Influence du paysage sur les communautés de micromammifères

Matériels & méthodes
Notre plan d’échantillonnage s’étend sur un gradient de paysages ayant un divers
degrés de fragmentation de l’habitat boisé : la forêt, le bocage dense et le bocage ouvert
(Figure 2). Nous ciblons le cœur, la lisière de forêt et les interfaces bois/prairie et
haie/prairie du bocage. Ces milieux sont des lieux de rencontre entre faune sauvage et
domestique où les conditions microclimatiques (milieux boisés) permettent la survie des
tiques à l’état libre (hors hôte).
Les données enregistrées sur le terrain sont géoréférencées et ajoutées sous un
logiciel de Système d’Information Géographique (SIG). Elles nous permettront de tester
statistiquement des relations entre (1) communautés d’hôtes (abondance et diversité), (2)
abondances et diversité des vecteurs et (3) prévalences et diversité en Babesia avec des
variables relatives à la composition et la connectivité du paysage (Figure 3).
Influence du paysage sur les
communautés de micromammifères
comme hôtes de maladies vectorisées par
les tiques.
Perez Grégoire1,2, Bastian Suzanne2, Rantier Yann1, Plantard Olivier2 et Butet Alain1
1 : UMR EcoBio 6553 CNRS - Université de Rennes 1, Rennes, France et 2 : UMR BioEpAR 1300 ONIRIS – INRA, Nantes, France
Contexte
La majorité des maladies émergentes ou ré-émergentes des dernières décennies
sont des zoonoses qui, en raison de leurs conséquences sanitaires et/ou économiques,
suscitent une préoccupation croissante des institutions de santé publique. Parmi ces
maladies, beaucoup, en zone tempérée, sont vectorisées par les tiques.
Le cycle des tiques et la transmission des maladies qu’elles véhiculent dépendent
fortement du paysage. En effet, la structure du paysage détermine la répartition des
habitats, les communautés d’hôtes (réservoirs potentiels d’agents infectieux) et leur
probabilité de contact avec les tiques.
Problématique
Dans le cadre d’un projet ANR qui vise à la construction d’un Outil de Simulation
Cartographique à l’échelle du paysage Agricole du Risque acarologique (OSCAR), nous
cherchons à comprendre comment le paysage structure les communautés d’hôtes, de
tiques, et la transmission d’agents infectieux.
Particulièrement, notre étude vise à comprendre l’influence du paysage sur les
prévalences et la diversité des parasites du genre Babesia qui sont des protozoaires
responsables de piroplasmoses chez l’homme et l’animal. Ces prévalences sont étudiées
dans les communautés de micromammifères, hôtes majeurs des stades juvéniles des
tiques, et les tiques (Figures 1). L’étude est menée sur deux sites d’étude (Zone Atelier
Armorique et Vallons et coteaux de Gascogne).
Remerciements
Ces recherches sont financées par la région Bretagne, l’Agence National de la Recherche via le
programme de recherche OSCAR (appel à projet « Agrobiosphère »), le Centre National de la Recherche
Scientifique, l’Institut National de Recherche Agronomique, l’Université de Rennes 1 et l’école vétérinaire
Oniris, Nantes. Les auteurs remercient tous les participants aux campagnes de terrains OSCAR.
Contact : [e-mail]
UMR 1300 BioEpAR
Principales hypothèses
•Structure du paysage
Le paysage est une mosaïque d’habitats modulant la diversité, les déplacements
et le comportement des espèces hôtes. Cela peut se traduire par des différences dans le
taux de contact avec les tiques, elles mêmes dépendantes de ces habitats, et des agents
infectieux qu’elles transmettent.
•Effet de « dilution »
La diversité des hôtes diminue la probabilité pour une tique infectée de se nourrir
sur une espèce d’hôte compétente pour un agent infectieux donné, induisant une baisse
de sa prévalence.
•Effet d’« amplification »
L’abondance des hôtes permet de nourrir plus de tiques, ce qui favorise
l’accroissement de leurs populations, augmente les probabilités de rencontre entre hôtes
réservoirs et vecteurs et amplifie la transmission d’agents infectieux.
Bocage dense
Cœur de forêt
Figure 2 : Vue aérienne d’une des deux zones d’étude (la Zone Atelier Armorique) avec la
localisation des secteurs paysagers pris en compte dans notre étude et des sites
d’échantillonnages de micromammifères.
Les zones jaunes délimitent les secteurs paysagers et les points rouges la localisation des sites de
piégeage de micromammifères. Les 90 points de collecte de tiques, dont 24 sont communs avec les
micromammifères ne sont pas représentés.
Lisière de forêt
Bocage ouvert
Premiers résultats
Nous constatons d’ores et déjà des variations spatiales, à plusieurs échelles (zone
d’étude, secteur paysager, écotones) et temporelles d’abondance et de diversité en
micromammifères (Figure 4) et en tiques (non représenté).
La technique biomoléculaire de détection des Babesia est en cours de mise au
point. Elle permettra de mesurer la prévalence de ce parasite chez les micromammifères et
chez les tiques et d'analyser ses variations en fonction des caractéristiques paysagères.
Figure 4 : Comparaison des abondances
relatives des deux espèces dominantes,
Apodemus sylvaticus et Myodes
glareolus (98 % des captures) par
secteur paysager au printemps 2012 et
2013 en Zone Atelier Armorique.
Les secteurs paysagers correspondent
pour CF au cœur de forêt, LF à la lisière de
forêt, BD au bocage dense et BO au bocage
ouvert.
CF LF BD BO CF LF BD BO
Printemps 2012 Printemps 2013
0
10
20
30
40
50
60
Espèce
Animaux capturés
Figure 1 : Cycle de transmission des Babesia dans un paysage agricole.
Une tique peut acquérir des Babesia sur un hôte porteur à chaque repas sanguin et donc devenir
infectieuse au repas suivant. Les photos montrent : (a) : mulot sylvestre infesté de tiques, (b) : nymphe
d’Ixodes ricinus, (c) : femelle adulte d’Ixodes ricinus, (d) : ongulés domestiques sain ou porteur et (e) : des
érythrocytes contenant des piroplasmes (Babesia spp.).
Repas
sanguin
Repas
sanguin
Repas
sanguin
Paysage
Tiques saines
(larves ou nymphes)
Tiques infectées
(nymphes ou femelles adultes)
Micromammifères
infectés
Micromammifères
sains
Repas
sanguin
Mue
Ongulés infectés
Ongulés sains
Pratiques agricoles
Infection Infection
Risque de
piroplasmose chez
les ongulés
domestiques et
l’homme
Mue
Gestion des troupeaux
d’ongulés domestiques
Utilisation des terres, ect.
Interactions
écologiques
Cycle de transmission des Babesia
Micromammifères
Extraits
d’ADN
PCR gène 18S
(spécifique des
Babesia ; ~600pb)
Abondance, richesse et diversité spécifique
Structure des populations (stades, sex-ratio)
Détection et
identification
des Babesia
Diversité et
prévalence
Lignes de
piégeages
34 pièges sur 100m
2 relevés en 48 heures
Géo-référencement des données
et extraction de variables
paysagères par SIG
Identification (espèce),
sexage, mesures
biométriques des
micromammifères
Caractéristiques
paysagères
Figure 3 : Schéma des différentes étapes de collecte et d’analyse des échantillons jusqu’à
l’obtention des données de prévalence des agents infectieux.
Collectes de
tiques
90 transects de 10 fois
10x1m sur 300m
Tiques collectées
(Adultes et nymphes)
Autres analyses du
programme OSCAR
(a)
(a)
(b)
(c)
(d)
(d)
(e)