Evaluation de la qualité écologique des marais atlantiques à usage

Service du Patrimoine Naturel
Département Milieux et Peuplements Aquatiques
Fanny Lepareur
Pierre Noël
Evaluation de la qualité
écologique des marais
atlantiques à usage aquacole
en Charente-Maritime
Rapport SPN 2010/ 2 janvier 2010
Lettre de commande n°2008/DIREN/MC/167/181

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Crédit photographique pour tout le document (sauf indication contraire) : © Fanny Lepareur.
Ce document doit être cité de la façon suivante :
Lepareur F. & Noël P., 2009. Evaluation de la qualité écologique des marais atlantiques à
usage aquacole en Charente-Maritime. Rapport SPN 2010/ 2, MNHN, Paris, 113 pages.

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Sommaire
Introduction.............................................................................................................................6
1ère Partie : CONTEXTE NATUREL ET HUMAIN DES MARAIS CHARENTAIS
1 Les marais côtiers atlantiques français et les marais côtiers charentais ..............8
2 Les marais de la Seudre.................................................................................................9
2.1 Le paysage et son évolution................................................................................... 9
2.2 Les usages professionnels actuels ....................................................................... 10
2.2.1 La saliculture.................................................................................................. 10
2.2.2 L’ostréiculture................................................................................................ 10
2.2.3 La pisciculture extensive .............................................................................. 11
2.2.4 L’agriculture................................................................................................... 11
2.2.5 Les activités de loisirs ................................................................................... 11
2.3 Les enjeux environnementaux............................................................................. 12
3 Les marais de l’île de Ré..............................................................................................14
3.1 Le paysage et son évolution................................................................................. 14
3.2 Les usages professionnels actuels ....................................................................... 14
3.2.1 La saliculture.................................................................................................. 14
3.2.2 L’ostréiculture................................................................................................ 14
3.2.3 La pisciculture marine intensive ................................................................. 15
3.2.4 L’agriculture................................................................................................... 15
3.2.5 Les activités de loisirs ................................................................................... 15
3.3 Les enjeux environnementaux............................................................................. 15
4 La typologie des bassins à usage aquacole..............................................................18
4.1 Les claires de sartières .......................................................................................... 18
4.2 Les claires endiguées............................................................................................. 19
4.3 Les fossés à poissons............................................................................................. 20
Résumé ...................................................................................................................................20

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2ème Partie: DESCRIPTION ET EVALUATION DU PATRIMOINE NATUREL DES
MARAIS CHARENTAIS A USAGE AQUACOLE
Chapitre 1: Définitions, objectifs et méthodologie .......................................................22
1 Définitions de l’habitat ...............................................................................................22
2 Définition de l’état de conservation d’un habitat..................................................23
3 Objectifs de l’étude......................................................................................................23
4 La zone d’étude et les sites prospectés .....................................................................24
4.1 Les exploitations ostréicoles ................................................................................ 24
4.2 Les sites non exploités .......................................................................................... 24
5 La réalisation de l’étude..............................................................................................27
5.1 Son déroulement.................................................................................................... 27
5.2 Témoignages et discussions avec les différents acteurs concernés par le
contexte ............................................................................................................................... 27
5.3 Relevés des paramètres physico-chimiques...................................................... 27
5.4 Prélèvement et traitement des échantillons....................................................... 28
5.4.1 La flore terrestre ............................................................................................ 29
5.4.2 La flore aquatique.......................................................................................... 29
5.4.3 La faune des bosses, des abotteaux et des digues .................................... 30
5.4.4 La faune aquatique vagile et benthique épigée ........................................ 30
5.4.5 La faune aquatique benthique endogée ..................................................... 31
6 Méthodes d’analyses....................................................................................................31
6.1 Identification des espèces..................................................................................... 31
6.2 Recherches bibliographiques............................................................................... 32
6.3 Analyses de données............................................................................................. 32
6.3.1 Richesse spécifique........................................................................................ 32
6.3.2 Estimation des groupes écologiques du benthos marin.......................... 33
6.3.3 Etude de la végétation .................................................................................. 33
6.3.4 Analyse statistique ........................................................................................ 33
6.3.5 Caractérisation des habitats......................................................................... 33
Chapitre 2 : La Flore et la Faune terrestres dans les marais charentais......................34
1 Les espèces terrestres sur les bosses des marais charentais.................................34
Diagnostic écologique....................................................................................................... 37
2 La Flore terrestre halophile dans les marais charentais........................................38
Diagnostic écologique....................................................................................................... 44
3 L’avifaune dans les marais charentais......................................................................45

4
Chapitre 3 : L’habitat 1150* « Lagunes côtières » dans les marais charentais...........46
1 Définition de l’habitat prioritaire 1150* et son état de conservation .................46
2 Les herbiers à Ruppia spp. ..........................................................................................48
2.1 L’Alliance Ruppion maritimae et le rôle des herbiers dans les lagunes........... 48
2.2 Espèces présentes dans les marais charentais................................................... 49
2.3 Reproduction et écologie des Ruppia spp. et leur gestion dans les bassins
exploités .............................................................................................................................. 50
3 La Faune aquatique inféodée aux lagunes ..............................................................52
3.1 Ecologie et recrutement des espèces animales vivant dans les lagunes
côtières ................................................................................................................................ 52
3.2 Les espèces aquatiques inféodées aux lagunes dans les marais charentais.. 53
4 Les communautés aquatiques des marais charentais............................................54
4.1 Peuplement spécifique.......................................................................................... 54
4.2 Description des communautés et caractérisation des habitats ....................... 57
Discussion..............................................................................................................................59
Conclusions générales.........................................................................................................63
Bibliographie.........................................................................................................................65
Glossaire.................................................................................................................................69
Acronymes...............................................................................................................................73