Proposition pour un contrat d’assistant ingénieur en biotechnologies. Statut INRA, durée 12 mois prolongeable de 6 mois INRA, Centre de Biologie pour le Gestion des Populations (UMR 1062 CBGP), 755 avenue du campus Agropolis, 34988 Montferrier sur Lez Contexte scientifique du projet Xylella fastidiosa est une bactérie pathogène pour de nombreuses espèces végétales. Elle est à l’origine de certaines épidémies graves en particulier sur la vigne, les agrumes et les oliviers, mais peut-être présente dans le xylème de certains végétaux sans déclencher de symptômes. Des souches virulentes touchent les vignobles californiens (maladie de Pierce) et des vergers d’agrumes au Brésil depuis les années 1990. En Europe, une souche attaque les oliviers du sud de l’Italie depuis 2013. En France, sur la Côte d’Azur et en Corse, certaines souches ont déjà été détectées dans des plantes d’ornement (Polygala myrtifolia). Xylella fastidiosa se transmet de plante à plante essentiellement par l’action d’un insecte vecteur piqueur-suceur. Nos connaissances sur les vecteurs sont très limitées. Certains groupes apparentés d’hémiptères, cicadelles, cercopes, aphrophorides et cigales pourraient être des vecteurs efficaces de la bactérie mais des études sont nécessaires pour le vérifier. Ainsi des travaux de recherche combinant des données sur les vecteurs et leurs plantes d’alimentation, la bactérie et les plantes hôtes symptomatiques et asymptomatiques sont nécessaires. Le Centre de Biologie pour le Gestion des Populations et ses partenaires scientifiques sont impliqués dans des études épidémiologiques destinées à réunir des connaissances utiles à la prévention et la gestion d’une éventuelle crise sanitaire liée à l’arrivée sur le territoire français de souches de Xylella fastidiosa virulentes pour des espèces végétales d’intérêt agronomique majeur. Le programme se décline en 3 axes : - Identification des souches bactériennes et de leur gamme d’hôtes végétaux - Identification des insectes vecteurs - Prévision et gestion du risque par la modélisation épidémiologique Les deux premiers axes s’appuient sur l’obtention de données moléculaires massives, sur les bactéries, les plantes hôtes et les insectes vecteurs. Pour participer à ce programme scientifique, le Centre de Biologie pour le Gestion des Populations propose un contrat de 12 mois d’Assistant Ingénieur sous statut INRA (contrat prolongeable de 6 mois). Date prévue du début de contrat : 1er mai 2016 Missions et activités principales La personne recrutée participera à l’obtention des données de caractérisation moléculaire des sousespèces et souches de bactéries Xylella fastidiosa présentes dans les échantillons (de plantes et d’insectes) obtenus lors des campagnes de prélèvements. Le rôle de l’assistant ingénieur sera de : - gérer les importantes collections d’échantillons issus des prélèvements sur le terrain à leur entrée dans le laboratoire - extraire et purifier les ADN à partir des divers échantillons (plantes, insectes) et valider leur qualité. - réaliser les analyses moléculaires de caractérisation des souches bactériennes Cette dernière phase sera précédée d’une série de mises au point méthodologiques afin de déterminer les meilleures techniques de génotypage adaptées à ce programme. 1 Les techniques de biologie moléculaires basées sur des génotypages et séquençages de nouvelle génération (NGS) seront privilégiées. Le volume des analyses souhaitées imposera l’usage de robotique de laboratoire. L’assistant ingénieur sera, en outre, un acteur majeur de la logistique de cette expérience. Il devra : - participer à la gestion et à la conservation des échantillons - participer à la gestion et à la transmission des données moléculaires Communications A l’issue d’une période d’acquisition des protocoles spécifiques à la caractérisation moléculaire des échantillons de Xylella fastidiosa, l’assistant ingénieur devra pouvoir accueillir et épauler des chercheurs, techniciens et/ou étudiants des équipes partenaires de ce projet pour les former à ces techniques. Environnements L’assistant ingénieur sera intégré à l’équipe Approches Moléculaires et Bioinformatique Haut Débit du Centre de Biologie pour le Gestion des Populations (Responsable : Astrid Cruaud, CR INRA). Les mises au point de protocoles et les analyses moléculaires seront réalisées au sein de l’Atelier de Marquage Moléculaire de l’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP), INRA, 2 place Viala, 34060 Montpellier sous la responsabilité technique de Sylvain Santoni, IR INRA. L’assistant ingénieur profitera d’un soutien important pour toutes les approches bio-informatiques et disposera d’un laboratoire de biologie moléculaire équipé de l’ensemble des outils utiles au génotypage et séquençage de nouvelle génération. Contraintes du poste La base de travail principale sera l’Atelier de Marquage Moléculaire de l’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP), INRA, 2 place Viala, Montpellier. De fréquents déplacements vers le Centre de Biologie pour le Gestion des Populations 755 avenue du campus Agropolis, Montferrier sur Lez sont à prévoir afin de participer à la dynamique scientifique du programme. La maitrise de la langue française est indispensable. Formation Pour ce poste, la formation réglementaire minimale réclamée est le BTS ou le DUT, dans le domaine des Biotechnologies. Niveau de rémunération Le salaire sera calculé en fonction de l’éventuelle expérience professionnelle préalable de la personne recrutée. Traitement brut mensuel : entre 1801 € et 1884 € Traitement net mensuel : entre 1450 € et 1517 € Contacts : Les personnes intéressées par ce poste doivent transmettre CV et lettre de motivation à l’un des deux responsables du projet avant le 31 mars 2016. Les personnes pré-sélectionnées seront auditionnées dans la semaine du 11 au 15 Avril 2016. Responsable scientifique du poste 2 Astrid Cruaud INRA, UMR 1062 CBGP Center for Biology and Management of Populations 755 avenue du campus Agropolis CS 30016 34988 Montferrier-sur-Lez, FRANCE [email protected], tel : 04.30.63.04.29 Responsable technique du poste Sylvain Santoni INRA, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP), 2, place Viala, 34060 Montpellier France [email protected], tel 04 99 61 27 45 Le profil de ce poste respecte au mieux les indications de la fiche d’emploi de la Fonction Publique : Assistant en techniques biologiques, domaine Science du vivant Fiche Referens Emploi n° A3A23 ci-dessous. 3 Science du vivant, Assistant en techniques biologiques, Emploi n° A3A23, Fiche Referens http://referens.univ-poitiers.fr/version/men/emploi.asp?ID=A3A23&BAP=AA&F=06 A. Mission / Tendances d'évolution / Activités Mission L’assistant en techniques biologiques met en œuvre des techniques spécialisées pour l’obtention et l’étude d’échantillons biologiques Tendances d'évolution Mutualisation des activités technologiques Mise en place d'une démarche qualité. Activités principales Conduire dans le cadre d’un programme expérimental, un ensemble de techniques de biologie (cultures cellulaires, dosages biologiques et/ou biochimiques, techniques histologiques, immunologiques, biochimiques et de biologie moléculaire…). Suivre les évolutions techniques du domaine et participer au développement de nouveaux protocoles Consigner, mettre en forme les résultats Communiquer les données expérimentales Mettre en œuvre, faire appliquer et former aux réglementations liées aux activités expérimentales ; se tenir informé de leurs évolutions. Activités associées Prélever et conditionner des échantillons en vue d’une expérimentation Gérer des bases de données et/ou des banques d’échantillons Assurer la gestion des stocks et des commandes et l’achat du petit appareillage Surveiller les installations ; assurer l’entretien et la maintenance de premier niveau des installations et du matériel. Initier les utilisateurs aux techniques du domaine Etablir le planning d’utilisation des équipements ou salles spécifiques Assurer la liaison entre l’équipe pédagogique et les étudiants ou visiteurs. Contrôler l’élimination des déchets solides et des effluents selon les règles d’hygiène et de sécurité du domaine. B. Compétences Compétences principales Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires Connaissance générale de la biologie Notions de base en mathématiques, statistiques, physique et chimie Savoirs sur l'environnement professionnel Les règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation des produits toxiques, des produits contaminants et des organismes transgéniques (OGM). Le domaine scientifique de la structure Savoir-faire opérationnels Maîtriser les techniques de biologie du domaine expérimental Connaître les principes et utiliser des appareils spécifiques du domaine : microscopes, séquenceurs, trieurs de cellules….. Utiliser l’outil informatique d’enregistrement des données et de pilotage d’appareils Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes ou externes Rédiger des procédures techniques 4 Compétences linguistiques ANGLAIS : Compréhension orale : niveau I Compréhension écrite : niveau II Compétences associées Savoir-faire opérationnels Transmettre des savoir-faire techniques Maîtriser les conditions de conservation des échantillons biologiques Utiliser des logiciels de gestion des plannings, des stocks et commandes. Travailler en milieu confiné ou en zone protégée. C. Environnement et formations Environnement professionnel. Lieu d'exercice L’activité s’exerce dans un laboratoire de recherche et/ou un service pédagogique Astreintes et conditions d'exercice L’activité peut s’exercer en milieu confiné ou zone protégée. Elle peut nécessiter l’adaptation aux contraintes de service dans certains contextes de travail (horaires décalés, fins de semaines…) Diplôme réglementaire exigé Pour le recrutement externe : DUT, BTS Formations et expérience professionnelle souhaitables Domaine de formation : biotechnologie. 5