UMR 1300 BIOEPAR Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque

Unité mixte de recherche
UMR 1300
BIOEPAR
Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque
en santé animale
Présentation de l’unité
Les recherches, à perspective nalisée, visent à produire :
• des connaissances et méthodes pour la gestion de la santé animale
• des connaissances fondamentales pour comprendre les
mécanismes d’apparition de maladies transmissibles
Plus précisément, les objectifs de l’unité sont les suivants :
• Mesurer la santé des populations animales, en comprendre les
déterminants et évaluer les moyens de la maîtriser
• Comprendre le fonctionnement des populations de vecteurs et d’agents
pathogènes, et les interactions entre agents pathogènes et hôte
Les disciplines mobilisées sont l’épidémiologie, la modélisation,
l’économie de la santé animale, la biologie des agents pathogènes, des
vecteurs et des interactions agresseur-hôte, et la biologie des populations.
Les objets d’application sont les maladies animales endémiques,
multifactorielles ou transmissibles, et le portage d’agents zoonotiques
dans plusieurs systèmes de production animale de type européen. L’unité
s’intéresse aussi à la biologie des protozoaires transmis par les tiques.
Chez les bovins, l’adossement à l’UMR d’une unité mixte technologique
(UMT Maîtrise de la santé des troupeaux bovins) permet d’élaborer
avec les partenaires professionnels (Institut de l’Elevage, Groupement
Techniques Vétérinaires, Groupements de Défense Sanitaire) des
stratégies pour diuser les résultats des recherches.
INRA Angers-Nantes Pays de la Loire
Oniris
Atlanpole-Chantrerie / CS 40706
F - 44307 Nantes Cedex 3
Contact
Tél. : [phone]
Fax : [phone]
[e-mail]
www.angers-nantes.inra.fr/bioepar
Direction
Christine Fourichon, directrice
Olivier Plantard, directeur adjoint
Quelques chiffres
22 chercheurs et enseignants-chercheurs
10 ingénieurs
21 techniciens et administratifs
19 doctorants et 3 post-doctorants
1 élevage de tiques
1 halle expérimentale d’aquaculture
1 serveur de calcul à architecture virtualisée
Institut National de la Recherche Agronomique
Membre fondateur d’Agreenium

Thématique de recherche
L’unité est organisée autour de 4 équipes scientiques
Epidémiologie observationnelle (EPID) - Nathalie Bareille.
• Description des statuts de santé individuels et de troupeau et
identication de facteurs-clés de l’occurrence des maladies ou
du portage de pathogènes.
• Evaluation de l’ecacité de mesures de maîtrise et de l’impact
des maladies pour la formulation de stratégies de gestion de la
santé à l’échelle de troupeaux ou de régions.
Modélisation et décision (MODEC) - Catherine Belloc
• Etude par modélisation de l’inuence de l’hétérogénéité des popula-
tions d’hôtes et de vecteurs sur la propagation des agents pathogènes.
• Modélisation prédictive pour évaluer l’ecacité épidémiolo-
gique de stratégies de maîtrise des maladies transmissibles.
• Evaluation économique de stratégies de maîtrise de maladies
endémiques et épidémiques.
Variabilité, Infection et Pathogénicité (VIP) - Laurence Malandrin
• Caractérisation des agents pathogènes et de leur variabilité,
pour deux modèles biologiques : Babesia et les bactéries
pathogènes des poissons.
• Mécanismes des interactions pathogène-vecteur-hôte, pour le
modèle Babesia-tique-ruminants.
Population de Vecteurs et de Pathogènes (PVP) - François Beaudeau
Analyse spatiale et moléculaire du fonctionnement des populations
de vecteurs et d’agents pathogènes :
• Rôle de la structure du paysage dans la distribution, la
dynamique et la génétique des populations de tiques
• Rôle des voies de transmission dans la distribution et la
diusion des agents pathogènes.
Faits marquants 2013
Evaluation de l’ecacité de la vaccination pour maîtriser
l’infection par Coxiella burnetii dans les troupeaux bovins
laitiers - François Beaudeau, Raphaël Guatteo.
L’ecacité de la vaccination pour maî-
triser l’infection par Coxiella burnetii
dans les troupeaux bovins laitiers a été
évaluée en s’appuyant sur une large
étude d’intervention et des travaux de
modélisation épidémiologique. Les ré-
sultats ont permis d’identier des stra-
tégies ecaces en milieu infecté. Tout au long du programme
de recherche, des interactions régulières ont été organisées avec
les acteurs privés (Groupements de Défense Sanitaire, ACER-
SA, industriel de la santé animale) et publics (DGAl, EFSA)
concernés par la maîtrise de la èvre Q.
Sécuriser les mouvements d’animaux par rapport aux risques
sanitaires pour la diarrhée virale bovine (BVD) – Christine Fourichon.
Des nouveaux critères peuvent
être utilisés pour sécuriser les
mouvements de bovins lors de
transactions commerciales vis-
à-vis du risque de propagation
du virus de la BVD. Ces critères
ont été construits et évalués lors de programmes de recherche
en épidémiologie et modélisation conduits en partenariat avec
les Groupements de Défense Sanitaire. Ils sont maintenant
appliqués dans le dispositif de certication nationale et pour les
prophylaxies collectives régionales. Ils ont été présentés à plus
de 200 professionnels européens à Nantes en novembre 2013.
Maladies vectorielles animales : modélisation pour
comprendre la persistance au-delà d’un hiver – Pauline Ezanno.
La modélisation permet de com-
prendre le fonctionnement des
systèmes biologiques complexes
en jeu dans les maladies vecto-
rielles selon l’abondance des hôtes
et vecteurs. Les conditions per-
mettant la persistance d’un arbo-
virus lorsque l’abondance des vec-
teurs dépend des saisons ont été
déterminées en tenant compte de
diérents mécanismes biolo-
giques possibles de survie ou transmission d’un virus, incluant la
survie prolongée du virus chez son hôte ou son vecteur, le main-
tien d’une petite population de vecteurs pendant l’hiver, ou la
transmission du virus par le vecteur à sa descendance.
Thèses en cours
• Modélisation de la propagation de Mycobacterium avium subsp. para-
tuberculosis dans une région d’élevage bovin pour évaluer des straté-
gies de maîtrise - Gaël Baunée.
• Inuence des mouvements du chevreuil et du paysage sur la dyna-
mique de population de tiques - Mohamed Lemine Brahim.
• Modélisation multi-échelles de la transmission du virus du Syndrome
Dysgénésique Respiratoire Porcin - Eric Breton.
• Valeur informative du budget-temps de la vache laitière pour la détection pré-
coce des troubles de santé et des événements de reproduction - Pierre Clément.
• Evaluation d’alternatives à l’utilisation d’antibiotiques dans les éle-
vages porcins européens - Lucie Collineau.
• Evaluation de l’ecacité de démarches d’intervention pour améliorer la santé
des vaches laitières en élevage agrobiologique et conventionnel - Julie Duval.
• Evaluation du croisement entre races bovines laitières - Charlotte Dezetter.
• Modélisation de la réponse immunitaire appliquée au virus du Syn-
drome Dysgénésique Respiratoire Porcin - Natacha Go.
• Emission et persistance des agents biologiques pathogènes en centres de réha-
bilitation pour oiseaux sauvages en France métropolitaine - Philippe Gourlay.
• Interactions moléculaires entre le système immunitaire de la tique
Ixodes ricinus et le Protozoaire parasite Babesia spp. - Marie Jalovecka.
• Modélisation de la propagation spatio-temporelle d’un agent patho-
gène dans une métapopulation bovine : application au virus de la
diarrhée virale bovine (BVDV) - Bhagat Lal Dutta.
• Modèles dynamiques à espace d’états pour la détection d’émergence
en épidémiologie - Anne Lehébel.
• Protocoles de traitement des bronchopneumonies infectieuses bovines
à l’aide d’antibiotique à courte action et préservation de l’ecacité thé-
rapeutique en santé animale et santé humaine - Guillaume Lhermie.
• Optimisation de l’usage des antiparasitaires chez la génisse d’élevage en vue de
prévenir le risque d’émergence de populations de strongles digestifs résistants :
développement d’une stratégie durable de traitement sélectif - Aurélie Merlin.
• Evaluation de l’intérêt vaccinal de la protéine RAP-1 pour lutter
contre les babésioses ovines - Qingli Niu.
• Modélisation de la propagation de Coxiella burnetii entre troupeaux
bovins laitiers - Pranav Pandit.
• Polymorphisme génétique et écologie des tiques (Ixodide) - Ionut Pavel.
• Inuence du paysage sur les communautés de rongeurs comme hôtes
de maladies vectorisées par les tiques - Grégoire Perez.
• Développement et évaluation de stratégies de maîtrise des strongy-
loses gastro-intestinales des ruminants limitant le recours aux anthel-
minthiques - Nadine Ravinet.
Partenariats
Collaborations scientiques
• France : INRA (départements MIA, SA, EFPA, SPE, SAE2,
GA, PHASE), ANSES, CIRAD, CNRS, INRIA, Institut
Pasteur, Universités (Rennes, Bordeaux).
• Internationales : RVC et AHVLA (UK), WUR et GD (NL), SLU et
SVA (SE), Kassel Univ. (G), IREC et IRTA (SP), Univ. Gand et CODA-
CERVA (B), FEM (I), Univ. Bohême du Sud (CZ), LVRI (Chine).
Partenariats socio-économiques
• Unité Mixte Technologique « Maîtrise de la santé des
troupeaux bovins », en partenariat avec l’Institut de
l’Elevage, les GDS et les GTV.
• Institut Carnot Santé Animale (entreprises des secteurs
agriculture, service en élevage, agroalimentaire, santé animale)
Formation
Les enseignants-chercheurs et chercheurs de l’unité interviennent
dans les masters MODE, SAED (Université Rennes 1).
L’unité est rattachée à l’école doctorale Biologie-Santé (Univ. Nantes).
L’unité accueille des étudiants en thèse de doctorat vétérinaire, en
stage de n d’études d’ingénieur et de master (Modélisation, BioIn-
formatique, Statistiques, Ecologie, Biologie moléculaire et cellu-
laire, Biologie des populations, Epidémiologie, Santé publique,
Economie et Gestion appliquées à la santé animale).
BIOEPAR - Atlanpole-Chantrerie - CS 40706 - F - 44307 Nantes Cedex 3
Tél. : [phone] - Contact : [email protected] - Info : www.angers-nantes.inra.fr/bioepar
Service communication INRA - Février 2014
Dispositifs d’expérimentation
• Elevage de tiques permettant des infections expérimentales et
études de transmission, avec des souches d’agent pathogène
issues du monde entier. Collection de tiques.
• Halle expérimentale poissons utilisée dans la réalisation d’in-
fections expérimentales.
• Serveur de calcul à architecture virtualisée.