InfoMed_niveau12

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Cours d’Informatique Médicale - Niveaux 1&2 - Dieudonné Lompa - Université des Montagnes
COURS D’INFORMATIQUE MEDICALE
NIVEAU 1&2
PLAN DU COURS
1ERE ANNEE (30h)
1. Introduction
1.1- Définition (informatique, système informatique,
réseaux info, etc)
1.2- Historique
1.3- Matériel
1.4- Logiciel
1.5- Langage médical et classification
1.6- Sources d’information médicale
2. Informatisation du dossier du patient
2.1- Objectifs
2.2- Modélisation
2.3- Mise en œuvre
3. Réseau Internet et Recherche documentaire en
santé I
4.1- Réseau Internet
4.2- Recherche documentaire en santé I
4.2-1- Google
4.2.2- Wikipedia
4.2.3- www.unf3s.org/
4.2.4- PubMed
4. Production de documents I
5.1- Traitement de texte avec Ms Word
5.2- Présentation du tableur Ms Excel
5. Conclusion 1
2EME ANNEE (30h)
1. Système d’aide à la décision médicale en santé
2. TIC pour l’Enseignement en santé
3. Réseau Internet et Recherche documentaire en
santé II
4.1- Télémédecine
4.2- Recherche documentaire en santé II
4.2-1- www.unf3s.org/
4.2.2- PubMed
4. Production de documents II
5.1- Les présentations dans Ms PowerPoint
5.2- La production d’articles avec Publisher ou
In’Design
5. Conclusion 2
OBJECTIFS DU COURS
1ère année
 Donner à l’’étudiant les bases nécessaires à
l’utilisation de l’outil informatique ;
 Maitriser les étapes d’informatisation du dossier
du patient ;
 Maitriser la notion de SI en santé
 Faciliter l’accès à l’information spécifique en
santé ;
 Savoir produire des documents avec Word et
Excel.
2ème année
 Maitriser la notion de système d’aide de décision
médicale ;
 Maitriser la notion de TIC pour l’enseignement en
santé ;
 Maitriser la notion de télémédecine
 Faciliter l’accès à l’information spécifique en
santé ;
 Savoir produire des documents avec Powerpoint,
Publisher ou In’ Design.

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1ERE ANNEE
Chap. 1 : INTRODUCTION
1. Définitions :
L’Informatique est la science et technique du traitement
automatique de l’information. Elle fait appel à
l’ordinateur qui est une machine électronique de
traitement automatique de l’information. Ce qui est
vulgairement appelé ordinateur est en réalité un
système informatique. Lorsqu’on fait appel au réseau
téléphonique pour communiquer via un ordinateur on
parle de télématique. Et lorsque plusieurs ordinateurs
sont interconnectés, on parle de réseaux informatiques.
L’un des plus importants de ces réseaux qui va être
étudié dans le cadre de ce cours, est le réseau internet.
L’informatique est utilisée, dans plusieurs applications
ou systèmes dans le domaine médical, citons:
- L’informatisation du dossier patient
- L’informatisation des laboratoires
- Les systèmes d’enseignement : l'enseignement
assisté par ordinateur (EAO)
- Pubmed: portail WEB sur internet pour
l’interrogation des banques de données
médicales bibliographiques (medline) de la
librairie national américaine (National Library
of Medecine).
- Le Programme de Médicalisation des systèmes
d’information.
2. Historique
L’ordinateur ne devient une réalité qu’après la 2ème
guerre mondiale avec le développement de
l’électronique. Mais le traitement automatique de
l’information est plus ancien.
En 1642 Pascal invente une machine à calculer pour
effectuer des opérations arithmétiques grâce à un
système d’engrenage. On obtient des machines à
programme figé, spécialisées dans un certain type de
travail.
En 1805, Jacquard invente le métier à tisser, automate à
programme externe sur des cartons perforés.
La première conception théorique de l’ordinateur date
de 1840 : Babbage réunit les idées de Pascal (calcul) et
Jacquard (programme) et imagine une machine
analytique qui doit exécuter une suite d’opérations
grâce à des instructions successives enregistrées sur des
cartes perforées.
A la même époque (1854), le mathématicien Boole
publie un ouvrage intitulé “Les lois de la pensée” où il
fait de la logique formelle une discipline mathématique
et non plus philosophique. Il développe une algèbre
travaillant sur des mots binaires formés de 0 et de 1.
D’un point de vue technique, les premières machines à
calculer à cartes perforées apparaissent vers 1890 quand
H. Hollerith invente une machine pour dépouiller les
données du recensement américain.
Les besoins en calcul de la deuxième guerre mondiale
conduisent à la construction de calculateurs
électroniques où des tubes électroniques, remplaçant
les relais électromécaniques. Ainsi, ENIAC (Electronic
Numerical Integrator and Calculator, 1946, USA) est
une machine entièrement électronique fonctionnant
avec 18000 tubes à vides qui utilise des programmes
écrits sur des cartes perforées.
En 1947, en concevant l'EDVAC (Electronic discrete
variable computer), le mathématicien Von Neuman
réalise la synthèse entre les machines à programme figé
interne et les machines à programme enregistré externe.
Cette conception est à la base des machines modernes
Le premier ordinateur commercial conçu sur le
principe de Von Neumann est produit en 1950.
Vers 1960 apparaissent les machines à transistors.
L’essor actuel de l’informatique est lié aux progrès de
l’électronique, en particulier à l’intégration toujours plus
poussée des composants (transistors, résistances,
capacités) sur une même pastille de silicium.
3. Matériel
L’informatique fait appel à du matériel et à du logiciel :
Le matériel, c’est ce qui se touche, en anglais Hardware
(quincaillerie), abrégé en Hard.
Les composants
Les Organes de l’ordinateur comportent :
• une unité centrale constituée d'une mémoire centrale
et d’un processeur
• des périphériques d’entrée et de sortie (clavier, écran).
• des unités de stockage (disque dur, lecteurs, etc.)

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La mémoire centrale est constituée d’une partie RAM
(Random Access Memory) et d’une partie ROM (Read
Only Memory).
Le processeur (en anglais central processing unit, CPU)
comporte un organe de traitement et un organe de
commande. Ses opérations sont rythmées par une
horloge interne en quartz dont la fréquence est
exprimée en MHz. La vitesse des opérations est
exprimée en nombre d’instructions par seconde.
Exemple :
Tous ces composants se connectent sur l’unité centrale
au moyen des ports disposés à cet effet.
Notion de numération
Tout est codé en base 2 ou binaire. Par exemple :
98 écrit en base 10 peut également s’écrire 9x101+8x100
En base 2, on écrit 98(2) = 1100010 (reste de la division
successive de 98 par 2 en commençant par la fin)
Pour revenir en base 10, on écrit :
1100010(10) = 1x26+1x25+0x24+0x23+0x22+1x21+0x20
Le codage ASCII
Le binaire permet de coder les nombres que les
systèmes informatiques peuvent manipuler.
Cependant, l'ordinateur doit aussi utiliser des caractères
alphanumériques pour mémoriser et transmettre des
textes. Pour coder ces caractères, on associe à chacun
d'entre eux un code binaire, c'est le codage ASCII
(American Standard Code for Information
Interchange).
Le caractère A par exemple à pour code 65 soit
01000001 en binaire.
Le caractère f : 102
le point d'interrogation ?: 63
Les unités de stockage ou mémoire de masse:
- Les supports magnétiques : bande magnétique,
cassette, disque dur (2To), disquette
- Les supports optiques: CD-ROOM (0.7Go);
DVD-ROOM (4.7 Go), Blu-Ray ()
- Les supports de dernière génération: clés USB
(64 Go), carte SD, carte microSD.
Les valeurs 0 et 1 constituent tout l’alphabet de
l’ordinateur. 0 ou 1 est donc un bit. Un groupe de 8
bits consécutif constitue un octet. Les échanges entre
l’unité centrale et les autres périphériques ou mieux la
capacité des organes de stockage est exprimée en
octets. 1 Tera-octet (To)= 1024 Giga-octet(Go).
1Go=1024 Mega-octet(Mo). 1Mo=1024 Kilooctet.
1Ko=1024 octets(o).
Fonctionnement d’un disque dur :
L’unité de stockage le plus important à l’heure actuelle
est le disque Blu-ray. Un disque Blu-ray double couche
(abréviation « DL », de l'anglais « dual-layer ») contient
50 Go, soit environ :
 4 heures de vidéo HD au format MPEG-2
avec un débit binaire de 25 Mbit/s
 6 heures de vidéo HD au format
H.264/MPEG-4 AVC avec un débit binaire de
18 Mbit/s
 22 heures de vidéo SD (de l'anglais « Standard
Definition ») au format MPEG-2 avec un débit
binaire de 5 Mbit/s (équivalent du DVD, soit

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25 images par seconde à 576 pixels de
hauteur).
Ex : Configuration matérielle d’un ordinateur :
4. Logiciel
Le logiciel est virtuel, c’est le programme, en anglais
Software (par opposition à Hardware) ou Soft. On
distingue :
- Les logiciels ou systèmes d’exploitation;
- Les logiciels d’application ou progiciels conçus pour la
résolution d’un problème précis : traitement de texte,
gestion de fichier ou calcul.
Utilisation d’un logiciel :
Une fois le matériel assemblé, le système d’exploitation
doit être ensuite installé et c’est cette dernière qui
permettra d’installer les logiciels d’application. Ces
logiciels sont accessibles à partir du menu Démarrer.
Utilisation du clavier :
5. Gestion des données médicales
Cette gestion se fait à travers des fichiers ou des bases
de données où l’accès et la manipulation des données
peut faire appel à des applications spécifiques.
Les fichiers
On appelle fichier un ensemble de données organisées
et stockées sur une mémoire secondaire. Les éléments
d’un fichier structuré disposent des caractéristiques
communes constituant ce qu’on appelle enregistrement
ou articles. Ex. un étudiant décrit par un matricule, un
nom, un prénom, etc.
Bases de données
Les fichiers n’offrent pas une meilleure organisation et
une facilité d’accès et de manipulation de ces dernières.
Il est plus facile de les organiser dans une base de
données. Une base de données est un gros volume
d’informations où les données sont structurées dans
des tables reliées entre elles. Les objectifs sont :
- absence de répétition inutile ;
- partage des données par des applications ou
des utilisateurs distincts ;
- évolution indépendante des données et des
applications ;
- protection et contrôle de l'accès aux données.
Exemple : Soit le schéma suivant représentant le
modèle conceptuel de Données (MCD) d’une base de
données :

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Il s’agit de la gestion des consultations d’un organisme
de santé. Les médecins effectuent des consultations sur
un patient donné et diagnostiquent des maladies
associées à des symptômes. C’est la 1ère étape de
modélisation.
Les associations (concerne, effectuer, détecter, associer)
permettent de lier les entités entre elles.
Les cardinalités indiquent le nombre de fois minimum
et maximum qu’une occurrence de l’entité participe à
l’association. Il en existe 4
 (0, n) : zéro ou plusieurs
 (0, 1) : zéro ou plusieurs
 (1, 1) : un et un seul
 (1, n) : un ou plusieurs
Ex : Pour l’entité MEDECIN, un médecin sera une
occurrence. (0, n) signifie qu’à un certain moment on
peut retrouver dans la base de données au moins un
médecin qui n’a pas fait de consultation ou un médecin
ayant fait plusieurs consultations.
Des règles simples permettent de passer d’un modèle
Conceptuel de Données (MCD) à un modèle Logique
de Données (MLD). Le MLD représente des tables que
l’on implantera dans un logiciel appelé SGBD (Système
de Gestion de Base de Données, Data Base
Management System ou DBMS en anglais).
- Toutes les entités deviennent des tables, leurs
propriétés des attributs ou colonnes de la table,
et leurs identifiant des clés primaires
- Pour toutes les associations (*, n)  (*, 1)
l’identifiant de l’entité ayant la cardinalité (*, n)
va migrer vers l’entité ayant la cardinalité (*, n)
pour devenir ce qu’on appelle clé étrangère.
- Pour toutes les associations (*, n)  (*, n), une
nouvelle table va être créée et aura pour
identifiant les identifiants de toutes les tables
participant à la relation.
Une application sera faite dans Microsoft Access dans
le cadre des TP de ce cours
Langage médical
Les bases de données offrent une gestion efficace des
données car elles permettent un accès partagé, évitent
les redondances et assurent la protection des données.
Elles utilisent un dictionnaire de données rigoureux.
Cependant, Le langage médical est caractérisé par un
vocabulaire extrêmement riche et difficile à manipuler.
Il n'y a pas de consensus établi sur la définition des
termes employés. Les synonymes sont nombreux
(plusieurs termes désignant le même objet) tandis que
le même terme peut avoir plusieurs significations selon
l'auteur ou le contexte (polysémie). Les textes médicaux
sont donc souvent imprécis, ambigus d'autant qu'ils
font un large usage d'abréviations et d'acronymes. Pour
permettre une description et une communication
efficaces et dépourvues d'ambiguïté, a fortiori un
traitement automatique, un minimum de
standardisation du langage est nécessaire.
Nomenclatures et classifications
Terminologie
Un thesaurus est une collection organisée des termes
d'un vocabulaire, ici les termes techniques utilisés en
médecine, représentés de façon normalisée par des
descripteurs ou des mots clés. Une classification
consiste à partitionner l'ensemble des objets pour les
distribuer en classes et sous-classes.
Exemples de classification
CIM ET DERIVEES
La Classification Internationale des Maladies (CIM ou
ICD en anglais) de l'Organisation Mondiale de la Santé
(OMS ou WHO) a été originellement conçue pour
coder les causes de décès dans une optique
épidémiologique. Elle est maintenant également utilisée
pour l'évaluation des soins médicaux et l'indexation des
dossiers. Elle bénéficie d'une remise à niveau régulière,
la version la plus récente étant la 10ème révision (CIM-
10, publiée en 1993).
1, 1
MEDECIN
N°Matricule
Nom_Médecin
Prénom_Médecin
Concerne
CONSULTATION
N°Consultation
Date_Consultation
Prix_Consultation
PATIENT
N°Patient
Nom_Patient
Prénom_Patient
Age
Sexe
Poids
1, n
Détecter
Diagnostiquer
Effectuer
SYMPTOMES
Nom_Symptome
Manifestations
MALADIE
N°Maladie
Nom_Maladie
Description
Associer
0, n
1, 1
0, n
0, n
0, n
1, n
0, n
0, n
Une entité et son identifiant
souligné (N°Patient)
Association
Cardinalité