Algorithmique et structures de données - Bioinformatique L3

Support de cours de la matière :
Algorithmique et structures de
données
Spécialité : Bioinformatique
Niveau : Troisième année
Dr Chehili Hamza
Année universitaire 2020-2021
RÉPUBLIQUE ALGERIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
UNIVERSITÉ DES FRÈRES MENTOURI - CONSTANTINE 1
Faculté des sciences de la nature et de la vie
Département de Biologie Appliquée
Département de Biologie Appliquée
Support de cours de la matière :
Algorithmique et structures de
données
Spécialité : Bioinformatique
Niveau : Troisième année
Dr Chehili Hamza
Année universitaire 2020-2021
RÉPUBLIQUE ALGERIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
UNIVERSITÉ DES FRÈRES MENTOURI - CONSTANTINE 1
Faculté des sciences de la nature et de la vie
Département de Biologie Appliquée
Département de Biologie Appliquée
Support de cours de la matière :
Algorithmique et structures de
données
Spécialité : Bioinformatique
Niveau : Troisième année
Dr Chehili Hamza
Année universitaire 2020-2021
RÉPUBLIQUE ALGERIENNE DÉMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTÈRE DE L’ENSEIGNEMENT SUPÉRIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
UNIVERSITÉ DES FRÈRES MENTOURI - CONSTANTINE 1
Faculté des sciences de la nature et de la vie
Département de Biologie Appliquée
Département de Biologie Appliquée

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Objectifs de l’enseignement :
Cette matière vise à amener progressivement l’étudiant à assimiler et utiliser les concepts et
les techniques nécessaires pour construire des algorithmes aux problèmes rencontrés. Ceci,
doit impérativement passé par la compréhension de la démarche algorithmique et les énoncés
nécessaires à sa représentation en pseudo code.
Mode d’évaluation :Examens écrits, Contrôle continu

2
I. CONCEPTS DE BASE
1. Algorithme
Une succession finie d’opérations qui donne la solution d’un problème donné. Pour écrire un
algorithme, on utilise un pseudo-langage compréhensible par une communauté. Donc, l’idée
générale d’un algorithme est de donner la solution d’un problème sous forme d’opérations qui
peuvent être traduites dans un langage compréhensible par la machine tout en le gardant
lisible et compréhensible par une personne ordinaire.
2. Programme
Un programme est un assemblage et un enchaînement d’instructions élémentaires écrites dans
un langage de programmation, et exécuté par un ordinateur afin de traiter les données d’un
problème et renvoyer un ou plusieurs résultats.
3. Langage de programmation
Un langage de programmation fournit un ensemble de mots-clés et de règles de syntaxe qui
permettent de créer des instructions formant des programmes et qui peuvent s’exécuter, sans
souci, sur une machine.
II. STRUCTURE D’UN ALGORITHME
La figure suivante donne la structure générale d’un algorithme :
Algorithme <Nom de l’algorithme>
Déclaration
Constantes :
<Liste des constantes>
Variables :
<Liste des variables>
Début
<Liste des instructions>
Fin
1
5
4
3
2

3
La première ligne permet juste d’identifier l’algorithme. Donc, le nom attribué ne change
pas l’exécution et les résultats.
Avant de mettre les instructions, il faut déclarer les constantes et les variables
utilisées dans l’algorithme.
La partie principale de l’algorithme se trouve entre les mots clés ‘début’ et ‘fin’ . Elle
contient la suite d’instructions à exécuter.
Exemple :
4. Notion de variable
Une variable est un mot qui permet l’identification de l‘emplacement mémoire où on stocke
une valeur à manipuler.
Algorithme Produit
Déclaration
x, y, z : entier
Début
Lire(x, y)
z x *y
Ecrire(z)
Fin
5
4
3
2
1

4
Malgré que le choix est libre du nom de la variable, il préférable, pour des raisons de lisibilité
et de compréhension de choisir des noms de variables en fonctions de ce qu’elles représentent.
Par exemple : Moyenne, Poids, Taille,…etc.
La notion de type d’une variable est capitale, car elle implique le choix du codage de la
variable (par exemple, un entier sur 32 bits et un caractère sur 16 bits) ainsi que les possibilité
d’usage ( par exemple : on ne peut pas multiplier un caractère par un nombre entier).
Exemple de déclaration des variables :
M, Max : Entier
Poids, Moyenne : Réel
Premier : Bouléen
5. Notion de constante
On peut assimiler la notion d’une constante à une variable dont la valeur ne change pas au
cours de l’exécution de l’algorithme.
Exemple de déclaration des constantes :
TVA = 0,17
N = 50
Admis = Vrai
III. LES TYPES D’INSTRUCTIONS
La partie principale d’un algorithme contient la suite d’instruction qui va être traduite vers un
langage de programmation. Il existe quatre types d’instruction dont le détail est donné par la
suite :
1. Les instructions d’entrée/sortie
Ce type d’instruction est utilisé pour interagir avec l’utilisateur, en lui permettant d’entrer des
valeurs des variables. Ainsi, le résultat des traitements et des messages d’information peuvent
être affichés à l’utilisateur via ce type d’instruction. En réalité, il existe plusieurs
périphériques et manières pour échanger des données avec un algorithme ou un programme
(via des fichiers, des bases de données, des formulaires,…). Toutefois, pour se concentrer sur
les principes de l’algorithmique, on se contente par les entrées et les sorties standards, à
savoir, l’écriture sur le clavier et l’affichage sur écran. L’exploitation des autres possibilités
vont être abordées dans la matière dédiée à la programmation.
a. Instruction d'entrée