LES ARBRES PHYLOGÉNÉTIQUES

LES ARBRES PHYLOGÉNÉTIQUES
Taguan
02 décembre 2015

Table des matières
1 Introduction 5
2 Evolution et sélection naturelle 7
2.1 Un peu d’histoire .................................. 7
2.2 Sélection naturelle et diversification des espèces .................. 7
3 Biologie moléculaire 11
3.1 ADN ........................................ 11
3.2 Mutations ..................................... 13
4 Méthodes d’inférence phylogénétique 15
4.1 Vocabulaire et structure d’un arbre phylogénétique ................. 15
4.1.1 Arbre raciné vs arbre non-raciné ....................... 15
4.2 Méthode de distance ................................ 17
4.2.1 Exemple : la méthode du Neighbour-joining ................. 18
4.3 Méthode de parcimonie ............................... 21
4.4 Maximum de vraisemblance ............................ 22
4.4.1 Principe ................................... 22
4.4.2 Probleme NP-complet ............................ 22
4.4.3 Hill-Climbing et Recuit Simulé ........................ 23
4.4.4 Algorithme génétiques ............................ 25
5 Conclusion 29
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1 Introduction
La phylogénie est la branche de la biologie qui étudie les relations évolutives entre les êtres vi-
vants. Ces relations sont représentées à l’aide d’arbres phylogénétiques, construits à partir de
données moléculaires (aujourd’hui) ou morphologiques (avant l’avènement de la biologie molé-
culaire).
Cet article vise à vous faire découvrir ce qu’est un arbre phylogénétique exactement, ce qu’il re-
présente, et comment on peut les construire.
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