Caractérisation des relations Espèce-Habitat naturel et gestion de l

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Benoît Legros
Direction de la Recherche, de l’Expertise et de la Valorisation
Service du Patrimoine Naturel
Direction Déléguée au Développement Durable, à la Conservation de la Nature et à l’Expertise
Caractérisation des relations Espèce-Habitat naturel
et gestion de l’information
Guide méthodologique
Version 1
Rapport SPN -2016-01
Février 2016
Benoît Legros, Jean Ichter, Pierre Cellier, Xavier Houard, Bastien Louboutin,
Laurent Poncet, Renaud Puissauve & Julien Touroult

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Le Service du Patrimoine Naturel (SPN)
Inventorier - Gérer - Analyser - Diffuser
Au sein de la direction de la recherche, de l’expertise et de la valorisation (DIREV), le Service du
patrimoine naturel développe la mission d'expertise confiée au Muséum national d'Histoire naturel pour
la connaissance et la conservation de la nature. Il a vocation à couvrir l'ensemble de la thématique
biodiversité (faune/flore/habitat) et géodiversité au niveau français (terrestre, marine, métropolitaine
et ultra-marine). Il est chargé de la mutualisation et de l'optimisation de la collecte, de la synthèse et la
diffusion d'informations sur le patrimoine naturel.
Placé à l'interface entre la recherche scientifique et les décideurs, il travaille de façon partenariale
avec l'ensemble des acteurs de la biodiversité afin de pouvoir répondre à sa mission de coordination
scientifique de l’Inventaire national du Patrimoine naturel (code de l'environnement : L411-5).
Un objectif : contribuer à la conservation de la Nature en mettant les meilleures connaissances à
disposition et en développant l'expertise.
En savoir plus : http://www.mnhn.fr/spn/
Directeur : Jean-Philippe SIBLET
Adjoint au directeur en charge des programmes de connaissance : Laurent PONCET
Adjoint au directeur en charge des programmes de conservation : Julien TOUROULT
Porté par le SPN, cet inventaire est l'aboutissement d'une démarche qui associe scientifiques,
collectivités territoriales, naturalistes et associations de protection de la nature en vue d'établir une
synthèse sur le patrimoine naturel en France. Les données fournies par les partenaires sont organisées,
gérées, validées et diffusées par le MNHN. Ce système est un dispositif clé du SINP et de l'Observatoire
National de la Biodiversité.
Afin de gérer cette importante source d'informations, le Muséum a construit une base de données
permettant d'unifier les données à l’aide de référentiels taxonomiques, géographiques et administratifs.
Il est ainsi possible d'accéder à des listes d'espèces par commune, par espace protégé ou par maille de
10x10 km. Grâce à ces systèmes de référence, il est possible de produire des synthèses quelle que soit la
source d'information.
Ce système d'information permet de mutualiser au niveau national ce qui était jusqu'à présent
éparpillé à la fois en métropole comme en outre-mer et aussi bien pour la partie terrestre que pour la
partie marine. C’est une contribution majeure pour la connaissance, l'expertise et l'élaboration de
stratégies de conservation efficaces du patrimoine naturel.
En savoir plus : http://inpn.mnhn.fr

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Projet
Caractérisation des relations Espèce-Habitat.
Convention
Convention MEDDE/DIT, actions « Conception d’une base de connaissance sur les relations Espèce-Habitat :
contenu, méthode, gestion » et « Alimentation de la base de connaissance : issue de la bibliographie et des données
déjà contenues dans l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN) ».
Subvention pour charge de service publique du MEDDE : action « ONB »
Chef de projet :
Julien Touroult ([e-mail])
Laurent Poncet (laurent.p[email protected])
Rédaction :
Jean Ichter ([e-mail]), Benoît Legros
Experts mobilisés :
Rhopalocères : Pascal Dupont ([e-mail])
Oiseaux : Jean Roché (j[email protected]), Jacques Comolet ([e-mail])
Odonates : Bastien Louboutin ([e-mail]), Xavier Houard (xavier.h[email protected]g)
Mammifères : Audrey Savouré-Soubelet ([e-mail]), Patrick Haffner ([e-mail])
Herpétofaune : Jean-Christophe de Massary ([e-mail])
Contributions MNHN-SPN :
Pierre Cellier, Mathieu Clair, Camille Gazay, Guillaume Gigot, Renaud Puissauve, Isabelle Witté
Relecture :
Vincent Gaudillat, Lise Maciejewski, Isabelle Witté
Référence du rapport conseillée
Legros B., Ichter J., Cellier P., Houard X., Louboutin B., Poncet L., Puissauve R. & Touroult J., 2016.
Caractérisation des relations Espèce-Habitat naturel et gestion de l’information. Guide méthodologique. Version 1.
Rapport SPN 2016-01, Service du patrimoine naturel, Muséum national d’Histoire naturelle, Paris, 38 p.
Crédits photographiques
1ère de couverture :
La Maglia, Alpes Maritimes (Code EUNIS C2.2 Cours d’eau permanents à écoulement turbulent et rapide)
Pararge aegeria, Cinclus cinclus, Boyeria irene, Bufo bufo, Cordulegaster bidentata : © Jean Ichter
4ème de couverture :
Pâturage et moutons, Village Corse : © Jean E. Roché
Podarcis muralis, Marmota marmota : © Renaud Puissauve

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Sommaire
Partie 1 - Cadrage du projet : les concepts et les outils pour caractériser la relation Espèce-Habitat ....... 6
1 Introduction ........................................................................................................................................ 6
2 Périmètre du projet ............................................................................................................................. 6
3 Usages, limites et perspectives d’une base de connaissance Espèce-Habitat ...................................... 7
3.1 Les principaux usages .................................................................................................................................. 7
3.2 Limites et perspectives ................................................................................................................................ 9
4 Les référentiels nationaux pour les espèces et les habitats ............................................................... 10
4.1 Le référentiel taxonomique national TAXREF ....................................................................................10
4.2 La notion d’habitat et la typologie européenne EUNIS ......................................................................10
4.2.1 La notion d’habitat naturel et semi-naturel ......................................................................................10
4.2.2 Le choix de la typologie européenne EUNIS ..................................................................................11
4.2.3 Les niveaux de la typologie EUNIS ..................................................................................................11
4.2.4 HabRef une base de données des référentiels d’habitats ...............................................................12
Partie 2. Guide méthodologique ............................................................................................................. 14
1 Identification des informations disponibles et choix de la méthode .................................................. 14
1.1 Analyses statistiques à partir des données .............................................................................................14
1.1.1 Une démarche « idéale : l’échantillonnage des communautés .......................................................14
1.1.2 Approches basées sur des données d’occurrences ou d’abondance (inventaires, atlas, et suivis)
................................................................................................................................................................16
1.2 Analyses à partir d’informations issues de la bibliographie.................................................................17
1.3 Analyses issus d’expertises .......................................................................................................................17
2 Rattachement à un ou plusieurs habitats EUNIS ................................................................................ 18
2.1 À quel niveau typologique établir le lien entre une espèce et un type d’habitat ? ...........................18
2.2 Rattachement d’une espèce aux niveaux supérieurs .............................................................................19
3 Définition du type de relation (degré de spécialisation) .................................................................... 19
3.1 Le degré de spécialisation (ou d’exclusivité) ..........................................................................................20
3.2 Liste des catégories de liens .....................................................................................................................20
4 Types de restriction de la validité de la relation (conditions) ............................................................. 22
4.1 Conditions liées au stade de développement de l’espèce ....................................................................22
4.2 Conditions liées au type d’activité de l’espèce .......................................................................................23
4.3 Conditions liées à la zone biogéographique concernée .......................................................................23
4.4 Conditions liées à la structure de l’habitat .............................................................................................23

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Partie 3. Méthodologie et documentation des liens Espèce-Habitat pour chacun des groupes
taxonomiques intégrés ................................................................................................................... 24
1 Interprétation des termes généraux rencontrés dans la littérature ................................................... 25
2 Les Oiseaux nicheurs ......................................................................................................................... 27
2.1 Démarche exploratoire à partir des données de distribution disponibles dans l’INPN ou de
données habitats associées aux espèces disponibles dans certains inventaires. ...............................27
2.2 Interprétation à dire d’experts des habitats des Oiseaux nicheurs .....................................................28
3 Les Lépidoptères Rhopalocères. ........................................................................................................ 30
3.1 La base de données des Rhopalocères ...................................................................................................30
3.2 Les forces de relation entre les espèces et les habitats .........................................................................31
4 Les Lépidoptères Hétérocères ........................................................................................................... 32
5 Les Odonates..................................................................................................................................... 33
6 Les Orthoptères ................................................................................................................................ 35
CONCLUSION .......................................................................................................................................... 37
Bibliographie .......................................................................................................................................... 38
Sites internet de référence ..................................................................................................................... 42
Glossaire ................................................................................................................................................ 42
Annexes .................................................................................................................................................. 44
Annexe I - Clé dichotomique indiquant la force de relation d’une espèce avec son / ses habitat(s) ........ 44
Annexe 2 - Possibilités et limites d'utilisation de la base de connaissance espèce-habitat : cas d’étude pour
une application pratique par les maitres d’ouvrage ........................................................................ 47
1 Méthode ........................................................................................................................................... 47
2 Résultats ........................................................................................................................................... 47
3 Limites et améliorations .................................................................................................................... 48
4 De bonnes perspectives .................................................................................................................... 49
Annexe 3 - Comparaison de listes d’espèces forestières pour détecter et corriger les éventuelles
incohérences. ................................................................................................................................. 50
1. Contexte et méthode ........................................................................................................................ 50
2. Résultats ........................................................................................................................................... 54
Annexe 4 – Les principaux résultats de la caractérisation du lien Espèce-Habitat pour les Odonates.