génomique fonctionnelle partie 1 [Mode de compatibilité] (1)

DR Chaoui N.
DépartementdeBiologieAnimale
Université Frères
Mentouri
Constantine
Université
Frères
Mentouri
Constantine
c
GÉNOMIQUEFONCTIONNELLE

Après le Séquençage des génomes
Après
le
Séquençage
des
génomes
etleContrôledela
q
ualitéde
q
laséquence
Pours’assurerquelaséquencenucléotidique
d
’
ungénomesoitcomplèteetsanserreur le
dungénomesoitcomplèteetsanserreur
,
le
génomeestséquencéplusd’unefois
⇓
⇓
Compilation des séquences
Compilation
des
séquences

L’annotationdelaséquence
Après
le
séquençage
du
génome
et
le
contrôle
de
Après
le
séquençage
du
génome
et
le
contrôle
de
qualité de sa séquence , la tâche suivante est
l’annotation
q
ui consiste à:
q
1
)
Identifier
les
gènes
codant
les
protéines
➽
par
1
)
Identifier
les
gènes
codant
les
protéines
par
des logiciels spécifiques cherchant les ORF
(
O
p
en Readin
g
Frame :
p
hase ouverte de
(p
g
p
lecture)
les ORF commencent
p
ar une sé
q
uence
p
q
d’initiation (généralement
A
TG) et se
terminent par une séquence de terminaison
(TAA
TAG
TGA)
(TAA
,
TAG
,
TGA)
.

Six
cadres
de
lectures
sont
analysés
sur
une
Six
cadres
de
lectures
sont
analysés
sur
une
séquence pour la recherche des ORF (3 sur le brin
séquencé
et
3
sur
le
brin
complémentaire
séquencé
et
3
sur
le
brin
complémentaire
puisqu’on sait pas si le brin séquencé correspond
au
brin
codant
ou
non)
au
brin
codant
ou
non)
.
2) Identifier les séquences régulatrices des gènes :
boites TATA.
3
)
Identifier les
g
ènes ne codant
p
as des
p
rotéines :
3
)
g
p
p
ARNr, ARNt
4
)
Localisation
des
séquences
répétés
des
4
)
Localisation
des
séquences
répétés
,
des
transposons

Définition
A
p
rès l’annotation de la sé
q
uence
Définition
p
q
génomique, la tâche suivante consiste
à déterminer la fonction de cha
q
ue
q
gène de la séquence : la génomique
Fonctionnelle.
La fonction de certains
g
ènes a été
g
définie par les 2 approches de
g
énéti
q
ue
(
directe et inverse
)
;
mais
gq
(
)
;
beaucoup d’autres restent à défini
r
.
Ceci
p
eut se faire
p
ar :
p
p