Indicateurs de biodiversité en milieu agricole

Indicateurs de biodiversité en milieu agricole – étude MAAP / MNHN
Document de travail – novembre 2009
« Elaboration d’un jeu d’indicateurs permettant
de mieux suivre la biodiversité en lien avec
l’évolution de l’agriculture »
Ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche
Direction Générale des Politiques Agricoles, Agroalimentaires et des Territoires
Sous-direction de la Biomasse et de l’Environnement
Muséum National d’Histoire Naturelle
Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité
UMR 7204, Conservation des Espèces, Restauration et Suivi des Populations
USM 308, Service du Patrimoine Naturel

Indicateurs de biodiversité en milieu agricole – étude MAAP / MNHN
Document de travail – novembre 2009
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Rédaction : Rose-Line Preud’Homme (preud[email protected]), chargée de mission
« indicateurs de biodiversité en milieu agricole » au MNHN.
Groupe de travail : Hélène Hampartzoumian (MAAP), Roger Jumel (MAAP), Romain
Julliard (MNHN), Jean-Philippe Siblet (MNHN).
Le comité de pilotage de l’étude s’est réuni 3 fois durant la première partie du projet pour
valider le travail réalisé. Ce comité de pilotage comporte des membres :
- du Ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche (MAAP)
- du Ministère de l’Ecologie, de l’Energie, du Développement Durable et de la Mer
(MEEDDM)
- du Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN)
- de l’Assemblée Permanente des Chambres d’Agriculture (APCA)
- de l’Institut National pour la Recherche Agronomique (INRA)
- de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB)
- de l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS)
- de la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO)
- d’ARVALIS, Institut du végétal
- de France Nature Environnement (FNE)
Merci à chaque institution, association, équipe ou groupe de travail associé à cette étude pour
leurs remarques et leurs suggestions.
Merci à l’équipe de D. Cluzeau, UMR EcoBio Université de Rennes 1 pour le travail réalisé
ensemble sur le protocole « vers de terre ».
Le présent document constitue le rapport d’une étude financée par le Ministère de
l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche via le programme 215 – sous action 22.
Source photographies : R. Preud’Homme

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Sommaire
Sommaire 3
Table des tableaux et illustrations 5
Préambule : contexte 6
Partie I : Evaluer la biodiversité en milieu agricole, les questions à se poser. 7
1. De quoi parle-t-on ? 8
a. Qu’entend-t-on par milieu agricole ? 8
b. Qu’entend-t-on par biodiversité du milieu agricole ? 8
c. Quels taxons observer ? 8
2. De quelle manière connaître la biodiversité en milieu agricole pour l’évaluer ? 11
a. via les déclarations et les bases de données agricoles 12
b. via des observations de terrain 12
Encadré : indices de biodiversité 12
c. via des indicateurs 14
3. Quels sont les facteurs à prendre en compte ? 15
a. Quels acteurs pour observer la biodiversité en milieu agricole ? 15
Encadré : la récolte des données par des non-spécialistes 16
b. Quelles échelles prendre en compte ? 16
i. Echelles spatiales 16
ii. Echelles temporelles 17
c. quels plans d’échantillonnage prendre en compte pour évaluer la
biodiversité en milieu agricole ? 18
i. Echantillonnage aléatoire 18
ii. Echantillonnage systématique 18
iii. Echantillonnage stratifié 19
iv. La question de la pression d’échantillonnage 19
v. La question de la représentativité 19
vi. Remarques 20
Pour notre étude 20
Partie II : les indicateurs 21
I. Qu’existe-t-il déjà ? Etat des lieux des indicateurs en milieu agricole 22
1. Listes d’indicateurs retenus aux niveaux international, communautaire
et national 22
2. Méthodes, diagnostics ou outils d’évaluation 23
3. Projets ou études intégrant la biodiversité en milieu agricole 23
Constatations générales suite à l’état des lieux 25
II. Les indicateurs à mobiliser 26
1. Le premier jeu d’indicateurs 26
Biodiversité domestique 28
Espèces domestiques 29
Races et variétés patrimoniales 31
Biodiversité sauvage 33
Indicateur STOC Oiseaux communs 34
Tendances d’évolution pour d’autres groupes 36
Indice de spécialisation des communautés 37

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Evaluation locale de la biodiversité : appréciations 39
Espèces protégées ou menacées des milieux agricoles 45
Biodiversité écologique ou paysagère 48
Surface de biodiversité 49
Surface agricole à valeur patrimoniale 51
Encadré : réflexion complémentaire sur les indicateurs « habitats » : comment
évaluer la qualité des milieux ? 52
2. des indicateurs complémentaires ? 53
3. le jeu d’indicateurs replacé dans le modèle PER 54
Partie III : Vers un observatoire de la biodiversité en milieu agricole… fondé sur un réseau
d’agriculteurs volontaires 55
1. L’objectif d’un observatoire national 57
2. La phase de test 58
a. Objectifs 58
b. Les observateurs 58
3. L’organisation de la récolte des données 58
a. Quelles informations récolter à quelle échelle ? 58
b. Récolter les données naturalistes 59
c. Récolter les données agricoles et paysagères 60
Conclusion générale 61
Perspectives 62
Bibliographie 63
Annexes :
Annexe 1 : Recensement des principaux indicateurs agri-environnementaux ayant un lien avec
la biodiversité
Annexe 2 : Etat des lieux des méthodes et diagnostics environnementaux en milieu agricole
Annexe 3 : Tableau d’équivalence des BCAE (en cours de validation)
Annexe 4 : Proposition de fiches de synthèse des indicateurs à l’échelle de l’exploitation et à
l’échelle nationale (ou régionale).
Document annexe : les fiches protocoles

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Table des tableaux et illustrations :
Tableau 1 : quels taxons semblent les plus pertinents pour évaluer certains paramètres 11
Tableau 2 : le jeu d’indicateurs 27
Tableau 3 : la récolte des informations, échelles et nature des données 59
Schéma 1 : le modèle PER appliqué à l’évaluation de la biodiversité en milieu agricole 14
Schéma 2 : la construction d’un indicateur direct de biodiversité 15
Schéma 3 : Qualité et quantité des données en fonction du public d’observateurs 16
Schéma 4 : représentation des différents plans d’échantillonnage 18
Schéma 5 : les races animales locales en France et dans le monde selon les données de
l’organisation des nations unies pour l’alimentation et l’agriculture 32
Schéma 6 : indicateur STOC, évolution d’abondance des oiseaux communs 35
Schéma 7 : représentation possible de l’indicateur « liste rouge » pour les oiseaux des
milieux agricoles 46
Schéma 8 : organisation simplifiée des principaux acteurs de l’observatoire 56
Schéma 9 : les trois étapes de l’élaboration du futur observatoire 57
Schéma 10 : synthèse des informations à récolter et des supports nécessaires 60