comparaisons réalisées avec le logiciel Anagène

comparaisons réalisées avec le logiciel Anagène (inrp.fr)
Chez l'Homme :
Les grandes similitudes entre les séquences des pigments M (VERT) et L (ROUGE), tant au niveau
protéique que nucléique indiquent une parenté importante entre ces molécules. Les deux gènes M et
L sont donc issus d'un même gène ancestral : il y a eu duplication génique suivie de mutations,
certaines au moins de ces mutations étant à l'origine des différences de spectre d'absorption entre les
pigments codés par ces gènes, ce qui contribue à la vision des couleurs.
Les gènes Rho et S (BLEU) ont, au niveau nucléique, plus de 50 % de similitudes avec les gènes M et
L, ce qui permet d'envisager aussi une origine commune pour tous ces gènes. Au cours de l'histoire
des gènes des opsines, qui forment donc une famille multigénique, trois duplications sont donc à
envisager, suivies de mutations.
Les protéines Rho et S ayant la même longueur, 348 acides aminés, alors que les protéines M et L
ont toutes les deux 364 acides aminés, laisse à penser que les gènes Rho et S pourraient être plus
étroitement apparentés entre eux qu'avec les gènes M et L.
Chez les autres Primates :
Le système génétique gouvernant la synthèse des opsines chez le Macaque est identique à celui de
l'homme, et il y a de très grandes similitudes entre les gènes du Macaque et les gènes humains
correspondants (environ 95 %). L'ancêtre commun à l'homme et au macaque possèdait donc déjà ce
système génétique.
Les singes du nouveau monde ont un système génétique différent : il n'existe qu'un seul gène codant
pour un pigment ayant un spectre d'absorption présentant un maximum à plus de 500 nm (au lieu de
deux gènes M et L chez le Macaque et l'Homme). On peut donc penser que la duplication à l'origine
des gènes M et L a eu lieu après la séparation des singes du nouveau monde /singes de l'ancien
monde. L'utilisation de l'arbre phylogénétique simplifié fourni permet de dire que cette duplication a eu
lieu entre -40 et -23 Ma.