2. Gènes et protéines

2. Gènes et protéines
BIOINFORMATIQUE : GÉNOMES ET ALGORITHMES
François
Rechenmann
• La séquence est-elle un bon modèle de l’ADN ?
• Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire
• Le code génétique
• Un algorithme de traduction
• Implémenter le code génétique
• Algorithmes + structures de données = programmes
• Les compromis de la conception d’algorithmes
• Les technologies de séquençage de l’ADN
• Le séquençage de génomes complets
• Comment trouver les gènes ?

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Annotation de génomes
• Prédiction des
! positions de gènes
! fonctions des protéines codées par ces gènes
• Un génome bactérien
! typiquement (E. coli) 4,5 Mb
! ≈ 4 500 gènes
• Un génome humain
! 3,5 Gb
! ≈ 20 000 gènes « seulement »

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De quelles connaissances disposons-nous ?
• Un gène (région codante) commence par un codon start : ATG
Mais
situé au sein d’une région codante, ATG code la méthyonine
• Un gène se termine toujours par un des 3 codons stop : TAA, TAG, TGA
• Un codon stop ne peut pas apparaître au sein d’une région codante
Mais
des triplets start et stop peuvent apparaître en dehors des régions codantes,
les dites « régions inter-géniques »

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Et ce n’est pas tout !
• Une région codante est une succession de triplets, alors appelés codons
! Les codons start et stop doivent être espacés d’un nombre de bases multiple de 3
• Il y a trois manières de grouper 3 par 3 les bases d’une séquence, en
commençant soit :
1. par la base i
2. par la base i+1
3. par la base i+2

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Et ce n’est pas tout !
• Une région codante est une succession de triplets, alors appelés codons
! Les codons start et stop doivent être espacés d’un nombre de bases multiple de 3
• Il y a trois manières de grouper 3 par 3 les bases d’une séquence, en
commençant soit :
1. par la base i
2. par la base i+1
3. par la base i+2
CCTAGCTAATTGCTATTAATTGTGTCATGACGTCTAG
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