NOTE d`orientation pour la mise en place de suivis des

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17 juin 2016 - Document de travail – à ne pas diffuser SVP
NOTE
d’orientation pour la mise en place de suivis des milieux
humides en France
I Contexte
Les milieux humides constituent des habitats riches et diversifiés où se croisent de nombreux
enjeux : qualité et quantité de la ressource en eau, biodiversité, production agricole, pêche,
tourisme… Le 29 mai 1995, la Commission Européenne avait adopté une communication
reconnaissant « les fonctions importantes que ces zones exercent pour la protection des ressources en
eau » et la Directive Cadre sur l’Eau (2000) a donné ensuite pour objectif commun aux Etats
Membres de la Communauté européenne la mise en œuvre d’un ensemble de mesures qui
« prévienne toute dégradation supplémentaire, préserve et améliore l'état des écosystèmes
aquatiques ainsi que, en ce qui concerne leurs besoins en eau, des écosystèmes terrestres et des zones
humides qui en dépendent directement ».
Les SDAGE des différents bassins versants de France métropolitaine prennent en compte la
dimension des habitats terrestres et humides liés aux écosystèmes aquatiques, et posent des
objectifs de non-dégradation et de restauration de leurs fonctions, pour préserver et améliorer les
services rendus par ces milieux (protection de la ressource en eau, interception du ruissellement,
expansion des crues…).
De plus, le Plan National en faveur des Milieux Humides (2014-2018) s’inscrit dans la perspective
d’une stratégie de leur préservation et reconquête pour :
 renforcer la visibilité et la coordination des outils disponibles ;
 améliorer les dispositifs existants quand cela est nécessaire ;
 proposer des actions nouvelles quand le besoin s’en est fait sentir.
Au-delà des travaux d’amélioration de la ressource en eau et des suivis qui y sont appliqués dans les
écosystèmes aquatiques, de nombreuses actions de gestion et de restauration de zones humides
sont réalisées. Leurs effets aux différentes échelles (locale, bassin) sont encore difficiles à évaluer en
raison d’un déficit d’utilisation d’indicateurs pour dresser un état des lieux, suivre l’évolution et
évaluer l’effet des actions considérées.
L’utilisation d’outils pour évaluer l’état, l’efficacité des interventions et l’évolution des fonctions des
zones humides a été initiée dans différents bassins (Rhône-Méditerranée, Loire-Bretagne). Le
programme RhoMéO (2009-2013) a proposé à l’issue des travaux qui ont réuni des gestionnaires,
scientifiques et institutions, un ensemble d’indicateurs sous forme d’une mallette d’outils
permettant la mise en place de suivis de l’évolution des milieux, à large échelle (bassin) et long terme
(pas de temps de 3-5 ans). Les efforts de l’agence de l’eau Loire-Bretagne ont porté sur l’élaboration
de suivis de travaux en zone humide. Ces deux approches, à savoir l’évaluation de travaux et
l’évolution à grande échelle des zones humides sont des besoins partagés par les différentes agences
de bassin métropolitaines, et constituent donc un enjeu à l’échelle nationale de partage et
mutualisation de méthodologie.
Cette note propose des éléments de cadrage pour la mise en place de suivis et d’indicateurs de l’état
milieux humides dans les bassins versants et leur prise en compte dans les SDAGE en révision et à
venir.

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II Rappels
Un indicateur est un outil d’évaluation d’une tendance ou d’une situation dans le temps de
façon objective. Il rend compte d’un contexte complexe, apporte une aide à la décision et au
dialogue. L’indicateur doit être fiable (spécifique), robuste, sensible, précis (mesurable), au
coût adapté (acceptable), simple d’utilisation (réaliste) et rendre compte des variations
(temporellement défini).
Les indicateurs d’état des zones humides sont pertinents pour :
 établir une référence au début et à la fin des plans de gestion ;
 définir une référence avant et après restauration ;
 suivre leur évolution ;
 évaluer leur résilience écologique ;
 valider l’efficience des actions (coût/efficacité) ;
 dresser un bilan étayé dans le temps.
Une fonction correspond à l’ensemble des processus qui résultent du fonctionnement de
l’écosystème dans ses dimensions physiques, biologiques et spatiales (rétention d’eau,
dénitrification par les bactéries, espace inondable ...).
Un service rendu peut être défini comme « un bénéfice que les humains obtiennent des
écosystèmes », soit un avantage retiré d'une fonction d’un écosystème (protection de la
ressource en eau, lutte contre l’inondation…).
III Quels indicateurs pour quelles fonctions ?
Les indicateurs développés dans le cadre du programme RhoMéO reposent pour une partie d’entre
eux sur l’intégration biologique des variations dans les caractéristiques des zones humides. A travers
les changements dans les caractéristiques des sols, de la nappe, des communautés végétales et
animales, les indicateurs permettent ainsi de suivre l’évolution de leurs fonctions. Selon les fonctions
à étudier, différents protocoles et indicateurs seront utilisés.

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IV Objectifs nationaux
La France doit se doter d’outils permettant le rapportage à l’échelle européenne de l’évolution de
l’état des zones humides en tant qu’écosystèmes associés aux masses d’eaux sur son territoire, dans
le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau. Les relevés devront associer le référencement des habitats
naturels selon le descriptif européen Eunis de niveau 3. Le développement des outils de bassin par
les agences de l’eau s’inscrit dans cette perspective de contribution.
La mise en place d’indicateurs de l’état des milieux humides s’inscrit également dans les actions
prévues dans le plan national en faveur des milieux humides et pour l’atteinte de ses objectifs à
2018. Elle doit ainsi alimenter l’observatoire national des zones humides pour obtenir un indicateur
national, en vue duquel il est important d’organiser la remontée des données récoltées dans le cadre
de l’application de ces indicateurs et des protocoles de suivi qui leur sont associés.
Ces données et les indicateurs qui en découlent permettront d’évaluer les mesures mises œuvre en
faveur des milieux humides à l’échelle du territoire métropolitain et par grands bassins versants
gérés par les agences de l’eau. Ils permettront ainsi d’orienter la stratégie de gestion et de
restauration des milieux humides par grand ensemble hydrologique.
Les objectifs à cette échelle sont donc :
- la mise en place d’indicateurs nationaux d’évolution des milieux humides en France, par type
de zone humide (Schéma Directeur d’aménagement et de gestion des eaux) ;
- la contribution au rapportage Directive Cadre sur l’Eau et Directive Habitat Faune Flore à
travers une meilleur connaissance de l’évolution de l’état de conservation des milieux
humides ;
- la remontée des données élémentaires de relevé de terrain incluant un lien avec les Habitats
Eunis ;
- l’évaluation et l’orientation des stratégies mises en œuvre en faveur des milieux humides :
plan national en faveur des milieux humides, programmes cadres des agences de l’eau.

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V Outils
L’évaluation de l’état des milieux humides et des actions de conservation et de restauration réalisées
doit permettre d’orienter les choix de gestion et l’acquisition d’une meilleure connaissance des
fonctionnements à long terme de ces milieux. Aussi ce document a pour but la mise en commun
d’outils techniques et scientifiques pour acquérir les données et le calcul des indicateurs, ainsi que la
coordination nationale pour leur élaboration.
1) Protocoles
Les protocoles développés dans le cadre du projet RhoMéO (2009-2013) et publiés dans la boîte à
outils RhoMéO publiée en 2014 ont fait l’objet d’études et d’évaluation de faisabilité pour leur
transposition dans différents bassins. Il apparaît que selon les territoires les besoins peuvent différer
et que de nouveaux protocoles et indicateurs doivent compléter l’éventail des outils, dans le respect
de la démarche initiée dans ce programme, à savoir : protocoles de recueil de données optimisés en
termes de rapport coût/expertise, indicateurs de fonctions sur base de publications et données
scientifiques, élaboration concertée chercheurs-gestionnaires.
Un certain nombre de protocoles et d’indicateurs issus de cette BAO ressortent cependant comme
devant être utilisés dans tous les bassins a minima pour constituer un socle de base. Ils
correspondent aux indicateurs répondant de manière commune aux besoins des gestionnaires :
a. P01 (RhoMéO, 2013) Pédologie
Le sol est décrit après prélèvement à la tarière (gouge, Edelman ou canne pédologique) sur la partie
supérieure du sol (50 à 60 premiers centimètres). Pour des cas spécifiques où le sol ne peut être prélevé,
des fosses pédologiques peuvent être réalisées à la bêche. Chaque horizon est caractérisé à l’aide des
descripteurs de la fiche terrain.
Les différents horizons sont caractérisés par les modalités (généralement 4 possibles) de 17 descripteurs
de texture, de structure et de couleur.
b. P02 (RhoMéO, 2013) Flore
La flore d’un site est évaluée par la réalisation d’inventaires (les relevés) sur un ensemble de placettes
réparties de manière à échantillonner le plus d’habitats naturels possibles. Sur chaque placette, on note
l’ensemble des espèces présentes à l’intérieur de celle-ci et on en estime le recouvrement. On note
également la taille de la placette, la physionomie de la végétation (annexe 2), le recouvrement et la
hauteur des différentes strates de la végétation.
La position des placettes est mesurée avec un GPS, de même que la distance au point d’origine du
transect.
c. P03 (RhoMéO, 2013) Piézométrie
Il s’agit de suivre les variations de la nappe d’eau dans le sol et de traduire la dynamique hydrologique de
la zone humide. Pour cela, un piézomètre, servant de puits d’observation, est installé et équipé d’une
sonde de pression permettant l’enregistrement automatique des valeurs de nappe.
d. P04 (RhoMéO, 2013) Odonates
Les données collectées sont des informations de présence/absence des espèces, complétées
d’informations semi-quantitatives et qualitatives sur un réseau de points d’observation. L’échantillonnage
est stratifié pour répartir la pression d’observation sur les différents habitats odonatologiques.
e. P05 Amphibiens (Rhoméo 2013)
Sur base du protocole décrit dans la boîte à outils RhoMéO, 2013 ayant pour objectif de réaliser un
inventaire calibré et reproductible du peuplement d’amphibiens de la zone humide, le plus complet

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possible dans un minimum de temps, il est proposé un travail mutualisé à l’échelle nationale pour
l’élaboration d’un protocole partagé permettant le lien avec d’autres protocoles utilisés largement, et
l’utilisation dans le cadre de l’évaluation des fonctions.
2) Typologie des zones humides
L’adaptation de typologie des zones humides à l’échelle nationale ou typologie SDAGE (1996) est
proposée pour le suivi des milieux à l’échelle nationale, pour des questions de pertinence et de faisabilité.
Ainsi cette typologie avait été adaptée dans le programme RhoMéO pour intégrer certains sous-types tout
en restant au plus proche du niveau 2 du tableau ci-dessous. On était ainsi passé de 13 types SDAGE à 20
sous-types associés. Dans le cadre des travaux en Seine Normandie (SeinO) et Loire-Bretagne (LigérO), 14
types de zones humides sont proposés.
Niveau 1
Niveau 2 (Types SDAGE)
Niveau 3 (Sous-types)
A - Milieux humides
littoraux
A1 - Grands estuaires
Baies et estuaires moyens plats
Marais et lagunes côtiers
A1.1 - Herbiers
A1.2 - Vasières
A1.3 - Prés Salés
A1.4 - Arrières-dunes
A1.5 – Lagunes
A1.6 – Marais
A1.7 - Sansouïres
B - Milieux humides
continentaux
B1 - Marais saumâtre aménagés
B1.1 - Marais salants
B1.2 - Bassin aquacole
B2 - Bordure de cours d'eau
Plaines alluviales
B2.1 – Grève nue ou végétalisées
B2.2 – Annexes fluviales
B2.3 – Ripisylves
B2.4 – Prairie inondable
B3 - Zones humides de bas-fonds en tête de bassin
Division en 2 sous -types
B3.1 – Tourbières
B3.2 – Milieux fontinaux
B3.3 – Prairies humides
B3.4 – Prairies tourbeuses
B3.5 - Pozzines
B4 - Région d'étangs
Bordures de plans d'eau (lacs, étangs)
B4.1 – Etangs isolés
B4.1 – Bordure de lacs
B4.2 - Prairie humide
B4.3 – Prairie tourbeuse
B5 - Marais et landes humides de plaines
B5.1 – Plateau imperméable
B5.2 – Zone de source
B5.3 – Tourbières
B5.4 – Pré-salés
B6 - Zones humides ponctuelles
B6.1 – Mares temporaires
B6.2 – Mares permanentes
B7 - Marais aménagés dans un but agricole
B7.1 – Rizières
B7.2 - Prairies amendées
B7.3 – Peupleraies
B8 - Zones humides artificielles
B8.1 – Contre-canaux
B8.2 - Carrières en eau
B8.3 – Bassin aquacole intensif
C - Milieux humides
d'Outre-mer
C1 - Grands estuaires
Baies et estuaires moyens plats
Marais et lagunes côtiers
C1.1 - Récifs coralliens
C1.2 - Lagons
C1.3 - Herbiers marins
C2 - Marécages
C2.1 - Mangroves
C3 – Zones humides ponctuelles
C3.1 - Tourbières