1, m : 1 Question 5 (1 point) À l’aide des fonctions précédentes, écrire une fonction compte_codons qui donne la fréquence d’apparition des différents codons présents dans une séquence. Cette fonction renvoie un tableau associatif dans lequel est associé à chaque codon présent dans la séquence le nombre de fois où il apparaît. Solution: sub compte_codons { my $s = $_[0]; return nb_de_fois(decouper_en_codons($s)) } Barême: fonction+arguments :0.5,appels de fonction :0.5 Question 6 (2 points) La séquence de reconnaîssance de l’enzyme de restriction HpyF10VI est constituée d’un G, suivi d’un C, suivi de 7 nucléotides (n’importe lesquels), suivi d’un G et d’un C. Combien de mots comporte ce langage ? Donner un exemple de mot de ce langage. Donner l’expression régulière correspondante. Solution: Ce langage comporte 47 = 16 384 mots. L = { GCAGGGGCCGC, GCAAGTGCCGC, . . . } regex = GC[ACTG]{7}GC Barême: langage : exemple = .5, nb mots=.5, regex :1 Question 7 (2 points) L’enzyme HpyF10VI découpe la séquence d’ADN après la septième lettre du site de reconnaissance. Écrire une fonction decoupe qui prend comme argument une séquence d’ADN et qui renvoie la séquence découpée sous forme d’un tableau de deux éléments. Par exemple, l’instruction my @t = decoupe("TTCDAAGGCAGGGGCCGCA"); doit placer dans le tableau t deux éléments : "TTCDAAGGCAGGGG" et "CCGCA". Solution: sub decoupe { my @t = (); if ($_[0] =~ m/(.*GC[ACTG]{5})([ACTG]{2}GC.*)/){ @t = ($1,$2); } return @t; } Barême: m :.5,parentheses :.5,retour tableau :1 Question 8 (3 points) Page 3 On a placé dans les fichiers C.pm et test.pl les instructions ci-contre. Les fichiers sont dans le même répertoire. Que se passe-t-il lorsque test.pl est exécuté ? Pourquoi ? Qu’est-ce qui est affiché si on enlève l’instruction use strict ? Pourquoi ? Modifier le fichier test.pl pour que soit affiché le contenu de la variable a déclarée dans le fichier C.pm. fichier C.pm package C; our $a = 3; 1; fichier test.pl use C; use strict; print $a; Solution: Lorsque test.pl est exécuté, une erreur est levée, car la présence du pragma use strict force à qualifier toutes les variables par leur espace de nom. Si on enlève use strict, rien n’est affiché car la ligne print $a demande l’affichage du contenu de la variable scalaire a du paquetage par défaut (main), et cette variable n’a pas été définie (valeur undef). Pour afficher le contenu de la variable a déclarée dans le fichier C.pm, il faut exécuter l’instruction print $C::a ; Barême: 1 pt par question Page 4