descriptif UE S3 BEM 2012

semestre
nom
Bref descriptif
Crédits
ECTS
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EMM : Ecologie microbienne
marine avancée
La diversité microbienne en milieu marin
.-La boucle microbienne. Apport de la métagénomique dans la
compréhension des acteurs écologique microbiens marins
-Impact des éléments génétiques en écologie microbienne
Communauté et éléments nutritifs (oligotrophie, Carence
nutritionnelle, Etat viable/non viable-actifs/non actifs -Impact de la
nature du carbone (labile/récalcitrant)
- intervention d’enzyme extracellulaire pour la mobilisation des
éléments nutritifs Impact des conditions environnementales sur
l’activité et la présence des microorganismes
-présence/absence d’oxygène (particule, OMZ, sédiment)
-remaniement sédimentaire
-les nouveaux métabolismes marins impliquant l’énergie lumineuse
-l’impact de la pression
-l’impact de la température
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ACLAP : Apprentissage
classification et prévision
Notion de distance entre objets. Arbre de régression, arbre
phylogénétique, SVM,
Classification supervisée et non-supervisée, moindres carrés, plus
proche voisin,
bootstrap, prédicteurs agrégés, mesure d’incertitude, erreur de
prévision
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AERME1 : Approche Ecosystème
ressource Marine exploitée I
Enjeu et contexte des approches écosystémiques des ressources
marines et de leur exploitation. Ecologie trophique et quantification
des interactions trophiques par microchimie et analyses
isotopiques. Modéliser les interactions trophiques dans les
écosystèmes marins. Interactions ressources et environnement :
dynamique spatio-temporelle du recrutement des poissons.
ATTENTION UE ENSIEGNEE A SETE DONC PREVOIR FRAIS
DEPLACEMNENT ET RESTAURATION SUR PLACE
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AERME2 : Approche Ecosystème
ressource Marine exploitée II
Interactions ressources et environnement : régime shift et
alternance d'espèces. Effets de la pêche et du climat sur la
dynamique des écosystèmes hauturiers. Modélisation spatiale des
interactions ressources pêche- environnement en dynamique des
populations hauturières.
Interactions spatiales ressources-environnement : approches
géostatistiques.
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PROT 1: Protection restauration
Gestion Durable 1
Le développement durable, dans un contexte de conflits entre
usages et protection ; biodiversité et protection des espèces.
Instruments de protection du milieu marin : conventions
internationales, législation, AMP, ZNIEFF, Natura 2000, contrôle
des rejets solides et liquides, etc. 3. Les instruments et les
pratiques de gestion : réseaux de surveillance, bioindicateurs, bio-
marqueurs. Eléments généraux sur les effets de la pêche et de
l’aquaculture sur les milieux marins.
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PROT 2: Protection restauration
Gestion Durable 2
Génétique de la conservation. Les aires marines protégées et les
récifs artificiels. . Les stratégies de restauration. . Gestion intégrée
des espaces et des usages
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CONT : Hydrocarbures et
contaminants organiques : devenir
et impact
- Contaminants organiques (origine, nature, caractéristiques
physico-chimiques, taux de contamination des écosystèmes
marins) ;- Devenir en mer : processus abiotiques et biotiques
régissant leur devenir en mer ;- Impact sur la structure et le
fonctionnement des écosystèmes marins (transferts au sein des
réseaux trophiques, écotoxicologie) ;- Impact sur les activités
anthropiques (exploitation des ressources marines, tourisme,
santé) ;- Moyens de lutte (physique, chimiques et biologique) ;-
Groupes microbiens (Bacteria, Archaea, Fungi) impliqués dans les
processus de transformation et de dégradation des contaminants
organiques ;- voies métaboliques et gènes impliqués dans la
transformation et la dégradation des hydrocarbures (aérobiose et
anaérobiose) ;- bioremédiation des écosystèmes marins
contaminés ;- Etude de cas (travail étudiant personnel d’analyse
critique portant sur des cas de pollution d'écosystèmes marins par
les contaminants : cause, impact, devenir de la pollution et moyens
de lutte employés).
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SDME : Système dynamique en
écologie
Nous présentons ici : les attracteurs d’un système dynamique, la
sensibilité aux conditions initiales, l’exposant de Lyapunov, la
section de Poincaré, notions de théorie des bifurcations, stabilité
structurelle, dynamique symbolique, exemples de modèles de
dynamiques des populations présentant des comportements
dynamiques complexes. Toutes les notions vues en cours seront
également appliquées au cours de séances sur ordinateur
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SPAT : Statistique spatial
1.Panorama des méthodes de statistiques spatiales et des
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recherches dans le domaine; hypothèses et modèles en
géostatistique; étude variographique de données spatiales ; les
différents krigeages (KS, KO, KU, KDE) et leur mise en oeuvre.
Introduction rapide à la géostatistique multivariable (cokrigeage).
Introduction aux processus ponctuels (modèles de PP, fonctions K
et L, tests de type MC, interaction entre 2 PP).
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EVACO : Evolution adaptation et
co- évolution
Modèles de dynamiques adaptatives. Adaptation par variation-
selection de caractères quantitatifs sujets à mutations de faible
effet. Modélisation de la valeur sélective. Equation canonique des
dynamiques adaptatives. Notion de singularité évolutive et
classification de leurs propriétés. Conséquences des mutations à
grands effets. Réponses aux changements globaux : analyse des
bifurcations. Autres méthodes de modélisation : Théorie des jeux,
Génétique quantitative, IBMs.
Analyse numérique.Etude numérique des fonctions de fitness, de
l'équation canonique, des singularités évolutives. Analyse de
bifurcations. Simulations individus-centrées.
Applications.Radiation adaptative chez E. coli, co-évolution d’un
système mutualiste, co-évolution de la prédation, diversification
évolutive, suicide évolutif, dynamiques "reine rouge.
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Macroevolution et environnement
-Definition de l'evo-devo. Historique et grandes questions (chez les
plantes et métazoaires) ou l'utilisation d' outils et concepts
modernes au service de l'évolution et de l'anatomie comparée.
-une discipline récente l'éco-dévo ou identifier l'influence de
l'environnement sur les processus développementaux
-les liens entre évo-dévo et éco-dévo: changements
environnementaux et conséquences potentielles à court et long
terme sur l'évolution des organismes
TD/TP: quelques exemples illustrant liens entre territoire
d'expression de gènes et structures morphoanatomiques; exposés
sur analyse d'articles, TP sur effets de produits chimiques sur
processus développementaux
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Evolution des génomes, outils bio
informatiques
-Taille et composition des génomes: composition, codon (et usage),
séquences codantes/non codantes, introns, séquences
régulatrices, junk DNAprincipaux mécanismes d'évolution des
génomes: modifications de séquence, duplications, évolution
concertée/divergence, transferts horizontaux, éléments
transposables, translocation/recombinaison, domain shuffling, taux
d'évolution
-rappels sur les techniques d'acquisition de séquences et
présentation des outils bioinformatiques pour l'étude des génomes-
Exemples pratiques d'utilisations et débouchés
-recherche/rapatriements/alignements de séquences; comparaison
de séquences (composition, codon usage bias, taux d'évolution...),
détermination d'amorces pour PCR, séquençage..., prédictions de
sites, ORF et domaines...
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Invasion
Invasion et transfert biologiques en particulier en milieu marin.
Prévention, contrôle, éradication. Critères de détermination
d’espèces invasives, vecteur d’invasion, les conséquences
écologiques, et économiques, l’impact sur la santé humaine, les
méthodes de lutte contre les invasion.
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Ecologie des paysages
(1) l’impact des pressions anthropiques sur la structuration des
paysages (fragmentation, …), (2) les capacités de dispersions des
organismes (mesures de la connectivité), et (3) comment ces
facteurs se conjuguent et influencent la structuration des
communautés, notamment via des processus intermédiaires tels
que prédations, nutritions, etc. (4) aux applications de ces concepts
à la gestion des écosystèmes, notamment littoraux et marins : nous
étudierons ainsi comment l’étude de ces processus permet
d’identifier au sein de la mosaïque paysagère les habitats
essentiels aux renouvellements des populations (nurseries,
frayères, …), leur complémentarités, et comment ceci permet
d’orienter les stratégies de gestion des zones côtières, à l’échelle
des paysages. Plus particulièrement, les différentes étapes et
méthodes d’un plan de gestion des zones côtières seront détaillées
(études de l’état initial, identification des enjeux et des actions de
gestion).
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stage
Stage dans un laboratoire de recherche de 4 à 6 mois
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