Université d’Alger 1 Ben Youcef ben khedda Spécialité : microbiologie appliqué Niveau :master 1 Module: Interaction Microbienne et Socio-Microbiologie Chargé Td du Module :Mme Guentri TP n°2 : Isolement de la microflore tellurique Réalisée par: •Ahmed chaouch yasmine •Abdeslam zine el wouroud •Belhouane ahlem •Benbelkheir manel Groupe :1 Introduction •Le sol, où cohabitent , les racines ,les végétaux, les animaux et les microorganismes, est la première ressource pour la vie de la planète , pour la production alimentaire, support des activités humaines, source de minerais et de matériaux de construction, système épurateur, réserve d’eau… •À une échelle microscopique, le sol constitue un environnement où interagissent directement ou indirectement de nombreux microorganismes telluriques, entre eux mais aussi avec les composantes abiotiques du sol (matière organique, matrice minérale, etc.) et avec les racines des plantes (au niveau de la rhizosphère) La transformation du sol facteurs physicochimiques structure facteurs biotiques texture matière organique potentialités intrinsèques relations trophiques entre les espèces animales, fongiques et procaryotiques Objectif • Isoler et dénombrer des microorganismes qui se trouvent dans un échantillon de sol par la méthode des dilutions tout en maintenant le plan de travail aseptique. pourquoi faire l’isolement des microorganismes du sol ? . Comment faire ce isolement ? déterminer le genre et l’espèce du microorganisme vivant dans le sol Connaître sa physiologie et son écologie ainsi que son rôle utile souvent et nuisible quelque fois Trouver des applications à ces microorganismes Trouver des substrats qui stimulent la croissance du microorganisme recherché tout en limitant ou en supprimant le développement de ses concurrents La réussite d’un isolement dépend de: l’efficacité de la méthode employée la qualité de l’échantillonnage la manière dont les échantillons sont conservés et traités Prélèvement et échantillonnage Les prélèvements à partir du sol sont faits à la tarière, à la spatule ou à la pelle bêche désinfectées à l’alcool éthylique pour éviter les contaminations entre échantillons, ces derniers recueillis dans des sacs en plastique et sécher a T° modérée après conserver dans un endroit frais ( 4-6 °C) Matériels et méthodes Matériel biologique : Sol L’eau physiologique Matériel non biologique : Tubes stériles Pipettes pasteur stériles Etaloir Pipette graduée Boites de pétri contenant GN/ PDA Spatule Étuve Bec Bunsen Balance Agitateur Techniques d’Analyse microbiologique du sol Techniques d’isolement direct Les suspensions dilutions L’incorporati on directe du sol Techniques de piégeage dites des appâts Immersion directe dans le sol du milieu fixé sur un support Préparation de la solution mère: Peser 1g de sol (broyé) Suspendre la quantité du sol dans 9ml de l’eau physiologique Agiter la solution par la suite, cela constitue la solution mère. Préparation d’une série de dilution décimales pour diminuer la charge microbienne. Pour cela, préparer 4 tubes à essai contenant 9ml d’eau physiologique stérile, étiqueter-les comme suit : 10-1 , 10-2 , 10-3 et 10-4 . A l’aide d’une pipette graduée prélever 1ml de la solution mère et le déposer dans le premier tube de la série, cela fait la dilution 10-1 Prélever 1ml de cette dernière et le déposer dans le prochain tube pour faire la dilution 10-2 et ainsi de suite jusqu’à la dilution 10-4 Isolement: A l’aide d’une pipette, déposer 0.1ml de chaque dilution à la surface (en nappe) de deux boites boite de Pétri l’une contenant de la gélose nutritive GN et l’autre contenant du milieu PDA. A l’aide de la flamme du bec Bunsen, fabriquer un étaloir pour étaler la goutte déposée à la surface de la gélose incuber dans l’étuve: les boites contenant Le milieu PDA ( à 30°C pendant 24 à 48h) les boites contenant la GN (à 25°C pendant quelques jours Résultats Une semaine après, l'examen macroscopique des cultures est le premier examen effectué à partir de l'isolement après incubation. L'aspect des colonies dépend du milieu utilisé de la durée et de la température de l'incubation. Aspect de colonies en surface sur milieu solide GN: La taille: grandes colonies/petites colonies Dénombrement des colonies par dilution pour déduire la charge microbienne La forme :irréguliers avec surface bombée L'opacité : Opaques La couleur: blanc Notre boite était trop chargées (solution mère dépasse 300 colonies) donc on a pas pu déterminé la charge microbienne Culture fongique Solution mère vitesse de croissance: croissance rapide l’odeur : mauvaise odeur aspect: • des longs filaments avec des points noirs •des parties cotonneuses blanches • présence de mycélium aérien cotonneux NB! On diminue la concentration de l’inoculum par dilution pour une meilleure analyse qualitative et quantitative des résultats Dillution 10-3 Culture fongique Culture bacterienne
