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Cambridge-Hg

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Etude de banques de données chimiques
indexées par structure.
Cambridge
Structural Database
CSD

Informations contenues dans la CSD

Logiciels d'interrogation de la base CSD

Procédure de recherche

Programme d’analyse: Mercury

Exemple : recherche + visualisation

Autres Logiciels de visualisation

Exemples : recherche + analyse
Historique
Cambridge Crystallographic Data Centre CCDC: crée en 1965
par le Dr Olga Kennard du Department of Organic, Inorganic and
Theoretical Chemistry of the University
of Cambridge (UK Research Councils)
 Compilation de structures organiques et organo-métalliques
 Mission:
 Création de la Cambridge Structural Database
 Conception de nouveaux produits scientifiques (logiciels)
 Diffusion de ces produits à l’échelle internationale
 Financement de la Recherche Scientifique
 Recherche fondamentale et Applications industrielles
350000 composés analysés par Rayons-X et /ou neutrons
Logiciels d'interrogation de la base CSD
ConQuest
nouvelle interface pour la CSD
Mercury
Mogul
VISTA
visualisation de structures
visualisation et statistiques
analyses statistiques
Rpluto
visualisation de structures
et graphiques
DBUse
base de publications
IsoStar
base d’interactions intermoléculaires
DASH
Diffraction sur poudre
Inist web site :
http://www.inist.fr
Distribution + Utilisation Online
CCDC web site :
http://www.ccdc.cam.ac.uk
• The Cambridge Structural Database, Version 5.27, 2005/2006
• Version 5 CSD System Software (ConQuest, Mercury, Vista and Mogul) pour UNIX
• ConQuest 1.8 pour UNIX & Windows (95/98/Me/2000/NT 4.x )
• ConQuest 1.8 pour Silicon Graphics IRIX, Sun Solaris, IBM AIX 4.3, Linux
Chemical Database Service
http://cds.dl.ac.uk/
Cristallographie
Chimie Organique
Spectroscopie
Chimie-Physique
Logiciels
Liens
Types de fichiers à sauvegarder
Formats utilisés
fréquemment
Format CIF: Crystallographic Information File
data_chapm
_chemical_formula_sum
'C22 H27 Cl O10'
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
'x, y, z'
'-x+1/2, -y, z+1/2'
'-x, y+1/2, -z+1/2'
'x+1/2, -y+1/2, -z'
_cell_length_a
_cell_length_b
_cell_length_c
_cell_angle_alpha
_cell_angle_beta
_cell_angle_gamma
_cell_volume
10.8814(4)
11.7790(4)
19.0447(8)
90.00
90.00
90.00
2441.00(16)
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
Cl1
O7
O6
O2
O5
O4
C17
H17
Cl
O
O
O
O
O
C
H
0.7638(2) 0.3347(2)
0.8123(3) -0.1396(3)
1.0272(4) -0.3566(3)
0.6954(3) 0.0461(3)
0.8902(5) -0.2155(3)
0.7249(4) -0.2741(3)
0.9024(5) -0.2275(4)
0.9838 -0.1927
Coordonnées
fractionnaires
0.83277(14) 0.1348(11) Uani 1 1 d . . .
0.67267(16) 0.0491(9) Uani 1 1 d . . .
0.82461(18) 0.0607(10) Uani 1 1 d . . .
0.62964(19) 0.0570(10) Uani 1 1 d . . .
0.8104(2) 0.0785(14) Uani 1 1 d . . .
0.5512(2) 0.0677(12) Uani 1 1 d . . .
0.6846(3) 0.0514(13) Uani 1 1 d . . .
0.6894
0.062
Uiso 1 1 calc . . .
Crystallographic Information File (CIF) est un
format de fichier texte standard pour échanger des
informations sur la structure des cristaux
On y retrouve donc principalement les informations
suivantes :
Formule chimique (brute et/ou structurale).
Paramètres de la maille
les longueurs et les angles de liaison entre les
atomes

Visualisation 3D de chaque structure
Mercury
 Visualisation et Manipulation de structures à 3D
 Localisation et affichage des liaisons hydrogènes
 Mesures géométriques :
 Distances
 Angles
 Plans moyens
Exemple 1
1- Recherche dans la CSD
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
distance: Y-X
définir plan moyen des 4 atomes N
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