Comparaison des séquences d`acides aminés de différents anticorps

Séance 2 : L’immunité adaptative La réponse immunitaire spécifique ou acquise RIA
Partie 1 : la liaison antigène-anticorps
L’immunité adaptative étant spécifique, il y a nécessité d’une reconnaissance de l’agresseur (dont une
partie est nommé antigène) par des molécules de reconnaissance que l’on appelle des anticorps.
Ces sont des protéines constituées de l’assemblage de chaînes polypeptidiques, identiques deux à deux :
deux chaînes qualifiées de lourdes (I et H) et deux chaînes légères (M et L). Les chaînes sont associées
par des ponts disulfures.
Objectif :
 Identifier les structures d’un anticorps
 Identifier les structures impliqués dans la reconnaissance antigène/anticorps (=Ag/AC).
Matériel à votre disposition
Consignes
Logiciel Rastop
- Ouvrir le fichier Rastop/Immuno/
iggtotal.rsm
- Ouvrir le fichier igg-lys puis
changer la représentation « Boules
et bâtonnets »
fiche technique
Logiciel Anagène
Fichier/ouvrir/IGG-divers.edi
Poste 1 :
Utiliser les fonctionnalités du logiciel RASTOP :
- pour mettre en évidence la forme de l’anticorps, les chaînes
légères (notées L et M) et lourdes (notées H et I), le nombre
d’acides aminés par chaînes (molécules / séquences).
- pour mettre en évidence la zone de fixation antigène-anticorps
et identifier 4 acides aminés impliqués dans cette reconnaissance
spécifique.
 appeler le professeur pour vérifier
Bilan RASTOP : Réaliser un schéma légendé d´un anticorps et du
complexe anticorps-antigène.
Poste 2 :
Utiliser les fonctionnalités du logiciel Anagène pour comparer
judicieusement les séquences en acides aminés des deux chaînes
d´anticorps (lourdes et légères) et préciser où sont localisés les
parties constantes et variables des deux chaînes d´anticorps.
 appeler le professeur pour vérifier
- Compléter votre schéma précédant en tenant compte de
votre comparaison.

Fiche technique : mettre en évidence la zone de contact entre l´antigène et l´anticorps
Partie 2 : Identifier un antigène d’Ouchterlony. On cherche à identifier l’antigène injecté à
un lapin.
A des fins expérimentales, des lapins reçoivent par injection un antigène. Ils produisent alors des anticorps
spécifiques contenus dans leur sérum dont la présence peut être mise en évidence par la méthode d’Ouchterlony.
On cherche à identifier l’antigène injecté à un lapin.
PRINCIPE : C`est une méthode d´immunodiffusion sur gel : les solutions déposées
dans les puits creusés dans le gel diffusent de façon homogène dans toutes les
directions autour du puits. Deux auréoles de diffusion peuvent donc entrer en
contact. Cette zone de contact reste invisible s´il n´y a pas de réaction entre les
deux solutions. Quand il y a réaction entre les solutions, il se forme un arc de
précipitation visible á l´oeil nu. Celui-ci est dû à l´interaction entre les anticorps et
les antigènes spécifiques, entraînant la formation d´un complexe immun
anticorps-antigène.

Consignes de l´activité
Capacités
1. Réaliser la partie I du protocole de la fiche-protocole fournie.
 Appeler le professeur pour vérifier la qualité de la boite de gel
2. Après refroidissement de votre gélose, réaliser la partie II du protocole.
3. Avant de passer à la partie III, justifier la position du sérum contenant les anticorps anti
BSA et les solutions d’antigènes correspondants aux extraits d’albumines.
 Appeler le professeur pour justifier votre choix.
4. Réaliser la partie III du protocole.
5. Attendre quelques minutes pour observer les résultats. Schématiser les résultats.
BILAN :
- Dans chaque cas, réaliser un schéma d’interprétation à l’échelle moléculaire, puis
déterminer quel est l’antigène injecté au lapin.
Ranger le poste de travail.
Réaliser une manipulation
d´après un protocole
Comprendre la
manipulation
Traduire des informations
par un schéma
Adopter une démarche
explicative
Gérer et organiser le
poste de travail
Critères d’évaluation du schéma :
- interprète la présence d’un arc
- interprète l’absence d’arc
- légendes correctes
- titre pertinent
- soigné
Appliquer une démarche explicative
Les Ac testés réagissent en présence de
l´albumine de sérum de bœuf.
Ils ne réagissent pas en présence des autres Ag
et de l´eau. Ils sont donc strictement spécifiques
de la BSA
L´Ag injecté est donc BSA
Prise en compte de toutes les donnés ou presque toutes,
mise en relation pertinentes et cohérentes
2
Réponse partielle au problème
1
Pas de conclusion ou trop maladroite et confuse.
0
Principe de la méthode d'Ouchterlony
C'est une méthode d'immunodiffusion sur gel : les solutions déposées dans les puits creusés dans le
gel diffusent de façon homogène dans toutes les directions autour du puits. Deux auréoles de
diffusion peuvent donc entrer en contact lorsqu'elles ont suffisamment progressé. Cette zone
de contact reste invisible s'il n'y a pas de réaction entre les deux solutions. Quand il y a
réaction entre les solutions, il se forme un arc de précipitation visible à l'œil nu. Celui-ci est
dû à l'interaction entre de nombreux anticorps et les antigènes spécifiques.

Deux exemples de schéma bilan :

Comparaison des séquences d'acides aminés de différents anticorps
1. Comparaison entre elles des chaînes lourdes d'anticorps différents
On effectue avec le logiciel Anagène un alignement avec discontinuité des chaines lourdes appartenant à quatre anticorps
différents : deux anticorps anti-gp120 (dirigés contre des épitopes différents), un anticorps anti-gp41 et un anticorps anti-
p24.
Dans la portion de séquence comprise entre les positions 1 et 120, la dispersion importante des astérisques souligne le peu
de similitude entre les séquences. Cela correspond à la région variable des chaines lourdes :
Dans la portion de séquence située au delà de la position 120, on note au contraire une densité très importante
d'astérisques, soulignant ainsi la très forte ressemblance entre les séquences. Cela correspond à la région constante des
chaînes lourdes :
2. Comparaison entre elles des chaînes légères d'anticorps différents
On effectue avec le logiciel Anagène un alignement avec discontinuité des chaines légères appartenant à quatre anticorps
différents : deux anticorps anti-gp120 (dirigés contre des épitopes différents), un anticorps anti-gp41 et un anticorps anti-
p24.
Dans la portion de séquence comprise entre les positions 1 et 110, la dispersion importante des astérisques souligne le peu
de similitude entre les séquences. Cela correspond à la région variable des chaines légères :
Dans la portion de séquence située au delà de la position 110, on note au contraire une densité très importante
d'astérisques, soulignant ainsi la très forte ressemblance entre les séquences. Cela correspond à la région constante des
chaînes légères :