UMR 1300 BIOEPAR Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque

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Unité mixte de recherche
Biologie Epidémiologie et Analyse de Risque
en santé animale
UMR 1300
BIOEPAR
INRA Angers-Nantes Pays de la Loire
Oniris
Atlanpole-Chantrerie / CS 40706
F - 44307 Nantes Cedex 3
Contact
Tél. : +33 (0)2 40 68 76 52
Fax : +33 (0)2 40 68 77 68
sylvie.alonso@oniris-nantes.fr
www.angers-nantes.inra.fr/bioepar
Direction
Christine Fourichon, directrice
Olivier Plantard, directeur adjoint
Quelques chiffres
22 chercheurs et enseignants-chercheurs
10 ingénieurs
21 techniciens et administratifs
19 doctorants et 3 post-doctorants
1 élevage de tiques
1 halle expérimentale d’aquaculture
1 serveur de calcul à architecture virtualisée
Institut National de la Recherche Agronomique
Membre fondateur d’Agreenium
Présentation de l’unité
Les recherches, à perspective finalisée, visent à produire :
• des connaissances et méthodes pour la gestion de la santé animale
• des connaissances fondamentales pour comprendre les
mécanismes d’apparition de maladies transmissibles
Plus précisément, les objectifs de l’unité sont les suivants :
• Mesurer la santé des populations animales, en comprendre les
déterminants et évaluer les moyens de la maîtriser
• Comprendre le fonctionnement des populations de vecteurs et d’agents
pathogènes, et les interactions entre agents pathogènes et hôte
Les disciplines mobilisées sont l’épidémiologie, la modélisation,
l’économie de la santé animale, la biologie des agents pathogènes, des
vecteurs et des interactions agresseur-hôte, et la biologie des populations.
Les objets d’application sont les maladies animales endémiques,
multifactorielles ou transmissibles, et le portage d’agents zoonotiques
dans plusieurs systèmes de production animale de type européen. L’unité
s’intéresse aussi à la biologie des protozoaires transmis par les tiques.
Chez les bovins, l’adossement à l’UMR d’une unité mixte technologique
(UMT Maîtrise de la santé des troupeaux bovins) permet d’élaborer
avec les partenaires professionnels (Institut de l’Elevage, Groupement
Techniques Vétérinaires, Groupements de Défense Sanitaire) des
stratégies pour diffuser les résultats des recherches.
L’unité est organisée autour de 4 équipes scientifiques
Epidémiologie observationnelle (EPID) - Nathalie Bareille.
• Description des statuts de santé individuels et de troupeau et
identification de facteurs-clés de l’occurrence des maladies ou
du portage de pathogènes.
• Evaluation de l’efficacité de mesures de maîtrise et de l’impact
des maladies pour la formulation de stratégies de gestion de la
santé à l’échelle de troupeaux ou de régions.
Modélisation et décision (MODEC) - Catherine Belloc
• Etude par modélisation de l’influence de l’hétérogénéité des populations d’hôtes et de vecteurs sur la propagation des agents pathogènes.
• Modélisation prédictive pour évaluer l’efficacité épidémiologique de stratégies de maîtrise des maladies transmissibles.
• Evaluation économique de stratégies de maîtrise de maladies
endémiques et épidémiques.
Variabilité, Infection et Pathogénicité (VIP) - Laurence Malandrin
• Caractérisation des agents pathogènes et de leur variabilité,
pour deux modèles biologiques : Babesia et les bactéries
pathogènes des poissons.
• Mécanismes des interactions pathogène-vecteur-hôte, pour le
modèle Babesia-tique-ruminants.
Population de Vecteurs et de Pathogènes (PVP) - François Beaudeau
Analyse spatiale et moléculaire du fonctionnement des populations
de vecteurs et d’agents pathogènes :
• Rôle de la structure du paysage dans la distribution, la
dynamique et la génétique des populations de tiques
• Rôle des voies de transmission dans la distribution et la
diffusion des agents pathogènes.
Thèses en cours
• Modélisation de la propagation de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis dans une région d’élevage bovin pour évaluer des stratégies de maîtrise - Gaël Baunée.
• Influence des mouvements du chevreuil et du paysage sur la dynamique de population de tiques - Mohamed Lemine Brahim.
• Modélisation multi-échelles de la transmission du virus du Syndrome
Dysgénésique Respiratoire Porcin - Eric Breton.
• Valeur informative du budget-temps de la vache laitière pour la détection précoce des troubles de santé et des événements de reproduction - Pierre Clément.
• Evaluation d’alternatives à l’utilisation d’antibiotiques dans les élevages porcins européens - Lucie Collineau.
• Evaluation de l’efficacité de démarches d’intervention pour améliorer la santé
des vaches laitières en élevage agrobiologique et conventionnel - Julie Duval.
• Evaluation du croisement entre races bovines laitières - Charlotte Dezetter.
• Modélisation de la réponse immunitaire appliquée au virus du Syndrome Dysgénésique Respiratoire Porcin - Natacha Go.
• Emission et persistance des agents biologiques pathogènes en centres de réhabilitation pour oiseaux sauvages en France métropolitaine - Philippe Gourlay.
• Interactions moléculaires entre le système immunitaire de la tique
Ixodes ricinus et le Protozoaire parasite Babesia spp. - Marie Jalovecka.
• Modélisation de la propagation spatio-temporelle d’un agent pathogène dans une métapopulation bovine : application au virus de la
diarrhée virale bovine (BVDV) - Bhagat Lal Dutta.
• Modèles dynamiques à espace d’états pour la détection d’émergence
en épidémiologie - Anne Lehébel.
• Protocoles de traitement des bronchopneumonies infectieuses bovines
à l’aide d’antibiotique à courte action et préservation de l’efficacité thérapeutique en santé animale et santé humaine - Guillaume Lhermie.
• Optimisation de l’usage des antiparasitaires chez la génisse d’élevage en vue de
prévenir le risque d’émergence de populations de strongles digestifs résistants :
développement d’une stratégie durable de traitement sélectif - Aurélie Merlin.
• Evaluation de l’intérêt vaccinal de la protéine RAP-1 pour lutter
contre les babésioses ovines - Qingli Niu.
• Modélisation de la propagation de Coxiella burnetii entre troupeaux
bovins laitiers - Pranav Pandit.
• Polymorphisme génétique et écologie des tiques (Ixodide) - Ionut Pavel.
• Influence du paysage sur les communautés de rongeurs comme hôtes
de maladies vectorisées par les tiques - Grégoire Perez.
• Développement et évaluation de stratégies de maîtrise des strongyloses gastro-intestinales des ruminants limitant le recours aux anthelminthiques - Nadine Ravinet.
Dispositifs d’expérimentation
• Elevage de tiques permettant des infections expérimentales et
études de transmission, avec des souches d’agent pathogène
issues du monde entier. Collection de tiques.
• Halle expérimentale poissons utilisée dans la réalisation d’infections expérimentales.
• Serveur de calcul à architecture virtualisée.
Faits marquants 2013
Evaluation de l’efficacité de la vaccination pour maîtriser
l’infection par Coxiella burnetii dans les troupeaux bovins
laitiers - François Beaudeau, Raphaël Guatteo.
L’efficacité de la vaccination pour maîtriser l’infection par Coxiella burnetii
dans les troupeaux bovins laitiers a été
évaluée en s’appuyant sur une large
étude d’intervention et des travaux de
modélisation épidémiologique. Les résultats ont permis d’identifier des stratégies efficaces en milieu infecté. Tout au long du programme
de recherche, des interactions régulières ont été organisées avec
les acteurs privés (Groupements de Défense Sanitaire, ACERSA, industriel de la santé animale) et publics (DGAl, EFSA)
concernés par la maîtrise de la fièvre Q.
Sécuriser les mouvements d’animaux par rapport aux risques
sanitaires pour la diarrhée virale bovine (BVD) – Christine Fourichon.
Des nouveaux critères peuvent
être utilisés pour sécuriser les
mouvements de bovins lors de
transactions commerciales visà-vis du risque de propagation
du virus de la BVD. Ces critères
ont été construits et évalués lors de programmes de recherche
en épidémiologie et modélisation conduits en partenariat avec
les Groupements de Défense Sanitaire. Ils sont maintenant
appliqués dans le dispositif de certification nationale et pour les
prophylaxies collectives régionales. Ils ont été présentés à plus
de 200 professionnels européens à Nantes en novembre 2013.
Maladies vectorielles animales : modélisation pour
comprendre la persistance au-delà d’un hiver – Pauline Ezanno.
La modélisation permet de comprendre le fonctionnement des
systèmes biologiques complexes
en jeu dans les maladies vectorielles selon l’abondance des hôtes
et vecteurs. Les conditions permettant la persistance d’un arbovirus lorsque l’abondance des vecteurs dépend des saisons ont été
déterminées en tenant compte de
différents mécanismes biologiques possibles de survie ou transmission d’un virus, incluant la
survie prolongée du virus chez son hôte ou son vecteur, le maintien d’une petite population de vecteurs pendant l’hiver, ou la
transmission du virus par le vecteur à sa descendance.
Partenariats
Collaborations scientifiques
• France : INRA (départements MIA, SA, EFPA, SPE, SAE2,
GA, PHASE), ANSES, CIRAD, CNRS, INRIA, Institut
Pasteur, Universités (Rennes, Bordeaux).
• Internationales : RVC et AHVLA (UK), WUR et GD (NL), SLU et
SVA (SE), Kassel Univ. (G), IREC et IRTA (SP), Univ. Gand et CODACERVA (B), FEM (I), Univ. Bohême du Sud (CZ), LVRI (Chine).
Partenariats socio-économiques
• Unité Mixte Technologique « Maîtrise de la santé des
troupeaux bovins », en partenariat avec l’Institut de
l’Elevage, les GDS et les GTV.
• Institut Carnot Santé Animale (entreprises des secteurs
agriculture, service en élevage, agroalimentaire, santé animale)
Formation
Les enseignants-chercheurs et chercheurs de l’unité interviennent
dans les masters MODE, SAED (Université Rennes 1).
L’unité est rattachée à l’école doctorale Biologie-Santé (Univ. Nantes).
L’unité accueille des étudiants en thèse de doctorat vétérinaire, en
stage de fin d’études d’ingénieur et de master (Modélisation, BioInformatique, Statistiques, Ecologie, Biologie moléculaire et cellulaire, Biologie des populations, Epidémiologie, Santé publique,
Economie et Gestion appliquées à la santé animale).
BIOEPAR - Atlanpole-Chantrerie - CS 40706 - F - 44307 Nantes Cedex 3
Tél. : +33 (0)2 40 68 76 52 - Contact : sylvie.alonso@oniris-nantes.fr - Info : www.angers-nantes.inra.fr/bioepar
Service communication INRA - Février 2014
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