La mise en collection - Plateforme pédagogique du Muséum

La mise en collection
Résumé : Après une expédition, de retour au laboratoire, les scientiques doivent mettre en collection les
spécimens collectés sur le terrain. Ce dossier s’intéresse dans un premier temps aux bases de données, qui sont
des outils très pratiques pour trouver des informations sur les collections naturalistes et sur les êtres vivants
et leur écosystème. Le dossier développe ensuite plusieurs parties sur la mise en collection en détaillant ses
objectifs, en expliquant ses techniques et en présentant deux exemples de collections nationales au Muséum :
l’herbier et la zoothèque.
Problématique : Comment conserver les spécimens collectés lors des expéditions avec leurs informations
associées an qu’ils puissent être utilisés par les scientiques du monde entier pour leurs travaux de recherche?
Objectifs : Décrire les méthodes de mise en collection et expliquer leurs utilités.
Niveaux : CM2, 6°, 3°, seconde, première, terminale
Disciplines : Éducation civique, SVT, Français
Plan :
I) Les collections
Pourquoi des collections ?
Les techniques de mise en collection
II) Les bases de données
Présentation
Bases de données moléculaires
Bases de données écologiques
III) Les collection nationales
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a) Pourquoi des collections ?
I) Les collections
Quand on parle de collection, il
peut s’agir de spécimens vivants
(jardins botaniques, serres, parcs
zoologiques, cultures ou élévages
dans les laboratoires, ect.), de
spécimens morts (herbiers,
zoothèques), de banques de
graines, de fossiles, de tissus. On
estime à environ 68 millions de
spécimens l’ensemble des objets
des collections du Muséum à la
disposition des chercheurs.
Les collections ont des intérêts divers :
En sciences naturelles, les spécimens ayant servi de supports pour les descriptions d’espèces sont appelés types.
Ils servent de modèles de référence pour les individus trouvés plus tard : si un spécimen est dicile à identier,
le chercheur peut aller consulter la collection qui possède le type pour le comparer avec son individu. Ainsi
les collections sont utiles pour identier des spécimens, en particulier en ce qui concerne les végétaux et les
invertébrés. L'holotype est le type original, explicitement désigné par l'auteur du nom dans la publication
originale. Un paratype est un spécimen cité dans la description de l’espèce quand l'auteur a désigné plusieurs
spécimens à la fois comme types. Ces spécimens qui font référence doivent être gardés précieusement.
ll est possible d’étudier d’une
nouvelle manière les collections
grâce aux nouvelles technologies,
notamment celles liées à la
génétique moléculaire tel que le
barcoding. Ainsi on peut trouver
de nouvelles espèces parmi les
prélèvements non encore identiés
et ceux attribués à une espèce
proche.
Interview de Nicolas Puillandre
Les objectifs des collections
Panthère de Chine, collection vivante Corvidés, collection empaillée, zoothèque
Des collections utiles à la recherche par Michel Tarnier
Vidéo présentant les grandes
serres du jardin des plantes
Présentation de l’histoire
des collections du MNHN
par Michel Tarnier
L’enrichissement des collections
Par Michel Tarnier
Présentation de la banque de
graines du MNHN
Crustacé mis en collection séche en 1842, zoothèque, MNHN

Vivants ou non, rares ou répandus, les spécimens d’histoire naturelle conservés dans les diérentes collections
du Muséum national d’Histoire naturelle sont tous uniques et recèlent des informations précieuses pour la
compréhension de la planète Terre et de la vie qui la peuple :
Des collections au MNHN depuis quand ?
Après plus de 350 ans d’accumulation de la diversité naturelle, ce fond
des collections du Muséum continue de s’enrichir aujourd’hui pour la
recherche actuelle et future, mais aussi pour diuser les connaissances
auprès du plus grand nombre.
Des collections pour qui ?
Le Muséum est un lieu ouvert à tous. Scientiques, étudiants, écoliers
et amoureux de la nature ont accès à ses collections, pour satisfaire une
curiosité ou pour servir la recherche.
Des collections pour quoi faire ?
Des vocations multiples : les objets des collections naturalistes orent
à tous la possibilité de découvrir notre univers tant de manière sensible
que raisonnée.
Des collections uniques
Le patrimoine est fragile. Il est un bien culturel qui participe à la
transmission de la mémoire de la nature, de l’Homme et de son
activité. La perte et la destruction de ces biens sont des atteintes aux
fondements même de la connaissance de notre univers.
Les collections contribuent à l'étude de l'évolution grâce notamment
à l'anatomie comparée, mais aussi à la conservation de la nature et de
la biodiversité quand il s'agit de collection d'échantillons vivants. De
nombreuses espèces rares ou disparues ne sont connues que grâce à ces
collections. Pour certaines espèces en voie de disparition, disparues ou
très rares, leur mise en collection est essentielle an que la communauté
scientique internationale puisse conserver quelques spécimens pour
les travaux de recherche. Actuellement dans le monde, avec les grands
changements dans les milieux naturels, dus aux activités humaines, il y a
une érosion de la biodiversité et beaucoup d’espèces disparaissent ou se
raréent. Selon L’Union Internationale pour la Conservation de la Nature
(IUCN), le rythme actuel d’extinction serait de 25 000 à 50 000 espèces
chaque année (soit entre 100 et 1000 fois plus que le rythme d’extinction
« normal », hors période de crise, basé sur les données paléontologiques).
L’émeu noir, seul au monde
par Michel Tarnier
Il manque également de nombreuses données sur les distributions géographiques des spécimens dans
les collections des siècles passés qui auraient pu être utiles aujourd’hui. Désormais, dans un contexte de
changements climatiques globaux, ces informations doivent être associées aux spécimens mis en collection.
L’émeur noir rapporté de l’expédition de
Baudin en 1802, zoothèque, MNHN
b) Les techniques de mise en collection
Les collections d’organismes sont issues de collectes sur le terrain. Lorsque les spécimens prélevés lors d’une
expédition arrivent au laboratoire, il est rare qu’ils soient déjà identiés. Tous les spécimens prélevés lors d’une
expédition sont transportés en conteneur par bateau puis camion jusqu’aux locaux du Muséum. L’équipe de
“La Planète Revisitée” réalise des séjours de tri : des personnes connaissant bien les familles d’un même taxon
travaillent durant plusieurs semaines an de trier les spécimens d’une même expédition en lot par famille. Ces
lots de spécimens de la même famille sont envoyés au spécialiste du réseau “La Planète Revisitée” qui travaille
sur cette famille. Après avoir déterminé l’espèce, il faut donc mettre en collection les spécimens an d’assurer
sa conservation et son archivage.
Peaux de tigre faisant partie de la collection
historique, zoothèque, MNHN

La mise en collection des
Reptiles Nicolas Vidal
Le devenir des collectes
Philippe Maestrati
La mise en collection des
Mollusques Nicolas Puillandre
L’identication des spécimens
Claire Villemant
La mise en collection des
Sacculines Fabien Tredez
La mise en collection des
Crustacés
Paula Martin-Lefèvre
Arrivée de conteneurs aux entrepôts du muséum
Préparer les spécimens pour les conserver longtemps (plusieurs
centaines d’années) :
Conservation en uide :
Lors d’une mise en collection, il va de soit qu’il faut essayer de conserver
l'apparence des spécimens. Il faut pour cela xer les spécimens avant
leur mise en alcool pour la conservation. Les solutions à base de formol
sont les seules solutions capables de xer à long terme toutes sortes de
tissus. Le but de la xation sera non seulement de conserver l'apparence
externe des organes, mais aussi de xer les tissus et leurs structures pour
pouvoir les étudier par la suite. La xation est le traitement chimique
des tissus qui empêchera la dégradation des protéines et qui permettra
la coagulation du contenu cellulaire en substances insolubles. Pour les
animaux relativement volumineux (Reptiles, Amphibiens), il faut les xer
au formol avant de les conserver dans l'alcool. Cette xation va permettre
de conserver les pigmentations du spécimen. Le formol du commerce
est une solution de formaldéhyde à 40 %. La xation s'eectue avec une
solution à 4-5 % (1 partie de formol pour 20 parties d'eau). Le formol
est injecté à l'aide d'une seringue et les spécimens sont laissés dans la
solution de xation pendant quelques jours. Ils seront rincés à l'eau avant
de les conserver dans l'alcool.
Les Arthropodes, les Mollusques
ne sont pas xés au formol, ils
sont directement conservés
dans de l’alcool éthylique dilué
généralement à 70°, avec de l'eau
déminéralisée. Après avoir plongé
les animaux frais dans l'alcool à
70°, il convient de le renouveler
au moins une fois car si le titrage
de la solution baisse, cela peut
entraîner une macération (faible
pourrissement) des spécimens.
Spécimens mis en alcool quelques heures après leur collecte aux Iles du Salut
Mise en alcool des Hyménoptères

Les spécimens xés ou non selon
leur nature seront conservés dans
une solution de conservation;
“La solution de conservation doit
stabiliser l’état du spécimen et le
conserver dans l’apparence et la
forme de la vie. Elle doit ainsi le
protéger de l’autolyse, des agents de
dégradation et de la déshydratation
; enn, elle doit minimiser les
rétrécissements et les gonements”
(romero-sierre et webb, 1983). les
uides conservateurs permettent
aussi de protéger les spécimens
des agents biologiques (germes,
bactéries, champignons…), tout
en les gardant utilisables pour la
recherche ou l’exposition au public.
Du fait des multiples usages des
spécimens préservés et de la variété
des organismes conservés en uide,
un grand nombre de solutions de
conservation sont utilisées. Pour
la grande majorité des spécimens
de la zoothèque du MNHN, c’est
l’éthanol qui est utilisé. L’éthanol
permet une bonne conservation de
l’information génétique portée par
les molécules d’ADN.
Lors de la mise en collection dénitive, les petits spécimens sont mis chacun dans un tube, rempli d'alcool à
70% selon la procédure précédemment décrite. Ces petits tubes sont bouchés et tous les tubes sont plongés
dans un grand bocal du type, bocal à conture avec joint élastique, lequel renferme lui aussi de l'alcool à
70 jusqu'à totalement recouvrir les tubes. Les spécimens plus gros sont placés seuls dans un bocal. Pour des
animaux aquatiques, ne jamais oublier qu'ils renferment beaucoup d’eau, et qu'un double changement d'alcool,
à huit jours d'intervalle, avant mise en collection, s'impose pour éviter la macération.
Arrivée des spécimens au laboratoire de la zoothèque, préparation pour mise en collection
Collection de Crustacés en alcool dans les compactus de la zoothèque, MNHN Poissons en alcool, zoothèque, MNHN