Web 3 Fiche 3

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Web 3 Fiche 3.1
PRINCIPAUX PHYLUMS CHEZ LES BACTÉRIES
J. Bodilis
1- PHYLUM ACIDOBACTERIA
Gram négatif, chimio-organotrophe, certaines souches sont acidophiles
Peu de souches sont cultivables, donc les propriétés phénotypiques sont encore peu connues
Habitat : sol et sédiments
Deux classes (Acidobacteria et Holophagae). La classe Acidobacteria contient un seul ordre
(Acidobacteriales) et une seule famille (Acidobacteriaceae). La classe Holophagae contient
deux ordres (Acanthopleuribacterales et Holophagales) contenant chacun une famille
(Acanthopleuribacteraceae et Holophagaceae, respectivement).
La première espèce de ce phylum (Acidobacterium capsulatum) n’a été caractérisée qu’en 1991
2- PHYLUM ACTINOBACTERIA
Gram positif, haut pourcentage en GC, aérobie ou anaérobie
Forme cellulaire : coque ou bacille unicellulaire ou filamenteux (d’où la mauvaise classification,
avant la classification moléculaire, parmi les Fungi).
Habitat : dominant dans le sol mais aussi présent en milieu aquatique terrestre
Les bactéries de ce phylum sont des gros producteurs d’antibiotiques, dégradeurs de
xénobiotiques, certains pathogènes (homme, animaux)

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Une seule classe (Actinobacteria) qui comprend 5 sous-classes (Acidimicrobidae,
Actinobacteridae, Coriobacteridae, Nitriliruptoridae Rubrobacteridae), 10 ordres, 13 sous-
ordres
La plus grande diversité du phylum, dont les genres les plus étudiés appartiennent à la sous-
classe des Actinobacteridae, est l’ordre des Actinomycetales. Nous pouvons citer les genres
Streptomyces (beaucoup d’espèces telluriques, très gros producteurs d’antibiotiques),
Mycobacterium (des espèces pathogènes comme M. tuberculosis ou M. leprae), Cellulomonas
(dégradeur de la cellulose), Nocardia (des espèces pathogènes des animaux), Frankia
(symbionte racinaire des plantes), Bifidobacterium (des espèces du tube digestif humain)
3- PHYLUM AQUIFICAE
Gram négatif, autotrophes, aérobie, microaérobie ou anéerobie
Les premiers représentants connus consomment de l’hydrogène (donneur d’électrons) pour
réduire le dioxygène (production d’eau)
Hyper-thermophile (entre 80 °C et 95 °C)
Habitat : sources chaudes marines ou terrestres
Une seule classe (Aquificae), un seul ordre (Aquificales), trois familles (Aquificaceae,
Desulfurobacteriaceae, Hydrogenothermaceae)
Genres principaux : Aquifex, Calderobacterium, Hydrogenobacter, Thermocrinis
Situé à la base des Bacteria dans la plupart des phylogénies moléculaires : il a été suggéré que
ce phylum serait la plus ancienne lignée des Bacteria, ayant conservé des caractéristiques
supposées ancestrales comme l’hyper-thermophilie. Mais controverse, à la fois sur leur position
basale et sur le caractère hyper-thermophile du dernier ancêtre commun de l’ensemble des
organismes vivants (LUCA)
4- PHYLUM ARMATIMONADETES
Gram négatif, aérobie
Peu de souches sont cultivables, donc les propriétés phénotypiques sont encore peu connues
Habitat : seulement 3 espèces cultivées dans des environnements très différents (rhizosphère,
source géothermale)
3 classes (Armatimonadia, Chthonomonadetes, Fimbriimonadia) ayant chacune un ordre, une
famille et un genre (respectivement : Armatimonas, Chthonomonas, Fimbriimonas)
La première espèce de ce phylum (Armatimonas rosea) n’a été cultivée et caractérisée qu’en
2011

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5- PHYLUM BACTEROIDETES
Gram négatif, aérobie ou anaérobie, hétérotrophe
Présente une grande diversité phénotypique
Habitat : sol, eau, sédiment ou flore intestinale
4 classes (Bacteroidia, Cytophagia, Flavobacteriia, Sphingobacteriia), chacune contenant un
ordre et se partageant 18 familles
Les genres les plus connus sont : Bacteroides (flore intestinale, certaines espèces sont
pathogènes opportunistes), Sphingobacterium et Flavobacterium (dégradation de xénobiotiques
et de polluants organiques)
6- PHYLUM CALDISERICA
Gram négatif, anaérobie, thermophile, réduit le thio-sulfate
Habitat : sources géothermales (mais détection moléculaire dans de nombreux environnements)
Une seule classe (Caldisericia), un seul ordre (Caldisericales), une seule famille
(Caldisericaceae), et seul genre (Caldisericum)
La première espèce de ce phylum (Caldisericum exile) n’a été cultivée et caractérisée qu’en
2009
7- PHYLUM CHLAMYDIAE
Gram negatif, chimi-organotrophe
Habitat : pathogènes parasites obligatoires intracellulaires
Une seule classe (Chlamydiae), un seul ordre (Chlamydiales) et 4 familles (Chlamydiaceae,
Parachlamydiaceae, Simkaniaceae, Waddliaceae)
Le genre le plus étudié est Chlamydia (infections pulmonaires et uro-génitales)
8- PHYLUM CHLOROBI
Gram négatif, phototrophe anoxygénique, sulfo-oxydant
Bactériochlorophylle c, d ou e
Deux classes (Chlorobia, Ignavibacteria), chacune possédant un ordre et une famille
(respectivement Chlorobiaceae et Ignavibacteriaceae)

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Le genre le plus étudié est Chlorobium.
9- PHYLUM CHLOROFLEXI
Gram négatif, photosynthétique anoxygénique, certains membres étant aérobies
Habitat : aquatique chaud anoxique, exposé à la lumière (sources thermales)
Forme des filaments multicellulaires en tapis microbiens ou sous forme planctonique
Six classes (Anaerolineae, Caldilineae, Chloroflexia, Dehalococcoidia, Ktedonobacteria,
Thermomicrobia), qui se répartissent 9 ordres, et 12 familles
Remaniement taxonomique récent. Susceptible de nouvelles modifications
Les classes Anaerolinea et Thermomicrobia (anciennement un phylum) sont les deux classes les
plus connues
L’ordre des Chloroflexales (classe Anaerolinea) contient essentiellement des bactéries
photosynthétiques (bactériochlorophylle a ou c, et des caroténoïdes)
10- PHYLUM CHRYSIOGENETES
Gram négatif, respiration anaérobie
Donneur d’électrons : arséniate
Mésophile
Bacille incurvé
Une seule classe (Chrysiogenetes), un seul ordre (Chrysiogenetales), une seule famille
(Chrysiogenetaceae) et 3 genres décrits pour l’instant (Chrysiogenes, Desulfurispira,
Desulfurispirillum)
11- PHYLUM CYANOBACTERIA
Gram négatif, photosynthétique oxygénique (produisant du dioxygène), certaines sont fixatrices
d’azote
Les chloroplastes des plantes et des algues seraient issus d’un événement endosymbiotique il y a
environ 1,5 milliard d’années à partir d’une bactérie de ce phylum
Multicellulaire filamenteux en tapis bactériens ou unicellulaire planctonique
Contient de la chlorophylle a ou b, des caroténoïdes, des phycobilines ou des biliprotéines
(pigmentation bleue-vert foncé)

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Habitat : eau de surface ou surface humide exposée à la lumière
Certaines espèces (genre Anabaena ou Nostoc) sont en symbiose avec les Fungi (pour former le
lichen)
Certaines espèces sont pathogènes pour les animaux en sécrétant des toxines (toxi-infection)
comme Microcystis spp.
Le classement interne de ce phylum n’est pas encore consensuel. Ainsi les cyanobactéries ont
pendant longtemps été classées dans les algues (et le sont toujours pour les botanistes !), à cause
de leur activité photosynthétique oxygénique. Le phylum est ainsi, pour l’instant, divisé en 5
« sous-sections » qui se répartissent une soixantaine de genres
- La sous-section 1 contient des genres unicellulaires, dont Microcystis et Prochlorococcus (très
abondant dans le phytoplancton marin des zones océaniques oligotrophes)
- La sous-section 2, structures coloniales
- La sous-section 3, filamenteuses
- La sous-section 4, filamenteuses avec des hétérocystes (différenciation cellulaire non
photosynthétique possédant une nitrogénase fixatrice d’azote moléculaire)
- La sous-section 5, filamenteuses ramifiées
12- PHYLUM DEFERRIBACTERES
Gram négatif, anaérobie, respiration du nitrate, du fer, du manganèse ou du cobalt
Ce sont des bacilles droits ou incurvés
Habitat : sédiments marins et réservoirs pétroliers
Une seule classe (Deferribacteres), un seul ordre (Deferribacterales), une seule famille
(Deferribacteraceae)
Genres principaux : Deferribacter, Geovibrio
13- PHYLUM DEINOCOCCUS-THERMUS
- L’ordre Deinococcales avec une deux familles (Deinococcaceae, Trueperaceae) et trois
genres, dont Deinococcus
Gram positif, aérobie, chimio-organotrophe, mésophile
Présence d’une paroi épaisse comme les Bactéries à Gram positif, mais également une
membrane externe. La coloration est toutefois positive (violette)