Sous l`égide de la Fondation Agropolis, plusieurs équipes de

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Proposition pour un contrat d’assistant ingénieur en biotechnologies.
Statut INRA, durée 12 mois prolongeable de 6 mois
INRA, Centre de Biologie pour le Gestion des Populations (UMR 1062
CBGP), 755 avenue du campus Agropolis, 34988 Montferrier sur Lez
Contexte scientifique du projet
Xylella fastidiosa est une bactérie pathogène pour de nombreuses espèces végétales. Elle est à
l’origine de certaines épidémies graves en particulier sur la vigne, les agrumes et les oliviers, mais
peut-être présente dans le xylème de certains végétaux sans déclencher de symptômes.
Des souches virulentes touchent les vignobles californiens (maladie de Pierce) et des vergers
d’agrumes au Brésil depuis les années 1990. En Europe, une souche attaque les oliviers du sud de
l’Italie depuis 2013. En France, sur la Côte d’Azur et en Corse, certaines souches ont déjà été
détectées dans des plantes d’ornement (Polygala myrtifolia).
Xylella fastidiosa se transmet de plante à plante essentiellement par l’action d’un insecte vecteur
piqueur-suceur. Nos connaissances sur les vecteurs sont très limitées. Certains groupes apparentés
d’hémiptères, cicadelles, cercopes, aphrophorides et cigales pourraient être des vecteurs efficaces de
la bactérie mais des études sont nécessaires pour le vérifier. Ainsi des travaux de recherche
combinant des données sur les vecteurs et leurs plantes d’alimentation, la bactérie et les plantes
hôtes symptomatiques et asymptomatiques sont nécessaires.
Le Centre de Biologie pour le Gestion des Populations et ses partenaires scientifiques sont
impliqués dans des études épidémiologiques destinées à réunir des connaissances utiles à la
prévention et la gestion d’une éventuelle crise sanitaire liée à l’arrivée sur le territoire français de
souches de Xylella fastidiosa virulentes pour des espèces végétales d’intérêt agronomique majeur.
Le programme se décline en 3 axes :
- Identification des souches bactériennes et de leur gamme d’hôtes végétaux
- Identification des insectes vecteurs
- Prévision et gestion du risque par la modélisation épidémiologique
Les deux premiers axes s’appuient sur l’obtention de données moléculaires massives, sur les
bactéries, les plantes hôtes et les insectes vecteurs.
Pour participer à ce programme scientifique, le Centre de Biologie pour le Gestion des
Populations propose un contrat de 12 mois d’Assistant Ingénieur sous statut INRA (contrat
prolongeable de 6 mois).
Date prévue du début de contrat : 1er mai 2016
Missions et activités principales
La personne recrutée participera à l’obtention des données de caractérisation moléculaire des sous-
espèces et souches de bactéries Xylella fastidiosa présentes dans les échantillons (de plantes et
d’insectes) obtenus lors des campagnes de prélèvements.
Le rôle de l’assistant ingénieur sera de :
- gérer les importantes collections d’échantillons issus des prélèvements sur le terrain à leur
entrée dans le laboratoire
- extraire et purifier les ADN à partir des divers échantillons (plantes, insectes) et valider leur
qualité.
- réaliser les analyses moléculaires de caractérisation des souches bactériennes
Cette dernière phase sera précédée d’une série de mises au point méthodologiques afin de
déterminer les meilleures techniques de génotypage adaptées à ce programme.

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Les techniques de biologie moléculaires basées sur des génotypages et séquençages de nouvelle
génération (NGS) seront privilégiées.
Le volume des analyses souhaitées imposera l’usage de robotique de laboratoire.
L’assistant ingénieur sera, en outre, un acteur majeur de la logistique de cette expérience. Il devra :
- participer à la gestion et à la conservation des échantillons
- participer à la gestion et à la transmission des données moléculaires
Communications
A l’issue d’une période d’acquisition des protocoles spécifiques à la caractérisation moléculaire des
échantillons de Xylella fastidiosa, l’assistant ingénieur devra pouvoir accueillir et épauler des
chercheurs, techniciens et/ou étudiants des équipes partenaires de ce projet pour les former à ces
techniques.
Environnements
L’assistant ingénieur sera intégré à l’équipe Approches Moléculaires et Bioinformatique Haut Débit du
Centre de Biologie pour le Gestion des Populations (Responsable : Astrid Cruaud, CR INRA).
Les mises au point de protocoles et les analyses moléculaires seront réalisées au sein de l’Atelier de
Marquage Moléculaire de l’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP), INRA, 2
place Viala, 34060 Montpellier sous la responsabilité technique de Sylvain Santoni, IR INRA.
L’assistant ingénieur profitera d’un soutien important pour toutes les approches bio-informatiques et
disposera d’un laboratoire de biologie moléculaire équipé de l’ensemble des outils utiles au
génotypage et séquençage de nouvelle génération.
Contraintes du poste
La base de travail principale sera l’Atelier de Marquage Moléculaire de l’UMR Amélioration Génétique
et Adaptation des Plantes (AGAP), INRA, 2 place Viala, Montpellier. De fréquents déplacements vers
le Centre de Biologie pour le Gestion des Populations 755 avenue du campus Agropolis, Montferrier
sur Lez sont à prévoir afin de participer à la dynamique scientifique du programme.
La maitrise de la langue française est indispensable.
Formation
Pour ce poste, la formation réglementaire minimale réclamée est le BTS ou le DUT, dans le domaine
des Biotechnologies.
Niveau de rémunération
Le salaire sera calculé en fonction de l’éventuelle expérience professionnelle préalable de la personne
recrutée.
Traitement brut mensuel : entre 1801 € et 1884 €
Traitement net mensuel : entre 1450 € et 1517 €
Contacts :
Les personnes intéressées par ce poste doivent transmettre CV et lettre de motivation à l’un
des deux responsables du projet avant le 31 mars 2016.
Les personnes pré-sélectionnées seront auditionnées dans la semaine du 11 au 15 Avril 2016.
Responsable scientifique du poste

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Astrid Cruaud
INRA, UMR 1062 CBGP
Center for Biology and Management of Populations
755 avenue du campus Agropolis CS 30016
34988 Montferrier-sur-Lez, FRANCE
[email protected]r, tel : [phone]
Responsable technique du poste
Sylvain Santoni
INRA, UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP),
2, place Viala, 34060 Montpellier France
[e-mail], tel [phone]
Le profil de ce poste respecte au mieux les indications de la fiche d’emploi de la Fonction Publique :
Assistant en techniques biologiques, domaine Science du vivant
Fiche Referens Emploi n° A3A23 ci-dessous.

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Science du vivant, Assistant en techniques biologiques, Emploi n° A3A23, Fiche Referens
http://referens.univ-poitiers.fr/version/men/emploi.asp?ID=A3A23&BAP=AA&F=06
A. Mission / Tendances d'évolution / Activités
Mission
L’assistant en techniques biologiques met en œuvre des techniques spécialisées pour l’obtention et
l’étude d’échantillons biologiques
Tendances d'évolution
Mutualisation des activités technologiques
Mise en place d'une démarche qualité.
Activités principales
Conduire dans le cadre d’un programme expérimental, un ensemble de techniques de biologie
(cultures cellulaires, dosages biologiques et/ou biochimiques, techniques histologiques,
immunologiques, biochimiques et de biologie moléculaire…).
Suivre les évolutions techniques du domaine et participer au développement de nouveaux protocoles
Consigner, mettre en forme les résultats
Communiquer les données expérimentales
Mettre en œuvre, faire appliquer et former aux réglementations liées aux activités expérimentales ; se
tenir informé de leurs évolutions.
Activités associées
Prélever et conditionner des échantillons en vue d’une expérimentation
Gérer des bases de données et/ou des banques d’échantillons
Assurer la gestion des stocks et des commandes et l’achat du petit appareillage
Surveiller les installations ; assurer l’entretien et la maintenance de premier niveau des installations et
du matériel.
Initier les utilisateurs aux techniques du domaine
Etablir le planning d’utilisation des équipements ou salles spécifiques
Assurer la liaison entre l’équipe pédagogique et les étudiants ou visiteurs.
Contrôler l’élimination des déchets solides et des effluents selon les règles d’hygiène et de sécurité du
domaine.
B. Compétences
Compétences principales
Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires
Connaissance générale de la biologie
Notions de base en mathématiques, statistiques, physique et chimie
Savoirs sur l'environnement professionnel
Les règles d’hygiène et de sécurité liées à la manipulation des produits toxiques, des produits
contaminants et des organismes transgéniques (OGM).
Le domaine scientifique de la structure
Savoir-faire opérationnels
Maîtriser les techniques de biologie du domaine expérimental
Connaître les principes et utiliser des appareils spécifiques du domaine : microscopes, séquenceurs,
trieurs de cellules…..
Utiliser l’outil informatique d’enregistrement des données et de pilotage d’appareils
Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes ou externes
Rédiger des procédures techniques

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Compétences linguistiques
ANGLAIS : Compréhension orale : niveau I Compréhension écrite : niveau II
Compétences associées
Savoir-faire opérationnels
Transmettre des savoir-faire techniques
Maîtriser les conditions de conservation des échantillons biologiques
Utiliser des logiciels de gestion des plannings, des stocks et commandes.
Travailler en milieu confiné ou en zone protégée.
C. Environnement et formations
Environnement professionnel. Lieu d'exercice
L’activité s’exerce dans un laboratoire de recherche et/ou un service pédagogique
Astreintes et conditions d'exercice
L’activité peut s’exercer en milieu confiné ou zone protégée.
Elle peut nécessiter l’adaptation aux contraintes de service dans certains contextes de travail (horaires
décalés, fins de semaines…)
Diplôme réglementaire exigé
Pour le recrutement externe : DUT, BTS
Formations et expérience professionnelle souhaitables
Domaine de formation : biotechnologie.