Analyse des facteurs génétiques de la dynamique des

Spécialité Ecologie, Biodiversité et Evolution
Proposition de stage de M2
Année 2007/2008
Titre du stage : Analyse des facteurs génétiques de la dynamique des phragmitaies en
région Rhône-Alpes
Laboratoire ou structure d’accueil :
Intitulé du laboratoire ou de la structure : UMR 5023 Ecologie des Hydrosystèmes
Fluviaux
Intitulé de l’équipe : Ecologie des communautés végétales
Responsable du stage :
Nom : Daniel PRAT
Tél : [phone]
Fax : [phone]
Email : [email protected]
Références dans le domaine :
Puijalon, S., Bornette, G. 2006. Phenotypic plasticity and mechanical stress: biomass partitioning and clonal
growth of an aquatic plant species. American Journal of Botany, 93: 1090-1099
Prat D., Faivre Rampant P., Prado E. 2006. Analyse du génome et gestion des ressources génétiques forestière.
Editions INRA QUAE, Paris. 456 p.
Puijalon, S., Piola, F., Bornette G. 2007. Abiotic stresses increase plant regeneration ability. Evolutionary
Ecology (sous presse).
Puijalon, S., Léna, J.-P., & Bornette, G. Interactive effects of nutrient and mechanical stresses on plants: adaptive
vs. inevitable response. Annals of Botany (sous presse)
Description du stage
Phragmites australis, roseau cosmopolite colonisant les franges inondées des milieux
aquatiques, présente une régression dans la plupart des grands lacs alpins, en cours
d’eutrophisation. Cette régression se marque aussi bien par la perte de capacité à la
multiplication végétative que par l’absence de régénération sexuée. Toutefois dans ces mêmes
environnements, des introductions par plantation semblent manifester une meilleure
dynamique au moins par multiplication végétative. Des analyses physiologiques sont en cours
pour évaluer l’impact de certains éléments du milieu. L’étude proposée porte exclusivement
sur des approches génétiques afin de définir l’impact de la structure génétique des populations
sur leur régression.
Les clones produits par multiplication végétative (ramification des rhizomes)
peuvent considérablement s’étendre et diminuer la diversité génétique (Curn et al.,
2007). La régénération sexuée est particulièrement défavorisée par le manque
d’assèchement au printemps (Alvarez et al., 2005) des lacs dont les niveaux sont
stabilisés. D’autre part, Phragmites australis présente des niveaux variables de ploïdie
(4x, 6x, 8x...). Cette polyploïdisation peut également contribuer à une production de
graines en moindre quantité et ainsi défavoriser la reproduction sexuée. L’étude de
diversité et de structuration génétique est envisagée sur quelques sites proches exposés à
un gradient de niveaux trophiques.

Dans ce contexte le projet proposé consiste en l’analyse de la diversité génétique
(polymorphisme, niveau de ploïdie) de plusieurs stations géographiquement proches
mais de conditions stationnelles différentes afin de déterminer l’éventuelle influence du
milieu sur la structure génétique des populations et d’estimer la capacité des populations
à se reproduire en maintenant une diversité génétique suffisante. Le polymorphisme est
évalué à l’aide de marqueurs anonymes de type AFLP. Ces données devront être
analysées dans le but de prédire la dynamique des populations (relevés disponibles sur
plusieurs années) et de préconiser une gestion favorable à la dynamique de cette espèce
qui joue un rôle écologique notoire (maintien des berges, site de reproduction de divers
animaux). Une réflexion sur l’étude de diversité de populations polyploïdes constituera
un préalable au travail expérimental et à l’analyse des données.
Le projet est mené en partenariat avec la Réserve naturelle du Marais de Lavours et le
Conservatoire du patrimoine naturel de Savoie.
Pour les stages de M2 UNIQUEMENT (effacez les phrases inutiles)
 Ce stage est destiné aux étudiants EBE inscrits dans un parcours Recherche
o Ce stage peut se poursuivre par une thèse (dans ce cas précisez : ce sujet sera
déposé dans une école doctorale, pour un financement Région … )