Le pays fut partagé en baillages (Chillon, Lausanne, Yverdon, Moudon, Avenches,
Morges, Nyon, Romainmôtier, Bonmont, et Payerne dont le titulaire était un
gouverneur militaire). A ces baillages proprement Vaudois, s’ajoutèrent les baillages
communs avec Fribourg (cf. section 2.3), le gouvernement militaire d’Aigle (qui
existait depuis 1475), les baillages de Thonon et Gex (perdus, cf. section 2.3, en
1564), et le baillage de Saanen (créé en 1554, suite à la faillite du comte de Gruyère,
cf. section 2.3).
Un nouveau baillage (Aubonne) fut créé longtemps après dans les circonstances
suivantes : Suite au décès de son précédent titulaire, Jean-Baptiste Tavernier en
1684, la baronnie d’Aubonne fut revendue à Henri Duquesne, fils du célèbre amiral
Abraham Duquesne, obligé de quitter la France à la suite de la promulgation par
Louis XIV de l’Edit de Fontainebleau en 1685 par lequel il proscrivait les Réformés
(toutefois l’Amiral Abraham Duquesne, en raison de ses états de service et de son
grand âge, put demeurer en France sans être inquiété lui-même jusqu’à son décès
en 1688).
Henri Duquesne fit sceller le cœur de l’amiral, après son décès, derrière une pierre
d’un mur du temple d’Aubonne en y plaçant une inscription qui est toujours visible
aujourd’hui. En 1691, Les Conseillers de Berne chargèrent Henri Duquesne de
constituer une petite flotille de guerre (galères) sur le lac Léman pour laquelle il
construisit le port de Morges.
En 1701, Henri Duquesne revendit la baronnie d’ Aubonne à Berne qui en fit le siège
d’un nouveau baillage inauguré par Emmanuel de Bondeli, ancêtre direct de l’auteur
de ces lignes.
Le bailli, qui appartenait obligatoirement à l’aristocratie Bernoise et qui était nommé
pour 6 ans, représentait le Souverain (les Conseillers de Berne, « Leurs Excellences
(LLEE en abrégé) de Berne ») et il avait les pouvoirs exécutif et judiciaire (ce dernier
était partagé avec les seigneurs résidant dans le baillage). Le bailli avait un
lieutenant baillival et des assesseurs qui étaient obligatoirement Vaudois ; il en était
de même des juges. Tout appel à des tribunaux étrangers (cour suprême de
Chambéry ou official de Besançon) fut supprimé au profit d’une nouvelle instance
d’appel la « Chambre des Suprêmes Appellations Romandes ». Cette chambre était
présidée par le « Trésorier Romand », ou « Trésorier du Pays de Vaud » qui, ayant
aussi en charge la surveillance, notamment financière (d’où son titre), de
l’administration des baillis, était le premier personnage du Pays de Vaud.
Certaines familles nobles Vaudoises (Goumoëns, Gingins, Tavel) devinrent
bourgeoises de Berne et furent agrégées à l’aristocratie Bernoise. Il s’ensuivit que
certains baillis du Pays de Vaud, choisis dans ces familles, étaient Vaudois. Il y eût
même le cas de Wolfgang-Charles de Gingins, seigneur de Chevilly, qui fut nommé
Trésorier Romand (le dernier) en 1795.
Les « Etats de Vaud » assemblée datant du régime Savoyard (cf. section 2.2)
disparurent progressivement dans la mesure où leur rôle principal, l’établissement du
montant du « don gracieux », disparut lui aussi puisque Berne renonça à lever des
impôts directs.