La capitale perd le contrôle de régions entières.
A l’automne 1979, le président afghan est assassiné, et son successeur demande aux
Soviétiques d’intervenir, en vertu du traité d’assistance de 1978.
Le 27.12.79, 85 000 soldats de l’Armée rouge pénètrent en Afghanistan.
La réaction américaine est immédiate : embargo sur les céréales, condamnation officielle
de l’intervention par les Nations Unies, boycott des JO de Moscou en 1980, refus du
Sénat américain de ratifier les Accords Salt II sur le désarmement…
A partir de janvier 1980, le président Reagan met en place une aide financière et militaire
aux « moudjahidin » (combattants de Dieu) afghans, aide qui transite par le Pakistan
(notamment les armes) et à laquelle se joignent les monarchies du Golfe.
Malgré un matériel moderne et performant, les Soviétiques ne parviennent pas à venir à
bout des combattants afghans (dont les effectifs se doublent de volontaires venus des
pays arabes), qui parviennent, malgré leurs rivalités religieuses et tribales à s’associer et à
résister à la stratégie d’Andropov (successeur de Brejnev, qui tente de semer la division
dans la résistance afghane).
En 1986, le nouveau dirigeant soviétique, M. Gorbatchev, constate que seuls 15% du
territoire afghan sont contrôlés par l’Armée rouge, au prix de pertes humaines devenues
insupportables pour la population et dans le contexte d’une faillite économique de
l’URSS.
Les troupes soviétiques entament un retrait progressif d’Afghanistan, et les Accords de
Genève (auxquels participent les Etats-Unis et le Pakistan) sont signés le 14.04.88.
Le pouvoir revient aux Pachtounes, l’ethnie la plus importante du pays, mais il est
convoité par d’autres ethnies minoritaires, dont les chefs sont parvenus pendant la guerre
à établir des fiefs territoriaux indépendants : notamment les Tadjiks (descendants des
Perses, sunnites), les Ouzbeks, les Hazaras (chiites).
La résistance ses fissure entre les partisans d’un islam traditionnel, les fondamentalistes,
les chiites pro-iraniens et les sunnites pro-pakistanais.
Les moudjahidin parviennent cependant, en avril 1992, grâce à l’alliance passée entre le
commandant Massoud (d’ethnie tadjik) et les milices du Nord, à renverser le régime.
Désormais, la lutte pour le pouvoir se réalise par pays interposés, chacun apportant son
aide à une ethnie :
- le Pakistan soutient le chef pachtoun Hekmatyar ;
- l’Iran appuie les Hazaras ;
- l’Ouzbékistan soutient l’ethnie ouzbèk.
En 1993, les étudiants en religion (les « taliban ») se regroupent en un mouvement
politico-militaire fondé par le mollah Mohammad Omar Akhunzadah, et rapidement
soutenu par le Pakistan (en raison de l’influence du ministre de l’Intérieur pakistanais
nommé en 1994, Fazi-ur Rehman).
Les Taliban conquièrent sans difficulté et avec force massacre toutes les zones du pays,
dont la capitale, excepté le Nord-Est, tenu par les hommes du commandant Massoud.
En 1996, ils contrôlent les 2/3 du territoire. Leur « gouvernement » n’a jamais été
reconnu par la communauté internationale.