AGGF 1-Introduction

1977
Mise au point de deux techniques de séquençage, pour la première fois
efficaces :
technique de Sanger (Royaume Uni)
technique de Maxam et Gilbert (Etats-Unis)
1984
Aux Etats-Unis, le Département de l’Energie (DOE) organise un sommet
à Alta (Utha) pour démarrer un programme de détection des mutations
chez les descendants des survivants Japonais en utilisant le séquençage
du génome humain.
1985
Le Président de l’Université de Californie, Robert Sinsheimer pensent à
séquencer les 3 milliards de bases du génome humain. Il n’arrive pas à
obtenir les fonds demandés au DOE.
En effet l’idée fut jugée comme une absurdité :
pas de moyens expérimentaux efficaces
absence de cartes physiques, indiquant les balises indispensables
pour le séquençage
absurdité du déchiffrage d'un génome qui ne code rien à 95 %
gouffre financier pour la recherche publique
1986
Renato Dulbelcco propose de séquencer le génome humain afin
d’établir les bases du cancer. Il publie l’idée dans Science.
En France, le Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH) est
fondé par Jean Dausset. Daniel Cohen conçoit de séquencer de
manière industrielle de grands fragments d’ADN pour identifier les
variations alléliques de certains gènes.
1987
Charle DeLisi propose un projet identique et lève 5,5 millions de $
auprès du DOE.

1989
Le projet de DeLisi sera repris et recommandé par le National Research
Concil et soutenu par l’UNESCO. La Human Genome Organisation est
créée autour de James Watson.
1990
James Watson propose la création de l'HGP (Human
Genome Project), projet international en 13 années (vite
transformées en 25 ans) coordonné par le U.S. Department
of Energy et le National Institute of Health. La Grande
Bretagne, l’Allemagne et le Japon sont associés.
En France, Daniel Cohen avec les fonds récoltés par les Téléthons (le
premier en 1987) s’oriente vers la cartographie.
1991
Craig Venter chercheur au NIH dépose ses premières demandes de
brevets sur des EST
1992
Première carte physique génétique complète à basse résolution,
correspondant à la première phase du projet de séquençage.
1994
Création du Sanger Institute en Grande Bretagne
1995
Craig Venter publie le génome complet d’Haemophilus influenza et
celui de Mycoplasma genitalium.
1998
Craig Venter quitte la direction du TIGR et crée avec les moyens
colossaux de Perkin Elmer la société Celera Genomics

Février 1999 Craig Venter (Perkin Elmer
Company) : «la société Celera va séquencer
la totalité du génome humain puis tous les
gènes seront brevetés »
Trois objections
Problème éthique
Coût de l’opération
Masse de travail
« Speed Matters »
Seule la vitesse compte

Technologie de Celera Genomics : le Shotgun
Séquençage intégral du génome sans étape intermédiaire de
clonage puis assemblage des séquences au moyen d’un
supercalculateur (3ème puissance non militaire du monde) grâce à
un algorithme rapide et sensible mis au point par Gene Myers
Séquenceur :
300 séquenceurs 96 capillaires (300 000 $ l’unité)
Débit journalier par capillaire 500 x 8 = 4000
Débit journalier par séquenceur 4000 x 96 = 384000
Débit journalier de Céléra Genomics = 11 520 000 (133 nt/s)
La taille du génome humain en 260 jours