Lactobacillus gasseri THT 031301
4. Identification
a. Identification génétique
i. Séquençage de l'ADNr 16S
La littérature considère que la détermination du pourcentage d'homologie entre les ADNr 16S
de plusieurs souches est une méthode suffisamment discriminante pour permettre
l'identification bactérienne.
Protocole
Les fragments de l’ADNr 16S de la souche THT 031301 (de 1148 paires de bases), obtenus
après amplification des ADN totaux, sont séquencés.
A partir de cette séquence, un pourcentage d'homologie est calculé par comparaison avec
d’autres séquences. Deux souches bactériennes sont considérées comme appartenant à la
même espèce si le pourcentage d'homologie entre les 2 ADNr 16S est supérieur ou égal à 97
%.
Résultats
Les taux d'homologie entre la séquence d’ADNr 16S de la souche Lb. gasseri THT 031301
avec d’autres séquences de souches appartenant au genre Lactobacillus sont repris dans le
Tableau 1.
Tableau 1. Pourcentage d'homologie obtenu par comparaison des séquences 16S de certaines souches de
Lactobacillus avec la séquence du gène codant pour l’ADNr 16S de la souche THT 031301.
Pourcentage d’homologie (%)
Lactobacillus gasseri LMG 9203
Lactobacillus johnsonii LMG 9436
Lactobacillus delbrueckii subsp delbrueckii LMG 6412
Lactobacillus acidophilus LMG 9433