Génèse de la diversité des Ig La diversité des Ig est ce qui va guider

Génèse de la diversité des Ig
La diversité des Ig est ce qui va guider le nombre d'antigènes différents reconnus par le BCR: une
grande diversité des Ig va permettre à nos cellules de reconnaître une grande diversité d'antigènes.
La génèse de la diversité des Ig est vitale pour l'individu.
Elle existe pour les lymphocytes B (BCR) et pour les lymphocytes T (TCR).
En théorie, on pourrait produire 1011 BCR différents.
La recombinaison VDJ nous permet la formation de BCR différents lors du développement des
lymphocytes B (dans la moelle). Ces cellules B peuvent encore générer un degré de diversité plus
grand grâce à l'hypermutation somatique qui a lieu en périphérie.
Ces 2 mécanismes nous permettent d'assurer une diversité dans la région variable du BCR. Les Ig
auront la capacité de diversifier leur région constante: commutation de classe (en périphérie, un
lymphocyte B peut changer de classe d'Ig exprimée).
I) La recombinaison VDJ
A) Principe
C'est un mécanisme de recombinaison d'ADN: recombinaison somatique de gènes V, D et J qui sont
dispersés sur le génome. Elle a pour but de former un locus VDJ ou locus VJ complet, qui permet
de coder pour la région variable des chaînes lourdes ou légères du BCR.
Cette recombinaison VDJ a lieu également dans les lymphocytes T (même mécanisme). Dans ce cas
là, le TCR est composé lui aussi de chaînes α ou δ, associée à une chaîne β ou γ. Les chaînes α ou γ
sont codées par un gène V et une chaîne J (comme les chaînes légères du BCR), alors que pour les
chaînes β ou δ, elles sont codées par un gène V, un gène D et un gène J (comme les chaînes lourdes
du BCR).
Ces recombinaisons ont lieu dans les organes lymphoïdes primaires (thymus pour les lymphocytes
T et moelle pour les lymphocytes B).
B) Mécanisme
Pour la chaîne légère:
1. Réarrangement d'un gène V et un gène J codant pour la chaîne légère. C'est ce qu'on appelle un
locus réarrangé. Ce réarrangement VJ code pour la partie variable de la chaîne légère.
2. Il y aura ensuite un épissage avec le gène C, ce qui créé un ARNm où les 3 gènes sont liés.
Pour la chaîne lourde, le principe est le même mais il y a le gène D en plus:
1. Rérrangement d'un gène D et d'un gène J, pris au hasard.
2. L'ensemble DJ se réarrange avec un gène V, lui aussi pris au hasard.
3. Un épissage alternatif forme un ARNm qui va contenir l'ensemble VDJ avec un ensemble de
gènes C (l'ensemble C détermine la chaîne lourde).
Le gène de région constante qui se trouve sur le chromosome, juste derrière le VDJ, est le Cμ, qui
donne une IgM. Une cellule B qui se développe exprimera toujours une IgM en premier (car le Cμ
est le premier gène qu'elle trouve).
Séquences RSS:
Les séquences RSS (séquences signal de recombinaison) guident la recombinaison.
Ces séquences RSS sont juste à côté des séquences V, D et J sur les chromosomes. On trouve 2
types de séquences RSS: des séquences 12 et des séquences 23.
On a un heptamère (7 bases d'ADN), puis un espaceur (12 ou 23 bases d'ADN), puis un nonamère
(9 bases d'ADN). Ces séquences se trouvent de part et d'autre des gènes V, D et J.
La recombinaison a toujours lieu entre une séquence RSS 12 et une séquence RSS 23 (règle 12 – 23
qui empêche les mauvaises recombinaisons).
La règle 12 – 23 nous permet:
- d'éviter que les chaînes κ et λ ne recombinent entre elles
- VH et JH ne peuvent pas recombiner entre elles
Exemple d'une chaîne L:
Il y a un assemblage des séquences RSS impliquées dans la recombinaison. L'ADN est ensuite
coupé au niveau de ces séquences RSS, ce qui fait que les gènes V et J sont libérés, puis ils seront
ligés ensuite, pour former un ensemble VJ.
Toute la partie entre les 2 gènes est excisée du génome définitivement.
Exemple d'une chaîne H:
Les séquences RSS sont reconnues par Rag1 et Rag2 (recombinases qui sont des endonucléases),
spécifiques des lymphocytes, et coupent 1 des 2 brins de l'ADN. Les gènes V et J vont être reconnus
par d'autres enzymes, dont Artemis qui finalise la coupure de façon à ce que les 2 gènes V et J
pourront être ligés ensemble. A la fin, on a une DNA-LigIV qui va liger un gène V et J ensemble.
L'ADN qui était entre est libéré sous forme d'un ADN circulaire.
Avant de liger, la TdT (enzyme capable d'ajouter des nucléotides) intervient, afin d'ajouter de la
diversité de séquence à la région variable produite.
Toutes ces protéines sont des protéines de réparation de l'ADN. Il existe des maladies génétiques,
où les gènes codant pour ces protéines de réparation sont mutés. Ces personnes présentent des
problèmes au niveau de la réponse immunitaire, en plus de cancer.
L'addition de nucléotides a lieu à la jonction entre D et J. L'ajout de n nucléotides va entraîner une
modification des acides aminés et donc une grande diversité dans les CDR.
On parle de diversité jonctionnelle.
La diversité combinatoire est due à la recombinaison VDJ.
N'importe quelle chaîne lourde peut s'associer avec n'importe quelle chaîne légère, ce qui augmente
encore la diversité.
II) Hypermutation somatique
A) Principe
C'est un autre mécanisme de diversification du répertoire des lymphocytes B, qui a lieu uniquement
dans les lymphocytes B. On l'abrège en SHM (somatic hypermutation). Elle a lieu dans les organes
lymphoïdes périphériques, et majoritairement dans les centres germinatifs.
Ce mécanisme se déclenche quand le lymphocyte B a rencontré son antigène, et quand ce
lymphocyte B reçoit l'aide d'un lymphocyte T.
Ca consiste en l'introduction de mutations dans les régions variables des chaînes lourdes et légères
du BCR. Suite à ce mécanisme, la séquence des régions variables va être mutée, ce qui modifie
l'affinité avec laquelle le BCR va reconnaître son antigène.
Le but est de sélectionner les lymphocytes B qui ont la meilleure affinité pour l'antigène, ce qui
assurera une meilleure réponse à l'antigène.
Ces mutations ne se font pas au hasard car il existe des points chauds de mutation. Ca se fait dans
des zones des régions variables importantes dans la fixation de l'antigène.
Ces mutations peuvent être de 4 types. Le changement de base de l'ADN est au hasard, mais la
traduction en acides aminés peut suivre différents scénario:
- mutation silencieuse (plusieurs codons codent pour le même acide aminé)
- mutation délétère: elle peut altérer une structure importante de l'anticorps
- mutation neutre: l'acide aminé est modifié mais le changement ne modifie pas l'affinité du
BCR pour l'antigène
- mutation positive: l'affinité du BCR pour l'antigène est augmentée. C'est la mutation
recherchée
Les mutations vont s'accumuler dans les régions variables, puis les cellules vont être sélectionnées.
Au final, les cellules qui restent sont celles qui ont une meilleure affinité pour l'antigène. Cette
sélection est appelée la maturation d'affinité.
B) Mécanisme
Avant la mutation, il y a une étape de transcription, puis il y a une coupure d'ADN qui se produit en
2 sous-étapes:
- la première dépend d'une enzyme appelée AID (activation induced cytidine desaminase)
qui transforme les C en U dans l'ADN.
- la base U va être excisée de l'ADN, ce qui crée un trou dans l'ADN
Il y aura ensuite réparation de l'ADN grâce à des enzymes de réparation qui mettent une nouvelle
base dans le trou. Au final, le C est changé pour une autre base, d'où la mutation.
III) Conclusion sur la diversité de reconnaissance de l'antigène du BCR
Il y a 4 degrés de diversité:
1. Diversité combinatoire (recombinaison VDJ)
2. Diversité jonctionnelle (recombinaison VDJ)
→ elle est assurée par la TdT
3. Combinaison au hasard des chaînes H et L
4. Hypermutation somatique
IV) La diversification des régions C des chaînes H des Ig
Il existe 5 classes d'Ig et pour certaines il existe des sous-classes. Ceci permet au système
immunitaire et aux Ig d'avoir des fonctions effectrices variées.
Lorsqu'une cellule B génère son BCR lors de son développement, elle génère d'abord un BCR sous
forme d'IgM, puis sous forme IgM et IgD. Si cette cellule naïve rencontre un antigène, elle peut
changer sa classe d'Ig et pour cela, elle va modifier la région constante qui était C μ Cδ pour Cγ3 par
exemple.
Derrière les gènes V, D et J, on trouve tous les gènes pour les régions constantes. La cellule va
prendre un autre gène C pour changer de classe d'Ig.
A) Les cellules B naïves expriment des IgM et des IgD à leur surface
Derrière VDJ, il y a Cμ et après il y a Cδ. La cellule a effectué un épissage alternatif avec l'un des 2.
Si elle a fait un épissage avec Cμ, elle exprime une IgM, alors que si elle a fait un épissage avec C δ,
elle exprime une IgD. Comme le locus VDJ est le même, ces 2 Ig reconnaissent le même antigène.
B) La commutation de classe (CSR: class switch recombination)
La cellule B mature naïve présente ici une IgM. Le Cμ va être changé pour un autre gène de région
constante, qui sera soit de type γ, soit ε, soit α.
Ce mécanisme se fait par coupure et réparation de l'ADN.
La commutation de classe est guidée par des régions S (switch) qui se trouvent en amont de chaque
gène de région constante. Il y a une région Sμ en amont des gènes Cμ et Cδ, puis il y a une région S
spécifique avant chaque gène C spécifique.
Lors de la commutation de classe, 2 régions S vont se rassembler, puis il y aura une coupure d'ADN
dans les 2 régions S qui vont être réparées. La réparation va provoquer la ligation de ces 2 régions S
et l'excision d'un ADN circulaire (l'ADN entre les 2 régions S est perdu). C μ et Cδ seront toujours
éliminés.
On a une première étape de transcription qui sert à ramener les enzymes au bon endroit. Au niveau
de l'ADN, on a ensuite une cassure qui se fait en 2 sous-étapes:
- AID change une C en U
- l'U est excisée et on a un trou dans l'ADN
Cette cassure se produit sur les 2 brins et au mieux face à face (lors de l'hypermutation somatique,
la cassure avait lieu qu'au niveau d'un brin). Des enzymes de réparation vont ensuite religer l'ADN
au niveau des 2 régions S qui ont été libérées.
V) Conclusions sur la diversification du répertoire B
La cellule B peut réaliser:
- soit la commutation de classe
- soit l'hypermutation somatique
- soit les deux
Au final, la cellule B peut devenir:
- soit une cellule B mémoire qui répond très rapidement à l'antigène si elle le rencontre à
nouveau (réponse mémoire)
- soit un plasmocyte (cellule sécrétrice d'anticorps ayant une fonction très particulière
comme activer le complément, activer la phagocytose, …). Ces anticorps sont très
importants dans l'élimination d'un agent infectieux.