UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux ED N°2a Diagnostic bactériologique des infections urinaires ECBU Mise à jour le: Objectif et prérequis Objectif •Savoir interpréter les résultats d'un examen cytobactériologique des urines Prérequis •Cours 4 et 5, le monde bactérien •Cours 28, antibiotiques: mécanisme d’action, mécanisme de résistance •Polycopié des TP page 28: les principales familles d’antibiotiques UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Mme D., 32 ans, consulte pour des brûlures mictionnelles • • • • • Pas d’antécédent médico-chirurgical Pas de traitement en cours Apparition brutale de brûlures mictionnelles la veille Pas de fièvre Pas de douleur lombaire Quel diagnostic évoquez-vous? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Cystite aiguë • Infection uniquement vésicale • ≠ Pyélonéphrite aiguë • Atteinte du parenchyme rénal • Clinique: fièvre ± frissons, douleur de la fosse lombaire irradiant vers le pubis Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des infections urinaires communautaires? Quelles sont les bactéries habituellement responsables? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Physiopathologie des IU • Colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifiques: (adhésines, sidérophores ) • Femme : la longueur réduite de l’urètre favorise l’infection • Femme enceinte : facteurs favorisants supplémentaires (diminution des défenses immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus, imprégnation progestative) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Espèces bactériennes responsables d’infections urinaires Examen direct (coloration de Gram) Bacilles Gram négatif Famille Entérobactéries Pseudomonadaceae Cocci Gram positif en chainettes Streptococcaceae Cocci Gram positif en Micrococcaceae amas Espèce % Escherichia coli 68 Proteus mirabilis 8 Klebsiella sp 5 Autres entérobactéries 3 Pseudomonas aeruginosa 1 Enterococcus 5 (E. faecium, E. faecalis) Streptocoques B (Streptococcus agalactiae) 3 Staphylococcus aureus 3 S. saprophyticus 3 Autres bactéries 1 UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux 84% Quel examen pour confirmer le diagnostic? • Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU) • Il permet de mettre en évidence: • Une réaction inflammatoire (cytologie : leucocytes) • Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement stérile) • Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU Comment bien réaliser un ECBU? UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux ECBU – Conditions de recueil • Conditions standardisées pour : • Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries commensales de l’urètre et du périnée) • Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries • Permettre une conservation des leucocytes • 1ères urines du matin de préférence (concentrées) • Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++) • Urine de milieu de jet • Avant tout traitement antibiotique • Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux ECBU – Conditions de recueil • Situations modifiant les critères d’interprétation (conditions de recueil différentes) : – Poche stérile adhésive chez le jeune enfant – Doit être laissée en place moins de 30 min – Fort risque de contamination – Seule une urine négative est facilement interprétable, tout urine positive prélevée ainsi, devrait être contrôlée++ – Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …) – Leucocyturie ininterprétable – Possible contamination de la sonde sans infection UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse d’un ECBU – J0 1. Cytologie quantitative - Leucocytes - Hématies Par mm3 ou ml attention aux unités!!!! 2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope - Présence de germes - Morphologie et coloration 3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène - 10 µL (öse calibrée) - Incubation 24h à 37°C - Permet la culture des Gram+ et des Gram- UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse d’un ECBU – J0 Interprétation à J0 Les normes : leuco <104/ml et abs de germe •exemples ∙ 105 leucocytes/ml ET nombreux bacilles Gram négatif → Infection probable ∙Traitement antibiotique probabiliste ∙ 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram ∙Souillure probable → Refaire ECBU UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse d’un ECBU – J1 • Numération des bactéries sur les cultures • 1 colonie = 102 bactéries/mL • Identification bactérienne • Orientation si identification par les caractères biochimiques (galerie API) grâce aux milieux chromogènes • Identification définitive si identification par spectrométrie de masse (Maldi-Tof) • Réalisation d’un antibiogramme UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse d’un ECBU – J1 • Interprétation à J1 Interpretation Leucocyturie/mL Bactéries/mL < 104 < 104 Pas d'infection ≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire Bactériurie sans leucocyte < 104 104 – 105 ∙ Contamination du prélèvement surtout si plusieurs espèces ∙ Infection débutante ∙ Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou aplasique, immunodéprimé Un nouveau prélèvement est nécessaire Leucocyturie sans germe ≥ 104 < 104 ∙ Infection décapitée par traitement antibiotique ∙ Sécrétions génitales ∙ Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf. cours sur les mycobactéries). ∙ Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la femme ∙ Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Analyse d’un ECBU – J2 • Identification bactérienne complète E. coli • Antibiogramme 50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase résistance à l ’ampicilline Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique initialement prescrit +++ UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux ECBU – Indications • L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial • • • • Des cystites aigues compliquées Des cystites récidivantes Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées Des prostatites • Diagnostic initial des cystites aigues simples • L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic • Le seul examen complémentaire recommandé est le test par la bandelette urinaire (BU) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Place des bandelettes urinaires • Détection • Leucocyte estérase produite par les PNN » Négatifs: infection débutante, neutropénie » Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C » Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire +++) • Nitrites produits par les bactéries (nitrate réductase) » Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur de nitrate reductase (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida) » Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6 » Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon •Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% ) • Si 1 des 2 tests est positif : faire un ECBU • Exception : ECBU d’emblée, sans BU préalable : - Chez les patients à risque de complications (femmes enceintes, diabétiques, neutropéniques) - En cas de sondage urinaire UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Traitement • Entérobactéries (BGN) • β-lactamines (pénicillines et céphalosporines) – Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (imperméabilité) – E. coli : 50% de résistance acquise à l’ampicilline/amoxicilline • Autres antibiotiques – fluoroquinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides Traitement de la cystite aiguë • 1re intention : Fosfomycine • Traitement de la pyélonéphrite aiguë • 2ième intention: Fluoroquinolone ou Nitrofurantoïne • Céphalosporine de 3e génération injectable ou fluoroquinolone per os •Traitement minute possible pour la fosfomycine et les fluoroquinolones si femme jeune non-enceinte sans facteurs de risques • + aminoside si sepsis grave Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette) • Résistance naturelle aux céphalosporines+++, bactrim et quinolones • Traitement par amoxicilline UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux Traitement • Règles hygiéno-diététiques • Mictions fréquentes • Diurèse abondante • Traitement d’une constipation • Contrôle de l’ECBU • Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples • Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement • Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux A retenir • L’ECBU est un examen simple et peu coûteux • Il peut donner une première indication dès le 1er jour • Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries (E. coli +++) • L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque. UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux L’ECBU dans ses différentes étapes Urines de milieu de jet J0 Examen cytologique Examen bactériologique Quantitatif Leucocyturie Qualitatif Germes Ensemencement (Öse calibrée 10 µL) J1 à 2 Dénombrement, différenciation et identification des colonies J2 à 3 Antibiogramme(s) éventuel(s) UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
