Analyse fonctionnelle d`effecteurs de virulence de nématodes à

Proposition de Stage :
Analyse fonctionnelle d’effecteurs de virulence de nématodes à galles
Meloidogyne incognita chez le riz (Oryza sativa).
Nous recherchons un(e) stagiaire de niveau Master 1 pour effectuer un stage de 4 mois dans
notre unité RPB, équipe effecteurs et cibles.
Mots clefs :
Riz, nématode phytoparasite, interactions plantes-pathogènes, effecteurs, analyse
fonctionnelle.
Localisation/ Contacts :
Centre IRD
UMR RPB ; Av. Agropolis - BP 64501
F-34394 Montpellier Cedex 5
[email protected]
Contexte :
Un domaine majeur de recherche en phytopathologie concerne la compréhension des
mécanismes qui régissent les interactions plantes‐agents pathogènes. Aujourd'hui ce domaine
d'étudeestrelativementbiendocumentépourdespathogènestelsquebactéries,champignons
etoomycèteseninteractionaveclaplantemodèleArabidopsis(Hogenhoutetal.,2009)maisle
défiàvenirestdepouvoircomprendrecesmécanismesdansdespatho‐systèmes plus
complexesetconcernantdesplantesd'intérêtagronomiquetelqueleriz.C'estdanscecontexte
quel'UMRRBPestimpliquéedansunprogrammederecherchevisantàmieuxcomprendreles
mécanismesd’interactionhôte‐parasiteentrelesnématodesàgallesdugenreMeloidogyneetle
riz(Oryzasativa).
L’associationintimedesnématodesaveclesplantesdépenddirectementdesystèmesde
reconnaissances moléculaires complexes.Parmilesmoléculesimpliquées, les protéines
effectricesduparasitesontdesmoléculessecrétéesparlesnématodesdanslaplanteafind’en
manipuler les fonctions et structures cellulaires, facilitant ainsi le développement du parasite
(Hussey, 1989; Davis et al., 2008, Bellafiore et Briggs 2010). Notre équipe «Effecteurs et
Cibles» s’intéresse à la caractérisation des protéines du nématode secrétées dans les cellules

végétalesafind’identifierleseffecteursresponsablesdelavirulencechezlerizetderechercher
lescomposantsdelaplantequisontlacibledeceseffecteurs.
Objectifs :
Ce stage s’inscrit ainsi dans la caractérisation fonctionnelle d’effecteurs de nématodes
préalablement identifiés dans une analyse du sécrétome du nématode au stade J2 (Bellafiore et
al., 2008). Ces effecteurs ont été sélectionnés de par leur forte représentation dans les
sécrétions du nématode, la présence d’un peptide signal et par leur faible taille pouvant
potentiellement faciliter leur aptitude à être sécrétés et véhiculés dans la plante. Huit
effecteurs ont ainsi été sélectionnés et notre objectif et de découvrir leur(s) fonction(s) au
cours de l’infection. Nous avons montré par expression transitoire que deux d’entre eux, SP1
et SP2, sont localisés dans les noyaux que ce soit dans des cellules épidermiques d’oignons ou
dans des cellules de mésophylle de tabac.
L‘étudiant(e) participera à la construction de vecteurs qui seront utilisés pour
construire des plants de riz exprimant SP1 et SP2 sous le contrôle d’un promoteur inductible.
Ces plantes nous permettrons de déterminer quelles sont les voies régulées par ces deux
effecteurs nucléaires (IRD-LMI Vietnam). L’étudiant testera deux anticorps, l’un dirigé
contre la protéine SP1 (anticorps polyclonaux anti-peptide) et l’autre contre la protéine SP2
(anticorps polyclonaux anti-SP2). Ces anticorps permettront de réaliser l’immunolocalisation
de ces deux protéines lors de l’infection. Une approche de double hybride nous a permis de
montrer une interaction entre l’effecteur SP3 et la protéine OBE1 d’Arabidopsis thaliana,
protéine impliquée dans le maintien des méristèmes au niveau des racines. Nous avons choisi
de chercher à confirmer cette interaction par une technique de BiFC consistant à reconstituer
l’activité GFP si l’interaction OBE1-SP3 a lieu. L’étudiant participera à ce travail et à la
construction d’une banque double hybride en réalisant une cinétique d’infection sur riz.