Analyse fonctionnelle d`effecteurs de virulence de nématodes à
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Proposition de Stage : Analyse fonctionnelle d’effecteurs de virulence de nématodes à galles Meloidogyne incognita chez le riz (Oryza sativa). Nous recherchons un(e) stagiaire de niveau Master 1 pour effectuer un stage de 4 mois dans notre unité RPB, équipe effecteurs et cibles. Mots clefs : Riz, nématode fonctionnelle. phytoparasite, interactions plantes-pathogènes, effecteurs, analyse Localisation/ Contacts : Centre IRD UMR RPB ; Av. Agropolis - BP 64501 F-34394 Montpellier Cedex 5 [email protected] Contexte : Un domaine majeur de recherche en phytopathologie concerne la compréhension des mécanismes qui régissent les interactions plantes‐agents pathogènes. Aujourd'hui ce domaine d'étudeestrelativementbiendocumentépourdespathogènestelsquebactéries,champignons etoomycèteseninteractionaveclaplantemodèleArabidopsis(Hogenhoutetal.,2009)maisle défi à venir est de pouvoir comprendre ces mécanismes dans des patho‐systèmes plus complexesetconcernantdesplantesd'intérêtagronomiquetelqueleriz.C'estdanscecontexte quel'UMRRBPestimpliquéedansunprogrammederecherchevisantàmieuxcomprendreles mécanismesd’interactionhôte‐parasiteentrelesnématodesàgallesdugenreMeloidogyneetle riz(Oryzasativa). L’associationintimedesnématodesaveclesplantesdépenddirectementdesystèmesde reconnaissances moléculaires complexes. Parmi les molécules impliquées, les protéines effectricesduparasitesontdesmoléculessecrétéesparlesnématodesdanslaplanteafind’en manipuler les fonctions et structures cellulaires, facilitant ainsi le développement du parasite (Hussey, 1989; Davis et al., 2008, Bellafiore et Briggs 2010). Notre équipe «Effecteurs et Cibles» s’intéresse à la caractérisation des protéines du nématode secrétées dans les cellules végétalesafind’identifierleseffecteursresponsablesdelavirulencechezlerizetderechercher lescomposantsdelaplantequisontlacibledeceseffecteurs. Objectifs : Ce stage s’inscrit ainsi dans la caractérisation fonctionnelle d’effecteurs de nématodes préalablement identifiés dans une analyse du sécrétome du nématode au stade J2 (Bellafiore et al., 2008). Ces effecteurs ont été sélectionnés de par leur forte représentation dans les sécrétions du nématode, la présence d’un peptide signal et par leur faible taille pouvant potentiellement faciliter leur aptitude à être sécrétés et véhiculés dans la plante. Huit effecteurs ont ainsi été sélectionnés et notre objectif et de découvrir leur(s) fonction(s) au cours de l’infection. Nous avons montré par expression transitoire que deux d’entre eux, SP1 et SP2, sont localisés dans les noyaux que ce soit dans des cellules épidermiques d’oignons ou dans des cellules de mésophylle de tabac. L‘étudiant(e) participera à la construction de vecteurs qui seront utilisés pour construire des plants de riz exprimant SP1 et SP2 sous le contrôle d’un promoteur inductible. Ces plantes nous permettrons de déterminer quelles sont les voies régulées par ces deux effecteurs nucléaires (IRD-LMI Vietnam). L’étudiant testera deux anticorps, l’un dirigé contre la protéine SP1 (anticorps polyclonaux anti-peptide) et l’autre contre la protéine SP2 (anticorps polyclonaux anti-SP2). Ces anticorps permettront de réaliser l’immunolocalisation de ces deux protéines lors de l’infection. Une approche de double hybride nous a permis de montrer une interaction entre l’effecteur SP3 et la protéine OBE1 d’Arabidopsis thaliana, protéine impliquée dans le maintien des méristèmes au niveau des racines. Nous avons choisi de chercher à confirmer cette interaction par une technique de BiFC consistant à reconstituer l’activité GFP si l’interaction OBE1-SP3 a lieu. L’étudiant participera à ce travail et à la construction d’une banque double hybride en réalisant une cinétique d’infection sur riz.
