demande d`allocation de recherche

DEMANDE D’ALLOCATION DE RECHERCHE
Septembre 2008 *
Nom de l’équipe d’accueil : Génétique des populations humaines
Direction scientifique : Evelyne Heyer
Thématique de recherche :
L’objectif principal de l’équipe en génétique des populations humaines est de distinguer la
contribution des différentes forces évolutives qui façonnent la variabilité génétique dans les
populations humaines. Ces travaux s’appuient sur la large quantité de séquences
maintenant disponibles et les nouveaux développements en génétique des populations
théorique (la théorie de la coalescence). Ces forces évolutives peuvent être regroupées en
trois classes :

Les processus démographiques tels que la dérive et les migrations. L’étude de
ces forces permet de retracer les migrations et l’histoire des populations humaines à
partir de données génétiques avec une application à la distribution géographique des
maladies héréditaires.

La sélection naturelle qui est une force essentielle pour l’adaptation à
l’environnement. L’importance de cette force évolutive dans la diversité actuelle du
pool génique de l’Homme reste à explorer. Pour cela, nous travaillons sur la détection
d’effets sélectifs dans différentes populations.

Les facteurs sociaux. Il est maintenant clairement accepté que certains
comportements socio-démographiques ont un impact fort sur l’évolution des
fréquences alléliques.
Les deux terrains d’étude développés par l’équipe sont l’Asie Centrale et l’Afrique Centrale
où nous travaillons sur les populations Pygmées et leurs voisins.
Intitulé du sujet de thèse :
Facteurs génétiques et sélection naturelle impliqués dans la faible stature des
populations Pygmées d’Afrique Equatoriale.
Directeur de thèse : Evelyne Heyer et Yves Le Bouc
Unité de recherche du Directeur de thèse (intitulé, adresse, tel, mail) :
Pour E Heyer : UMR5145 Eco-Anthropologie et Ethnobiologie – [email protected]
Choix du candidat courant mai. Pour les étudiants de M2 qui
seraient intéressés, envoyer un CV et une lettre de motivation par mail
à l'adresse [email protected]éponse vers le 10 mai et ceux retenus
présenterons à l'oral devant un jury fin mai.
Pour Y LeBouc : Equipe Inserm n° 2 "système IGF : croissance, développement et tumeurs"
INSERM UMR S 893 - [email protected]
Département : Département Hommes, Natures, Sociétés du MNHN
Sujet résumé :
Facteurs génétiques et sélection naturelle impliqués dans la faible stature des
populations Pygmées d’Afrique Equatoriale.
Les Pygmées ont notamment été définis comme les populations de petite taille d’Afrique
Equatoriale, on connaît actuellement environ 20 populations Pygmées réparties de l’Ouest du
Bassin Congolais à la région des grands lacs. Notre projet d’étude de la diversité génétique et
linguistique (ACI Prosodie) nous a permis d’analyser les parties neutres du génome chez une
vingtaine de populations Pygmées et non-Pygmées de l’ouest du Bassin Congolais. Les
résultats démontrent clairement l’origine commune de ces groupes Pygmées, et des échanges
complexes avec leurs voisins non-pygmées.
Cette question de la faible stature des Pygmées intéresse les endocrinologues depuis plusieurs
décennies. Les mutations dans les gènes candidats sont maintenant bien caractérisées d’un
point de vue fonctionnel et les interactions entre les gènes sont bien décrites. Nous disposons
d’un grand corpus de données : nous avons échantillonné environ 25 populations humaines
dont 12 Pygmées (total 600 individus) pour lesquels nous avons mesuré les tailles et les
proportions oxométriques. En collaboration avec le Professeur Yves le Bouc (Directeur
INSERM Equipe Inserm n° 2 "système IGF :croissance, développement et tumeurs"
INSERM UMR S 893 Hôpital Saint-Antoine - Paris), nous proposons une étude d’association
pour identifier la ou les mutations de plusieurs gènes candidats impliquées dans la petite
stature des Pygmées : STAT5B, promoteur et exon 1 de IGF1, deux promoteurs d’IGF2, les
polymorphismes de GH…..
Une fois ces mutations identifiées, nous appliquerons les méthodes de la génétique des
populations pour mesurer l’influence de la sélection naturelle sur la distribution de cette
variabilité. En effet, notre projet de diversité génétique nous donne la distribution de la
variabilité génétique attendue sous l’hypothèse neutre avec laquelle nous pouvons comparer la
variabilité de ces gènes sous sélection potentielle.
Ces analyses devraient nous permettre de mieux répondre aux questions suivantes : quel(s)
facteur(s) génétique(s) sont impliqués dans la faible stature des Pygmées, existe-t-il des
pressions de sélection sur ces gènes cibles (que la sélection soit sexuelle ou
environnementale), la plus grande taille relative de certains groupes Pygmées s’explique-t-elle
par des flux de gènes plus importants avec les grands voisins ?
Principales références récentes du Directeur de thèse :
Evelyne Heyer
a1. Etienne Patin, Hélène Magalon, Frédéric Austerlitz, Tatyana Hegay, Almaz Aldashev, Lluís QuintanaMurci, Evelyne Heyer (2008) Population genetic diversity of the NAT2 gene supports a role of acetylation
in human adaptation to farming in Central Asia. European Journal of Human genetics Feb;16(2):243-251.
a2. Quintana-Murci L, Quach H, Harmant C, Luca F, Massonnet B, Patin E, Sica L, Mouguiama-Daouda P,
Comas D, Tzur S, Balanovsky O, Kidd KK, Kidd JR, van der Veen L, Hombert JM, Gessain A, Verdu P,
Froment A, Bahuchet S, Heyer E, Dausset J, Salas A, Behar DM. (2008) Maternal traces of deep common
ancestry and asymmetric gene flow between Pygmy hunter-gatherers and Bantu-speaking farmers. Proc Natl
Acad Sci U S A. 2008 Jan 23
a3. Chaix R, Quintana-Murci L, Hegay T, Hammer MF, Mobasher Z, Austerlitz F, Heyer E. From social to
genetic structures in central Asia. Current Biology 2007 Jan 9;17(1):43-8.
a4. Michael G. B. Blum, Evelyne Heyer, Olivier François and Fréderic Austerlitz (2006) Matrilineal fertility
inheritance detected in hunter-gatherer populations using the imbalance of gene genealogies Plos Genetics
Aug 4;2(8) 1138-1146
Yves Le Bouc
a5. Limal JM, Parfait B, Cabrol S, Bonnet D, Leheup B, Lyonnet S, Vidaud M, Le Bouc Y. Noonan syndrome:
relationships between genotype, growth, and growth factors. J Clin Endocrinol Metab. 2006 Jan;91(1):3006.
a6. Ben Lagha N, Seurin D, Le Bouc Y, Binoux M, Berdal A, Menuelle P, Babajko S. Insulin-like growth
factor binding protein (IGFBP-1) involvement in intrauterine growth retardation: study on IGFBP-1
overexpressing transgenic mice. Endocrinology. 2006 Oct;147(10):4730-7.