Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 MAJ : jJuillet 2010 SYLLABUS MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIES ET SANTE Mention MICROBIOLOGIE AGROBIOSCIENCES (MABS) Année universitaire 2010/2011 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 1 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 2 SOMMAIRE Master Première année MABS ……………… Page 05 Master 2R spécialité Biosciences Végétale…… Page 23 Master 2R spécialité Diagnostic Microbiologique : Approches Innovantes …………………………………… Page 29 Master 2P spécialité Microbiologie ………….. Page 39 Master Agrofood Chain……………………………..…. Page 43 AVERTISSEMENT Les informations données dans le présent syllabus sont susceptibles d’être modifiées sans préavis (mises à jour des coordonnées des enseignants responsables, corrections d’erreurs, prise en compte d’un changement d’habilitation, …) En cas de doute, il est conseillé de consulter la dernière version du syllabus (disponible sur le site internet de l’Université Paul Sabatier - www.ups-tlse.fr à la page consacrée à l’UFR SVT), de se rapprocher des enseignants responsables ou des secrétariats pédagogiques. En cas de constatation d’erreurs, vous pouvez envoyer un mel à l’adresse suivante : [email protected]. Merci de votre compréhension. - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 3 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 4 Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 SYLLABUS Master 1 Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 5 Master 1ère année, mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) Enseignant Responsable : Bernard MARTIN : LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 9 : 05 61 33 59 77 : [email protected] Secrétariat pédagogique : Nicole PEREZ : LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse Cedex 9 : 05 61 33 58 98 : [email protected] Conditions d'admission : Accès de plein droit aux étudiants titulaires d'une Licence mention Sciences de la Vie et de la Santé de l’Université Paul Sabatier. Pour tout autre cursus, l’inscription sera soumise à l’approbation de la commission de validation mandatée par l’équipe de pilotage de la mention. Schéma des études : 3 parcours sont proposés, à choisir selon l’orientation M2 souhaitée. SEMESTRE 7 UE OBLIGATOIRES Parcours 1 : Microbiologie Génétique 3M7MA1M Génomique des plantes et des microorganismes 6 ECTS 3M7MA5M Ingénierie moléculaire des microorganismes 6 ECTS 3M7MA6M Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes 6 ECTS 3M7BT11M Biochimie et Physiologie Microbienne 6 ECTS Parcours 2 : Biologie et Biotechnologie Végétales 3M7MA1M Génomique des plantes et des microorganismes 6 ECTS 3M7MA7M Biologie du développement des plantes 6 ECTS 3M7MA8M Interaction plantes microorganismes 6 ECTS 3M7MA9M Génomique fonctionnelle végétale 6 ECTS Parcours 3 : Qualité et sécurité des aliments 3M7MA1M Génomique des plantes et des microorganismes 6 ECTS 3M7MA5M Ingénierie moléculaire des microorganismes 6 ECTS 3M7MA13M Diagnostics moléculaires des microorganismes 6 ECTS UE A CHOIX SELON LES PARCOURS Parcours 1 (1 U.E. obligatoire parmi) 3M7MA13M Diagnostics moléculaires des microorganismes 6 ECTS 3M7MA14M Les levures : modèles en biologie santé, outils en biotechnologie 6 ECTS Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS Parcours 2 (1 U.E. obligatoire parmi) 3M7MA10M Approches pluridisciplinaires de l'adaptation des végétaux 6 ECTS Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS Parcours 3 (2 U.E. obligatoires parmi) 3M7MA6M 3M7MA14M Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes 6 ECTS Les levures : modèles en bio santé, outils en biotechnologie 6 ECTS Autre UE de semestre 7 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS SEMESTRE 8 U.E. OBLIGATOIRES pour les 3 parcours 3M8MA4M Stage d'initiation à la recherche 3M8MALM UE de Langue (anglais scientifique) 12 ECTS 3 ECTS U.E. OBLIGATOIRES selon parcours 3M8MA2M Stratégies infectieuses des microorganismes (pour les parcours 1 & 2) 6 ECTS UL6GA3M Nutrition et alimentation (pour le parcours 3) 6 ECTS U.E. d'ouverture conseillée pour les 3 parcours 3M8MA3M Elaboration et conduite de projet scientifique 3 ECTS 1 UE OBLIGATOIRE A CHOIX Parcours 1 : Microbiologie Génétique 3M8MA11M Signalisation et régulation génique chez microorganismes et les plantes 6 ECTS 3M8MA12M Régulation génique, modèlisation et bases de données 6 ECTS 3M8ELK Ecologie microbienne et applications environnementales 6 ECTS Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS Parcours 2 : Biologie et Biotechnologie Végétales 3M8MA11M 3M8ELS Signalisation et régulation génique chez microorganismes et les plantes 6 ECTS Microorganismes parasites et symbiotes des végétaux 6 ECTS Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS Parcours 3 : Qualité et sécurité des aliments 3M8BT14M 3M8ELM Biochimie analytique et quantitative 6 ECTS Ecotoxicologie et évaluation des risques 6 ECTS Autre UE de semestre 8 du domaine STS de l'UFR SVT (sous réserve d'autorisation) 6 ECTS Débouchés en deuxième année de Master à l'U.P.S.: Le M1 MABS propose 7 débouchés masters M2 : 3 Masters Professionnels et 4 Masters Recherche. Consulter l'ensemble des M2R et M2P sur le site spécifique de la mention : http://www.mabs.ups-tlse.fr/ - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 6 MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME Année universitaire 2009/2010 CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MBIM0/71 RESPONSABLE: Bernard Martin INTITULE DU DIPLOME: M1 SVS mention : Microbiologie-Agrobiosciences Code Apogée Type UE Libellé UE Unité Enseignement (1) Nom du Responsable ECT S (2) PREMIERE SESSION CC (%) CP (%) SECONDE SESSION CT (%) TOTAL CC (%) CP (%) CT (%) TOTAL SEMESTRE 7 (3MBIM7I) 3M7MA1M Génomique des plantes et des microorganismes Ob JP Galaud 6 20 20 60 100 20 20 60 100 3M7MA13M Diagnostics moléculaires des microorganismes Op P Ritzenthaler 6 20 20 60 100 20 20 60 100 3M7MA14M Les levures : modèles en biologie-santé, outils en biotechnologies Op JP Gelugne, P Belenguer 6 50 50 100 50 50 100 3M7MA5M Ingénierie moléculaire des microorganismes Op P Ritzenthaler 6 20 20 60 100 20 20 60 100 3M7MA6M Cycle Cellulaire, développement et communautés bactériennes Op K Cam, B Martin 6 20 20 60 100 20 20 3M7MA7M Biologie du développement des plantes Op D Aldon 6 20 80 100 20 60 100 80 100 80 100 60 100 3M7MA9M Génomique fonctionnelle végétale Op S Rochange 6 20 30 50 100 20 3M7MA10M Approche pluridisciplinaire de l'adaptation des végétaux Op C Teulières 6 20 20 60 100 20 3M7BT11M Biochimie et physiologie microbienne 3M8MA2M Stratégies infectieuses des microorganismes Ob M Arlat, C Roux 6 20 80 100 20 80 100 UL6GA3M Nutrition et Alimentation Ob A Périquet 6 20 80 100 20 80 100 3M8MA3M Elaboration et conduite de projet scientifique Ob K Cam, V Cotelle 3 20 20 60 100 20 20 60 100 3M8MA4M Stage d'initiation à la recherche Ob K Cam, V Cotelle 12 20 20 60 100 20 20 60 100 Op A Vercellone SEMESTRE 8 (3MBIM8I) 6 20 cf fiche MCC dans le dossier de la mention BBT 3M8MA8M Interaction plantes-microorganismes : génétique et physiologie Op C. Jacquet 6 20 80 100 20 80 100 3M7MA11M Signalisation et régulation génique chez les microorganismes et les plantes Op C Gutierrez 6 20 80 100 20 80 100 3M8MA12M Régulation génique,modélisation et bases de données Op K Cam, G Fichant 6 50 100 25 50 100 Ecologie microbienne et applications environnementales Op F Garabétian 6 3M8ELMM Ecotoxicologie et évaluation du risque Op L Gauthier 6 80 100 3M8ELSM Microorganismes parasites et symbiotes des végétaux : du gène aux populations Op P Jargeat, C Roux 6 3M8BT14M Biochimie analytique quantitative Op JD Marty 6 3M8MALM anglais scientifique Ob MC Noailles-Pizzolato 3 3M8ELKM 25 25 25 cf fiche MCC dans le dossier de la mention Ecologie 20 80 100 20 Cette UE comprenant 3 sous UE, se référer au fichier descriptif de l'UE 20 20 60 100 20 20 60 cf UFR Langues (1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. Remarques: Le responsable du diplôme Le Président de l'Université Paul Sabatier B Martin - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - Professeur Gilles FOURTANIER 7 100 3M7MA1M - Génomique des plantes et des microorganismes Enseignant Responsable : Jean-Philippe Galaud UMR 5546 CNRS-UPS, Pôle de Biotechnologie végétale, 24 chemin de Borde-Rouge, BP 42617, 31326 Auzeville 05 34 32 38 28 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Coordonnées de l’enseignant responsable : Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS Cours TD 30 h 30 h TP Equipe pédagogique : Gwennaele Fichant, Elodie Gaulin, Matthieu Arlat, Pierre Ferrer Descriptif de l’UE Cours Historique, organisation et objectifs des programmes de génomique chez les plantes et les microorganismes Méthodes d’analyses des génomes - Structure physique, Structure génétique - Analyse d’expression des génomes - Protéomique, métabolomique - Analyse informatique - Métagénomique Organisation, évolution et données de génomique - chez les micro-organismes - chez les plantes - chez l’homme et les animaux - Comparaison des génomes TD - Illustration des approches exposées en cours par l'analyse de problématiques biologiques. - séances de TD sur ordinateur visant à illustrer les approches et démarches bioinformatiques décrites en cours, notamment: annotation de fragments génomiques procaryotes et eucaryotes, méthodes de clustering appliquées à l'analyse des biopuces, initiation à l'évolution moléculaire Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit CC TP Oral 20 CP 20 CT 40 20 Seconde session (en %) TOTAL Report* TOTAL 20 Oui >= 0/20 20 20 Oui >= 0/20 20 60 Ecrit 40 TP Oral 20 60 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 8 3M7MA5M - Ingénierie moléculaire des microorganismes Enseignant Responsable : Ritzenthaler Paul LMGM, 118 route de Narbonne, Bât. IBCG 05.61.33.58.25 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD 16 h Cours 24 h TP 20 h Equipe pédagogique : M.L. Mingot-Daveran, M. Lautier, P. Ritzenthaler, M.P. Castanie-Cornet. Objectif : sensibiliser les étudiants aux potentialités des microorganismes recombinants ou non dans les bio-productions et les familiariser avec les méthodologies permettant leur programmation génétique. Cours : Seront abordés les systèmes microbiens où les connaissances physiologiques et génétiques sont les plus développées, essentiellement chez les bactéries à Gram positif : bactéries lactiques, actinomycètes, bacillacées et clostridies. L’impact de la génomique fonctionnelle et comparative sur l’étude de ces bactéries sera développé, de même que les outils génétiques disponibles dans chaque système. Les concepts et les bases moléculaires sous-jacents aux propriétés biotechnologiques spécifiques à chaque système seront détaillées, en particulier : Interactions phages-bactéries, bactériocines et quorum sensing, protéolyse et nutrition azotée, métabolisme des sucres et répression catabolique, réponses adaptatives aux stresses, exportation et compartimentation des protéines, propriétés probiotiques, interactions avec la flore intestinale et le système immunitaire mucosale et applications dans le domaine de la santé pour les bactéries lactiques. Génétique des toxines insecticides chez les bactéries pathogènes d’insectes et leurs applications Ingénierie métabolique pour les métabolites primaires chez les Corynebactéries et Clostridies . Biosynthèse des antibiotiques chez les Streptomyces et développement de nouveaux agents antibactériens Bioconversions - Biofilms. Biodégradation des xénobiotiques chez les Pseudomonas. Enseignements Pratiques et dirigés : Les TP prennent principalement comme système modèle les bactéries lactiques et concernent la construction d’un vecteur d’expression, les transferts de gènes, la production de bactériocines, la lysogénie et la résistance aux phages. Une partie des T.D. comprend l’analyse de publications scientifiques en langue anglaise. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit TP CC Oral 20 CP 20 CT 60 Total Seconde session (en %) TOTAL Report* TOTAL 20 Oui >= 0/20 20 20 Oui >= 0/20 20 60 Ecrit TP Oral 60 60 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 9 3M7MA6M - Cycle Cellulaire, Développement et Communautés Bactériennes Enseignant Responsable : Kaymeuang CAM et Bernard MARTIN IPBS, 205 route de Narbonne, LMGM/IBCG, 118 route de Narbonne, 05.61.17.59.78/05.61.33.59.77 [email protected], [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS COURS TD 30 h 30 h Equipe Pédagogique : M. Prudhomme, F. Pasta, B. Martin, C. Gutierrez, K. Cam, G. Fichant Programme Mots clés : cycle cellulaire, biofilm, cannibalisme, quorum sensing Modèles d’étude : Bactéries (E. coli, B. subtilis, P. aeruginosa, S. pneumoniae, C. crescentus…) Objectif pédagogique : donner une vision intégrée et moléculaire de la vie bactérienne à l’échelle cellulaire et communautaire Cours : Cet enseignement présentera dans un première partie une vision intégrée, dynamique et moléculaire du cycle cellulaire bactérien. Une deuxième partie sera consacrée à l’analyse génétique et moléculaire du développement bactérien, expression prise dans son sens le plus large. En particulier seront abordés l’étude des communautés bactériennes (les biofilms, un problème majeur pour la santé publique et l’économie), le rôle de l’hétérogénéité à l’intérieur des populations bactériennes (état bistable, cannibalisme…) et l’importance des systèmes de transduction du signal. Travaux Dirigés : Les travaux dirigés viendront compléter le cours par des discussions portant sur l’analyse de publications scientifiques ou de sujets d’examen les plus pertinents. Conditions d’admission : Il est fortement conseillé d’avoir suivi les enseignements de génétique moléculaire bactérienne en L3 Modalités de contrôle des connaissances : Nature Première session (en %) Epreuve Ecrit TP Oral Seconde session (en %) TOTAL Ecrit TP Oral Report* TOTAL 20 20 CC 20 20 Oui >= 0/20 CP 20 20 Oui >= 0/20 CT 60 60 60 60 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 10 3M7MA7M - Biologie du Développement des plantes Enseignant responsable : Didier Aldon UMR CNRS UPS 5546 – Pôle de Biotechnologie Végétale BP42617 Auzeville – 31326 Castanet-Tolosan 05 34 32 38 43 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Cours 30 h Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD 16 h TP 14 h Equipe pédagogique : D. Aldon, A.M. Boudet, C. Digonnet, L. Hoffmann, S. Rochange, R. Pont-Lezica. Le développement des plantes comprend, à partir d’une cellule initiale, la croissance qui donnera au végétal sa forme, sa taille définitive et la différenciation qui va conduire à la spécialisation de tissus et d’organes. Ces différents évènements, qui se déroulent au cours du cycle de développement, permettent à la fois une vie autonome et une capacité de propagation de l’espèce. L’objet de se module est d’approfondir le déterminisme de ces étapes à l’échelle moléculaire et cellulaire en les replaçant au niveau de l’organisme entier et en soulignant l’influence du milieu qui joue un rôle crucial dans le développement du végétal. Les contrôles génétiques qui sous-tendent les transitions du développement seront présentées et les rôles des signaux hormonaux et des photorécepteurs seront particulièrement abordés en insistant sur les spécificités de l’organisme végétal et sur les interactions croisées (cross-talk) entre différentes voies de signalisation. Les grandes transitions dans la vie du végétal germination, dormance, floraison, fécondation, sénescence de même que les facteurs les contrôlant seront décrites à la lumière des avancées technologiques récentes (mutants, transgenèse…). Ces données seront finalement intégrées dans le cadre des objectifs de la production végétale. Travaux Dirigés Ils concerneront : (i) Des approfondissements thématiques et méthodologiques : Reproduction ; approches génétiques du développement, Développement et milieu … (ii) Des exposés « guidés » des étudiants sur des problèmes d’interface entre avancées scientifiques liées au module et problèmes concrets à impacts économiques et sociétaux. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Première session (en %) Epreuve Ecrit CC TP 20 Oral Seconde session (en %) TOTAL Ecrit 20 TP Oral Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 CP CT 80 80 80 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 11 3M7MA9M - Génomique Fonctionnelle Végétale Enseignante Responsable : Soizic ROCHANGE UMR UPS/CNRS 5546, Pôle de biotechnologie végétale, 24 chemin de Borderouge, 31326 Castanet 05 34 32 38 31 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD 24h Cours 24h TP 12h Equipe pédagogique : S. Rochange, J.P. Galaud, V. Pacquit, V. Cotelle Descriptif de l’UE ENSEIGNEMENTS THEORIQUES : . Les approches de mutagenèse : Création de mutants. Analyse fonctionnelle en génétique "forward" (du phénotype vers le gène) et "reverse" (du gène vers la fonction). Méthodes de validation. Clonage positionnel, TILLING. Utilisation de banques de mutants et d'autres banques d'insertion. . Mécanismes épigénétiques de régulation de l'expression génique : Silencing, RNAi ARNs non codants : miRNA, siRNA Les travaux dirigés permettront d'illustrer les approches développées en cours et leur intégration dans les stratégies de recherche. Ils seront basés sur des questions biologiques concrètes (ex perception et transduction de signaux, résistance aux stress, développement, interactions avec des micro-organismes et virus), à travers l'analyse de publications. ENSEIGNEMENTS PRATIQUES : Mise en oeuvre de la RT-PCR quantitative pour l'analyse de mutants chez Arabidopsis thaliana. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Première session (en %) Epreuve Ecrit CC CP 30 CT 30 Seconde session (en %) TP Oral TOTAL 10 10 20 Report* TOTAL 20 Oui >= 0/20 20 30 Non 50 Ecrit 60 TP Oral 20 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 12 3M7MA10M - Approche pluridisciplinaire de l’adaptation des végétaux (APAV) Enseignante Responsable : Chantal TEULIERES UMR 5546 Pôle Biotechnologie Végétale, Auzeville, [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD TP 12 h 12 h COURS 30 h Enseignement délocalisé 6h Equipe Pédagogique : D. Aldon, C. Andalo, G. Bécard, A. Graziana, T. Lamaze, C. Marque, C. Teulières, C. Thébaud. Cours : Ce module fait intervenir plusieurs disciplines complémentaires du domaine végétal pour disséquer, à partir d'un modèle, des stratégies adaptatives. L'analyse sera conduite du niveau des populations au niveau moléculaire à la fois sous l'aspect écologique, évolutif, physiologique, biophysique et moléculaire. La démonstration s'articule autour d'un thème central : adaptation des plantes à la sécheresse : - approche écologique de l’adaptation à la sécheresse notions de stress et de résistance : diversité des adaptations aux stress différents types de résistance à la sécheresse chronologie des effets conduisant à l'évitement adaptation de la photosynthèse production de mycorhizes de la perception du signal aux gènes impliqués dans la réponse adaptative évolution des génomes dans les stratégies adaptatives Travaux Dirigés : Ils sont basés essentiellement sur l’analyse de publications scientifiques récentes ou importantes illustrant le cours. L’accent est mis sur la compréhension des techniques utilisées et l’interprétation de résultats expérimentaux. Travaux Pratiques : L’enseignement est illustré par une sortie sur le terrain (1 journée) pour l’aspect éco-physiologique et 1,5 jours d’expériences en salle (dont une analyse bioinformatique) pour l’aspect moléculaire de ces réponses adaptatives. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) TOTAL Report* TOTAL CC 20 20 Oui >= 0/20 20 CP 20 20 Oui >= 0/20 20 60 Total TP Seconde session (en %) Oral CT Ecrit 60 Ecrit TP Oral 60 60 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 13 3M7MA13M - Diagnostics Moléculaires des Microorganismes Enseignant Responsable : Ritzenthaler Paul LMGM, 118 route de Narbonne, Bât. IBCG 05.61.33.58.25 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD 16 h Cours 24 h TP 20 h Equipe pédagogique : M.L. Mingot-Daveran, M. Lautier, P. Ritzenthaler, intervenants extérieurs Objectif : initier les étudiants aux principes et applications des techniques de diagnostic microbiologique moléculaire dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement. Ce module s’adresse aux étudiants intéressés par un cursus professionnalisé. Cours : Les concepts et les propriétés des principales méthodes rapides de détection et d’identification moléculaire des microorganismes seront développés et comparés aux techniques conventionnelles de microbiologie (diagnostic phénotypique). Génomique des microorganismes les plus fréquemment recherchés en bactériologie médicale et alimentaire. Apport de la génomique microbienne dans le domaine du diagnostic Hybridation moléculaire : préparation et marquage des sondes, FISH, dot blot inverse, puces à ADN, Amplification génique : PCR qualitative, PCR quantitative en temps réel Typage moléculaire à haute résolution : RFLP, PFGE, RAPD, AFLP, MLST, SNP, etc Techniques physico-chimiques : impédancemétrie, spectrophotométrie, cytométrie en flux, ATPmétrie. Techniques immuno-enzymatiques : ELISA de type sandwich ou compétition. Des exemples d’applications seront pris dans les domaines de la santé, agroalimentaire et environnement. Enseignements Pratiques Détection et identification de microorganismes dans des échantillons biologiques par voie immunoenzymatique et au niveau génomique par REA, RFLP, RAPD, PFGE et PCR. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Première session (en %) Epreuve Ecrit TP CC 20 CP CT Oral 20 60 Seconde session (en %) TOTAL Report* TOTAL 20 Oui >= 0/20 20 20 Oui >= 0/20 20 60 Ecrit TP Oral 60 60 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 14 3M7MA14M - Levures : modèles en Biologie-Santé, outils en Biotechnologies Enseignant Responsable : J-P Gélugne ; P. Bélenguer J-P Gélugne : LBME/CNRS, IBCG, 118 Rte de Narbonne 05 61 33 58 00, [email protected] P. Belenguer : LBCMCP, Bat. 4R3, UPS 118 Rte de Narbonne 05 61 55 62 38 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] COURS 30 h TD 12 h Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS Projet Tutoré TP 6 8h Enseignement délocalisé 4h Equipe pédagogique : P. Belenguer, J-P Gélugne, L. Pelloquin, C. Roux Les cours feront intervenir également des intervenants chercheurs spécialistes des thèmes illustrés et des intervenants extérieurs utilisant les levures en biotechnologies agroalimentaires ou pharmaceutiques. Les TD seront essentiellement consacrés à des analyses d’articles et l’élaboration d’un exposé thématique tutoré par un enseignant chercheur ou un chercheur. Descriptif de l’UE Objectifs et programme : Grâce aux multiples outils, en particulier génétiques, développés pour les levures Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe, celles-ci ont constitué, et constituent, des modèles clés pour l’analyse des processus et structures moléculaires et cellulaires chez les organismes eucaryotes. La profonde conservation de ces processus et structures dans le monde eucaryote permet d’extrapoler les données acquises par l’étude des levures modèles à la définition des fonctions des gènes des eucaryotes supérieurs. Le développement très récent des analyses postgénomiques globales utilisant S. cerevisiae ont renforcé le statut de « super modèle » de cet organisme. Par ailleurs depuis l’antiquité les levures sont les microorganismes utilisés (spontanément ou volontairement) dans les « technologies » agroalimentaires (aliments et boissons fermentées). Leur utilisation biotechnologique s’est également amplifiée plus récemment grâce aux mêmes outils qui ont permis les avancées dans les études des processus biologiques fondamentaux. Les enseignements illustreront les apports de l’étude de modèles levuriens dans ces divers aspects : 1/Les levures organismes eucaryotes modèles : - dans l’élucidation des processus fondamentaux au niveau cellulaire et moléculaire : cycle cellulaire, cytosquelette, régulation de l’expression génique et épigénétique, division asymétrique, vieillissement cellulaire etc… - dans l’analyse de processus pathologiques : pathologies mitochondriales, prions … - modèles de pathogènes invasifs chez les animaux (Candidoses…) et les végétaux (Ustilago…) - pionniers pour les analyses postgénomiques à grande échelle et leur intégration : transcriptome, proteome, interactomes, métabolome 2/ Les levures outils en biotechnologies - agro-alimentaire : pain, bière et vin. Métabolisme, choix et élaboration des souches. - production de composés pharmacologiques : modification et canalisation du métabolisme, - production de protéines/peptides hétérologues. - criblage de composés pharmacologiquement actifs, étude de leur mode d’action (levures modèles). Modalités de contrôle des connaissances : Nature Première session (en %) Epreuve Ecrit CC 30 TP Seconde session (en %) Oral TOTAL 20 50 Ecrit TP Oral Report* TOTAL Oui >= 0/20 50 CP CT 50 50 60 50 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 15 3M8MA2M Stratégies Infectieuses des Micro-organismes Enseignants Responsables : Matthieu Arlat, Christophe Roux Matthieu Arlat LIPM CNRS-INRA Auzeville, 31326 Castanet Tolosan 05 61 28 50 47 [email protected] Christophe Roux SCSV UMR 5546 Auzeville, BP 42617, 31326 Castanet Tolosan 05 34 32 38 04 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS TD 8 Cours 36 TP 16 Equipe pédagogique Matthieu Arlat, Gilles Etiennes, Martine Lautier, Alain Vercelonne Arnaud Bottin, Elodie Gaulin, Christophe Jacquet, Christophe Roux Pour certains cas d’étude, l’équipe pédagogique sera complétée d’intervenants extérieurs. Descriptif de l’UE Cette UE a pour objectif de présenter la diversité des stratégies infectieuses mises en place par les microorganismes pour envahir leurs hôtes, tant animaux que végétaux. La spécificité infectieuse des différents groupes de microorganismes, virus bactérie et eucaryote, sera décrite depuis les stades pré-infectieux jusqu’à la mise en place de l’interaction. Une attention particulière sera donnée à l’analyse des mécanismes du pouvoir infectieux Concernant les microorganismes procaryotes et les virus, nous essaierons d’analyser les mécanismes mis en place par ces agents pour infecter leurs hôtes. Nous aborderons plusieurs phases critiques du cycle infectieux: la reconnaissance, l’attaque, le détournement des défenses de l’hôte… Nous comparerons pour cela, les stratégies de plusieurs agents pathogènes importants en pathologie humaine et animale, mais aussi en pathologie végétale. Nous essaierons aussi de replacer ces connaissances en terme d’évolution des mécanismes d’interaction en nous appuyant, par ailleurs, sur l’analyse d’interactions symbiotiques. Concernant les microorganismes eucaryotes (Eumycètes, Oomycètes), 4 thèmes principaux seront abordés : i) la signalisation précoce ii) les outils d’infection iii) les mécanismes de manipulation de la cellule hôte iv) la physiologie de l’interaction (biotrophie, nécrotrophie). Les travaux dirigés mettront en exergue les derniers concepts ou exemples publiés sur les mécanismes d’infection des microorganismes. Les travaux pratiques seront organisés en 4 séances de 4 heures pour illustrer les similitudes et spécificités des stratégies infectieuses développées pour les bactéries et les champignons. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit CC TP Oral 20 Seconde session (en %) TOTAL Ecrit TP Oral 20 Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 CP CT 60 20 80 60 20 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 16 3M8MA3M - Elaboration et conduite de projet scientifique Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM et Valérie COTELLE K. Cam IPBS, 205 route de Narbonne 05.61.17.59.78 [email protected] V. Cotelle Pôle de Biotechnologie végétale, 31326 Auzeville 05 34 32 38 06 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] COURS 4h Enseignement de Semestre 8 - 3 ECTS TD 26 h Equipe Pédagogique : V. COTELLE, K. CAM Cet enseignement sera suivi au 2nd semestre en préambule du module « stage d’initiation à la recherche ». L’objectif de cet enseignement est de former l’étudiant aux règles, techniques et méthodes utilisées dans les métiers de la recherche scientifique. L’enseignement portera sur l’hygiène et la sécurité en laboratoire (produits chimiques, radioactivité, organismes génétiquement modifiés) et sur les pratiques de base de manipulation (utilisation des pipettes, préparation de solutions, etc…). Une formation spécifique portera sur la tenue du cahier de laboratoire. L’étudiant sera également formé au niveau de l’analyse bibliographique et des techniques de communication scientifique (présentation orale, rédaction de rapport et de publication). Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit CC Oral 20 CP CT TP 20 60 Seconde session (en %) TOTAL Ecrit TP Oral 20 Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 20 60 60 20 80 Total 60 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 17 3M8MA4M – Formation à la méthodologie expérimentale : Stage d’initiation à la recherche Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM et Valérie COTELLE K. Cam IPBS, 205 route de Narbonne 05.61.17.59.78 [email protected] V. Cotelle Pôle de Biotechnologie végétale, 31326 Auzeville 05 34 32 38 06 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 8 - 12 ECTS TD 44 h COURS 0h TP 70 h Equipe Pédagogique : V. COTELLE, K. CAM Cet enseignement est l’équivalent de 2 UE. Il sera suivi au 2nd semestre. L’objectif de cet enseignement est d’initier l’étudiant à la recherche scientifique en lui proposant un véritable projet scientifique qu’il mènera sous la direction d’un directeur de recherche. Le stage s’effectuera sur une période de 2 à 3 mois (début avril à mi-juin) durant laquelle l’étudiant sera libéré de tout autre enseignement. Il pourra être prolongé après la fin du semestre. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) TOTAL CC 20 20 CP 20 20 60 TP Seconde session (en %) Oral CT Ecrit 60 Ecrit 60 TP Oral Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 20 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 18 3M8MA8M – Interaction Plantes-Microorganismes : génétique et physiopathologie Enseignante Responsable : Christophe JACQUET Pôle de Biotechnologie végétale - UMR 5546 UPS-CNRS 24 ch. de Borde rouge, BP 42617 Auzeville 31326 Castanet-Tolosan, 05 34 32 38 14 mel : [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 7 - 6 ECTS TD 10 Cours 34 TP 16 Equipe pédagogique : M.T. Esquerre-Tugayé, C. Jacquet Descriptif de l’UE Cours et Travaux Dirigés : Le thème de cette UE est à l'interface des enseignements de Physiologie Végétale, Microbiologie, Biologie Cellulaire et Génétique. L'étude cellulaire et moléculaire des interactions plantes/microorganismes parasites ou symbiotes (champignons, bactéries) et plantes/virus est centrée sur l'analyse des gènes et des signaux qui soustendent : - La spécificité des interactions : gènes de résistance des plantes, gènes d'avirulence des microorganismes, reconnaissance de leurs produits respectifs. - Le système de défense des plantes : nature des gènes de défense, induction par les éliciteurs, régulation, cascades de signalisation. - Le pouvoir pathogène des microorganismes : toxines, enzymes et le génie génétique afférant. Ces aspects intègrent les domaines les plus actuels de la phytopathologie moléculaire. Dans chacun d'eux, l'accent est mis sur les approches de génomique fonctionnelle ainsi que sur les retombées biotechnologiques issues de cette connaissance : organismes transgéniques (plantes, champignons), méthodes prédictives, lutte biologique, amélioration pour la résistance des plantes aux maladies. Travaux Pratiques : Ces thèmes constituent le support des enseignements pratiques (éliciteurs, molécules de défense, enzymes d'attaque, marqueurs moléculaires), ainsi que de l'analyse sous forme d'ateliers bibliographiques. Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit CC TP Oral Seconde session (en %) TOTAL 20 Ecrit TP Oral 20 Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 CP CT 60 20 80 60 20 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 19 3M8MA11M: Signalisation et régulation génique chez les micro-organismes et les plantes Enseignant Responsable : Claude Gutierrez Université Paul Sabatier – CNRS Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires (UMR5100) Bât IBCG 118 route de Narbonne F31062 - Toulouse cedex 9 : 05 61 33 58 72 Fax: 05 61 33 58 86 : [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Cours 30 h Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS TD 30 h TP Equipe pédagogique : Cam, K; Galaud, JP; Gaulin, E; Martin, B; Sivadon, P Mots-Clés: Expression génique, transcription, traduction, régulation, transduction des signaux. Objectifs: Cet enseignement présente les mécanismes moléculaires de l'expression génique et de sa régulation chez les micro-organismes (bactéries, virus et champignons) et les plantes. On insistera sur les approches expérimentales de génétique moléculaire et de génomique mises en œuvre pour analyser les régulations présentées. Cours et Travaux Dirigés, Principaux points abordés: 1) Outils de l'analyse génétique chez les micro-organismes et les plantes: mutations de gènes et signaux régulateurs, fusions de gènes, outils de la génomique, bases de données et logiciels spécialisés. 2) Modalités de l'expression génique et de sa régulation: ARN polymérase, promoteurs, facteurs de transcription, chromatine, stratégies de régulation positive et négative. 3) Perception et transduction des signaux régulateurs, récepteurs membranaires, régulations dépendantes du calcium, systèmes de phospho-relais. 4) Des exemples de programmes de régulation intégrés pris chez les bactéries, les champignons et les plantes seront détaillés. Cours et Travaux Dirigés, organisation: (i) Les TD comprennent l'analyse de publications en langue anglaise et leur présentation orale. Ces articles apporteront des éléments complémentaires aux cours et une formation à l'anglais scientifique. (ii) Une partie des enseignements sera assurée sous forme de conférences par des chercheurs ou enseignants chercheurs qui présenteront une introduction générale et l'état de la recherche actuelle sur leur domaine Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit CC TP Oral 20 Seconde session (en %) TOTAL Ecrit 20 TP Oral Report* TOTAL Oui >= 0/20 20 CP CT 80 80 80 80 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 20 3M8MA12M - Régulation Génique, Modélisation et Bases de Données Enseignants Responsables : Kaymeuang CAM & Gwennaele FICHANT IPBS, 205 route de Narbonne LMGM/IBCG, 118 route de Narbonne, 05.61.17.59.78 [email protected] 05 61 33 58 26 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez 05 61 33 58 98 [email protected] Enseignement de Semestre 8 - 6 ECTS TD 25 h COURS 25 h TP 10 h Equipe Pédagogique : G. Fichant, K. Cam. Programme Mots clés : bases de données, régulation, réseau Modèles d’étude : Procaryote et Eucaryote L’objectif de cet enseignement est de former les étudiants à la création et gestion de banques de données et à une approche quantifiée et synthétique de la régulation génique et de la réponse cellulaire. La moitié de l’enseignement sera consacrée à l’élaboration de bases de données, impliquant la maîtrise de l’outil informatique. L’autre moitié, sera consacrée à l’étude des systèmes de régulation génique et à leur modélisation. La logique biologique derrière cette régulation sera testée expérimentalement chez la bactérie Escherichia coli comme modèle et en utilisant des systèmes rapporteurs de l’expression génique analysables par microscopie à fluorescence (à l’échelle de la cellule unique) et par fluoromètre (à l’échelle de la population). La modélisation des résultats in silico sera réalisée avec des programmes adaptés. Quelques notions rudimentaires de mathématiques seront nécessaires. Des experts en dehors de l’équipe pédagogiques interviendront. Conditions d’admission : Il est fortement conseillé d’avoir suivi les enseignements de génétique procaryote en L3 Modalités de contrôle des connaissances : Nature Epreuve Première session (en %) Ecrit TP CC 25 CP CT Oral 25 50 Seconde session (en %) TOTAL Report* TOTAL 25 Oui >= 0/20 25 25 Oui >= 0/20 25 50 Ecrit TP Oral 50 50 Total 100 100 * Pour les notes reportées d'une session sur l'autre, il s'agit d'un report systématique (note >= 0/20) ou d'un report sous condition (note >= 10/20). - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 21 Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 SYLLABUS Master 2 Recherche Mention MABS Spécialité : Biosciences Végétales - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 22 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 23 Semestre 9 3A9BSV1M Préparation à la recherche en biologie des plantes et des microorganismes Cours 40 TD 116 TP 36 Total : 200 h eq TD 30 ECTS Semestre 10 3A10BSV2M Stage de Recherche Eq 300 h de présence des étudiants 30 ECTS Total : 40 h cours, 116 h TD, 36 h TP : 200 heures équivalent-TD 60 ECTS - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 24 3A9BSV1M Préparation à la recherche en biologie des plantes et des microorganismes 30 ECTS Enseignant Responsable : Christophe Roux Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez UPS Bât.IBCG118, route de Narbonne31062 Toulouse Cedex 9 05 61 33 58 98 [email protected] Coordonnées de l’enseignant responsable : [email protected] Equipe pédagogique E Gaulin, C Mathé, H San Clemente, P Winterton, ingénieurs, chercheurs et enseignants chercheurs des équipes de recherche en appui du M2R Descriptif de l’UE *Les outils de communication : -de la production à la diffusion des résultats scientifiques -Anglais, outil de communication scientifique *Hygiène et sécurité : règles de fonctionnement dans un laboratoire de biotechnologie *Insertion professionnelle : -organisation de la recherche publique (des EPST à l’ANR…) -les métiers de la recherche publique – stratégies de carrière -le secteur industriel de la recherche végétale et en biotechnologie – les stratégies d’embauche *Organisation de la recherche en Biotechnologie : les plateformes techniques *Bioanalyse : de l’analyse des séquences à la gestion des banques de données. *Analyse scientifique (3 ateliers). Compréhension du contexte scientifique et enjeux du stage pratique Cours 40 Code Apogée Enseignement de Semestre 9 TD 116 Libellé Sous-UE Sous-UE 3A9BSV1M Préparation à la recherche en biologie des plantes et des microorganismes ECTS ou Coef Cap. (O/N)* * Nature Epreuve 30 ECTS TP 36 PREMIERE SESSION (en %) Ecrit TP Ora l TOTAL 4 4 SECONDE SESSION (en %) Ecrit TP Oral Report** * TOTAL 4 Oui >= 0/20 4 30 Matières : * Anglais, Outils de 3A9BSV12 communication 3A9BSV11 *Bioanalyse *Analyse scientifique. Compréhension du contexte scientifique, enjeux du stage pratique 3A9BSV13 2 CC 5 CC 23 CC 10 50 10 36 TOT AL 86 10 50 36 Oui >= 0/20 10 Oui >= 0/20 86 100 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 25 3A10BSV2M Stage de Recherche Enseignant Responsable : Christophe Roux Secrétariat Pédagogique : Nicole Perez UPS Bât.IBCG118, route de Narbonne31062 Toulouse Cedex 9 05 61 33 58 98 [email protected] Coordonnées de l’enseignant responsable : [email protected] Enseignement de Semestre 10 - 30 ECTS Equipe pédagogique : Chercheurs et enseignants chercheurs des équipes de recherche en appui du M2R Descriptif de l’UE Réalisation de travaux de recherche, rédaction et exposé du contexte scientifique, des résultats acquis et des perspectives de travaux. Code Apogée Libellé Sous-UE Sous-UE 3AABSV2M Stage de Recherche ECTS ou Coef 30 Cap. Nature PREMIERE SESSION (en %) (O/N)** Epreuve Ecrit CC CP CT TP Oral TOTAL SECONDE SESSION (en %) Ecrit TP Oral Report** * TOTAL Oui >= 0/20 10 90 100 10 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 90 26 100 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 27 Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 SYLLABUS Master 2 Professionnel Mention MABS Spécialité : Diagnostic Microbiologique : Approches innovantes - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 28 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 29 Master 2 Professionnel Mention MABS Spécialité : Diagnostic Microbiologique : approches innovantes Localisation de la formation : UPS (Université Paul Sabatier) Responsable de la Formation : Marie-Line DAVERAN-MINGOT, [email protected] Tel : 05 61 33 58 47 Fax : 05 61 33 58 86 Co-responsable : Pascal LE BOURGEOIS, [email protected] Tel : 05 61 33 58 80 Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ, [email protected], [email protected] Tel : 05 61 33 58 98 Adresse URL du site de la formation : http://www.m2p-microbio.ups-tlse.fr Recrutement : sur dossier et entretien Objectifs : L’objectif de ce M2P est de former des étudiants capables de développer et mettre en œuvre des méthodes innovantes pour la détection et l’identification des microorganismes (procaryotes, eucaryotes, virus) dans les domaines de la santé, de l’agro-alimentaire et de l’environnement. Elle répond à une demande forte de ces secteurs de faire évoluer les techniques traditionnelles d’analyse microbiologique vers des méthodes miniaturisées de diagnostic rapide mises au point à partir d’une approche pluridisciplinaire. Compétences développées: Les enseignements sont répartis comme suit : M2S9 : Disciplines enseignées : UE1 : Vers le monde de l’entreprise UE2 : Approches méthodologiques et instrumentation UE3 : Cibles d’identification des microorganismes UE4 : Ateliers thématiques UE5 : Travaux pratiques à initiatives M2S10 : Stage en entreprise (6 mois) Débouchés : Laboratoires des industries agro-alimentaire, pharmaceutique, cosmétique et environnementale, impliqués dans les domaines de la sécurité alimentaire, du contrôle qualité, de la traçabilité, des contrôles de stérilité, de l’eau et de l’environnement. Start-up de service pour le contrôle microbiologique industriel ou le diagnostic médical, vétérinaire ou végétal. Organismes de recherche interprofessionnels en agro-alimentaire : Centre ou institut technique, CRITT. Entreprises assurant le développement de matériel utilisé en diagnostic moléculaire – Technico-commercial Organismes certificateurs et cabinets d’expertises et de conseil, services de police scientifique - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 30 MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME Année universitaire 2009/2010 CODE APOGEE DU DIPLOME: 3SDIM0/71 DAVERAN-MINGOT MarieLine RESPONSABLE: INTITULE DU DIPLOME: M2P Diagnostic Microbiologique : Approche Innovante Règle d'obtention du diplôme: SEMESTRE 9 Code Apogée Libellé Type UE ECTS Nature UE Unité Enseignement (1) (2) (3) CM TD Ob 6 UE 65 55 120 100 UE 40 20 60 100 UE 25 35 60 100 20 40 60 100 120 100 3S9DI1M 3S9DI2M 3S9DI3M Vers le monde de l'entreprise Approches méthodologiques et instrumentation Cibles d'identification des microorganismes Ob 6 Ob 6 3S9DI4M Ateliers thématiques Ob 3 UE 3S9DI5M Travaux Pratiques à initiatives Ob 9 UE ECTS Nature Volume Horaire TP 120 SESSION UNIQUE Total CC (%) CP (%) CT (%) TOTAL SEMESTRE 10 Code Apogée Libellé UE 3SADI1M Unité Enseignement Stage en entreprise (6 mois minimum) Type UE (1) Ob (2) 30 (3) Volume Horaire CM TD TP SESSION UNIQUE Total CC (%) CP (%) 0 CT (%) 100 (1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. Le Président (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. de l'Université Paul Sabatier (3) UE, Module, Matière Le responsable du diplôme Marie-Line DAVERAN-MINGOT Professeur Gilles FOURTANIER - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 31 TOTAL 3S9DI1M - Vers le monde de l’entreprise Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 47 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ : Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 98 [email protected], [email protected] Enseignement de Semestre S9 - 6 ECTS Matières CM Connaissances de l’entreprise Communication, projet personnel Anglais 41h 24h TD Total 45h 10h 86h 10h 24h Equipe pédagogique : H. DOLGOPOLOFF, M. DURAND-BARTHEZ, M.L DAVERAN-MINGOT P. BRIDONNEAU, E. PEROCHON, F. CARTA et conférenciers extérieurs Programme du cours et des TD L’entreprise : structure et législation - Les différents types d’entreprises - Législation et Droit du travail - L’organisation de l’entreprise : La R&D, la production, les affaires règlementaires, les ressources humaines, le marketing etc.. - Les types de management La gestion de projet - Un langage commun pour toute l’entreprise. - Une aide à la construction d’un budget - Etude de cas La propriété industrielle - Les étapes d’obtention d’un brevet - Valorisation de la propriété industrielle Les normes qualité et les réglementations applicables aux outils de diagnostic - Les instances nationales et internationales de réglementation et de normalisation - Les normes de qualité : ISO 9001, 17014, 13485, …, AFNOR, - Les textes réglementaires : BPL, BPF, marquage CE, … - L’Assurance Qualité - Le Contrôle Qualité et la Validation Le marché du Diagnostic Microbiologique dans le monde Communication, projet personnel - Etat des lieux des compétences et connaissances des étudiants. - Formaliser un cv, une lettre de motivation, une présentation orale - Etablir une « cartographie ciblée » des entreprises du marché à viser - Préparer l’entretien de recrutement - Méthodologie du plan d’action - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 32 3S9DI2M - Approches méthodologiques et instrumentation Enseignant responsable : Pascal LE BOURGEOIS Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 80 Pascal. [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ : Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 [email protected], [email protected] : 05 61 33 58 98 Enseignement de Semestre S9 Matières - 6 ECTS CM TD TP Enseignement délocalisé Total 40h 20h - - 60h Equipe pédagogique : F. BENOIT-MARQUIE, P. LE BOURGEOIS, J.M. FRANCOIS, P.E. GLEIZES, M.L DAVERAN-MINGOT Programme du cours et des TD - Méthodes de microbiologie classique (rappel) - Amplification PCR qualitative et quantitative en temps réel, RT-PCR - Techniques d’hybridation et biopuces - Techniques de microscopie, traitement de l'image - Electrophorèse en champs pulsés - Techniques de séquençage (pyroséquençage, haut débit…) - Validation de méthodes et plans d’expériences - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 33 3S9DI3M - Cibles d’identification des microorganismes Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 80 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ : Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 [email protected], [email protected] : 05 61 33 58 98 Enseignement de Semestre S9 - 6 ECTS CM TD TP Enseignement délocalisé Total Architecture des génomes microbiens 10h 5h - - 15h Bio-statistiques 5h 10h - - 15h Stratégies bio-informatiques en diagnostic 10h 20h - - 30h Matières Equipe pédagogique : S. BERTAGNOLI, P. LE BOURGEOIS, M. ARLAT, K. CAM, G. FICHANT, Y. QUENTIN, M.L. DAVERAN-MINGOT Programme du cours et des TD Architecture des génomes microbiens - Structure et évolution des génomes viraux - Diversité, plasticité et évolution des génomes bactériens (génomique comparative, alignements de génomes, pan-genome…) - Métagénomique Bio-statistiques -Tests paramétriques, non paramétriques -Test de T, analyse de variance (ANOVA) - Régression Stratégies bioinformatiques en diagnostic - Conception de sondes spécifiques - Structure, organisation et évolution des génomes microbiens - Evolution moléculaire : méthodes de reconstruction phylogénétique (parcimonie, distance, maximum de vraisemblance) - Méthode de classification et d’analyses multivariées appliquées à l’analyse des résultats des méthodes de typage - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 34 3S9DI4M - Ateliers thématiques Enseignant responsable : Marie-Line DAVERAN-MINGOT Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 80 [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ : Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 [email protected], [email protected] : 05 61 33 58 98 Enseignement de Semestre S9 Matières - 6 ECTS CM TD TP Enseignement délocalisé Total 20h 40h - - 60h Equipe pédagogique : S. BERTAGNOLI, P. LE BOURGEOIS, M. ARLAT, K. CAM, M.L DAVERAN-MINGOT, F. GARABETIAN Intervenants extérieurs : J.J GODON, X Programme du cours et des TD Plusieurs thèmes seront proposés aux étudiants. Ils couvriront les 2 axes cités ci-après ; - Identification, typage de microorganismes pathogènes ou non -Analyse d’écosystèmes complexes Au cours de ces ateliers, les étudiants auront à répondre à un problème de diagnostic donné. Pour cela, ils devront faire une analyse bibliographique, choisir les stratégies les plus appropriées pour répondre au problème posé. Ce travail fera l’objet d’un rapport écrit et d’un exposé oral auquel assisteront l’ensemble des étudiants et des invités du monde de l’entreprise . Une très large part de l’enseignement sera réalisée par les étudiants. - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 35 3S9DI5M - Travaux Pratiques à initiatives Enseignant responsable : Pascal LE BOURGEOIS Université Paul Sabatier CNRS-LMGM-UMR5100, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 : 05 61 33 58 80 Pascal. [email protected] Secrétariat Pédagogique : Nicole PEREZ : Université Paul Sabatier, Bât IBCG, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse cedex 04 [email protected], [email protected] : 05 61 33 58 98 Enseignement de Semestre S9 Matières - 9 ECTS CM TD TP Enseignement délocalisé Biopuces - - 30h q-PCR - - 30h - 30h FISH et cytométrie de flux - - 30h - 30h TGGE - - 30h - 30h Plateforme Biopuces (INSA) Total 30h Equipe pédagogique : P. LE BOURGEOIS, J.M. FRANCOIS, V. LE BERRE, F. GARABETIAN, Y. NICAISE, P.E. GLEIZES Programme du cours et des TD 3 grands thèmes seront abordés : • Biopuces • PCR quantitative en temps réel • Fluorescence In Situ hybridization (FISH) et cytométrie de flux • Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE) Au cours de ces TP, les étudiants auront à élaborer des protocoles expérimentaux à partir des analyses bioinformatiques faites dans l’UE3, et à mettre en œuvre concrètement les expériences. - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 36 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 37 Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 SYLLABUS Master 2 Recherche Mention MABS Spécialité : Microbiologie - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 38 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 39 Master 2 R : Microbiologie Enseignant responsable à l'UPS : Claude GUTIERREZ ✉ : Université Paul Sabatier, LMGM-Bât IBCG, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse CEDEX 4 ✆ : 05 61 33 59 72 E-mail: [email protected] Secrétariat pédagogique : ✉ : IBCG, 118, route de Narbonne, 31062 Toulouse✆ : 05 61 33 58 98 E-mail: [email protected] Site web du M2R: http://www-m2r-microbio.biotoul.fr/M2R%20Microbiologie/Accueil.html Conditions d'admission: Le M2R Microbiologie est ouvert aux titulaires d'une première année de master de l’université, aux titulaires d'un diplôme étranger justifiant d'un niveau équivalent, aux élèves ingénieurs des INSA et des grandes écoles, aux étudiants des disciplines médicales, pharmaceutiques et vétérinaires. L'inscription à la formation est subordonnée à l'acceptation par le responsable, à la suite d'un examen par un comité de sélection des dossiers de candidature (Pré-inscription obligatoire sur le site web de l'UPS: www.ups-tlse.fr), et éventuellement d'un entretien. Schéma des études: La formation théorique (30 ECTS) repose sur 3 ateliers bibliographiques, 2 au S9 et un au S10. Les ateliers ont lieu tous les vendredis. Les rapports oraux ou écrits sont corrigés et notés par un jury. - Le premier atelier (10 ECTS) se termine par une présentation orale des articles étudiés. - Le second atelier (10 ECTS) est clôturé par la remise d’un rapport écrit sous la forme d’une mini-revue, rédigée comme une publication. - Le troisième atelier (10 ECTS) donne lieu à la rédaction d'un projet de recherche, de type projet de thèse sur 3 ans. La formation pratique (30 ECTS) repose sur un stage en laboratoire, au sein d'une des équipes d'accueil participantes (~30 EADs), sous la direction d'un chercheur confirmé. Au cours du S9, le stage donne lieu à un exposé oral où chaque étudiant devra présenter le contexte bibliographique de son sujet (10 ECTS). En fin de S10, le stage donne lieu à la rédaction d'un rapport écrit (10 ECTS) et d'une soutenance orale, suivie de questions sur le sujet et son contexte scientifique (10 ECTS). Débouchés professionnels La poursuite en thèse est le débouché naturel de cette formation, dont les équipe d'accueil (EAD) sont réparties au sein de deux Ecoles Doctorales Toulousaines ["Biologie – Santé – Biotechnologie" (BSB; ED 151, DS 5) et "Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries" (SEVAB; ED 458, DS 10)]. La poursuite en thèse peut se faire dans d'autres formations doctorales nationales ou internationales. Des formations de type "double compétences" (marketing, droit et vivant, propriété intellectuelle…) sont accessibles aux titulaires du M2R. Outre la préparation aux carrières de la recherche publique ou privée, la formation reçue permettra une insertion professionnelle dans les secteurs industriels de l’agro-alimentaire, de l’environnement et des industries pharmaceutiques. - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 40 MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME Année universitaire 2009/2010 CODE APOGEE DU DIPLOME: 3AMIC0/71 INTITULE DU DIPLOME: RESPONSABLE: Claude GUTIERREZ Master 2 Recherche, Mention: Microbiologie - Agrobiosciences / Spécialité: Microbiologie Règle d'obtention du diplôme: SEMESTRE 9 Code Apogée Libellé CNU UE Unité Enseignement 3A91MIM Atelier Bibliographique 1: exposé de publication 653 3A92MIM Atelier Bibliographique 2: minirevue 653 653 3A93MIM Stage en laboratoire: présentation de la bibliographie du stage Type UE ECTS (1) (2) Ob 10 Ob 10 Ob 10 Nature (3) Volume Horaire CM TD TP Total PREMIERE SESSION CC (%) CP (%) 50 50 SECONDE SESSION CT (%) TOTAL 100 CC (%) CP (%) CT (%) TOTAL 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 SEMESTRE 10 Code Apogée Libellé CNU UE Unité Enseignement 3AA4MIM Atelier Bibliographique 3: projet de recherche 653 3AA5MIM Stage en laboratoire: rapport écrit de fin de stage 653 3AA6MIM Stage en laboratoire: oral de fin de stage 653 Type UE ECTS (1) (2) Ob 10 Ob 10 Ob 10 Nature (3) Volume Horaire CM TD 50 TP Total PREMIERE SESSION CC (%) CP (%) SECONDE SESSION CT (%) TOTAL 100 CC (%) CP (%) CT (%) TOTAL 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 (1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. (3) UE, Module, Matière Le responsable du diplôme Claude GUTIERREZ Le Président de l'Université Paul Sabatier Professeur Gilles FOURTANIER - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 41 Université Paul Sabatier UNITE DE FORMATION ET DE RECHERCHE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT) Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 9 05.61.55.67.20 ou 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : 05.61.55.69.30 SYLLABUS Master 1 et 2 Recherche Mention MABS Spécialité : AgrofoodChain Contacter l’enseignant responsable du diplôme : Christian CHERVIN 05.62.19.35.73 - [email protected] - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 42 - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 43 MODALITES DE CONTROLES DES CONNAISSANCES HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME Année universitaire 2009/2010 CODE APOGEE DU DIPLOME: 3MAFC0/71 INTITULE DU DIPLOME: M1 AGROFOOD CHAIN Seul le résultat final sera communiqué RESPONSABLE: Christian CHERVIN Code Apogée Libellé SEMESTRE 7 Type CNU UE ECTS UE Unité Enseignement (1) (2) Volume Horaire Nature CT (%) TOTAL 3 21 21 20 80 100 100 100 3M7AF2M Physics and Chemistry 3 14 14 40 60 100 100 100 3M7AF3M Basic concepts in plant physiology and molecular biology 3 14 14 40 60 100 3M7AF4M Langue et Civilisation Françaises 14 16 60 40 100 100 100 3M7AF5M Communication Skills in Scientific English 14 16 80 20 100 100 100 3M7AF6M Quantitative Economics 3 12 16 40 60 100 100 100 3M7AF7M Ecology, territories and Communities 3 12 16 60 40 100 100 100 3M7AF8M Experimental Methodology 3 12 16 40 60 100 100 100 3M7AF9M Agricultural Systems management 3 12 16 40 60 100 100 100 3M7AFAM Optimization and Modelling 3 12 16 40 60 100 100 100 Libellé UE Unité Enseignement (1) (2) TD Volume Horaire Nature (3) TP CM TD 18 20 CC (%) CT (%) TOTAL SECONDE SESSION Applied Mathematics and Bioinformatics Code Apogée CM PREMIERE SESSION 3M7AF1M SEMESTRE 8 Type CNU ECTS UE (3) CC (%) 100 PREMIERE SESSION TP CC (%) CT (%) TOTAL SECONDE SESSION CC (%) CT (%) TOTAL 3M8AF1M Molecular Basis for Plant and Animal Improvement 4 20 80 100 100 100 3M8AF2M Microbiological Engineering 3 12 16 40 60 100 100 100 3M8AF3M Food Safety 4 22 12 40 60 100 100 100 3M8AF4M Chemical and Biochemical Transformation of Biomass 4 20 20 40 60 100 100 100 3M8AF5M Sustainability: from the Field to the Territory 5 24 24 40 60 100 100 100 3M8AF6M Environmental Economics 4 20 16 30 70 100 100 100 3M8AF7M Tutored individual project 6 4 12 100 100 100 (1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. Remarques : Nom et Signature du Responsable du diplôme Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER Christian CHERVIN - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 44 MODALITES DE CONTROLE DES CONNAISSANCES HABILITATION 2007-2010 - MCC DIPLOME Année universitaire 2009/2010 CODE APOGEE DU DIPLOME: 3AAFC0/71 RESPONSABLE : C. CHERVIN INTITULE DU DIPLOME : Master 2 Recherche SVS AGB Agrofood Chain Règle d'obtention du diplôme : Compensation selon les règles de l'UPS. Admission globale au M2R sur la base des notes cumulées des 2 semestres Type Code Apogee Libellé Unité Nom du ECTS UE UE d'Enseignement Responsable (2) CM (1) SEMESTRE 9 PREMIERE SESSION TD TP CNU CC% CT% TOTAL DEUXIEME SESSION CC% CT% TOTAL 3A9AF1M Quality Control O C. PETIT 2 14 6 64 20% 80% 100% 100% 100% 3A9AF2M Agricultural policy O Z. BOUAMRA 2 16 6 67 20% 80% 100% 100% 100% 3A9AF3M Consumers requests O C. PETIT 2 12 66 20% 80% 100% 100% 100% 3A9AF4M Industrial organisation of the food insdustry Integration of sectorial approches in the Agrofood chain : case study Agrobiosciences seminars O V. REQUILLART 3 16 66 20% 80% 100% 100% 100% O O A.M. BOUDET C.CHERVIN 3 3 10 67 67 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 15 20 20 67 20% 80% 100% 100% 100% 15 24 60 66 20% 80% 100% 100% 100% 30 4 100% 100% 3A9AF5M 3A9AF6M 14 14 (TER) 30 1 UE Obligatoire au choix 3A9AF7M Food safety, agrofood and public health X C. PETIT 3A9AF8M Productions, territories and sustainable development X J.L. HEMPTINNE 3A9AF9M Non-Food valorisation X 3A9AFAM Food safety, agrofood and public health X 3A9AFBM Agrogenomics X 3AAAF1M Master internship and thesis (STAGE) O 36 SEMESTRE 10 67 (1) Obligatoire, Optionnel, Facultatif. (2) Les coefficients sont strictement proportionnels aux ECTS. Remarques : Pour le stage, le mémoire écrit et la soutenance orale contribueront également à la note (50% oral, 50% mémoire) Nom et Signature du Responsable du diplôme Le Président de l'Université Paul Sabatier : Professeur Gilles FOURTANIER Christian CHERVIN - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 45 Report notes de 1ère session - UPS – UFR SVT – SYLLABUS MASTER STS Mention Microbiologie-Agrobiosciences (MABS) (habilitation septembre 2007 à juin 2011) - 46