La vue classique du chromosome, représenté en mitose, ne correspond pas à son état fonctionnel.
En interphase, lorsque l’expression génique est active, les chromosomes sont déroulés. Ils sont
composés d’une seule fibre de chromatine contenant une double hélice d’ADN et les protéines
associées. Pendant la mitose, les chromosomes subissent un emballage plus dense qui réduit la
longueur des brins de chromatine de 1/10000. Des boucles de chromatine contenant 20-100
kilobase (kb) d’ADN sont attachées à un échaffaudage (scaffold) central composé de protéines
acides, en particulier la topoisomérase II. Ces protéines se lient à des régions riches en
nucléotides AT appelées « scaffold attachment regions ». Dans le chromosome en métaphase,
cet arrangement est encore compacté davantage.
Les chromosomes normaux possèdent un seul centromère, qui apparaît au microscope comme
une zone plus mince et qui est l’endroit où les chromatides sœurs sont appariées. Le centromère
est nécessaire à la ségrégation des chromosomes et les chromosomes qui en sont dépourvus ne
s’attachent pas au fuseau. Lors de l’anaphase, une paire de kinétocores se forment au niveau du
centromère. Des microtubules s’y attachent, raccordant le centromère aux pôles du fuseau.
En anaphase, les microtubules du kinétocore tirent les chromosomes vers les pôles du fuseau.
Les centromères contiennent des séquences d’ADN particulières. Chez les mammifères, ils sont
composés de centaines de kilobases d’ADN répété. Certaines séquences centromériques sont
spécifiques d’un chromosome donné, alors que d’autres sont présentes dans plusieurs
centromères.
Les extrémités des chromosomes sont coiffées de structures complexes composées d’ADN et
de protéines et appelées télomères. La fonction des télomères est de maintenir l’intégrité du
chromosome. En leur absence, le chromosome est instable et fusionne facilement bout à bout
avec des morceaux d’autres chromosome cassés, ou est impliqué dans des phénomènes de
recombinaison, voire dégradé. La présence des télomères est indispensable à la réplication de
l’extrémité des chromosomes. Enfin, les télomères sont probablement fixés à la membrane
nucléaire et servent à maintenir l’architecture des chromosomes dans le noyau en interphase.
Les télomères eucaryotes consistent en longues rangées de répétitions en tandem. Un brin
d’ADN 3’ terminal est riche en TG et apparié au brin 5’ riche en CA. Les séquences
télomériques sont répliquées par un complexe enzymatique spécialisé appelé « télomérase ».