LA SPECTROMÉTRIE DE MASSE MALDI-TOF ET LE DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE Cristina Cariello ICHV, Laboratoire de microbiologie, Sion Travail de diplôme 2011-2012 Mentor : Lysiane Tissières Lovey Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Sommaire La spectrométrie de masse MALDI-TOF est une nouvelle technologie apparue ces dernières années en microbiologie. Si les techniques conventionnelles d’identification des différents germes se basent sur leurs aspects phénotypiques, il est possible aujourd’hui d’identifier les microorganismes en analysant directement leurs protéines. Depuis février 2011, le laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion s’est muni d’un Vitek MS utilisant la spectrométrie de masse MALDI-TOF. Le but de ce travail est d’analyser les performances de cet appareil. 1022 souches de diverses espèces ont été testées sur le MS en comparaison avec les méthodes usuelles d’identification : le Vitek 2 et les galeries de tests biochimiques. Les résultats du Vitek MS se sont avérés fiables avec un pourcentage d’identification au genre de 99%, à l’espèce de 94% et les identifications sans résultats ne représentent que 5.6% des cas. Les atouts majeurs du Vitek MS sont la fiabilité des résultats, la rapidité et le faible coût de l’analyse. Mots–clés Spectrométrie de masse MALDI-TOF Ionisation douce Vitek MS Vitek 2 Galeries de tests biochimiques Identification de bactéries et de levures Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 2 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Summary MALDI-TOF mass spectrometry is a new technology appeard recently in microbiology. Conventional techniques of bacterial identification are based on phenotypic characterizations. Since a few years, it is possible to identify microorganisms by using protein identification. Since February 2011, the laboratory of microbiology of the ICHV in Sion, has acquired a Vitek MS using the MALDI-TOF mass spectrometry method. The aim of this study is to analyse performances of this apparatus. 1022 isolates of different species have been tested on Vitek MS in comparison with conventionnal methods : Vitek 2 and inoculated strips tests. Vitek MS results are reliable, with 99% of correct identifications to the genus level, 94% to the species level and the percentage of identifications with no results in 5.6% of cases. The most important benefits of Vitek MS are the fiability, the rapid indentification and the low cost of analysis. Keywords MALDI-TOF mass spectrometry Soft ionization Vitek MS Vitek «2 Inoculated strips tests Bacterial and yeast identification Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 3 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Table des matières 1 2 3 4 5 Introduction .................................................................................................................... 6 1.1 La spectrométrie de masse ..................................................................................... 6 1.2 La spectrométrie de masse MALDI-TOF ................................................................. 7 1.2.1 Principe ............................................................................................................ 7 1.2.2 La matrice ........................................................................................................ 7 1.2.3 Désorption-Ionisation ....................................................................................... 7 1.2.4 La spectrométrie à temps de vol (TOF) ............................................................ 8 1.2.5 Le spectre ........................................................................................................ 9 Objectif de l’étude..........................................................................................................10 Matériel et méthode.......................................................................................................10 3.1 Vitek MS.................................................................................................................10 3.1.1 Présentation de l‘instrument ............................................................................10 3.1.2 Matériel ...........................................................................................................11 3.1.3 Mode opératoire ..............................................................................................12 3.1.4 Traitement des échantillons :...........................................................................12 3.1.5 Préparation des échantillons : .........................................................................13 3.1.6 Lecture et interprétation des résultats .............................................................15 3.2 Vitek 2 ....................................................................................................................15 3.2.1 Principe ...........................................................................................................15 3.2.2 Matériel ...........................................................................................................15 3.2.3 Mode opératoire ..............................................................................................16 3.2.4 Lecture et interprétation ..................................................................................16 3.3 Galeries de tests biochimiques ...............................................................................16 3.3.1 Principe ...........................................................................................................16 3.3.2 Matériel ...........................................................................................................17 3.3.3 Mode opératoire ..............................................................................................18 3.3.4 Lecture et interprétation ..................................................................................18 Analyse des résultats ....................................................................................................19 4.1 Résultats ................................................................................................................19 4.2 Interprétation : points forts et points faibles ............................................................24 4.2.1 Cocci Gram positif ...........................................................................................24 4.2.2 Cocci Gram négatif et Haemophilus ................................................................24 4.2.3 Germes difficiles..............................................................................................25 4.2.4 Bacilles Gram positif aérobies .........................................................................25 4.2.5 Entérobactéries ...............................................................................................25 4.2.6 Campylobacter ................................................................................................26 4.2.7 Non-fermentatifs..............................................................................................26 4.2.8 Germes anaérobies .........................................................................................26 4.2.9 Levures ...........................................................................................................26 4.2.10 Champignons ..................................................................................................26 4.2.11 Mycobactéries .................................................................................................26 Discussion .....................................................................................................................27 5.1 Améliorations de l’identification des germes en routine ..........................................27 5.1.1 Staphylocoques...............................................................................................27 5.1.2 Lactobacillus ...................................................................................................27 5.1.3 Gardnerella vaginalis.......................................................................................27 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 4 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 5.1.4 Levures ...........................................................................................................27 5.1.5 Urotubes .........................................................................................................27 5.1.6 Entérocoques ..................................................................................................28 5.1.7 Contaminations ...............................................................................................28 5.1.8 Peudomonas aeruginosa ................................................................................28 5.1.9 Campylobacter ................................................................................................28 5.2 Lacunes du Vitek MS .............................................................................................28 5.2.1 Shigella ...........................................................................................................28 5.2.2 Champignons ..................................................................................................29 5.2.3 Mycobactéries .................................................................................................29 5.3 Avantages et inconvénients du MS ........................................................................29 6 Conclusion ....................................................................................................................31 7 Références bibliographiques .........................................................................................32 8 Lexique .........................................................................................................................34 9 Remerciements .............................................................................................................35 10 Annexes.....................................................................................................................36 10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées ..............................................................36 10.1.1 Staphylocoques...............................................................................................37 10.1.2 Entérocoques ..................................................................................................41 10.1.3 Streptocoques .................................................................................................43 10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités ..................................................................47 10.1.5 Autres coques Gram positif .............................................................................48 10.1.6 Neisseria/Branhamella ....................................................................................48 10.1.7 Gardnerella vaginalis.......................................................................................49 10.1.8 Corynébactéries ..............................................................................................50 10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes ...............................................................51 10.1.10 Entérobactéries ...........................................................................................52 10.1.11 Pseudomonas sp .........................................................................................60 10.1.12 Autres non-fermentatifs ...............................................................................62 10.1.13 Germes difficiles ..........................................................................................63 10.1.14 Haemophilus sp ...........................................................................................64 10.1.15 Campylobacter sp ........................................................................................66 10.1.16 Anaérobies ..................................................................................................67 10.1.17 Levures........................................................................................................71 10.1.18 Champignons ..............................................................................................73 10.1.19 Mycobactéries .............................................................................................74 10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques ..........................................75 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 5 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 1 Introduction Ce travail de diplôme a été effectué au laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion et a pour but d’étudier les performances d’un spectromètre de masse MALDI-TOF dans le diagnostic microbiologique. En microbiologie, l’identification traditionnelle des bactéries se fait principalement en étudiant leurs aspects morphologiques (macro- ou microscopiquement) et leurs caractères biochimiques. Ces tests requièrent la croissance des bactéries dans des galeries de tests biochimiques et nécessitent une incubation allant de 4 à 18 heures. Une nouvelle méthode basée sur la spectrométrie de masse peut être utile au laboratoire de bactériologie pour l’identification rapide des différents pathogènes. Contrairement aux méthodes classiques, la spectrométrie de masse analyse directement les macromolécules des différents germes, notamment les protéines, permettant ainsi d’obtenir des résultats plus rapidement. 1.1 La spectrométrie de masse La spectrométrie de masse consiste à séparer et identifier des molécules selon leur masse et leur charge [12]. Les applications de la spectrométrie de masse sont nombreuses et touchent divers domaines: en biotechnologies pour l’analyse des peptides1 ou oligonucléotides, en pharmacologie pour le dosage de médicaments, dans le domaine de l’environnement pour l’analyse de l’eau, en clinique pour la recherche de drogues [1], etc. Il existe plusieurs types de spectromètres de masse pouvant séparer des molécules plus ou moins grandes et leurs méthodes ont toutes en commun les étapes suivantes [7] : Préparation et introduction de l’échantillon Ionisation des molécules d’intérêt Séparation des ions en fonction de leur rapport masse/charge Détection et amplification du signal Analyse des données et identification de l’échantillon Les premiers spectromètres de masse datent du début du 20ème siècle et ont servi en physique à rechercher les différents isotopes d’un élément chimique. C’est Francis William Aston qui conçut le premier spectromètre de masse en 1922. Il réussit à démontrer l’existence des isotopes en les séparant selon leur masse et leur charge [11]. Au cours du 20ème siècle, la spectrométrie de masse prend de plus en plus d’ampleur et de nombreuses nouvelles techniques d’ionisation et de séparation des ions ont été mises en place. Le développement de la méthode MALDI-TOF se fait dans les années 80. À cette période, l’ionisation se faisait sur des molécules ayant une taille d’environ 1000 Daltons et il était impensable d’ioniser des molécules excédant 10 000 Daltons car trop fragiles [4]. En 1985, Koichi Tanaka, chimiste japonais ayant reçu un Prix Nobel en 2002, constate que des macromolécules peuvent être séparées en mélangeant l’échantillon avec une solution contenant de la poudre métallique ultrafine et du glycérol [8]. Il réussit à ioniser la molécule de lysozyme d’une taille de 14 300 Daltons. Durant la même période, Michael Karas et Franz Hillenkamp réussissent à ioniser l’albumine possédant une taille de 66 600 Daltons [9]. Les différentes recherches menées pas les équipes de K. Tanaka et Karas/Hillenkampf ont permis de mettre au point la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF utile dans l’analyse des biomolécules. 1 À partir de ce point, les mots soulignés sont cités dans le lexique. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 6 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 1.2 La spectrométrie de masse MALDI-TOF 1.2.1 Principe Le spectromètre de masse MALDI-TOF est un spectromètre utilisant une source d’ionisation laser assistée par une matrice (MALDI = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) et un analyseur à temps de vol (TOF = Time-Of-Flight) [10]. La séparation des molécules par cette technique est plus douce qu’avec les autres méthodes. Elle permet d’ioniser des molécules de grande taille, peu volatiles et sensibles à la chaleur sans les dégrader [13]. La méthode MALDI-TOF s’applique aux biomolécules plus fragiles comme les peptides, les protéines, les glycoprotéines et les oligonucléotides [1]. L’échantillon est mélangé à la matrice et placé sur une lame. Le dépôt (ou spot) formé est appelé cible. Une source laser est dirigée sur la cible afin d’ioniser les molécules de l’échantillon. Les ions sont ensuite détectés en mesurant le temps que mettent les différentes particules à atteindre le détecteur. La vitesse de chaque particule dépend du rapport masse/charge. Les molécules plus grandes mettront plus de temps à atteindre le détecteur, tandis que les molécules plus petites arriveront plus vite. Une fois l’ion arrivé au détecteur, le signal est amplifié et envoyé à un ordinateur qui traite les données et donne les résultats sous forme de spectre [9]. 1.2.2 La matrice La matrice est constituée de molécules cristallisées dont les plus utilisées sont l’acide 2,5 dihydroxybenzoïque (DHB), l’acide sinapinique et l’acide α-cyano-4-hydroxycinnamique (CHCA). Ces molécules sont ajoutées à un solvant (acétonitrile, éthanol ou acide trifluoroacétique) [10]. Le DHB convient pour l’analyse des échantillons organiques hydrophobes ou des polymères aromatiques, tandis que l’acide sinapinique et l’acide αcyano-4-hydroxycinnamique sont destinés pour l’analyse des protéines [6]. Un solvant composé d’eau et d’acétonitrile est ajouté à la matrice [6] afin de permettre aux substances de l’échantillon de se dissoudre dans le mélange : les substances hydrophobes de l’échantillon auront une affinité pour l’acétonitrile et les substances hydrophiles auront une affinité pour l’eau [10]. Après avoir mélangé la matrice à l’échantillon, le spot est séché à l’air. Le solvant va ainsi s’évaporer et il ne restera plus que la matrice cristallisée et l’analyte à l’intérieur [10]. Les composants de la matrice doivent avoir plusieurs caractéristiques : ils doivent pouvoir se mélanger avec les solvants organiques et l’eau [10] ils doivent être assez grands afin de ne pas s’évaporer lors de la préparation de l’échantillon ou lorsque celui-ci est introduit dans le spectromètre [10], [5] ils doivent être assez petits afin d’avoir une bonne volatilité et se vaporiser sous l’action du rayon laser [5] ils doivent être acides afin de transmettre des protons à l’analyte et ainsi l’ioniser [10], [5] ils doivent pouvoir absorber fortement et rapidement les rayons ultra-violets du laser [10] 1.2.3 Désorption-Ionisation Un laser UV (337 nm de longueur d’onde) d’azote (N2) est pulsé en direction de la cible. La matrice ayant une grande réactivité pour l’absorption de la lumière UV absorbe l’énergie du laser protégeant ainsi les molécules protéiniques de la dégradation. L’énergie du laser produit deux phénomènes : tout d’abord, la matrice se vaporise libérant les peptides (désorption), ensuite, elle transfert ses protons à l’analyte qui s’ionise [5]. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 7 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI. L’analyte (en vert) est cristallisé dans la matrice (en violet). Les ions peuvent être chargés positivement ou négativement selon leur nature. Les protéines et peptides ont des groupements accepteurs de protons et sont ionisé positivement. Les oligonucléotides et les saccharides ont des groupements qui perdent un proton et sont ionisés négativement [1]. Peptides : R-NH2 + H+ → R-NH3+ (ionisation positive) Saccharides : Acides carboxyliques Fonction alcoolique R-CO2H → R-CO2R-OH → R-O- (ionisation négative) (ionisation négative) 1.2.4 La spectrométrie à temps de vol (TOF) La spectrométrie à temps de vol est une technique séparant les substances ionisées en fonction de leur charge et de leur poids moléculaire. La séparation se fait entre une anode et une cathode dirigeant ainsi les molécules ionisées vers l’électrode portant la charge inverse des ions à analyser [5]. Les ions passent ensuite à travers un champ électrique de force connue accélérant leur progression [9]. Le spectromètre mesure le temps que mettent les différents ions à atteindre le détecteur. Les grosses molécules mettent plus de temps à atteindre le détecteur que les petites molécules. Elles sont ainsi séparées en fonction de leur rapport masse/charge [5]. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 8 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Figure 2: Technique Time of flight (TOF) Le détecteur envoie ensuite les informations enregistrées à l’analyseur qui va traiter les données et les présenter sous forme de spectre. 1.2.5 Le spectre Les données enregistrées sont calculées afin de transposer les résultats dans un spectre où chaque pic correspond à un type de molécule. L’axe des ordonnées représente l’intensité relative du signal et l’axe des abscisses indique la taille de la molécule en Daltons. L’appareil intègre les différents pics enregistrés et recherche dans la base de données l’identification du germe correspondant. Figure 3: Spectre MALDI-TOF Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 9 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 2 Objectif de l’étude En janvier 2011, le laboratoire de microbiologie a fait l’acquisition d’un spectromètre de masse, le Vitek MS, utilisant la méthode MALDI-TOF. La spectrométrie de masse est une toute nouvelle technologie en microbiologie pouvant offrir un gain de temps dans l’identification des germes pathologiques en routine. L’objectif de cette étude est de tester différents germes sur le Vitek MS en comparant les résultats obtenus avec les résultats des méthodes d’identification de références du laboratoire, notamment l’automate Vitek 2 et les galeries d’identification. L’analyse des résultats du Vitek MS a pour but de mettre en évidence les points forts et les points faibles de l’appareil et d’énumérer les avantages et les inconvénients de cette technologie dans le diagnostic microbiologique. 3 3.1 Matériel et méthode Vitek MS 3.1.1 Présentation de l‘instrument Figure 4: Vitek MS Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS Face avant, avec la porte (1) qui permet de charger les échantillons et des diodes (2), témoins du fonctionnement de l’appareil. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 10 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 3.1.2 Matériel Pipettes (0.1-3 µl) et embouts (0.1-10 µl) Anses jetables de 1µl Lames DS 48 puits (cibles) ECAL: Escherichia coli ATCC 8739 pour la calibration Acide formique 25% Matrice : CHCA (Acide α-cyano-4-hydroxycinnamique) Isolats à tester Pour ce travail, 1022 souches ont été testées sur le Vitek MS. Les souches utilisées proviennent soit de la souchothèque, soit d’échantillons de la routine. Les souches de la souchothèque ont été analysées par moi-même, tandis que les souches de la routine ont été traitées par les techniciennes en analyses biomédicales du laboratoire de microbiologie qui m’ont ensuite transmis leurs résultats. Sur l’ensemble des résultats de l’étude, j’ai testé 250 souches provenant de la souchothèque et récolté 772 résultats de la routine. Voici une répartition représentant la proportion des différents groupes de germes utilisés : Plus de la moitié des souches testées concernent des bactéries que l’on rencontre le plus souvent en routine, c'est-à-dire les entérobactéries, les staphylocoques, les anaérobies et les streptocoques. Ces germes sont suivis par les non-fermentatifs, constitués par la plupart de Pseudomonas sp, les Entérocoques et les levures. Les germes difficiles sont composés de bactéries à culture lente et requérant des milieux de culture spéciaux. Ils sont constitués majoritairement par des Legionella et des Pasteurella. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 11 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Les « b+ aérobies » sont constitués principalement par des Bacillus, des Lactobacillus et des Listeria monocytogenes. Les « autres c+ » sont composés par des coques Gram positif, catalase négative (Aerococcus urinae et Leuconostoc lactis). 3.1.3 Mode opératoire Calibration La calibration se fait à l’aide d’une souche d’Escherichia coli ATCC 8739. Cette souche est stockée au congélateur à une température de 80°C. Une subculture S1 est effectuée sur gélose au sang et conservée au frigo durant quatre semaines. La souche calibrante est obtenue en repiquant la souche S1 sur gélose au sang. Celle-ci est repiquée tous les jours afin d’avoir une souche fraîche pour la calibration. Une fois par semaine, la souche calibrante est repiquée à partir de la souche S1 conservée au frigo. Après quatre semaines, la souche S1 est repiquée sur gélose au sang pour obtenir la souche S2, conservée également à son tour au frigo pendant quatre semaines et repiquée 1 fois par semaine pour la souche calibrante. On procède ainsi de suite jusqu’à la souche S7, après laquelle, on repart à partir de la souche stockée au congélateur. En pratique, on a constaté qu’il n’y a pas besoin de changer la souche du frigo tous les mois. Ainsi, la souche congelée est repiquée seulement s’il y a des problèmes de calibration (on ne s’arrête pas à la souche S7). Le dépôt de la souche calibrante se fait sur la lame DS, sur un puits prévu à cet effet. Le puits est légèrement plus petit que les autres et est situé au milieu de chaque série de 16 échantillons (cf. Figure 7). Le calibrateur est lu avant et après chaque série et le résultat doit être bon pour pouvoir valider les résultats des échantillons. Si le MS n’arrive pas à intégrer les pics et à identifier la souche calibrante, il n’analyse pas les échantillons. 3.1.4 Traitement des échantillons : Les souches provenant de la souchothèque sont traités de la manière suivante : Les différentes souches sont recherchées dans la souchothèque du laboratoire à l’aide du logiciel « Access 2002 ». Les souches choisies sont décongelées et isolées sur une gélose adéquate, puis incubées pendant 24 heures à l’étuve. Le 2ème jour, les germes sont testés sur le Vitek MS. Remarque : Les bactéries testées sur le MS doivent être si possible fraîches. Il est déconseillé d’utiliser des souches incubées plus de 72 heures car les pics seront décalés (shift) et les résultats peuvent être faussés. Les conditions de culture ont une influence sur l’expression des protéines et peuvent ainsi altérer les résultats du MS [2]. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 12 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 3.1.5 Préparation des échantillons : La préparation des échantillons se fait à partir de la Prep Station (Figure 6). C’est un module constitué d’un ordinateur et d’un scanner optique servant à introduire les différentes données des échantillons (NLAB, bactérie, levure) et leur emplacement sur la lame. La Prep Station est reliée au programme Myla qui intègre et gère les résultats du Vitek MS et du Vitek 2 avant leur transfert au SIL (système informatique du laboratoire). Figure 6: Prep Station À l’aide d’une anse calibrée de 1 µl, prélever une colonie à tester et la déposer sur les puits cibles. Tester l’échantillon à double. Sur les 2 dépôts, ajouter 1µl de matrice CHCA. Pour les levures et certaines bactéries pour lesquelles une extraction des protéines est nécessaire (Strepto. pneumoniae), déposer l’échantillon et traiter avec 0.5 µl d’acide formique. Laisser sécher, puis ajouter 1µl de matrice. Pour la calibration, faire un dépôt avec la souche E. coli 8739 dans le puits prévu à cet effet, puis déposer 1µl de matrice. Indiquer les emplacements de chaque échantillons sur la lame en spécifiant s’il s’agit de bactéries ou de levures car les spectres d’acquisition sont séparés dans deux bases de données différentes. Une fois la lame terminée, transférer les données de la Prep Station vers le Vitek MS, placer la lame (Figure 7) sur le porte-lame (Figure 8), l’introduire dans le Vitek MS et lancer l’analyse. Figure 7: Lame DS Figure 8 : Porte-lames Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 13 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Pour les champignons et les mycobactéries, il faut réaliser une étape d’inactivation avant de faire le dépôt de l’échantillon sur la lame DS afin d’éviter que les spores ne se disséminent dans l’instrument : Travailler sous la hotte. Préparer un microtube de 2 ml pour chaque échantillon contenant 50 µl de TFA (Trifluoroacetic acid). Prélever une quantité suffisante de culture de germes et l’introduire dans le tube contenant le TFA. Il faut prélever assez de matériel pour qu’il soit visible au fond du tube à l’œil nu. Mélanger en vortexant le tube durant quelques secondes. Laisser incuber sous la hotte pendant 30 minutes. Diluer la suspension à 1/10 en ajoutant 450 µl d’eau déminéralisée dans le microtube. Vortexer quelques secondes. Déposer 1 µl de suspension sur le puits. Bien laisser sécher, puis déposer 1 µl de matrice. Tester la lame immédiatement. Schéma : Préparation de l’échantillon Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 14 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 3.1.6 Lecture et interprétation des résultats Une fois l’analyse terminée le MS affiche les résultats dans le programme « Myla » et indique le pourcentage d’identification. Les résultats sont classés par famille dans des tableaux Excel (cf. Annexe 1 : Résultats des souches testées) afin de déterminer le pourcentage d’identification pour les différents germes. Les souches provenant de la routine, sont testées sur le MS en parallèle avec une méthode de référence afin de pouvoir confirmer l’identification. En cas de discordance, une troisième méthode est utilisée pour confirmer le résultat (galeries de tests biochimiques, optochine, séquençage, Gram, etc.). Les souches de la souchothèque n’ont pas besoin d’être testées parallèlement avec une 2ème méthode car elles ont déjà été identifiées au préalable. Seuls les germes présentant des résultats discordants sont gardés afin de procéder à une confirmation avec une troisième méthode. 3.2 Vitek 2 3.2.1 Principe Le Vitek 2 permet d’effectuer de manière automatisée des identifications et des antibiogrammes à l’aide de cartes contenant des cupules avec différents réactifs ou des doses précises d’antibiotiques. Pour ce travail, seulement des identifications ont été réalisées : la procédure des antibiogrammes ne sera donc pas décrite. Les cartes d’identification sont constituées de cupules étanches contenant différents réactifs nécessaires pour les tests biochimiques. Une suspension bactérienne de Mac Farland 0.550.65 est effectuée dans un tube en plastique qui est placé sur un portoir spécial. Une paille accolée à la carte est introduite dans le tube. L’appareil prend ensuite en charge toutes les dilutions nécessaires, l’aspiration de la suspension dans chaque cupule et l’incubation de la carte. Le module analytique procède à des lectures toutes les 15 minutes en mesurant le trouble ou le changement de couleur présent dans chaque cupule. Il donne ensuite une identification du germe en fonction des profils biochimiques trouvés. 3.2.2 Matériel Tubes en plastiques Module de préparation de l’échantillon comprenant : o Un portoir pour poser les tubes et les cartes o Un lecteur de code barre pour lire les numéros d’échantillon et les cartes o Un ordinateur récoltant les informations nécessaires (numéro de l’échantillon, numéro de la carte, positions sur le portoir…) o Un densitomètre Module d’analyse de l’échantillon Vitek 2 Figure 9 : Carte Vitek 2 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 15 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique B A Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2 Le module analytique est relié à un ordinateur permettant d’accéder aux résultats et de les imprimer. Les cartes à dispositions sont les suivantes et sont choisies selon le germe à identifier : Cartes Vitek 2 Germes GN Bacilles Gram négatif GP Cocci Gram positif YST Levures ANC Anaérobies Corynébactéries 3.2.3 Mode opératoire À partir d’une culture fraîche, prélever à l’aide d’un écouvillon stérile quelques colonies bien isolées et les dissoudre dans 3 ml d’eau déminéralisée en effectuant un Mac Farland de 0.55-0.65 Vérifier la pureté de la suspension bactérienne en ensemençant une plaque de pureté Placer le tube sur le portoir et introduire la paille de la carte correspondante dans le tube Placer le portoir dans le module analytique 3.2.4 Lecture et interprétation L’analyse dure entre 4 et 10 heures et le programme imprime les résultats obtenus lorsque l’analyse est terminée. Sur la feuille de résultat, apparaissent le nom du germe identifié ainsi que le pourcentage de l’identification. S’il y a le message « Low Discrimination », cela signifie que l’automate hésite entre plusieurs identifications et il faut procéder à des tests complémentaires afin de choisir le germe adéquat. 3.3 Galeries de tests biochimiques 3.3.1 Principe Les galeries de tests biochimiques sont utilisées pour étudier les différents caractères biochimiques des bactéries et ainsi permettre de les identifier à l’aide d’une base de données. Chaque galerie permet l’identification du genre et de l’espèce d’un certain nombre de germes indiqués dans la notice d’utilisation. Les galeries de tests biochimiques sont constituées de microtubes ou de cupules contenant des substrats réactionnels. En incubant une suspension bactérienne avec les différents Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 16 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique substrats, il se crée un changement de couleur spontané ou révélé à l’aide d’un révélateur. Chaque galerie a sa méthode d’inoculation et son temps d’incubation. 3.3.2 Matériel Composition d’un kit : Galeries de tests biochimiques (microtubes ou cupules) emballées individuellement avec un déshydratant Boîtes d’incubation et couvercles Notice du kit contenant le protocole et les résultats du test Ampoules contenant un milieu spécial (facultatif) Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A) Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH) Matériel non fourni : Densitomètre NaCl 0.85% 3 ml Pipettes en verre Pipettes calibrées et embouts Pipettes automatiques et embouts ATB Galeries de tests biochimiques disponibles au laboratoire : Plusieurs galeries ont été utilisées pour confirmer l’identification d’une souche testée au Vitek MS suite à une discordance. Les galeries de tests biochimiques sont choisies selon les différents groupes auxquels le germe appartient. Voici un tableau des différentes galeries de tests biochimiques mises à disposition pour ce travail et les groupes de germes pouvant être identifiés : Galeries Germes Rapid ID 32 E Entérobactéries ID 32 E Entérobactéries Rapid ID 32 STREP Streptocoques ID 32 STAPH Staphylocoques ID 32 C Levures Rapid ID 32 A Anaérobies Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 17 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Galeries API Coryne API NH API 20 NE Germes Corynébactéries Neisseria Haemophilus Bacilles Gram négatif Non-fermentatifs API 20 E Entérobactéries API 20 A Anaérobies API 20 STREP Streptocoques 3.3.3 Mode opératoire Chaque galerie a un mode opératoire différent. Il faut respecter le protocole pour la préparation de l’inoculum et le remplissage des galeries de tests biochimiques selon le tableau « Tableau des galeries de tests biochimiques » (cf. Annexe 2). 3.3.4 Lecture et interprétation Après incubation, les résultats sont lus à l’aide de la notice fournie avec le kit. Lire les réactions spontanées en les indiquant comme positives (+) ou négatives (-) selon le changement de couleur indiqué dans la notice. Ajouter 1 goutte des réactifs demandés dans les microtubes et lire les résultats en respectant le temps d’incubation. Rem : certains microtubes sont bifonctionnels et peuvent permettre la réalisation de 2 réactions dans le même tube en lisant le résultat avant et après adjonction du réactif demandé. Une fois les résultats notés, les introduire dans le logiciel Api Web après avoir choisi la galerie correspondante et ensuite, imprimer le rapport avec l’identification du germe. Api Web est un lien internet qui met à disposition la banque de données des différentes bactéries. Ce service de Biomérieux permet l’identification des microorganismes testés. Après avoir introduit les résultats obtenus avec les galeries de tests biochimiques, le logiciel donne l’identification correspondante. Remarque : parfois le logiciel hésite entre plusieurs identifications. Il faut procéder à des tests complémentaires afin de déterminer la bonne espèce. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 18 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 4 Analyse des résultats 4.1 Résultats Ce tableau reprend les résultats obtenus pour la totalité des souches testées sur le Vitek MS. Les différentes bactéries ont été classées par groupes dans différents tableaux (cf. Annexe 1: Résultats des souches testées). Pour chaque espèce, le pourcentage d’identification correcte a été calculé afin de pouvoir comparer les résultats entre les différentes espèces. Les discordances au genre représentent des erreurs du MS pour lesquels les identifications sont mauvaises pour le genre. Ce sont des discordances majeures car le MS a donné un résultat complètement différent. Les discordances à l’espèce correspondent aux erreurs d’identification à l’espèce uniquement. Ces erreurs représentent des discordances mineures car le MS a donné une identification correcte au genre, mais incorrecte à l’espèce. La colonne « aucun résultat » représente les cas pour lesquels le Vitek MS n’a pas donné de résultat. Ces cas peuvent être dues à différentes raisons : mauvaise qualité du spot, insuffisance du nombre de pics d’intégration, échec de calibration ou absence de l’espèce dans la base de données du Vitek MS (microorganismes en rouge dans la colonne « Catégorie »). Catégorie Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 126 0 0 2 100 100 1.6 43 7 1 44 8 9 4 3 2 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 0 4.5 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 2 1 100 97 1.5 5 2 1 34 23 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 100 0 0 0 0 0 0 100 Staphylocoques S.aureus S.capitis S.caprae S.epidermidis S.haemolyticus S.hominis S.lugdunensis S.saprophyticus S.schleiferi S.simulans S.warneri S.xylosus Entérocoques E.avium E.casseliflavus E.durans E.faecalis E.faecium E.gallinarum Enterococcus sp Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 19 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 110 0 3 9 100 97 8.2 2 23 1 13 9 6 3 2 2 2 10 3 21 23 8 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 2 0 5 1 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 89 83 100 100 50 100 100 100 100 100 100 100 0 0 0 0 0 17 0 0 50 0 20 0 24 4.3 0 0 4 0 1 0 100 75 0 3 1 0 0 0 1 0 0 100 100 100 0 100 100 23 0 0 0 100 100 0 9 1 1 5 4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 0 0 0 0 0 Gardnerella vaginalis 17 0 1 0 100 94 0 Corynebactéries 41 3 9 6 93 78 15 2 6 1 1 1 7 15 1 2 1 4 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1 0 3 1 0 0 0 1 100 100 100 100 0 100 93 100 100 0 100 100 0 100 100 100 100 100 100 100 100 25 0 0 0 100 0 43 6.7 0 0 0 25 Catégorie Streptocoques Abiotrophia defectiva S.agalactiae S.alactolyticus S.anginosus S.constellatus S.dysgalactiae S.gallolyticus S.gordonii S.infantarius S.intermedius S.mitis/oralis S.parasanguinis S.pneumoniae 2 S.pneumoniae traîtés S.pyogenes S.salivarius Autres c+ aérobies Aerococcus urinae Leuconostoc lactis Neisseria/Branhamella B. catarrhalis M. non-liquefaciens Moraxella sp N. gonorrhoeae N. meningitidis Neisseria sp N. zoodegmatis Arcano. haemolyticum C.amycolatum C.diphteriae C.glucoserum C.glucuronolyticum C.jeikeium C.pseudodiphteriticum C.striatum C.urealyticum Turicella otidis Corynebacterium sp 2 Streptococcus pneumoniae traités à l’acide formique (ne sont pas comptabilisés dans le nombre de souches totales). Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 20 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Catégorie Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 20 1 2 1 95 90 5 4 1 7 5 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 100 100 100 100 100 0 100 50 100 100 100 100 100 100 0 0 0 0 100 0 0 226 6 25 4 97 89 1.8 2 4 4 2 1 4 18 1 87 3 11 26 1 5 1 14 1 1 2 12 4 1 1 1 8 1 1 3 2 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1 0 0 1 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 91 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 100 100 100 50 100 100 50 100 100 22 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 50 0 0 0 100 100 0 0 100 100 100 100 50 0 25 50 0 0 0 0 0 0 0 3.8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Autres b+ aérobies Bacillus sp Erysipel. rhusiopathiae Lactobacillus sp Listeria monocytogenes Nocardia sp Rhodococcus equi Rothia dentocariosa Entérobactéries Citrobacter braakii Citrobacter freundii Citrobacter koseri Citrobacter youngae Edwardsiella tarda Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae Enterobacter sakazakii Escherichia coli Hafnia alvei Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Kluyvera ascorbata Morganella morganii Plantoa agglomerans Proteus mirabilis Proteus penneri Proteus stuartii Proteus vulgaris Salmonella sp Salmonella enteritidis Salmonella typhi Salmonella typhimorium Serratia liquefaciens Serratia marcescens Serratia odorifera Shewanella putrefaciens Shigella sp Shigella sonnei Vibrio parahaemolyticum Yers. pseudotuberculosis Yokenella regensburgei Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 21 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 46 0 1 0 100 98 0 P.aeruginosa P.fluorescens P.oryzihabitans P.pseudoalcaligenes P.putida Pseudomonas sp 40 1 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 - 0 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 0 - 0 0 0 0 0 0 Autres non-fermentatifs Acinetobacter johnsonii Acinetobacter baumanii Acinetobacter lwoffii Acinete. radioresistens Acinetobacter sp Alcaligenes faecalis Bordetella bronchiseptica Burkholderia cepacia Rhizobium radiobacter Steno.maltophilia 22 0 8 1 100 64 4.5 1 2 1 1 2 1 2 8 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 100 100 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 Germes difficiles 39 0 1 11 100 97 28 Bergeyella zoohelcum Capnocytophaga sp Cardiobacter hominis Eikenella corrodens Kingella denitrificans Legionella sp Legionella anisa Legionella pneumophila Legionella taurinensis Pasteurella bettyae Pasteurella multocida 1 1 1 2 2 6 2 12 2 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 6 2 0 2 1 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 89 0 0 0 0 0 100 100 0 100 100 0 Haemophilus 49 0 2 2 100 94 4 3 31 2 13 0 0 0 0 1 0 0 1 0 2 0 0 100 100 100 100 67 100 100 92 0 6.5 0 0 20 0 1 0 100 95 0 6 1 13 0 0 0 1 0 0 0 0 0 100 100 100 83 100 100 0 0 0 Catégorie Pseudomonas Aggr.aphrophilus H.influenzae H. parahaemolyticus H.parainfluenzae Campylobacter C.coli C.fetus C.jejuni Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 22 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 122 1 2 13 99 98 10.6 Actinomyces sp Bacteroides fragilis Bact. thetaiotaomicron Bacteroides vulgatus Bifidobacterium sp Clostridium difficile Clostridium perfringens Clostridium ramosum Clostridium sordelii Clostridium sp Eggerthella lenta Finegoldia magna Fusobacter. mortiferum Fusobact. necrophorum Fusobact. nucleatum Parabacter. distanosis Parvimonas micra Peptino.asaccharolyticus Peptostreptococcus sp Porphyro.asaccharolytica Prevotella bivia Prevotella denticola Prevo.melaninogenica Propionibacterium acnes Propionibacterium sp Staph.saccharolyticus Veillonella sp 8 21 5 1 1 2 6 2 1 1 7 6 1 6 7 1 6 2 2 1 6 1 1 13 6 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 - 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 83 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 86 100 100 100 100 100 100 0 100 100 - 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 14.3 0 0 0 0 100 0 0 0 7.7 0 0 50 Levures 65 1 0 0 98 100 0 Candida albicans Candida dubliniensis Candida glabrata Candida kefyr Candida krusei Candida lusitaniae Candida parapsilosis Candida pelliculosa Candida tropicalis Candida sp Crypto.neoformans Geotrichum capitatum Rhodo.mucilaginosa Saccharo.cerevisae 16 1 16 1 2 1 12 1 8 1 1 1 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Catégorie Germes anaérobies Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 23 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Total souches Discord. au genre Discord. à l'espèce Aucun résultat % d’id. correctes au genre % d’id. correctes à l'espèce % d’id. sans résultat 16 0 0 6 100 100 38 3 4 3 1 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 4 0 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 33 100 100 0 Mycobactéries 8 0 4 1 100 50 13 TOTAL SOUCHES 1022 12 61 57 99 94 5.6 Catégorie Champignons Aspergillus flavus Aspergillus fumigatus Apergillus niger Aspergillus terreus Aspergillus versicolor Trichosporon mucoides 4.2 Interprétation : points forts et points faibles 4.2.1 Cocci Gram positif De manière générale, le MS donne une bonne identification des cocci Gram positif, avec néanmoins des résultats moins satisfaisants pour les pneumocoques. Il est excellent dans l’identification au genre et à l’espèce des Staphylocoques et des Entérocoques. Les seules erreurs pour les Staphylocoques concernent l’espèce S. epidermidis (42/44)3. Pour ce qui concerne les Entérocoques, les erreurs d’identification se portent sur l’Enterococcus gallinarum (0/2) pour lequel il ne donne pas de bonne identification à l’espèce. Concernant les cocci Gram positif, catalase négative, le MS est bon pour l’identification des Aerococcus urinae (3/3). En ce qui concerne les Streptocoques, il est très bon pour l’identification des S. agalactiae (23/23) et S. pyogenes (8/8), un peu moins pour les S. dysgalactiae (4/6). Les autres Streptocoques sont également bien identifiés même si parfois le MS ne donne pas de résultat pour les S. mitis/oralis (8/10). Le point faible du Vitek MS en ce qui concerne les cocci Gram positif sont les pneumocoques. Parfois, il ne donne pas de résultats (16/21). On a pu constater que ces erreurs sont dues à l’étalement de la cible : si la colonie est difficile à prélever ou trop muqueuse, le Vitek MS ne donne aucun résultat. Une étude complémentaire sur les pneumocoques a été effectuée. 23 souches de la souchothèque ont été reprises et traitées avec de l’acide formique 25%, avant de rajouter la matrice. Les pneumocoques ont donc été traités comme des levures. Les résultats se sont avérés très satisfaisants avec seulement 4% d’identifications ne donnant pas de résultat, au lieu de 24% sans traitement. Il est donc conseillé de traiter les pneumocoques avec l’acide formique pour obtenir de meilleures identifications. 4.2.2 Cocci Gram négatif et Haemophilus L’identification des Neisseria et des Branhamella est excellente. La réussite d’identification au genre et à l’espèce est de 100% (23/23). Les Haemophilus sont également bien identifiés avec le MS. Dans 2 cas sur 31, il ne donne pas de résultat pour l’Haemophilus influenzae et n’arrive pas à identifier l’Haemophilus parainfluenzae à l’espèce dans 1 cas sur 13. Mais dans l’ensemble, les résultats sont très satisfaisants. 3 Entre parenthèses : score des bonnes identifications au genre et à l’espèce (nbre d’identifications correctes/nbre de souches testées). Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 24 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 4.2.3 Germes difficiles Les germes difficiles sont bien identifiés par le MS. Les bactéries du groupe HACEK 4 testées (Capnocytophaga, Eikenella et Kingella) ont été bien identifiées. Les souches de Cardiobacter hominis et Bergeyella zoohelcum ont également été correctement identifiées. Le nombre de souches testées est cependant insuffisant pour s’exprimer sur les performances du MS concernant ces germes. La Pasteurella multocida est également bien identifiée (8/9). Par contre, si le MS identifie très bien les Legionella pneumophila (12/12), il n’en est pas de même pour les autres Légionelles (L. anisa et L. taurinensis). Le Vitek MS ne possède pas ces dernières espèces dans sa base de données, ce qui rend l’identification impossible. 4.2.4 Bacilles Gram positif aérobies Le MS identifie bien les Bacillus au genre, mais pas à l’espèce. Le point positif est que le Vitek MS peut différencier les différents groupes de Bacillus, notamment le Brevibacillus. Une souche d’Erysipelothrix rhusiopathiae a été testée et l’identification est correcte pour le genre et l’espèce. Les Corynébactéries sont bien identifiées au genre (93%), un peu moins à l’espèce (78%). Certaines espèces ne donnent pas de résultats car elles ne sont pas dans la base de données comme C. glucoserum, C. glucurolonyticum et Turicella otidis. Le MS ne différencie pas le C. amycolatum du C. xerosis et n’identifie que la moitié des C. jeikeium (4/7). Par contre, l’identification du C. pseudodiphteriticum (13/15) et C. striatum (2/2) sont très satisfaisantes. Les Nocardia autres que N. asteroïdes et Rhodococcus equi ne peuvent pas être identifiés par le MS car la base de données ne contient pas ces espèces. Un point fort et utile pour la routine, est l’excellente identification des Lactobacillus (7/7) et des Gardnerella vaginalis (16/17). La seule mauvaise identification pour les Gardnerella vaginalis comporte une discrimination entre Gardnerella vaginalis et Bifidobacterium sp. 4.2.5 Entérobactéries Les entérobactéries sont bien identifiées par le MS de manière générale. Parmi les Citrobacter, c’est le C. freundii qui est le mieux identifié à l’espèce (4/4), suivi par le C. koseri (3/4). Les Citrobacter braakii et C. youngae sont mal identifiés par le MS. Pour ce genre d’entérobactéries, on peut dire que le Vitek 2 est plus performant. En ce qui concerne les Enterobacter, le MS ne différencie pas l’E. asburiae de l’E. cloacae (4/18). Le Vitek 2 identifie mieux ce genre de bactéries que le MS. Par contre, le MS identifie mieux les Klebsiella que le Vitek 2. Il différencie très bien les K. pneumoniae des K. oxytoca. L’identification des Klebsiella présente parfois quelques problèmes. Parfois, elles sont difficiles à prélever et à obtenir un dépôt homogène. Dans ce cas, le Vitek MS ne donne aucun résultat. L’identification des E. coli, des Morganella morganii et des Proteus est très bonne. Les salmonelles sont bien identifiées au genre, mais pour l’identification à l’espèce, il faut recourir à la sérologie (recherche des antigènes O, H et, Vi). Le point négatif le plus problématique est l’identification des Shigella. Le MS fausse complètement le diagnostic : à la place de Shigella, il donne le résultat Escherichia coli. Il ne faut donc pas utiliser le MS en cas de suspicion de Shigella. 4 Bactéries responsables d’endocardites sur valves lésées ou prothétiques. Le groupe HACEK est constitué des germes suivants : Haemophilus spp, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Capnocytophaga spp, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella kingae. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 25 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 4.2.6 Campylobacter Les résultats sont très bons en ce qui concerne les Campylobacter. L’identification est fiable pour le genre et l’espèce (19/20) que ce soit pour le C. coli ou le C. jejuni. 4.2.7 Non-fermentatifs Les non-fermentatifs sont bien identifiés au genre et à l’espèce. Les erreurs d’identification sont peu nombreuses et ne concernent que quelques espèces précises. Par exemple, il identifie très bien les Pseudomonas (44/46), les Stenotrophomonas maltophilia (3/3) et les Acinetobacter (6/7). Par contre, il ne différencie pas les différentes espèces de Burkholderia et n’identifie pas bien le Pseudomonas putida à l’espèce. 4.2.8 Germes anaérobies De manière générale, les résultats d’identification des germes anaérobies sont satisfaisants. Le MS est excellent pour l’identification au genre et à l’espèce des Bacteroides (27/27), des Clostridium (12/12) et Parvimonas micra (6/6) où les résultats sont meilleurs que le Vitek 2. Il identifie également très bien les Eggerthella lenta (7/7), Finegoldia magna (6/6) et Propionibacterium (18/19). Les Prevotella sont bien identifiés (7/8). Il reconnaît également moins bien les Fusobacterium (10/14) et ne reconnaît pas les Actinomyces car ils ne sont pas présents dans la base de données. 4.2.9 Levures Les identifications des levures sont excellentes au genre et à l’espèce (64/65). Le Vitek MS donne de meilleurs résultats que le Vitek 2 (52/65). 4.2.10 Champignons Les résultats obtenus ne sont pas très bons (63%). Le MS identifie bien l’Aspergillus flavus, l’A. fumigatus, et le Trichosporon mucoides. Par contre, il identifie moyennement bien les Aspergillus niger (2/3) et mal les Aspergillus terreus (0/1) et A. versicolor (0/4). 4.2.11 Mycobactéries Les résultats sont mauvais pour les mycobactéries car la base de données du MS reste limitée. L’appareil n’a identifié correctement que l’espèce M. fortuitum (3/3) car elle figure dans la base de données. Les autres espèces n’y figurant pas (M. goodii et M. gordonae) n’ont pas pu être correctement identifiées. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 26 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 5 5.1 Discussion Améliorations de l’identification des germes en routine 5.1.1 Staphylocoques En routine, il est important de distinguer les Staphylocoques aureus des autres Staphylocoques. Le laboratoire utilise plusieurs tests pour différencier ces deux groupes : la DNase et le Slidex Staph Plus. La fiabilité du Vitek MS en ce qui concerne l’identification des Staphylocoques, permet de ne plus effectuer de DNase et ainsi gagner 24 heures dans le diagnostic. Il peut également être utile en cas de Slidex Staph Plus douteux, pour confirmer ou infirmer le résultat. De plus, le Vitek MS permet d’obtenir rapidement l’identification à l’espèce de tous les Staphylocoques non-aureus. Ce dernier point est très utile pour l’identification des Staphylocoques non-aureus responsables d’infections nosocomiales dues à des corps étrangers (prothèses osseuses, valves cardiaques, cathéters…) ou à des infections urinaires (Staphylococcus saprophyticus). On peut dire que le Vitek MS est un atout majeur dans l’identification des Staphylocoques. Sa rapidité d’analyse permet de prendre les dispositions nécessaires (antibiogramme, recherche de MRSA…) de manière plus fiable et rapide, utile surtout pour l’identification des germes dans les hémocultures positives. 5.1.2 Lactobacillus Avant d’avoir le MS, cette bactérie ne pouvait pas être identifiée autrement que par le Gram et la résistance à la vancomycine. L’identification des Lactobacillus est utile lorsque le germe est présent dans les hémocultures. Avec le MS, on peut avoir une identification du genre et de l’espèce sans envoyer la souche pour le séquençage. 5.1.3 Gardnerella vaginalis Ce germe ne peut être identifié que par sa morphologie au Gram. Le Vitek MS permet une identification plus fiable, surtout pour les prélèvements autre que vaginaux, comme le sperme par exemple. 5.1.4 Levures Auparavant, les levures étaient repiquées sur CAN2 (milieu chromogène) afin de distinguer les différentes espèces de Candida. Leur croissance peut prendre entre 48 et 72 heures (Candida glabrata). De plus, pour les Candida autres que C. albicans, on effectuait également une identification au Vitek 2, ce qui prend 24 heures supplémentaires au diagnostic. L’identification des levures par le MS est très bonne. La différenciation des différentes espèces de Candida permet d’avoir des résultats fiables en peu de temps sans devoir repiquer les germes sur CAN2. 5.1.5 Urotubes Les urotubes permettent de différencier les germes urinaires par plusieurs moyens : ils sont sélectifs grâce aux milieux de culture CLED et Mac Conkey, et différentiels de part la couleur que prennent les colonies sur les différents milieux. Les urotubes aident à l’identification des germes urinaires, mais nécessitent des tests supplémentaires pour leur identification (Vitek 2, repiquage sur un milieu de culture). Le Vitek MS permet une identification rapide des germes sans devoir attendre le lendemain. Par exemple, pour l’identification du Staphylococcus saprophyticus, il fallait lancer une carte au Vitek 2 et le résultat était obtenu le lendemain matin. Avec le Vitek MS, l’identification se Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 27 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique fait le jour même. De même pour les Entérobactéries, l’identification des Escherichia coli ne nécessitent plus la confirmation de l’aspect morphologique sur Mac Conkey et le spot indole, ce qui permet de gagner 24 heures. 5.1.6 Entérocoques Avant le MS, l’identification des Entérocoques dans l’urine ne se faisait qu’au genre car cela suffisait pour effectuer l’antibiogramme. Avec le MS, l’identification systématique à l’espèce est utile en cas de septicémie pour savoir si le germe retrouvé dans l’urine est le même que celui retrouvé dans le sang. 5.1.7 Contaminations Le Vitek MS permet également d’identifier des bactéries dont on a un doute sur leur pathogénécité. Le Vitek MS permet d’identifier les éventuelles contaminations d’un prélèvement et ainsi ne pas continuer les recherches inutilement (économie de cartes Vitek 2 ou galeries de tests biochimiques). 5.1.8 Peudomonas aeruginosa Le Vitek MS est très bon pour l’identification des Pseudomonas. Il permet ainsi d’éliminer l’utilisation de la gélose PAID pour le Pseudomonas aeruginosa. Il est également pratique dans la différenciation des Pseudomonas des autres nonfermentatifs, oxydase positive (Schewanella, Agrobacterium, Alcaligenes). Cette différenciation est nécessaire pour l’antibiogramme : l’antibiogramme des Pseudomonas se fait sur le Vitek 2, alors que pour les autres non-fermentatifs, l’antibiogramme se fait manuellement avec la méthode de Kirby-Bauer. 5.1.9 Campylobacter Les Campylobacter sont des bactéries à croissance lente (48 heures). Leur identification se fait à l’aide du Gram, du test de l’hippurate et de la résistance à l’acide nalidixique. Le Campylobacter jejuni ne peut être identifié qu’après avoir effectué un Gram et le test à l’hippurate (positif) qui prend 4 heures. Pour les Campylobacter coli, il faut confirmer l’identification par un disque d’acide nalidixique (sensible). Si le germe est résistant, on l’envoie à Zürich pour l’identification à l’espèce. Le Vitek MS permet non seulement une identification rapide des Campylobacter, mais il évite d’envoyer les souches à Zürich pour le séquençage. 5.2 Lacunes du Vitek MS 5.2.1 Shigella Non seulement le MS n’identifie pas les Shigella au genre, mais en plus, il donne comme résultat Escherichia coli. Les résultats du MS faussent complètement le diagnostic. D’ailleurs ce problème est bien connu par le fournisseur et la remarque suivante apparaît dans le logiciel Myla lorsqu’un E. coli est identifié : Attention!: Escherichia coli identifié, possibilité de Shigella spp ou Escherichia coli O157. Les Shigella sont des entérobactéries extrêmement proches des E. coli [3] et peuvent parfois être confondues avec les tests biochimiques en cas de présence d’E. coli immobiles (indole négatif et ne fermentant pas le lactose en 24 heures). Les ressemblances génotypiques des Shigella et des E. coli expliquent la confusion du MS à les distinguer. Par contre, dans le diagnostic microbiologique, il est très important de ne pas les confondre et de ne pas passer à côté d’une Shigella de part son pouvoir de pathogénécité. L’utilisation du MS est donc déconseillée en cas de suspicion de Shigella. Dans ce cas, il faut recourir aux méthodes d’identification habituelles. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 28 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 5.2.2 Champignons Le MS ne convient pas pour l’identification des champignons. La principale difficulté réside dans la formation du dépôt. Les champignons sont très friables et secs, il est difficile d’obtenir un dépôt homogène et les filaments mycéliens ne se mélangent pas facilement avec la matrice. On a constaté qu’on obtient de meilleurs résultats si on n’effectue pas l’étape d’inactivation et qu’on traite les champignons avec de l’acide formique à 25% avant de laisser sécher le dépôt et d’ajouter la matrice. 5.2.3 Mycobactéries Le MS n’identifie bien que M. fortuitum. Les autres espèces sont mal différenciées ou incorrectement identifiées, car elles sont absentes de la base de données. Le séquençage reste la meilleure méthode d’identification des Mycobactéries. 5.3 Avantages et inconvénients du MS Avantages : Rapidité de l’identification Le Vitek MS est la technique d’identification la plus rapide. Alors qu’il faut entre 4 et 8 heures pour les identifications sur le Vitek 2 et entre 4 et 18 heures sur les galeries de tests biochimiques, avec le Vitek MS, une demi-heure suffit pour lire une lame contenant 24 échantillons. Simplicité de l’analyse La préparation de l’échantillon est simple à réaliser. Contrairement au Vitek 2 ou aux galeries, il n’y a pas besoin de faire de suspension du germe à analyser ou de plaque de pureté. Petit volume d’échantillon nécessaire Il faut très peu de matériel pour effectuer le dépôt. En général, une colonie bien isolée suffit, parfois plusieurs si elles sont très petites. Avec le Vitek 2 ou les galeries, il faut assez de colonies pour effectuer un Mac Farland de 0.5, voire plus pour certains germes ayant du mal à pousser (cf. Annexe 2). Coûts Voici trois tableaux représentant approximativement les coûts pour une analyse effectuée sur le Vitek MS, le Vitek 2 et avec les galeries d’identification. N.B : Les prix des automates et des maintenances n’ont pas été pris en considération pour l’évaluation du coût de l’analyse. Vitek MS Désignation du matériel Lame DS Embouts 0.1-10 µl Anses 1 µl Matrice CHCA Acide formique 25% Prix en CHF Unités 14.40 98.20 125.80 98.30 98.30 48 puits 960 1000 2.5 ml 2.5 ml Unité/analyse Prix/analyse Bactéries Levures Bactéries Levures 2 2 2 2 µl - 2 4 2 2 µl 1 µl 0.60 0.20 0.25 0.08 - 0.60 0.40 0.25 0.08 0.04 Total 1.15 1.35 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 29 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Vitek 2 Désignation du matériel Prix en CHF Cartes Vitek 2 Plaque de pureté 179.50 26.30 Unités Unité/analyse Prix/analyse 20 20 1 1 9.00 1.30 Total 10.30 Galeries d’identification Désignation du matériel Galerie NaCl 0.85% (3 ml) Plaque de pureté Prix/analyse en CHF 7.00 (Entérobactéries) à 12.50 (Corynébactéries) 1.20 1.30 Total 9.50 à 15.00 Les analyses sur le Vitek 2 ou les galeries nécessitent du matériel (cartes, galeries) et des réactifs (révélateurs pour les tests biochimiques en galeries qui n’ont pas été pris en considération dans les calculs). On peut constater que les analyses sur le Vitek MS requièrent peu de réactif et du matériel moins cher. De plus, ces tableaux montrent qu’une analyse du MS coûte presque dis fois moins cher qu’une analyse au Vitek 2 ou avec les galeries. Inconvénients : Ne convient pas pour certaines espèces qui ne sont pas dans la base de données du Vitek MS, notamment les Actinomyces et les Legionella autre que pneumophila. En revanche, la liste de la base de données est exhaustive est peut être mise à jour afin d’élargir le panel des espèces pouvant être identifiées par le MS. Hémocultures : Dans les bouteilles d’hémoculture, il y a du charbon. Lorsqu’on a des petites colonies, le Vitek MS ne donne aucun résultat. Il semblerait que le charbon interfère avec l’analyse. Le Vitek MS ne convient donc pas pour les hémocultures lorsque les colonies sont très petites. Il est préférable d’utiliser dans ce cas le Vitek 2. Urotubes : Il est important de noter que certaines bactéries sur urotube sont difficiles à prélever, notamment les entérobactéries, et que par conséquent, l’étalement des colonies sur la lame est mauvais rendant l’identification difficile. Germes difficiles à prélevés ou trop muqueux : Les bactéries trop muqueuses (Klebsiella, pneumocoques) ou difficiles à prélevées (Haemophilus parainfluenzae) ne sont pas bien identifiées par le MS. Ce problème n’est pas dû à l’appareil, mais à la qualité de l’étalement. L’échantillon doit être bien étalé sur le puits et mélangé à la matrice de façon homogène. Si ce n’est pas le cas, le MS ne peut pas identifier le germe. La qualité de l’étalement est un point important à respecter pour l’identification correcte des germes. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 30 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 6 Conclusion Malgré certains points faibles du MS (Shigella, bactéries granuleuses ou muqueuses), la spectrométrie de masse MALDI-TOF est une technique donnant des résultats fiables et dans un délai plus court que les méthodes habituelles (Vitek 2 et galeries). Les avantages du Vitek MS sont la rapidité d’identification, le peu d’échantillon nécessaire et le faible coût de l’analyse. L’acquisition du Vitek MS a modifié le processus analytique du laboratoire. Auparavant, les identifications et les antibiogrammes étaient lancés en même temps dans la matinée et on attendait le lendemain pour avoir les résultats et lancer éventuellement les analyses complémentaires. Avec le MS, comme les identifications sont obtenues le jour même, il faut accorder du temps l’après-midi pour gérer les résultats et effectuer les tests complémentaires. En conclusion, cet étude montre que la spectrométrie de masse MALDI-TOF a une grande utilité dans le diagnostic microbiologique. Conclusion personnelle Ce travail m’a permis tout d’abord de connaître une toute nouvelle technologie en microbiologie qu’est la spectrométrie de masse MALDI-TOF. J’ai également eu l’occasion de travailler avec un grand nombre d’espèces de bactéries différentes et de mettre en pratique plusieurs méthodes d’identification. Les bactéries qui m’étaient inconnues, m’ont permis d’apprendre à faire des recherches de façon autonome afin de pouvoir étudier leurs caractéristiques biochimiques et les identifier. Perspectives Il serait intéressant de mettre en place un protocole utile à l’identification des germes directement à partir de bouteilles d’hémocultures positives. En effet, il serait possible d’obtenir des bouteilles d’hémoculture exemptes de charbon afin d’avoir des identifications avec le Vitek MS sans interférences. Ceci permettrait de gagner du temps dans le diagnostic. Une autre perspective serait également de mettre à jour la base de données afin d’élargir le nombre de germes pouvant être identifiés par le Vitek MS et de poursuivre les tests avec les nouveaux microorganismes rajoutés. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 31 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 7 Références bibliographiques [1] Ashcroft, A. E. The Astbury Centre for Structural Molecular Biology [Page Web]. Accès : http://www.astbury.leeds.ac.uk/facil/MStut/mstutorial.htm (page consultée le 2 mars 2012) [2] Bizzini, A., Durussel, C., Bille, J., Greub, G & Prod’hom, G. (mai 2010). Performance of MatrixAssisted Laser Desorption Ionisation-Time of Flight Mass Spectrometry for Identification of Bacterial Strains Routinely Isolated in a Clinical Microbiology Laboratory. Journal Of Clinical Microbiology, 48(5), 1549-1554 [3] Faculté de Médecine Pierre-Marie Curie. (24 mars 2003). 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Accès : http://www.microbe-edu.org/professionel/diag/imgsapro/apisapro.jpg (page consultée le 12 mars) Table des illustrations : Figure 1: Principe d'ionisation par la technique MALDI. ......................................................... 8 Figure 2: Technique Time of flight (TOF) ............................................................................... 9 Figure 3: Spectre MALDI-TOF ............................................................................................... 9 Figure 4: Vitek MS ................................................................................................................10 Figure 5 : Fonctionnement du Vitek MS ................................................................................10 Figure 6: Prep Station...........................................................................................................13 Figure 7: Lame DS ...............................................................................................................13 Figure 8 : Porte-lames ..........................................................................................................13 Figure 9 : Carte Vitek 2.........................................................................................................15 Figure 10: Module de préparation de l'inoculum (A) et module analytique (B) du Vitek 2 ......16 Figure 11 : Galerie à microtubes (API 20 A) .........................................................................17 Figure 12: Galerie à cupules (API ID 32 STAPH) .................................................................17 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 33 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 8 Lexique Anode : Électrode vers laquelle se dirige les anions (ions négatifs). Biomolécule : Molécule entrant dans les processus métaboliques des organismes vivants (glucides, lipides, protéines et acides nucléiques). Cathode : Électrode vers laquelle se dirigent les cations (ions positifs). Dalton (Da): Unité de masse des atomes utilisé en biochimie pour mesurer la masse des molécules. Un Dalton correspond à la masse d’un atome d’hydrogène. Á titre d’exemple, un acide aminé représente 110 Da, tandis qu’un nucléotide (base d’ADN+désoxyribose+phosphate) est égal à 330 Da. Désorption : Rupture des liaisons ioniques entre les molécules et le substrat, ce qui libère les molécules du substrat. Électrode : Dispositif conduisant le courant électrique ou ionique. Ion : Molécule chargée électriquement, soit positivement après avoir perdu un électron (cation), soit négativement en gagnant un électron (anion). Ionisation : Transformation électriquement. Isotope : Groupes d’atomes correspondant au même élément chimique, mais ayant des masses atomiques différentes. Les isotopes d’un élément possèdent dans leur noyau un nombre de neutrons différent. Matrice: En biologie, la matrice est une matière englobant des éléments plus spécifiques. Dans notre cas, la matrice est un réactif utilisé pour « englober » les molécules fragiles d’intérêt afin d’éviter leur dégradation sous l’action du laser durant l’analyse. d’une molécule neutre en molécule chargée Oligonucléotide : Segment court d’un brin d’ADN ou ARN. Organique : Molécule composée d’atomes de carbone et qui entre dans les processus du monde du vivant. Peptide : Molécule composée d’au moins deux acides aminés liés par une liaison peptidique. À partir de dix acides aminés, la molécule forme un polypeptide. Polymère aromatique : Composé chimique formé par plusieurs monomères de forme cyclique (ex : polystyrène). Protéine : Molécule formée par de très longues chaînes d’acides aminés. Les protéines sont des constituants essentiels des organismes vivants. Saccharide : Synonyme de sucre. Spectre: Graphique sur lequel sont classés les différents ions d’une molécule selon leur masse et leur charge. Volatile [16]: Qui a la capacité de se vaporiser. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 34 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 9 Remerciements Je souhaite remercier tout d’abord le Dr. Gérard Praz, médecin chef du laboratoire de bactériologie, qui m’a permis de réaliser ce travail au sein du laboratoire de bactériologie de l’ICHV à Sion. Je remercie également toute l’équipe du laboratoire de bactériologie pour leur disponibilité, leur patience, leurs conseils et pour avoir contribué à la partie pratique de cette étude. Je remercie tout particulièrement Mme Lysiane Tissières Lovey, laborantine cheffe du laboratoire de bactériologie et mentor de mon travail de diplôme, pour m’avoir accordé son temps et ses précieux conseils tout au long de mon travail théorique et pratique. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 35 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 10 Annexes 10.1 Annexe 1: Résultats des souches testées Les différents germes testés ont été classés par catégories dans plusieurs tableaux. Dans chaque tableau, figurent le nombre de souches testées, le numéro NLAB pour la traçabilité des échantillons, le résultat du Vitek MS avec le pourcentage d’identification, le résultat de la deuxième méthode utilisée ainsi que la méthode utilisée entre parenthèses et l’identification rendue au final. La colonne « Confirmation » indique le résultat d’une éventuelle troisième méthode utilisée en cas de discordance entre le Vitek MS et la deuxième méthode. Pour les germes provenant de la souchothèque, une deuxième méthode a été effectuée uniquement pour les résultats présentant une discordance. Pour les souches provenant de la routine, signalées en gras, la deuxième méthode d’identification a été effectuée en parallèle avec l’analyse du Vitek MS afin de pouvoir comparer les résultats rendus par celui-ci. On peut constater en regardant les tableaux des Staphylocoques et des Entérocoques que certains résultats ont été rendu à l’espèce sans avoir effectué de tests approfondis. Par exemple, il a été rendu Enterococcus faecium en ayant uniquement un test de PYR positif. Il est important de préciser qu’il n’a pas été possible d’effectuer des analyses sur le Vitek MS pour la totalité des ces bactéries et que les identifications rendues sont fiables car ils correspondent aux résultats rendus par la technicienne en analyse biomédicale en routine. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 36 10.1.1 Staphylocoques N° 1 NLAB Vitek MS % 2ème méthode S.aureus 87.7 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 21103-19299 S.aureus 2 5 6 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (Vitek2) 99 Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (Vitek2) 99 Staphylococcus aureus S.aureus (Vitek2) 99 21103-24015 21103-25164 S.aureus 8 21103-36667 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 21103-33000 10 21103-33814 11 21104-03926 12 13 14 15 S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 21104-23915 S.aureus 99.9 S.aureus (Vitek2) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 21104-22819 21104-23140 21104-23516 Staphylococcus aureus 99.9 S.aureus 9 99.8 S.aureus NLAB Identification Staphylococcus aureus 21103-25185 21103-21477 Confirmation S.aureus (slidex+) 21103-27348 7 % 99.6 S.aureus 4 93.2 21103-19450 S.aureus 3 N° 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 Vitek MS % 2ème méthode S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus St. aureus 99 St.aureus (Vitek2) 100 Staphylococcus aureus St. aureus 99 St.aureus (Vitek2) 95 Staphylococcus aureus St. aureus 99 St.aureus (Vitek2) 95 Staphylococcus aureus St. aureus 99.9 St.aureus (Vitek2) 99 Staphylococcus aureus St. aureus 99.9 St.aureus (slidex+) Sta. aureus 99.9 Sta.aureus (Vitek2) Sta.aureus 77.7 Sta.aureus (slidex+) 21104-22325 21104-22817 21104-20276 Confirmation Identification 21103-30884 21103-35257 21103-34427 21104-06664 21104-06522 21104-05895 21104-04317 Staphylococcus aureus 21103-41161 100 Staphylococcus aureus 21103-02723 21103-16125 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 37 Staphylococcus aureus La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 2ème Vitek MS % % Confirmation NLAB méthode N° 29 30 21103-20483 Sta.aureus 98 Sta.aureus (slidex+) Sta.aureus 99 Sta.aureus (Vitek2) 21103-20745 St.aureus 31 21104-25580 Sta.aureus 32 39 21005-12046 40 21105-14596 42 43 Staphylococcus aureus Staph. aureus Staph. aureus 99.9 Staph. aureus 99.9 Staph. aureus 98.3 Staph. aureus 21006-10775 Staph. aureus 41 Staph. aureus 21007-04980 Staph. aureus 38 Staphylococcus aureus 21010-31331 Staph. aureus 37 99.9 99.9 Staph. aureus Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus S.aureus 99.9 S.aureus (slidex+) Staphylococcus aureus 21105-27192 21105-21206 Staphylococcus aureus Sta.aureus (slidex+) 21101-08517 Staph. aureus 36 88.2 99 Staphylococcus aureus 21102-01075 Staph. aureus 35 99.9 21106-16011 N° NLAB Staphylococcus aureus Sta.aureus (slidex+) 21103-02607 Staph. aureus 34 99.9 21105-01971 Staph. aureus 33 99.9 Identification 44 45 46 47 48 49 50 51 52 2ème méthode % Sta.capitis 96.7 Sta.capitis (Vitek2) 99 Staphylococcus capitis Sta.capitis 99.6 Staphylococcus capitis (Vitek2) 99 Staphylococcus capitis Sta.capitis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.capitis 99.9 Sta.capitis (Vitek2) Staphylococcus capitis 99.9 Staphylococcus capitis Staphylococcus capitis Sta.capitis 99.9 Sta.capitis Sta.caprae (Vitek2) Staphylococcus capitis Sta.capitis 99.9 Sta.capitis (Vitek2) 99 Staphylococcus capitis Sta.caprae 99.9 Sta.caprae (Vitek2) 99 Staphylococcus caprae Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis S.epidermidis 72.8 Sta. coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis S.epidermidis 99.9 Sta. coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis S.epidermidis 63.9 Sta. coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis S.epidermidis 95.9 Sta. coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta. coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.2 Staph. epidermidis (Vitek2) 21103-32175 21105-00344 21104-35262 21103-01417 21105-34326 21105-04648 21105-35638 21105-26396 21103-19347 54 21103-19730 55 21103-20793 56 21103-19300 57 21104-25127 21103-18102 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 21103-25973 53 58 Vitek MS 38 Confirmation Identification Staphylococcus capitis 98 99 Staphylococcus capitis Staphylococcus epidermidis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 2ème Vitek MS % % Confirmation NLAB méthode N° 99.9 98 21103-19833 Staph. epidermidis (Vitek2) 94.4 99 21103-19972 Staph. epidermidis (Vitek2) 98.4 99 21103-25973 Staph. epidermidis (Vitek2) Pas de résultat 99 21103-22717 Staph. epidermidis (Vitek2) Pas de résultat 98 21103-25311 Staph. epidermidis (Vitek2) Sta.epidermidis 59 Sta.epidermidis 60 Sta.epidermidis 61 62 63 66.2 Sta.coag.neg (slidex-) 97.1 99 21103-27727 Staph. epidermidis (Vitek2) 99.9 99 66 21104-15189 Staph. epidermidis (Vitek2) 67 21104-25023 68 21104-19033 Sta.epidermidis 64 21103-27896 Sta.epidermidis 65 Sta.epidermidis 69 71 21104-20276 72 73 Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 21104-19401 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 21104-22012 70 Identification 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis S.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.epidermidis 95.7 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis 21103-34672 21103-36174 Staphylococcus epidermidis N° 74 75 76 77 78 79 80 NLAB 87 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 95 Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 100 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) 99 Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus epidermidis Sta.epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) Sta.epidermidis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.epidermidis 99.9 Staphylococcus epidermidis (Vitek2) 21104-35441 21104-30846 21105-37394 21105-26391 21105-20060 21105-11040 21105-03698 22105-05781 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Sta.epidermidis 21104-17755 21105-38801 86 % 21104-35266 82 85 2ème méthode 21105-02088 21105-32723 84 % 21104-12031 81 83 Vitek MS 39 Confirmation Identification Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis 93 Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis 98 Staphylococcus epidermidis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 2ème Vitek MS % % Confirmation NLAB méthode N° Sta.epidermidis 88 21105-02401 99.9 98 21105-39683 Staph. epidermis (Vitek2) 99.9 99 21105-03382 Staph. epidermis (Vitek2) 21105-03675 Sta.epidermidis 91 92 93 94 20909-02453 20908-04900 21101-30921 95 21106-14920 96 21103-21477 Staphylococcus epidermis 99.9 Staphylococcus epidermis 98 99 Staphylococcus epidermidis Staphylococcus epidermidis Vitek MS % 2ème méthode Sta.haemolyticus 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 98 Staphylococcus hominis Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 88 Staphylococcus hominis Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 98 Staphylococcus hominis Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 98 Staphylococcus hominis Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 94 Staphylococcus hominis Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 95 Staphylococcus hominis Staphylococcus hominis 99.9 Staphylococcus hominis Staphylococcus hominis 99.9 Staphylococcus saprophyticus 98 Sta.hominis 99.9 Sta.hominis (Vitek2) 93 Staphylococcus hominis Sta.lugdunensis 99.9 Sta.lugdunensis (Vitek2) 99 Staphylococcus lugdunensis Sta.lugdunensis 99.9 Sta.lugdunensis (Vitek2) 99 Staphylococcus lugdunensis Sta.lugdunensis 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.lugdunensis 99.9 Sta.lugdunensis (Vitek2) S.saprophyticus 99.9 S.saprophyticus (Novo: R) 103 21106-06379 104 21103-14493 105 21103-25310 106 21104-04400 99.9 Staphylococcus epidermis Staphylococcus epidermis 99.9 Staphylococcus epidermis Staphylococcus epidermis Sta. epidermidis 99.9 Staph. epidermidis (Vitek2) Staphylococcus epidermis 110 21103-12048 Sta.haemolyticus 99.7 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus haemolyticus 111 21012-06407 68.4 Sta.coag.neg (Novo: S) Staphylococcus haemolyticus Sta.haemolyticus 99.9 Staph. haemolyticus (Vitek2) Sta.haemolyticus 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus haemolyticus Sta.haemolyticus 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus haemolyticus 107 21104-21714 108 21105-01016 Staphylococcus epidermis 21104-16225 21105-00552 101 21101-29296 Staphylococcus epidermidis NLAB Staphylococcus epidermis 21103-35066 100 21104-35470 Staphylococcus epidermidis N° Staphylococcus epidermis Sta.haemolyticus 97 95 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.epidermidis 90 Staph. epidermidis (Vitek2) 98.5 Sta.epidermidis 89 99.9 Identification Staphylococcus haemolyticus 99.9 109 21105-02076 99 95 Staphylococcus haemolyticus 112 21105-03617 113 21104-03781 114 21104-00465 115 21104-22363 116 21105-27022 Sta.haemolyticus 102 21105-20060 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus haemolyticus 117 21103-17872 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 40 % Confirmation Identification Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus hominis Staphylococcus hominis (Vitek2) Staphylococcus hominis Staphylococcus lugdunensis 99 Staphylococcus lugdunensis Staphylococcus saprophyticus La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 2ème Vitek MS % % Confirmation NLAB méthode N° Sta.saprophyticus 99.9 Staph. saprophyticus (Novo: R) Staphylococcus saprophyticus Sta.saprophytucus 99.9 Staph. saprophyticus (Novo: R) Staphylococcus saprophytucus 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Staphylococcus schleiferi 99 Staph. schleiferi (Vitek2) 93 Staphylococcus schleiferi 99.9 Sta.simulans (Vitek2) 94 Staphylococcus simulans Sta.simulans 99.9 Sta.coag.neg (slidex-) Sta.simulans 99.9 Sta.simulans (Vitek2) 98 Staphylococcus simulans Sta.warneri 99.9 St. warneri St.lugdunensis (Vitek2) 50 50 Staphylococcus warneri Staphylococcus xylosus 99.9 Staphylococcus xylosus 118 21103-08993 119 21103-26758 Sta.schleiferi 120 21104-25383 Staph. schleiferi 121 21103-13209 Sta.simulans 122 21105-00307 123 21106-01220 124 21106-06220 125 21103-02930 126 21101-27100 Identification Staphylococcus simulans Staphylococcus xylosus N° 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Ent.avium 99.9 Ent.avium (Vitek2) 99 Enterococcus casseliflavus 99.9 Enterococcus casseliflavus Enterococcus casseliflavus Enterococcus casseliflavus 99.9 Enterococcus casseliflavus Enterococcus casseliflavus Enterococcus durans 99.9 Enterococcus durans Enterococcus durans Ent.faecalis 90.2 Ent.faecalis (Vitek2) 99 Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99 Ent.faecalis (Vitek2) 99 Enterococcus faecalis Ent.faecalis 92.5 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.8 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 96.5 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis 21105-32013 20902-08335 20809-27226 21012-02892 21103-09162 21103-10394 21103-19481 21103-12285 21103-20335 21103-28659 10.1.2 Entérocoques N° 1 NLAB Vitek MS % 2ème méthode Ent.avium 99.9 Enterococcus sp (PYR+) 21103-32682 3 4 99.9 Ent.avium (Vitek2) En.avium 99 Ent.avium (Vitek2) Enterococcus avium 97.1 Enterococcus avium 21104-23810 Identification 15 21103-28771 Enterococcus avium 86 Enterococcus avium 99 Enterococcus avium 17 21104-11944 21101-12332 Confirmation 16 Ent.avium 2 % Enterococcus avium 21103-29398 21103-31949 18 21103-31772 19 21103-34435 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 41 Confirmation Identification Enterococcus avium La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 20 NLAB Vitek MS % 2ème méthode Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) 21104-15933 Ent.faecalis 21 21104-16292 Ent.faecalis 22 21104-19453 28 21105-03925 Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis 36 37 38 39 40 41 21101-25338 Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis 21104-34076 99.9 21106-01351 99.9 21106-02182 21105-39657 99.9 Ent.faecalis (Vitek2) 99 Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis 46 47 48 49 Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis (Vitek2) Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Ent.faecalis 99.9 Ent.faecalis (Vitek2) Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Ent.faecalis 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecalis Enteroccocus faecium 99.9 Enteroccocus faecium Enterococcus faecium E.faecium 99.9 E.gallinarum (Vitek2) Ent.faecium 99.7 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Ent.faecium 99.7 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Ent.faecium 99.5 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium 21103-13002 21103-16419 21103-18917 21103-27911 21103-32233 21003-32682 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Enterococcus faecalis 21106-06040 43 99.9 Enterococcus sp (PYR+) 21106-05889 Enterococcus faecalis 45 99.9 21106-08178 Enterococcus sp (PYR+) 21104-36213 Ent.faecalis 21105-03863 99.9 99.9 2ème méthode 21105-11076 Ent.faecalis 44 % 21105-24570 21106-04829 21104-35700 Vitek MS 21105-36374 42 Ent.faecalis 34 99 35 NLAB Enterococcus faecalis Ent.faecalis 33 Enterococcus faecalis N° Enterococcus sp (PYR+) Ent.faecalis 32 Identification 99.9 Ent.faecalis 31 Ent.faecalis (Vitek2) Confirmation Ent.faecalis Ent.faecalis 30 99.9 21104-22050 27 29 99.9 21104-22130 Ent.faecalis 26 99.9 21104-22325 Ent.faecalis 25 99.9 21104-21952 Ent.faecalis 24 99.9 21104-22325 Ent.faecalis 23 99.9 % 42 % Confirmation Identification Enterococcus faecalis 99 Enterococcus faecalis Enterococcus faecalis 99 99 E.faecium (Rapid ID 32 Strep) Enterococcus faecium La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 50 NLAB Vitek MS % 2ème méthode Ent.faecium 99.9 Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium Enterococcus sp (PYR+) Enterococcus faecium 21104-25029 Ent.faecium 51 21104-25025 Ent.faecium 52 54 55 57 58 59 Ent.faecium Ent.faecium (Vitek2) Enterococcus faecium 99 98.8 Enter.faecium Enterococcus faecium Enter.faecium 99.9 Ent.faecium (Vitek2) 90 Enterococcus faecium Ent.faecium 99.9 Ent.faecium (Vitek2) 96 Enterococcus faecium Ent.faecium 99.9 Ent.faecium (Vitek2) 96 Enterococcus faecium Ent.faecium (Vitek2) 96 21003-10248 21103-07446 21105-30452 99.9 21105-31077 99.9 E.gallinarum 99 21105-12622 65 66 67 NLAB Vitek MS % 2ème méthode % Ent.faecium 99.9 Ent.faecium (Vitek2) 96 Enterococcus faecium E.gallinarum L. mesent. 99.9 99.9 Ent.gallinarum (Vitek2) 98 Enterococcus gallinarum Enterococcus faecium 99.9 64.4 Enterococcus gallinarum 54 21106-16270 21105-35642 20907-11597 68 Confirmation Rapid ID 32 STREP Enterococcus sp (PYR+) Pas de résultat 21103-35280 99.9 Enterococcus faecium Ent.faecium (Rapid ID 32STREP) N° 1 2 3 4 5 Ent.sp (PYR+) Ent.faecium (Vitek2) 99.9 Ent.faecium (Vitek2) 21105-08100 6 97 Enterococcus faecium 99 Enterococcus faecium 8 21105-37414 21102-26680 21007-03820 21103-21365 21103-21364 21103-30377 Enterococcus faecium 7 99.9 NLAB 21103-21849 Enterococcus faecium 21105-20135 Ent.faecium 64 99.9 21104-31167 Ent.faecium 63 N° Identification Enterococcus gallinarum Enterococcus sp 10.1.3 Streptocoques Ent.faecium 62 Enterococcus faecium 97 Enterococcus faecium 21104-31733 21105-28584 Identification Enterococcus sp (PYR+) Ent.faecium 61 Ent.faecium (Vitek2) Confirmation Ent.faecium Ent.faecium 60 99.9 21105-00553 Enter.faecium 56 98.6 21003-30578 Ent.faecium 53 99.9 % 9 21103-27277 21103-28901 21103-33805 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 43 Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification Abiotrophia defectiva 99.9 Abiotrophia defectiva Abiotrophia defectiva Abiotrophia defectiva 99.9 Abiotrophia defectiva Abiotrophia defectiva Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.1 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 91.5 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 98.1 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 10 11 12 13 14 15 16 17 NLAB 21104-01105 21104-03926 21104-15282 21105-02416 21103-08812 21103-08778 21103-08782 21103-15566 Vitek MS % 2ème méthode Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 99.4 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae 98.2 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae 19 20 21 22 Streptococcus agalactiae 98.2 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae Identification 99.8 99.7 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae 21011-22853 20908-29404 21103-07806 N° 24 25 26 27 29 86.2 Streptococcus agalactiae 99.9 Streptococcus agalactiae 99.9 Str.agalactiae 99.9 21105-38912 21105-40499 99.9 % 2ème méthode Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Str.agalactiae 99.9 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus alactolyticus 99.9 Streptococcus alactolyticus Streptococcus alactolyticus S.anginosus 99.6 S.anginosus (Vitek2) S.anginosus 99.9 Streptococcus anginosus 21105-01595 S.anginosus + autres (Vitek2) Str. anginosus 62 Streptococcus anginosus 21103-10033 Str. anginosus Str. gordonii Str. sanguis (Vitek2) Str.anginosus 99 Str.gordonii Str.sanguinis (Vitek2) Streptococcus anginosus Str.anginosus 99.9 Str.anginosus (Vitek2) 94 Streptococcus anginosus Str.anginosus 99.9 Str.anginosus (Vitek2) 93 Streptococcus anginosus Str.anginosus 99.9 Str.anginosus Str.sanguinis (Vitek2) Streptococcus anginosus Str.anginosus 77 Str.anginosus Str. grodonii (Vitek2) Streptococcus anginosus Strepto. anginosus 97 Strepto. anginosus (Vitek2) Streptococcus anginosus 99.9 Streptococcus anginosus Streptococcus anginosus St.anginosus 99.9 Str.anginosus Str.gordonii (Vitek2) Streptococcus anginosus 21105-19536 21106-15043 21102-22815 21103-15240 30 21103-25071 31 21104-00326 32 Streptococcus agalactiae Vitek MS NLAB Streptococcus agalactiae 21103-15320 Str.agalactiae 23 Confirmation 28 Streptococcus agalactiae 18 % Strepto. Groupe B Streptococcus agalactiae Strepto. gr. B (Agglut gr. B+) Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae Streptococcus agalactiae Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Streptococcus agalactiae 33 34 35 36 37 21104-00470 21104-11915 21003-18197 21103-06723 21103-18197 21105-33381 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 44 % 97 97 Confirmation Identification Streptococcus anginosus Streptococcus anginosus La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS St.anginosus 38 21104-21656 43 21104-21639 45 46 48 49 99.9 21104-07719 21104-12034 Str.constellatus (Vitek2) 51 Str. anginosus (Poss. Str. constellatus) (Agglut gr.C +RapID 32 STREP) Strepto. constellatus 999 Str.constellatus 99.9 21105-35638 99.9 21105-12475 20810-16500 21103-06955 Streptococcus constellatus Strepto. dysgalactiae 911-27322 Strepto. dysgalactiae/ equisimilis Pas de résultat (Vitek2) 98 Str.constellatus pharyngis (Vitek2) 85 Str.constellatus (Vitek2) 86 99.9 Streptococcus morbillorum 99.7 Strepto. gr. B (Agglut. Gr. B+) Str.dysgalactiae (Vitek2) 21103-24138 95.6 Streptococcus constellatus Strepto. dysgalactiae 61 Strepto. constellatus (Api 20 Strep) Streptococcus constellatus Strepto. constellattus (Api 20 Strept) Streptococcus constellatus Streptococcus constellatus Vitek MS NLAB 21104-25491 55 09-00948 912-26526 56 21010-19728 57 2080418428.2 58 21103-31678 59 21103-23608 60 Rapid ID 32 STREP Streptococcus constellatus Streptococcus dysgalactiae Streptococcus dysgalactiae 61 62 63 64 2ème méthode 99.9 Streptococcus dysgalactiae ssp equisimilis Str. dysgalactiae ssp equisimilis/ssp dysgalatiae 99.9 Streptococcus gr. G Streptococcus dysgalactiae ssp equisimilis/ssp dysgalatiae Strepto. dysgalactiae ssp dysgalaciae/ ssp equisimilis 60 Streptococcus gr. G Streptococcus dysgalactiae/ equisimilis Str.gallolyticus 99.9 Str.gallolyticus (Vitek2) 99.9 Streptococcus gallolyticus Streptococcus gallolyticus 99.9 Streptococcus gallolyticus Streptococcus gallolyticus Str. gordonii 99.1 Str. mitis/oralis (Vitek2) Streptococcus gordonii 99.9 Streptococcus gordonii Str. dysgalactiae ssp dys./ssp equi. Strepto. gallolyticus ssp pasteurianus ssp gallolyticus Strepto. gallolyticus ssp pasteurianus/ ssp gallolyticus 21103-19691 Identification Agglut gr. G RapID 32 STREP Streptococcus dysgalactiae ssp equisimilis Streptococcus gallolyticus 96 Connu pour gordonii Streptococcus gordonii Streptococcus gordonii Str. bovis/Str. infantarius ssp infantarius/Str. infantarius ssp coli=lutetiensis 99.9 Streptococcus gr. bovis Str.intermedius 99.9 S.intermedius S.constellatus (Vitek2) Str.intermedius 99.9 Str.intermedius Str.gordonii (Vitek2) Streptococcus intermedius Strepto. mitis/oralis 98.4 Strepto. alphahémol. Streptococcus mitis/oralis 21105-29543 45 99 Confirmation Strepto. infantarius (Vitek2) 21103-14784 21104-02059 % Pas de résultat 21103-19691 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 21104-20282 Streptococcus constellatus Streptococcus dysgalactiae 99 54 Streptococcus constellatus 97 Pas de résultat (Vitek2) 52 53 Streptococcus constellatus 87.3 N° Streptococcus anginosus 94 Streptococcus constellatus Str.constellatus 97.9 Identification Str.alphahémolytique Str.constellatus (Vitek2) Strept. constellatus Confirmation Streptococcus anginosus Streptococcus constellatus 99.9 84.3 Pas de résultat 50 Str.anginosus (Vitek2) Str.constellatus Str.anginosus Str.constellatus 47 99.9 21104-34833 42 44 99.9 % 21104-24556 Str. constellatus 41 99.9 Str.anginosus Str.gordonii (Vitek2) 21105-30924 Streptococcus constellatus 40 2ème méthode 21105-35621 Str.anginosus 39 % Streptococcus infantarius 97 97 Streptococcus infantarius ssp infantarius (Vitek2) Streptococcus infantarius ssp infantarius Str.intermedius (Rapid ID 32 Strep) Streptococcus intermedius La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 65 66 67 68 69 NLAB Vitek MS 21103-02716 Strepto. mitis/oralis % 2ème méthode 71.8 Strepto mitis/oralis Streptococcus mitis/oralis Pas de résultats 21101-39772 Strepto mitis/oralis Streptococcus mitis/oralis Pas de résultat 21103-27815 Strepto. mitis/oralis (Vitek2) 99 21104-13157 Strepto. mitis/oralis Strepto. mitis/oralis (Vitek2) Granulicatella adjacens (Vitek2) 93 21104-10349 Strepto. mitis/oralis Strepto. mitis/oralis 70 73 74 75 76 77 99.9 21105-37221 Strepto. mitis/oralis (Vitek2) 99.9 21105-18630 Strepto. mitis/oralis (Vitek2) 21103-02716 21103-17736 21008-37598 21005-02678 21103-21693 Streptococcus mitis/oralis Streptococcus mitis/oralis Streptococcus mitis/oralis Streptococcus mitis/oralis 99 82 21007-04972 83 20807-01044 86 20711-21440 Streptococcus mitis/oralis 87 20711-14070 S.pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae 98.1 99 88 20710-30013 99.9 Streptococcus parasanguinis Streptococcus parasanguinis Streptococcus parasanguinis 99.9 Streptococcus parasanguinis Streptococcus parasanguinis 99 97 Streptococcus pneumoniae S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae 89 90 91 92 93 94 20706-04719 21104-33987 21104-29303 21104-29337 21104-22058 21104-19204 Cristina Cariello 46 % Confirmation Identification Strepto. pneumoniae 98.4 Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae 85.8 Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae 84.2 Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Pas de résultats Streptococcus parasanguinis Travail de diplôme 2011-2012 2ème méthode 20808-29759 Streptococcus mitis/oralis 99 21104-10478 % 21104-22058 20801-09812 S.parasanguinis 99.9 Vitek MS 21104-12235 85 Streptococcus parasanguinis 21103-21622 81 84 S.parasanguinis (Vitek2) S.pneumoniae (Vitek2) 80 NLAB Streptococcus mitis/oralis Streptococcus oralis Pas de résultat N° Pas de résultats Streptococcus oralis S.pneumoniae 79 Identification 99.9 Pas de résultat 78 Confirmation Pas de résultat Strepto. mitis/oralis K. kristinae (Vitek2) 99.9 Str.mitis/oralis 72 99.9 21103-35480 Str.mitis/oralis 71 99.9 % Strepto. pneumoniae 68.6 Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Strepto. pneumoniae 99.1 Strepto. pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 95 96 97 NLAB 21104-01166 21104-01049 21103-30389 Vitek MS % 2ème méthode Streptococcus pneumoniae 99.9 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Str.pyogenes 98 99.9 99.9 21105-01892 S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae S.pneumoniae (OPT S) Streptococcus pneumoniae Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes Strepto.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes Strepto.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes Strepto. pyogenes 98.7 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes Streptococcus pyogenes 99.9 Streptococcus pyogenes Streptococcus pyogenes Str.pyogenes 99.9 Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Streptococcus pyogenes 101 21103-39876 102 21103-35421 104 21006-02081 Str.pyogenes 99.9 99.9 Str.salivarius (Vitek2) 99.9 Str.salivarius (Vitek2) Strepto. salivarius Str.salivarius Str.salivarius 99 Streptococcus salivarius 97 Streptococcus salivarius 99.9 Leuconostoc (Vitek2)) 89 Streptococcus salivarius 99.9 Leuconostoc (Vitek2) 91 99.9 Streptococcus salivarius 106 21103-17736 Str.salivarius 107 21104-21328 108 21104-17965 109 21105-08327 110 21102-28953 Streptococcus pneumoniae 99.9 100 21103-39877 105 21105-35691 Identification Streptococcus pyogenes 21105-01697 103 21102-29418 Confirmation Strepto. gr. A (Agglut gr. A+) Str.pyogenes 99 99.9 % Streptococcus salivarius ssp salivarius Vanco: S Streptococcus salivarius 10.1.4 Streptococcus pneumoniae traités N° 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 Vitek MS NLAB 21007-04972 20808-29759 20807-01044 20801-09812 20711-21440 20711-14070 20710-30013 20706-04719 21203-04579 21202-41531 21202-38970 21202-35233 21202-30386 Streptococcus salivarius 14 21202-20746 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 47 % 2ème méthode Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) % Confirmation Identification Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 15 16 17 18 19 20 21 22 NLAB 21202-12098 21110-30741 21110-30665 21110-17503 21110-15528 21110-12074 21109-35072 21109-32205 Vitek MS Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae Pas de résultat 23 % 2ème méthode 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 Streptococcus pneumoniae (OPT: S) Streptococcus pneumoniae 99.9 99.9 99.9 21109-31914 % Confirmation Identification 10.1.6 Neisseria/Branhamella N° 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Vitek MS NLAB 21104-16521 21103-21110 21103-36840 21103-34427 21105-37225 21006-10768 20810-25854 20708-30360 20506-09614 10.1.5 Autres coques Gram positif Nbre NLAB 1 21103-22722 2 21104-35440 Vitek MS % 2ème méthode % Aerococcus urinae 99.8 Aerococcus urinae (Vitek2) 93 99.9 Pas de résultat (Vitek2) Aerococcus urinae 99.9 Granulicatella adjacens (Vitek2) Leuconostoc lactis Leuc. mesenteroïdes 99.9 Leuconostoc lactis Aerococcus urinae 3 4 21106-12586 21012-13672 Confirmation Identification Aerococcus urinae 10 11 21011-12835 21103-17729 Aerococcus urinae Aerococcus urinae (Rapid ID 32 Strep) 12 21008-03092 Aerococcus urinae 13 21101-15911 Leuconostoc lactis 14 21007-03488 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 48 % 2ème méthode % Branhamella catarrahalis 99.9 Branhamella catarrahalis (Vitek2) Confirmation Identification 100 Branhamella catarrahalis Branhamella catarrahalis 99.9 Branhamella catarrahalis (API NH) 100 Branhamella catarrahalis Branhamella catarrahalis 99.9 Branhamella catarrahalis (API NH) Branhamella catarrahalis Branhamella catarrahalis 99.9 Branhamella catarrahalis (API NH) Branhamella catarrahalis Branhamella catarrahalis 99.9 Branhamella catarrahalis (API NH) Branhamella catarrahalis Branhamella catarrhalis 99.9 Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis 99.9 Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis 99.9 Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis 99.9 Branhamella catarrhalis Branhamella catarrhalis Moraxella nonliquefaciens 99.9 Moraxella nonliquefaciens Moraxella nonliquefaciens Moraxella osloensis 93.6 Moraxella sp Moraxella sp Neisseria gonorrhoeae 99.9 Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae 99.9 Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae 99.9 Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 15 16 17 18 19 20 21 NLAB 21106-15904 20910-33086 21101-35517 21101-35347 21101-35252 21103-02711 Vitek MS % 2ème méthode % Neisseria gonorrhoeae 99.9 Neisseria gonorrhoeae (API NH) 99 Neisseria gonorrhoeae 99.9 Neisseria meningitidis 99.9 Neisseria meningitidis 99.9 Neisseria meningitidis 99.9 Neisseria meningitidis 99.9 Neisseria mucosa 99.9 23 Identification Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria meningitidis Neisseria sp Neisseria sp 21104-15835 99.9 Neisseria sp 1 2 NLAB 21011-12295 21103-11266 3 21104-03829 4 21104-05598 6 7 8 9 10 12 Neisseria zoodegmatis 99.9 Neisseria zoodegmatis Neisseria zoodegmatis Vitek MS % 2ème méthode Gardnarella vaginalis 99.9 Gardnarella vaginalis Gardnerella vaginalis 13 14 10.1.7 Gardnerella vaginalis N° 5 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) NLAB 21104-13647 21104-13160 21104-15114 21104-16504 21104-22536 21104-32347 21104-33703 Neisseria sp 21104-22303 20911-14399 N° 11 Neisseria subflava 22 Confirmation % Confirmation 21104-35304 21105-12909 21105-30811 Identification Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis 15 21105-31861 16 21105-04914 17 21100614394 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 49 Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis G.vaginalis Bifido. sp 99.9 99.4 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis Gardnerella vaginalis 99.9 Gardnerella vaginalis (Gram) Gardnerella vaginalis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 10.1.8 Corynébactéries N° 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 NLAB Souche BM Souche BM 21103-16303 Vitek MS % 2ème méthode Arcano. haemolyticum 99.9 Arcano. haemolyticum Arcanobact. haemolyticum 99.9 Arcano. haemolyticum Arcanobact. haemolyticum C. amycolatum C. xerosis 20911-14393 21102-05026 Coryn. amycolatum Coryn. xerosis 21008-24775 Coryn. amycolatum Coryn. xerosis 21104-06365 20909-34793 Souche BM Souche BM C.amycolatum C.xerosis 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 C. xerosis C. amylocatum Corynebacterium diptheriae 99.9 99.9 14 Souche BM C. amycolatum (Vitek2) 91 Corynebact. amycolatum Corynebact. amycolatum Corynebact. amycolatum Corynebact. amycolatum Corynebact. amycolatum C.amycolatum (Vitek2) Corynebact. amycolatum Corynebact. amycolatum 89 Corynebact. amycolatum C. amylocatum (Vitek2) 98 Corynebact. diptheriae Corynebact. amylocatum Corynebact. diptheriae Coryne. glucoserum Plusieurs résultats autres (pas dans la base de données) Coryne. glucuronolyticum Corynebact. glucuronolyticum Coryne. jeikeium Corynebact. jeikeium 15 16 17 18 19 20 21 Corynebact. jeikeium (Vitek2) Corynebact. jeikeium Corynebact. glucoserum 22 23 24 25 26 99.9 Pas de résultat 21104-07135 Identification Pas de résultat (pas dans la base de données) Souche BM 13 Confirmation Vitek MS % 2ème méthode Pas de résultats 99.9 Corynebact. jeikeium Corynebact. jeikeium Corynebact. jeikeium Corynebact. jeikeium 20906-14113 21101-34941 21006-30034 21104-07208 21104-05810 Corynebact. jeikeium 99.9 Corynebact. jeikeium 27 92 Corynebact. jeikeium 21104-26991 21101-31679 21008-09708 21105-26382 Corynebact. jeikeium C. jeikeium 99.8 Low discrimin. Corynebact. (Vitek2) Corynebact. jeikeium Corynebacterium peudodipht. 97.3 Corynebact. peudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodipht. Corynebacterium peudodipht. 99.9 Corynebact. peudodipht. (Vitek2) 91 Corynebact. peudodipht. Corynebacterium peudodipht. 99.9 Corynebact. peudodipht. (Vitek2) 95 Corynebact. pseudodipht. Corynebact. pseudodipht. (Vitek2) 91 Corynebact. pseudodipht. Travail de diplôme 2011-2012 Corynebact. pseudodipht. 96.4 Corynebact. pseudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodipht. Coryne. pseudodipht. 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodipht. Corynebacterium pseudodiphteriticum 99.9 Corynebact. pseudodiphteriticum Corynebact. pseudodiphteriticum Plusieurs résultats autres 99.9 Corynebact. pseudodiphteriticum Corynebact. pseudodiphteriticum Coryne. pseudodipht. 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99.9 Low discrimin. Coryne. pseudodipht. (Vitek2) Coryne. pseudodipht. 28 21105-27966 Cristina Cariello 50 Identification Corynebact. jeikeium 21103-13129 21103-26742 Confirmation 99.9 21106-01220 21103-05632 % Corynebacterium jeikeium Pas de résultat Coryne.jeikeium 12 % NLAB Pas de résultats Arcano. haemolyticum Coryne amycolatum Coryne. xerosis 21106-26885 N° 99 Corynebact. pseudodiphteriticum Corynebact. pseudodiphteriticum La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 29 30 31 32 33 NLAB 21106-03541 21105-25604 21105-07679 21105-11512 21106-23993 Vitek MS % 2ème méthode 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) Coryne. pseudodipht. 35 36 37 38 39 40 41 21105-34045 21106-15690 Souche BM Souche BM 10.1.9 Autres bacilles Gram positif aérobes N° NLAB 99 Corynebact. pseudodiphteriticum 1 21008-23499 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodiphteriticum Coryne. pseudodipht. 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodiphteriticum Coryne. pseudodipht. 99.9 Coryne. pseudodipht. (Vitek2) 99 Corynebact. pseudodipth. Coryne. pseudodipht. C. amycolatum C. xerosis 99.9 99.9 C.pseudodiph. C.xerosis C.amycolatum Coryne. sp (Gram) Corynebact. sp Coryne. sp (Vitek2) Corynebact. sp Pas de résultat (Vitek2) Corynebact. sp Corynebact. sp C.xerosis C.amycolatum 99.9 99.9 Low discrimin. Corynebact. (Vitek2) Coryne.striatum 99.9 Coryne. striatum (Vitek2) Coryne. urealyticum 99.9 Coryne. urealyticum Corynebact. urealyticum 99.9 Corynebact. urealyticum Corynebact. urealyticum 21105-23044 Souche BM Identification 99 Coryne. pseudodipht. 21103-41437 21105-00344 Confirmation Corynebact. pseudodiphteriticum Pas de résultat 34 % Corynebact. urealyticum Plusieurs résultats autres (pas dans la base de données) 95 2 3 4 5 6 7 8 Corynebact. striatum 9 21011-25628 Souche BM 21105-04633 21106-05322 21103-41446 21101-30103 21009-30782 11 21003-13267 21001-15536 Turicella otitidis 13 5 21103-41613 2ème méthode Bacillus pumilus 99.9 Bacillus Bacillus pumilus 99.9 Bacillus Bacillus sp 99.9 Bacillus Bacillus sp Brevibacillus5 spp 99.9 Bacillus Brevibacillus spp Erysipelothrix rhusiopathiae 99.9 Erysipelothrix rhusiopathiae Erysipelothrix rhusiopathiae Lactobacillus acidophilus 97.9 Lactobacillus sp (Gram) Lactobacillus sp Lactobacillus fermentum 99.9 Lactobacillus sp (Gram) Lactobacillus sp Lactobacillus rhamnosus 99.9 Lactobacillus sp (Vanco R) Lactobacillus sp Lactobacillus rhamnosus 99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp Lactobacillus rhamnosus 99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp Lactobacillus rhamnosus 99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp Lactobacillus rhamnosus 99.9 Lactobacillus sp Lactobacillus sp Listeria monocytogenes 99.9 Listeria monocytogenes (Vitek2) Bacillus cereus Bacillus thuringiensis Bacillus mycoïdes Bacillus cereus Bacillus thuringiensis Bacillus mycoïdes % 99 Le genre Bacillus est divisé en plusieurs groupes dont Brevibacillus. Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % Confirmation Identification 21009-11977 10 12 Turicella otitidis 21011-36003 Vitek MS 51 Listeria monocytogenes La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 14 15 16 17 18 NLAB 21104-19598 21105-32571 21105-34550 20910-33063 21102-01065 Vitek MS Listeria monocytogenes Listeria monocytogenes Listeria monocytogenes Listeria monocytogenes % 2ème méthode % 99.9 Listeria monocytogenes (Vitek2) 95 99.9 Listeria monocytogenes (Vitek2) 99 99.9 Listeria monocytogenes (Vitek2) 99 99.9 Listeria monocytogenes Confirmation Identification N° Listeria monocytogenes 5 Nocardia spp Plusieurs résultats (pas dans la base de données) Rhodococcus equi 6 19 7 Nocardia spp 9 20 20911-14398 10.1.10 N° NLAB 99.9 Vitek MS % 21103-25974 2 Citrobacter freundii 21104-21878 Citrobacter braakii Citrobacter freundii 3 4 21105-27900 % Confirmation 95 Citrobacter braakii 99 Citrobacter braakii Citrobacter freundii 15 Citrobacter braakii (Vitek2) 99.6 Citrobacter freundii (Vitek2) 98 99.9 Citrobacter freundii (Vitek2) 99 16 17 Citrobacter freundii Citrobacter freundii 99.9 Citrobacter freundii (Vitek2) 97 Citrobacter freundii Citrobacter freundii 99.9 Citrobacter freundii (Vitek2) 99 Citrobacter freundii Citrobacter koseri (Vitek2) 99 Citrobacter koseri Citrobacter koseri (Vitek2) 99 Citrobacter koseri Citrobacter koseri 99.9 Citrobacter koseri (Vitek2) 98 Citrobacter koseri Citrobacter koseri 99.9 Citrobacter koseri (Vitek2) 89 Citrobacter koseri Citrobacter youngae (Vitek2) 95 Citrobacter youngae 21003-36840 18 Citrobacter youngae/freundii 99.9 Citrobacter youngae (Vitek2) 99 Citrobacter youngae Edwarsiella tarda 99.9 Edwarsiella tarda 95 Edwardsiella tarda Enterobacter aerogenes 99.9 Enterobacter aerogenes (Vitek2) 98 Ent.aerogenes Enterobacter aerogenes 99.7 Enterobacter sp Enterobacter aerogenes 99.9 Enterobacter aerogenes (Vitek2) 99 Enterobacter aerogenes Enterobacter aerogenes 99.9 Enterobacter aerogenes (Vitek2) 98 Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae 99.8 Enterobacter cloacae 21106-09633 21105-02000 09-35463 21102-31183 21105-30452 21104-21904 52 Identification 91.7 21105-40385 21106-10145 Confirmation Citrobacter koseri 21104-11187 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 21103-28588 Identification 14 99.3 99.9 21104-22325 Citrobacter freundii 2ème méthode Citrobacter braakii (Vitek2) Pas de résultat 1 12 13 Entérobactéries 2ème méthode Pas de résultat 11 Rothia dentocariosa % 21103-25983 Rhodococcus equi Rothia dentocariosa Vitek MS Pas de résultat Listeria monocytogenes 21001-12289 Rothia dentocariosa 21105-30860 Listeria monocytogenes 10 99.9 21105-27973 Listeria monocytogenes 8 Pas de résultats (seulement N.asteroides dans la base de données) NLAB Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 19 20 NLAB 21103-29267 21103-29272 Vitek MS 22 23 24 25 26 27 28 29 21103-26166 21103-08264 Ent.cloacae Ent.asburiae Enterobacter cloacae (Vitek2) 99 Enterobacter cloacae (Vitek2) 94 Enterobacter cloacae Enterobacter asburiae Enterobact. cloacae Enterobact. asburiae 99.9 21103-20483 21104-21709 21105-12161 Identification Enterobacter cloacae 99 Enterobacter cloacae Enterobacter cloacae Enterobacter cloacae (Rapid 32E) Enterobacter cloacae Enterobacter cloacae 80.1 Enterobacter cloacae Ent.cloacae 99.9 Enterobacter cloacae (Vitek2) Enterobacter cloacae Ent.cloacae Ent.asburias 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) 98 Enterobacter cloacae complex 98 Enterobacter cloacae complex Ent.cloacae complex (Vitek2) Ent.asburiae Ent.cloacae Ent.asburiae Ent.cloacae 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) Enterobacter cloacae complex Ent.cloacae Ent.asburias 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) Enterobacter cloacae complex 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) 99 N° 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 99 21105-03698 21104-03711 99.9 Plusieurs résultats Enterobacter (Vitek2) NLAB 21106-17541 21106-15944 21106-06716 21104-33876 11-12293 Enterobacter cloacae complex 45 % 2ème méthode % Ent.cloacae Ent.asburias 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) 99 Enterobacter cloacae complex Ent.cloacae Ent.asburias 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) 99 Enterobacter cloacae complex Ent.cloacae Ent.asburias 99.9 99.9 Ent.cloacae complex (Vitek2) 98 Enterobacter cloacae complex Ent.asburiae Ent.cloacae 99.9 99.9 Ent. cloacae complex (Vitek2) 99 Enterobacter cloacae complex Cronobacter sakazakii 98.4 Enterobacter sakazakii Enterobacter sakazakii E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 98 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 21105-28203 21105-30516 21105-09954 21105-35733 21105-27165 21105-24862 21105-13138 21105-21910 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS 21105-29203 Enterobacter cloacae complex 44 Enterobacter cloacae/asburiae 31 92.4 92.4 Plusieures résultats Enterobacter (Vitek2) Plusieures résultats Enterobacter (Vitek2) Confirmation Enterobacter complex cloacae (Vitek2) Enterobacter cloacae Ent.cloacae Ent.asburias 30 99.3 21105-21092 21105-03385 % Enterobacter cloacae (Vitek2) 21103-28136 21103-08020 2ème méthode Ent.cloacae Ent.asburiae Ent.cloacae 21 % 53 Confirmation Identification La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB 46 21105-21883 Vitek MS % 2ème méthode % E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 E.coli 47 21105-21628 E.coli 48 59 60 99.9 21106-06335 E.coli 58 99.9 21105-05821 E.coli 57 99.9 21105-05773 E.coli 56 99.9 21105-04072 E.coli 55 99.9 21105-11898 E.coli 54 99.9 21105-11355 E.coli 53 99.9 21105-15239 E.coli 52 99.9 21105-15674 E.coli 51 99.9 21105-21331 E.coli 50 99.9 21105-21370 E.coli 49 99.9 99.9 21106-06530 99 E.coli (indole+) E.coli (Vitek2) E.coli (Vitek2) 96 99 E.coli (Vitek2) E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) 11-29492 62 09-09346 63 08-03100 64 06-10736 65 04-14622 66 03-03028 67 03-04004 2ème méthode % Confirmation Identification E. coli 99.9 E. coli Escherichia coli E. coli 97.9 E. coli Escherichia coli E. coli 92.4 E. coli Escherichia coli E. coli 99.5 E. coli Escherichia coli E. coli 92.9 E. coli Escherichia coli E. coli 99.9 E. coli Escherichia coli E. coli 99.8 E. coli Escherichia coli E.coli 99.6 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 89.4 E.coli (Vitek2) 93 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 98 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 87 E.coli (Vitek2) 98 Escherichia coli E.coli 99.8 E.coli (L+, indole+) E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 98 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 96 Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli 99 Escherichia coli 69 97 21103-08666 Escherichia coli 70 98 21103-08991 21103-16247 Escherichia coli 71 21103-14349 Escherichia coli 72 21103-17503 73 21103-18288 74 21103-19794 75 21103-20335 Escherichia coli 99 Escherichia coli Escherichia coli Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % Escherichia coli 68 E.coli (L+, indole+) E.coli (Vitek2) 61 Escherichia coli Vitek MS Escherichia coli E.coli (L+, indole+) 99.9 NLAB Escherichia coli E.coli (L+, indole+) E.coli (Vitek2) N° Escherichia coli E.coli (L+, indole+) E.coli (Vitek2) Identification Escherichia coli E.coli (indole+) E.coli 21106-17541 21106-06712 E.coli (Vitek2) Confirmation 54 Escherichia coli La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 76 NLAB Vitek MS % 2ème méthode E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) 21103-27421 E.coli 77 21103-27368 E.coli 78 99.9 21104-03407 E.coli 89 99.9 21104-05835 E.coli 88 99.9 21104-04774 E.coli 87 83.7 21103-35710 E.coli 86 99.9 21103-35935 E.coli 85 99.9 21103-33135 E.coli 84 78.1 21103-31818 E.coli 83 99.9 21103-31583 E.coli 82 65.2 21103-31665 E.coli 81 93.9 21103-31772 E.coli 80 98.1 21103-25804 E.coli 79 99.9 21104-06963 99.9 % Confirmation Identification N° NLAB Escherichia coli 90 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 97 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 93 94 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 97 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 97 98 99 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 97 E.coli (Vitek2) 98 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (L+, indole+) E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 96 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 99 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) 97 Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) 21104-04904 21104-03606 21104-05240 21104-23810 21104-23352 21104-22531 Escherichia coli 100 21104-22039 Escherichia coli 101 21104-2250 Escherichia coli 102 21104-20856 Escherichia coli 103 21104-20194 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 99.9 21104-04115 Escherichia coli 96 E.coli 21104-02490 Escherichia coli 95 2ème méthode 21103-41232 Escherichia coli 92 % 21103-41136 Escherichia coli 91 Vitek MS 55 % Confirmation Identification Escherichia coli Escherichia coli 99 Escherichia coli Escherichia coli La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode % E.coli 99.8 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 98 E.coli (Vitek2) 99 104 21103-07051 E.coli 93.5 105 21103-19702 E.coli 99.9 106 21103-20987 E.coli 99.9 107 21103-27362 E.coli 99.8 108 21103-30144 E.coli 73.5 109 21103-27818 E.coli 99.9 110 21104-21160 E.coli 99.9 111 21104-22191 E.coli 99.9 112 21104-26324 E.coli 99.9 113 21104-21033 E.coli 99.9 114 21104-33373 E.coli 99.9 115 21104-34193 E.coli 99.9 116 21104-33930 E.coli 117 21104-33794 99.9 NLAB Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli Escherichia coli % 2ème méthode E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) E.coli 99.9 E.coli (Vitek2) E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli E.coli 99.9 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei (Vitek2) Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei Hafnia alvei 99.9 Hafnia alvei (Vitek2) 95 Hafnia alvei K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2) 99 Klebsiella oxytoca K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2) 99 Klebsiella oxytoca K.oxytica 99.9 K.oxytoca (Vitek2) 99 Klebsiella oxytoca Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca (Vitek2) Klebsiella oxytoca (indole +) Klebsiella oxytoca Klebs.oxytoca 99.9 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca (Vitek2) Klebsiella oxytoca (indole +) Klebsiella oxytoca 121 21105-02620 Escherichia coli 122 21105-01436 E.coli (Vitek2) 99 E.coli (Vitek2) 95 Escherichia coli 123 21104-35550 Escherichia coli 124 21103-02620 Escherichia coli % Confirmation Identification Escherichia coli 99 Escherichia coli 96 Hafnia alvei Hafnia alvei 125 03-02620 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 126 21106-14327 95 Escherichia coli 127 21104-15924 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 128 21104-22064 99 Escherichia coli 129 21104-22067 E.coli (L+, indole+) Escherichia coli 130 21104-07208 99 Escherichia coli 131 21104-04341 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS 120 21105-03384 99 E.coli (Vitek2) N° 119 21105-01790 E.coli (Vitek2) E.coli (Vitek2) Identification 118 21104-35423 E.coli (L+, indole+) E.coli (Vitek2) Confirmation 56 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode Klebs.oxytoca 99.9 Confirmation Identification Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca (Vitek2) Klebsiella oxytoca (indole +) Klebsiella oxytoca 99.9 Klebs.oxytoca (Vitek2) 100 Klebsiella oxytoca (Rapid ID 32E) Klebsiella oxytoca Raoultella ornithinolytica 99.9 Raoultella planticola (Vitek2) 99 indole+ Klebsiella oxytoca K.oxytoca 99.9 K.oxytoca (Vitek2) 95 99.9 K.oxytoca (Vitek2) 99 99.6 K. oxytoca K. pneumoniae (Vitek2) 132 21104-04344 Klebs.oxytoca 133 21104-04320 134 21104-03486 135 21106-14327 K.oxytoca 136 21106-14429 K. oxytoca 137 21103-20693 K.pneumoniae 99 K. pneumoniae (Vitek2) 99 K. pneumoniae (Vitek2) 99 98.8 K. pneumoniae (Vitek2) 99 99.9 K.pneumoniae K.oxytoca (Vitek2) 74.3 139 91103-06578 K. pneumoniae 99.6 140 21103-08386 K. pneumoniae 141 21103-26751 K.pneumoniae 142 21104-12058 Klebsiella oxytoca Klebsiella oxytoca Klebsiella oxytoca (Indole+) K.pneumoniae (Vitek2) 99.9 138 21105-25228 K. pneumoniae % Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae (Indole-) Klebsiella pneumoniae 99.6 K.pneumoniae (Vitek2) 99.9 144 21104-15005 Klebs.pneumo. Klebs.oxytoca (Vitek2) Klebsiella pneumoniae (Indole-) Klebsiella pneumoniae 99.4 145 21103-26496 K.pneumoniae K.oxytoca (Vitek2) Klebsiella pneumoniae (indole-) Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae 143 21104-23046 Kl.pneumoniae Klebs.pneumoniae Klebsiella pneumoniae 99 N° NLAB % 2ème méthode % Klebs.pneumoniae 92.2 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 97 Klebsiella pneumoniae Klebs. pneumoniae (Vitek2) 94 Klebsiella pneumoniae 146 21103-28490 147 21103-31887 148 21104-11272 149 21104-04774 Pas de résultat 150 21104-04774 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 97 Klebsiella pneumoniae Klebs. pneumoniae 95.6 Klebs. pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebs. pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebs.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae K.pneumoniae 99.9 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99 Klebsiella pneumoniae 153 03-02731 154 10-31335 155 21103-31982 156 21105-36374 157 21105-12867 158 21105-21895 57 Identification 99.9 152 21104-02621 159 21105-21410 Confirmation Klebs.pneumoniae 151 21104-03022 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Vitek MS % 2ème méthode % K.pneumoniae 99.9 99 160 21105-21405 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99.9 99 161 21105-03925 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99.9 99 162 21105-05337 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99.9 99 163 21106-15069 Klebs. pneumoniae (Vitek2) 99.9 97 164 21106-05004 Kluyvera ascorbata (Vitek2) Morganella morganii 99.9 Morganella morganii (Vitek2) 95 Morganella morganii 99.9 Morganella morganii (Vitek2) 95 99.9 Morganella morganii (Vitek2) 95 99.9 Morganella morganii (Vitek2) 95 99.9 Morganella morganii (Vitek2) 92 Pantoea agglomerans 99.9 Pantoea agglomerans (Vitek2) 95 P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 99 P.mirabilis (Vitek2) 99 P.mirabilis (Vitek2) 99 N° NLAB K.pneumoniae K.pneumoniae K.pneumoniae 165 21103-11855 166 21104-01835 167 21104-32042 168 21105-02214 169 21106-00413 170 21106-04777 Kluyvera ascorbata Morganella morganii Morganella morganii Morganella morganii 171 21104-24874 P.mirabilis 99.9 172 21104-23915 P.mirabilis 173 21103-16295 99.9 Confirmation Identification Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Klebsiella pneumoniae Kluyvera ascorbata Morganella morganii Morganella morganii Morganella morganii Morganella morganii Morganella morganii Pantoea agglomerans Proteus mirabilis Proteus mirabilis Proteus mirabilis N° NLAB % 2ème méthode P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-) Proteus mirabilis P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-) Proteus mirabilis Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 99 Proteus mirabilis Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 98 Proteus mirabilis Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 99 Proteus mirabilis Proteus mirabilis 99.8 Salmonella sp Proteus mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-) Proteus mirabilis P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (indole-) Proteus mirabilis P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 99 Proteus mirabilis P.mirabilis 99.9 P.mirabilis (Vitek2) 99 Proteus mirabilis Proteus penneri 99.9 Proteus penneri (Vitek2) 100 Proteus penneri P.stuartii 99.9 P.stuartii (Vitek2) 95 Proteus stuartii P. vulgaris 99.9 P. vulgaris (Vitek2) 99 Proteus vulgaris 174 21105-02013 175 21105-00805 176 21104-05674 177 21104-16302 178 21104-20137 % 180 21102-35230 181 21105-32663 182 21105-12765 183 21105-03309 184 21105-04211 185 21103-08699 186 21103-41313 187 21103-20832 58 Confirmation P.mirabilis (gélose SM2) 179 02-05504 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS 99 Identification Proteus mirabilis Proteus mirabilis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique Vitek MS % 2ème méthode P.vulgaris P.penneri 99.9 P.vulgaris (indole+) Proteus vulgaris Salmonella group 95.7 Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis 80.4 Salmonella enteritidis Salmonella enteritidis 62.7 99 193 21103-25667 Salmonella group (Vitek2) 99.9 93 194 21104-33834 Salmonella group (Vitek2) 99.9 91 195 21105-12765 Salmonella group (Vitek2) 99.9 91 196 21105-39774 Salmonella group (Vitek2) 99.9 91 197 21106-02718 Salmonella group (Vitek2) 99.9 91 198 21106-14595 Salmonella group (Vitek2) Acineto.sp (Vitek2) 86 N° NLAB 188 21104-23810 189 08-04907 Salmonella group 98.5 190 04-12246 Salmonella group 92.1 191 904-17336 Salmonella group 192 702-05825 Salmonella group Salmonella group Salmonella group Salmonella group Salmonella group Salmonella group Salmonella sp 99.9 199 21104-13589 Salmonella group 99.9 Salmonella sp % Confirmation Identification N° NLAB Vitek MS % 2ème méthode Salmonella group 99.2 Salmonella sp Salmonella sp 201 08-03096 Salmonella sp Salmonella group 97.7 Salmonella sp Salmonella sp Salmonella group 95.4 Salmonella sp Salmonella sp Salmonella group 99.9 Salmonella typhi Salmonella typhi Salmonella group 90.7 Salmonella typhimorium Salmonella typhimorium S.liquefaciens 99.9 S.liquefaciens group (Vitek2) 95 Serratia liquefaciens group S.marcescens 99.9 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens S.marcescens 99.9 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens S.marcescens 96.1 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens Serratia marcescens 99.9 Serratia marcescens (Vitek2) Serratia marcescens 99.9 Serratia marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens S.marcescens 99.9 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens S.marcescens 99.9 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens S.marcescens 99.9 S.marcescens (Vitek2) 99 Serratia marcescens 204 21011-21611 205 06-04709 206 701-07683 Salmonella sp 207 21104-22014 Salmonella sp 208 21104-06738 Salmonella sp 209 21103-40859 Salmonella sp 210 21103-19676 Salmonella sp 211 21104-25408 Salmonella sp 212 21101-33449 Salmonella (ID 32E) Salmonella sp 213 21105-38524 Salmonella sp Salmonella sp 215 21105-06736 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Identification 203 09-34795 214 21105-15256 99.6 Confirmation 202 05-12044 200 02-01068 Salmonella group % 59 Serratia marcescens La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB 216 21105-08347 Vitek MS % 2ème méthode % S.odorifera S.liquefac. 99.9 99.9 S.odorifera (Vitek2) 99 Shewanella algae 99.9 Shewanella putrefasciens 97 Shigella sp 99 217 03-02632 E. coli 99.9 218 21004-14616 E. coli 99.9 Shigella sp 99 219 907-16192 E. coli 99.9 Shigella sp 99 220 808-29763 E. coli 99.9 Shigella sonnei 221 10-31325 E. coli 99.8 Shigella sonnei 99 222 911-14395 223 Souche BM Vibrio. Parahaemolyticum 99.9 225 11-29481 226 21104-04138 10.1.11 N° NLAB Shewanella putrefasciens (ID 32 E) Shewanella putrefasciens Shigella group (Vitek2) Shigella group Shigella group (Vitek2) Shigella group Shigella group (Vitek2) Shigella group Shigella sonnei (Vitek2 + Rapid ID 32 E) Shigella sonnei Shigella sonnei (ID 32 E) Shigella sonnei Yersinia pseudotuberculosis 99.9 Yersinia sp Yokenella regensburgei 99.9 Yokenella regensburgei (Vitek2) 99 % 2ème méthode 99.8 Ps.aeruginosa Ps. putida (Vitek2) 21103-15433 21103-29134 98.9 Ps.aeruginosa (Vitek2) % 8 9 Yokenella regensburgei Confirmation Ps.aeruginosa (42 °C) 96 4 7 Pseudomonas sp Vitek MS 3 6 Yersinia pseudotuberculosis 99 N° 5 Yersinia peudotuberculosis 99.9 Ps. aeruginosa 2 Serratia odorifera Vibrio. parahaemolyticum Yersinia pseudotuberculosis (Vitek2) Ps. aeruginosa 1 Identification Vibrio. parahaemolyticum (Vitek2) Yersinia pseudotuberculosis 224 21106-09629 Confirmation 10 11 12 13 NLAB 21103-5820 21103-09824 21103-30510 21103-31846 21103-36343 21103-41021 21104-01975 21107-16454 21104-15863 21104-25445 21104-25379 % 2ème méthode % Confirmation Identification Pseudo. aeruginosa 99.5 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Pseudo. aeruginosa (Vitek2) 99 Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Pseudo. aeruginosa (Vitek2) 99 Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.8 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 14 21104-02623 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 21104-35728 Pseudo. aeruginosa 99.9 15 16 21105-01698 Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Pseudo. aeruginosa (Vitek2) Identification Ps. aeruginosa Ps. aeruginosa 17 21104-23907 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS 60 99 Ps. aeruginosa La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 18 19 20 21 22 23 24 NLAB 21104-26911 21104-33938 21104-20264 21104-35028 21009-00959 21005-12048 20908-04900 25 20906-11059 26 2110537184.1 27 2110537184.2 28 29 30 Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 99.9 Pseudomonas aeruginosa Ps. aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 99.9 Pseudomonas aeruginosa Ps. aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 99.9 Pseudomonas aeruginosa Ps. aeruginosa Pseudomonas aeruginosa 99.9 Pseudomonas aeruginosa Ps. aeruginosa 33 34 35 36 37 38 39 40 Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) 41 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 21105-29044 Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 21106-02959 Pseudo. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa 31 2110513912.1 32 2110513912.2 NLAB 21105-30452 21105-18837 21105-12729 21105-03589 21105-5773 21106-04234 21106-14512 42 43 44 % 2ème méthode Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Pseudo. aeruginosa 99.9 Pseudo. aeruginosa (Vitek2) Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 99.9 Ps.aeruginosa (42°C, PAID) Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 93.1 Ps.aeruginosa Ps.fluorescens Ps.putida (Vitek2) Ps.fluorescens 99.9 Ps.aeruginosa Ps.fluorescens (Vitek2) Ps. putida 99 P.aeruginosa P. fluorescens P.putida Pseudo. oryzihabitans 99.9 Pseudo. oryzihabitans (Vitek2) Pseudomonas oryzihabitans 99.9 Pseudomonas oryzihabitans 21104-22014 21103-19833 21103-24134 20810-33696 45 20010661598 46 20607-17824 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Vitek MS 21103-27521 Ps. aeruginosa Pseudo. aeruginosa 21105-29434 N° 61 % Confirmation Identification Ps. aeruginosa 94 Ps. aeruginosa Ps. aeruginosa (42 °C, PAID) Ps. aeruginosa Ps. fluorescens PS.putida Ps.fluorescens (séquençage) Pseudomonas sp Ps. oryzihabitans 95 Ps. oryzihabitans Pseudomonas pseudo-alcaligenes 99.9 Pseudomonas alcaligenes 56 Possibilité de Pseudo. pseudoalcaligenes (API 20 NE) Ps. putida Ps. stutzeri 99.9 84.9 Pseudomonas putida 60 Ps.putida (API 20 NE) Ps. pseudoalcaligenes Ps. putida La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 10.1.12 N° NLAB 2 Vitek MS 3 4 5 6 21105-09681 21005-29174 21103-27461 Acinetobacter baumanii Acineto.baumannii complex Acinetobacter lwoffii 8 9 10 11 12 2ème méthode 99.9 Alc.faecalis Achromo sp Acineto. sp (Vitek 2) 99.9 99.9 99.9 21104-15717 21009-09350 21105-14601 21001-12265 14 16 Acinetobacter lwoffii 17 99 Acinetobacter lwoffii 99 Acinetobacter radioresistens Acinetobacter sp Acineto sp Alcaligenes faecalis (Vitek2) Acineto. radioresistens (API NE) Acinetobacter sp 21105-29707 99.9 Oxydase nég. Acinetobacter johnsonii 13 Acineto.baumannii complex (Vitek2) Pas de résultat Alcaligenes faecalis Identification Acinetobacter baumannii complex Acineto. haemolyticus/ lwoffi (Vitek2) 99.9 Confirmation Acinetobacter baumanii Acineto lwoffi (Vitek2) 21103-05980 % Acinetobacter baumanii Acineto. radioresistens Acineto.lwoffi 7 % 21104-25735 21009-09333 20805-26803 Burk. cepacia Burk. vietnamiensis 99.9 99.7 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia 99.9 20607-17737 Burk. cepacia Burk. vietnamiensis Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia 20607-14520 Burk. cepacia Burk. vietnamiensis 98.5 78.1 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia 20607-21140 Burk. cepacia Burk. vietnamiensis 99.9 92.8 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia Burkholderia multivorans 99.9 Burkholderia cepacia (Vitek 2) Rhizobium radiobacter 99.9 Rhizobium radiobacter Rhizobium radiobacter Stenotrophomonas maltophilia 99.9 Stenotrophomonas maltophilia Stenotrophomonas maltophilia S.maltophilia 99.9 S. maltophilia (Vitek2) 95 Stenotrophomonas maltophilia S. maltophilia 99.9 S. maltophilia (Vitek2) 91 Stenotrophomonas maltophilia Autres non-fermentatifs Acineto. johnsonii 1 20806-05906 Vitek MS Burk. cepacia Burk. vietnamiensis Burk. stabilis NLAB 99 Alcaligenes faecalis Bordetella bronchiseptica 99.9 Bordetella bronchiseptica Bordetella bronchiseptica Bordetella bronchiseptica 99.9 Bordetella Bronchiseptica (Vitek2) Burk. cepacia Burk. vietnamiensis 99.9 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia Burk. cepacia Burk. vietnamiensis Burk. gladioli 95.9 99.9 70.3 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia 99 15 18 19 20 21 22 20511-00391 21003-04015 21102-01063 2ème méthode 99.9 Burkholderia cepacia Burkholderia cepacia 21106-05878 21106-14457 Bordetella bronchiseptica 20905-35019 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 62 % 100 Confirmation Burkholderia cepacia (API 20 NE) Identification Burkholderia cepacia La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 10.1.13 N° 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 NLAB Souche BM Souche BM Souche BM Souche BM Souche BM 21003-04013 20706-06178 Germes difficiles Vitek MS Bergeyella zoohelcum Capnocytophaga sputigena Cardiobact. hominis Eikenella corrodens Eikenella corrodens Kingella denitrificans Kingella denitrificans 2ème méthode 99.9 Bergeyella zoohelcum 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 Capnocytophaga sp Cardiobact. hominis Eikenella corrodens Eikenella corrodens Kingella denitrificans Kingella denitrificans % Confirmation Bergeyella zoohelcum Capnocytophaga sp Cardiobacter hominis Eikenella corrodens Eikenella corrodens Kingella denitrificans Kingella denitrificans 2001-04cl Legionella anisa 2001-09cl Pas de résultat (pas dans la base de données) Pas de résultat Legionella autre que pneumophila Legionella sp Legionella autre que pneumophila Legionella sp Legionella autre que pneumophila Legionella sp Aigle 1 Aigle 2 Aigle 3 Legionella anisa 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Pas de résultat 13 Aigle 4 Martigny 2 Martigny 3 St-Amé 1 St-Amé2 St-Amé 3 21101-08514 23 24 25 2002-1 2001-11.1s 2001-1s 2001-06s Legionella sp 27 2001-20m 63 % Confirmation Identification Pas de résultat L Legionella sp Pas de résultat Legionella autre que pneumophila Legionella sp St-Amé 4 Martigny 1 2ème méthode Legionella autre que pneumophila Aigle 5 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophila 2-14 Legionella pneumophilia 99.9 Legionella Legionella pneumophilia Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila gr. 1 Legionella pneumophila gr. 1 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila gr. 10 Legionella pneumophila gr. 10 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila gr. 10 Legionella pneumophila gr. 10 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila gr. 4 Legionella pneumophila gr. 4 Legionella pneumophila 99.9 Legionella pneumophila gr. 8 Legionella pneumophila gr. 8 Legionella anisa 26 Legionella autre que pneumophila Vitek MS NLAB Identification Legionella anisa Pas de résultat 12 % Pas de résultat (pas dans la base de données) Pas de résultat 11 N° La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 28 29 30 NLAB 2001-19s 2001-11.2s 20704-32392 Vitek MS 32 33 34 35 36 37 38 39 21105-03415 Legionella taurinensis Pas de résultat (pas dans la base de données) Legionella taurinensis Pas de résultat (pas dans la base de données) Souche BM 21009-00948 20809-05235 21006-27254 20708-30532 20708-18634 % Confirmation Identification 10.1.14 N° Legionella taurinensis Legionella taurinensis Pasteurella bettyae 1 Pasteurella bettyae H.parahaemolyticus 99.9 96.6 P.multocida (Vitek2) 97 P.multocida 99.9 P.multocida (Vitek2) 98 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida (Vitek2) 93 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida 99.9 Pasteurella multocida 99.9 21104-38075 21103-06564 2ème méthode Pas de résultat (pas dans la base de données) P.multocida 31 % 2 Pasteurella multocida 3 Pasteurella multocida 4 Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida Pasteurella multocida 5 6 7 8 Haemophilus sp NLAB 20409-06843 2041004426 Vitek MS % Aggreg. aphrophilus Aggreg.actinomycetemcomitans 99.9 94.3 10 11 12 Pasteurella canis 91.0 (Vitek2) Identification Haemophilus aphrophilus6 94 API NH /oxy+ / cat- / XV+ / V+ dép. en facteurs en subculture Haemophilus paraphrophilus5 94 API NH /cat /oxyd +/dép. en fact.V Haemophilus paraphrophilus5 Aggregatibacter aphrophilus 99.9 Haemophilus aphrophilus H. influenzae 80.7 H. influenzae (facteurs XV+) H. influenzae 97.7 Past.canis Actino.ureae (Vitek2) H. influenzae 99.4 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 21103-06317 21103-19629 21103-30817 21103-30483 21103-35931 21103-36792 Haemophilus influenzae Facteurs XV+ Haemophilus influenzae H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 21104-01968 21104-03692 6 Confirmation API NH oxy+/ cat- /pas de dép. en facteurs en suculture 99.9 97-726126 21104-01977 % Haemophilus parainfluenzae (facteurs XV) Aggregatibacter aphrophilus Pas de résultat 9 2ème méthode H.aphrophilus et H.parapharophilus forment une seule espèce depuis 2006: Aggregatibacter aphrophilus Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 64 La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB 13 21104-01980 Vitek MS % 2ème méthode H. influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae H.influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 21140-14270 21104-37193 17 21104-27849 21011-29488 18 21010-31314 19 21003-03016 20 21 22 23 24 25 20911-29374 20911-29361 20907-16207 20809-05238 20711-21440 32 21105-16058 H.influenzae 27 21105-03925 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae Haemophilus influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae 39 40 Souche BM Souche BM Haemophilus influenzae H.influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H.influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H.influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae H.influenzae 99.9 H.influenzae (facteurs XV+) Haemophilus influenzae Haemophilus parahaemolyticus 99.9 Haemophilus parahaemolyticus Haemophilus parahaemolyticus Haemophilus parahaemolyticus 99.9 Haemophilus parahaemolyticus Haemophilus parahaemolyticus H. parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae H. parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae H.parainfluenzae 99 Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae H. parainfluenzae 99.9 Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae 99.9 Haemophilus parainfluenzae (API NH) Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae 99.9 Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae 21104-25436 21104-25425 42 20302-04837 65 Identification H.influenzae (facteurs XV+) 21104-14722 21104-22303 Confirmation 99.9 21104-13870 41 % H.influenzae 21105-32329 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 H.influenzae 21105-31238 21106-06370 38 99.9 2ème méthode 21106-05874 34 37 21105-21086 % 21106-23690 21106-16178 36 Haemophilus influenzae Vitek MS 21105-23517 33 35 Haemophilus influenzae NLAB Pas de résultat 31 Haemophilus influenzae H.influenzae 26 N° 30 H.influenzae 16 Identification 29 H.influenzae 15 Confirmation 28 H.influenzae 14 % La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 43 44 45 46 NLAB Vitek MS 20111-00731 Haemophilus parainfluenzae % 2ème méthode 99.9 Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae 99.9 Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae 99.9 Haemophilus parainfluenzae Haemophilus parainfluenzae H. influenzea H. haemolyticus 99.9 99.9 Haemophilus parainfluenzae (facteurs XV) Haemophilus parainfluenzae 99.9 21105-14128 Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae 99.9 21105-18140 Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae 99.9 21105-04961 Haemophilus parainfluenzae (facteur V+) Haemophilus parainfluenzae 99-10464933 97-742718 99-10642069 H.parainfluenzae 49 10.1.15 N° 1 2 3 4 5 6 NLAB 21105-08915 21105-24686 21105-01455 21105-24090 N° 9 71 API NH 10 11 12 13 Campylobacter sp Vitek MS % 14 2ème méthode % Confirmation 99.9 Campylobacter coli Campylobacter coli Campylo.coli Campylo.jejuni 99.9 99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-) Campylobacter coli 99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-) Campylobacter coli Campylobacter coli Campylobacter coli Campylobacter coli Campylobacter coli 99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-) Campylobacter coli 99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-) Campylobacter coli 99.9 Campylo.coli (Gram, Hipp-) NLAB 21105-02076 21103-30841 21103-30126 21104-02581 21104-14464 21104-12038 21104-20180 21105-00600 Identification Campylobacter coli 20603-12337 21105-38751 Identification 8 H.parainfluenzae 48 Confirmation 7 Haemophilus parainfluenzae H.parainfluenzae 47 % Campylobacter coli 15 16 17 18 19 20 21103-02718 21011-12298 20707-02736 20607-03216 20511-07635 21105-04872 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 66 Vitek MS % 2ème méthode % Confirmation Identification Campylobacter fetus 99.9 Campylo.fetus (séquençage) Campylobacter fetus Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni Campylobacter jejuni 99.9 Campylo. jejuni (Gram, Hipp+) Campylobacter jejuni La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique 10.1.16 N° 1 2 3 4 5 6 7 8 Anaérobies NLAB Vitek MS 21104-10349 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21102-36028 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21103-20038 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21106-04074 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21105-23539 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21103-15499 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21103-02628 Pas de résultat (pas dans la base de données) 21105-08239 Pas de résultat (pas dans la base de données) Bacteroides fragilis 9 12 Actinomyces meyeri (Vitek2) Actinomyces meyeri (Vitek2) Actinomyces naeslundii (Vitek2) Actino.neuii (Vitek2) Actino sp ? 99.9 99.9 99.9 99.9 99.9 20803-03666 Bacteroides fragilis 14 Actinomyces meyeri (Vitek2) 20603-07984 Bacteroides fragilis 13 Pas de résultat (Vitek2) 20906-11079 Bacteroides fragilis 20610-23324 2ème méthode % Confirmation Actino. naeslundii (Vitek2) 20909-02440 Bacteroides fragilis 11 % 21009-35437 Bacteroides fragilis 10 N° 99.9 Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Identification Actinomyces naeslundii 56 Actino.meyeri (Rapid ID 32 A) Actinomyces meyeri Actinomyces meyeri 89 Actinomyces meyeri 99 Actinomyces meyeri 89 Actinomyces naeslundii 95 Actinomyces neuii 100 Actino.neuii (séquençage) Vitek MS NLAB Actinomyces neuii Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 2ème méthode % Confirmation Identification Bacteroides fragilis Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides capillosus 91 Bacteroides fragilis (Vitek2) Bacteroides fragilis 99.9 Bacteroides sp 98 Bacteroides fragilis (Vitek2) Bacteroides fragilis Bact.fragilis 99 Bact. stercoris (Vitek2) 88 Stercoris = groupe fragilis Bacteroides fragilis Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis Bacteroïdes fragilis 99.9 Prevotella oralis (Vitek2) 93 Bacteroïdes fragilis 90.1 Bacteroïdes fragilis (Vitek2) 96 Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes fragilis (Vitek2) 98 Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes fragilis (Vitek2) 99 Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 99.9 Prevotella oralis (Vitek) 93 Bacteroïdes fragilis 99.5 Bacteroïdes fragilis (Vitek2) 95 Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes fragilis (Vitek2) 98 Bacteroïdes fragilis Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis / thetaiotao. (Vitek2) Bacteroïdes fragilis 99.9 Bacteroïdes stercoris (Vitek2) Bact.fragilis 99.9 Bact.fragilis Bactéroïdes fragilis 99.9 Bactéroïdes fragilis (Vitek2) 21010-01100 21101-28458 21105-35644 Bacteroides fragilis 21105-36370 21103-06572 21103-05694 21103-10460 21103-10444 21103-09644 21103-09644 21104-20851 21106-04821 27 21104-18806 28 21105-37694 29 21104-22158 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 67 Bacteroïdes fragilis (Rapid ID 32 A) Bacteroïdes fragilis (Rapid ID 32A) Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 95 B.stercoris = groupe fragilis Bacteroïdes fragilis Bacteroïdes fragilis 95 Bactéroïdes fragilis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° % 2ème méthode 99.9 21103-15700 Bact. thetaiotaomicron 99.9 21003-35694 Bacteroides thetaiotaomicron Bacteroides thetaiotaomicron 99.9 Bacteroides thetaiotaomicron Bacteroides thetaiotaomicron 99.9 99 21105-37201 Bact. thetaitaomicron (Vitek2) Bacteroides thetaitaomicron 99.9 97 21105-37202 Bact. thetaitaomicron (Vitek2) Bacteroides thetaitaomicron NLAB Vitek MS Bact.thetaiotaomicron 30 31 32 20911-09573 Bacteroides thetaiotaomicron Bacteroides thetaiotaomicron Bact.thetaitaomicron 33 Bact.thetaitaomicron 34 Bac.vulgatus 35 39 40 41 42 21008-03088 20906-11084 Bacteroides vulgatus Clostridium difficile 99.9 94 Clostridium perfringens 99.9 Clostridium perfringens 99.9 Clos.perfringens 99.9 Clostridium difficile (Vitek2) Clostridium difficile Clostridium perfringens Clostridium perfringens Clostridium perfringens Clostridium perfringens Clostridium perfringens Pas de résultat (Vitek2) Clos. perfringens (Camp Test+) N° 44 45 Vitek MS NLAB 21010-12827 47 21104208887 49 Clostridium perfringens (Camp Test+) Clostridium perfringens 51 52 99.9 98 Clostridium ramosum 99.9 Clostridium ramosum Clostridium ramosum Clostridium ramosum 99.9 Clostridium ramosum Clostridium ramosum Clostridium sordelii 99.9 Actino.meyeri (Vitek2) 85 Clost.sordelii (rapid ID32A) Clostridium sordelii Clostridium tertium 99 Francisella tularensis !! (Vitek2) 96 Clostridium sp (Rapid ID ANA II) Clostridium sp E.lenta 99.9 Eggerthella lenta (Vitek2) 99 Eggerthella lenta E.lenta 99.9 Eggerthella lenta (Vitek2) 99 Eggerthella lenta Egg.lenta 99.9 Eggerthella lenta (Vitek2) 99 Eggerthella lenta Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella lenta (Vitek2) 99 Eggerthella lenta Eggerthella lenta 99.9 Bacteroides ureolyticus 100 Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella lenta Eggerthella lenta Eggerthella lenta 99.9 Eggerthella lenta Eggerthella lenta Finegoldia magna 97.7 Finegoldia magna (Vitek2) 99 Finegoldia magna Finegoldia magna 99.7 Finegoldia magna (Vitek2) 99 Finegoldia magna 21104-29152 21103-16203 21103-31901 54 21103-31901 55 21103-16203 21103-11938 Clostridium perfringens 21103-19440 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 Clos.perfringens 21103-10444 21005-14714 57 % Clos. perfringens (Vitek2) 21103-39856 53 56 2ème méthode 21012-33656 46 48 % 21105-22956 Bifidobact. sp Clostridium difficile Clostridium perfringens 21105-31077 Vitek2 Bacteroides thetaiotaomicron 50 Clostridium perfringens (Vitek2) 99.9 Identification 91 99 21105-27053 Confirmation Bac.vulgatus (Rapid ID 32A) Clostridium difficile 20811-20213 21104-12736 93 99.9 Clos.perfringens 43 99.9 20809-26092 Clostridium difficile 38 99.9 Bifidobacterium sp (Vitek2) 21105-21649 Clostridium difficile 37 Pas de résultat (Vitek2) 21105-19621 Bifidobacterium sp 36 99.9 % 68 Confirmation Identification Clostridium perfringens Eggerthella lenta (RapID ANA II) Eggerthella lenta La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS Finegoldia magna 58 62 63 64 65 67 69 70 71 99.9 Finegoldia magna (Vitek2) 99.9 99 Fusobacterium mortiferum Fusobacterium necrophorum Fusobacterium necrophorum (Vitek2) 21011-37453 21103-06723 99.9 Identification Finegoldia magna 99 Finegoldia magna Fingegoldia magna Fusobacterium mortiferum 99 Fusobacterium necrophorum Fusobacterium necrophorum Fusobacterium necrophorum 99.9 Fusobacterium necrophorum Fusobacterium necrophorum 99.9 21106-03393 Fuso. necrophorum (Vitek2) Fusobacterium necrophorum 99.9 21106-16937 Fusobacterium necrophorum (Vitek2) 99.9 Fuso. necrophorum (Vitek2) Fusobacterium necrophorum 207-30383 21102-34188 Plusieurs résultats autres Confirmation Finegoldia magna Pepto.sp (Gram) Pas de résultats Fusobacterium necrophorum Fusobacterium necrophorum Fuso.necrophorum 68 Finegoldia magna (Gram) % 21105-08974 Fuso.necrophorum 66 99.9 21104-36717 Fingegoldia magna 61 99.9 Finegoldia magna (Vitek2) 21103-01023 Finegoldia magna 60 2ème méthode 21103-38649 Finegoldia magna 59 % 21106-03393 20906-11083 21102-22497 21010-27556 99 Fusobacterium necrophorum Fusobacterium nucleatum 99.8 Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum Fusobact. nucleatum Bacillus thuringensis Bacillus mycoides Bacillus cereus 99.9 71.2 71.2 71.2 Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum 99.9 Fusobacterium nucleatum N° 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 84 85 21105-06736 20912-12385 Identification Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum Fuso.nucleatum 99.9 Fuso.sp (Gram) Fusobacterium nucleatum Fusobacterium nucleatum 96.1 Fusobacterium nucleatum (Vitek2) Fusobacterium nucleatum Parabacterium distanosis 99.9 Parabacterium distanosis Parvimonas micra 99.9 Parvimonas micra Parvimonas micra Parvimonas micra 99.9 Parvimonas micra Parvimonas micra Parvimonas micra 99.9 Parvimonas micra (Vitek2) 91 Parvimonas micra Parvimonas micra 99.9 Parvimonas micra (Vitek2) 99 Parvimonas micra Parvimonas micra 99.9 Parv.micra Fin.magna (Vitek2) Parvimonas micra 99.9 Parvimonas micra (Vitek2) Peptinophilus asaccharolyticus 99 Fin.magna Peptinophilus asaccharolyticus (Vitek2) Peptinophilus asaccharolyticus Peptinophilus asacch. 99.9 Pepto.sp (Gram) Peptinophilus asaccharolyticus Peptostreptococcus anaerobius 99.9 Peptostreptococcus Peptostreptococcus 21102-16938 21105-13783 21106-08204 21104-21662 21104-35095 21103-11938 21106-04107 69 99 Confirmation Fuso.sp (Gram) 21102-10563 20906-11074 % Fusobacterium nucleatum (Vitek2) 99.9 21106-12803 21103-18913 2ème méthode Fuso.nucleatum 21106-10078 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % Pas de résultat 83 Fusobacterium nucleatum Vitek MS NLAB 99 Parabact. distanosis (Vitek2) Parabacterium distanosis Parvimonas micra 98 Parvimonas micra La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS Pepto.anaerobius 86 89 21103-15320 90 21105-14422 97 99 99 Prevotella bivia (Rapid ID 32 A) Prevotella bivia P.bivia Prevotella bivia 21106-03393 Prev.bivia (Vitek2) 105 20906-11081 99 Prevotella bivia 99.9 21105-00504 P.oralis P.melanino (Vitek2) Prevotella denticola 99.9 21103-08702 Prevotella melaninogenica (Vitek2) Prevotella melaninogenica 99.8 21103-12548 21003-13039 P.acnes 99.9 21102-37288 100 21103-01372 Propionibacterium acnes 98.8 91.2 94 95 Propionibact. acnes (Vitek2) Propionibact. acnes (Vitek2) Pigment noir Propionibact. acnes Propionibact. acnes P.acnes Propionibact. acnes (Vitek2) 21103-05396 Propionibacterium acnes P. acnes (Vitek2) % Propionibact.acnes 99.9 Propionibact. acnes (Vitek2) 92 Propionibact. acnes Propionibact.acnes 99.9 Propionibact. acnes (Vitek2) 97 Propionibact. acnes Propionibact.acnes 99.9 Propionibact.sp (Gram) Propionibact. sp Propionibact. acnes Propionibact. acnes Propionibact. acnes 97 99 97 Propionibact. acnes Propionibact. acnes Propionibact. acnes Propionibacterium acnes Confirmation 99.9 Propionibact. acnes Propionibact.acnes 99.9 Propionibact. acnes (Vitek2) 92 Propionibact. acnes Propionibact.acnes 99.9 Propionibact. acnes (Vitek2) 99 Propionibact. acnes Propionibact.acnes 99.9 Propionibact. acnes (Vitek2) 93 Propionibact. acnes P.acnes 99.9 Propioni.sp (Gram) P.acnes 99.9 P.acnes (Vitek2) P.acnes 99.9 Popioni.sp (Gram) Propionibact. sp P.acnes 99.9 Popioni.sp (Gram) Propionibact. sp Prop.avidum Prop.granulosum 99.9 99.7 Pas de résultat (Vitek2) Propioni.avidum/ granulosum 99.9 Popioni.sp (Gram) Propionibact. sp Sta.saccharolyticus 99.9 Pas de résultat (Vitek2) Staphylococcus saccharolyticus 107 21104-28615 108 21104-25099 109 21105-21335 Propionibact. sp Propionibact. acnes 93 110 21105-03481 111 21105-03149 112 21106-20941 113 21105-35454 114 21105-21411 115 21105-05762 70 Identification Propionibacterium acnes 106 21104-25140 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 2ème méthode 102 21103-32054 21105-12154 99.9 % 101 21103-35370 104 21009-35433 Prevotella bivia 99.9 Vitek MS NLAB 103 21104-28243 P.bivia (Vitek2) 21105-12082 N° Prevotella bivia 99.9 Pas de résultat 98 Porphyromonas asaccharolytica P.bivia P.acnes 96 99 Prevotella bivia Prevotella bivia 95 Peptostreptococcus anaerobius Porphyromonas asaccharolytica Prevotella bivia (Vitek2) Identification P.bivia (connu) P.denticola 94 99.9 Confirmation 99.9 Prev.bivia 93 99.9 % P.bivia P.bivia 92 99.9 21103-15687 Prevotella bivia 91 99.9 Pepto. anaerobius (Vitek2) 21004-21350 Prevotella bivia 88 2ème méthode 21105-12642 Pas de résultats 87 % Propioni.sp (Gram) Propionibact. sp La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° NLAB Vitek MS Sta.saccharo. % 2ème méthode 99.9 Peptostr.sp Sta.saccharo. (Vitek2) Staphylococcus saccharolyticus Staphylococcus saccharolyticus Staphylococcus saccharolyticus Staphylococcus saccharolyticus Staphylococcus saccharolyticus Pas de résultat Staphylococcus saccharolyticus 116 21104-33637 117 21101-37819 118 21101-29298 Staphylococcus saccharolyticus 99.9 Staphylococcus saccharolyticus 99.9 Sta.saccharolyticus 99.9 % Confirmation 119 21105-13688 Sta.saccharolyticus 99.9 120 21104-35173 Veillonella parvula 99.9 Sta. saccharolyticus (Vitek2) Identification Staphylococcus saccharolyticus 95 Veillonella sp Veillonella sp 121 21008-35361 Pas de résultats Veillonella sp Veillonella sp N° 6 NLAB Vitek MS % 2ème méthode Candida albicans 75.7 C.albicans (CAN2) Candida albicans Candida albicans 98.4 C.albicans (CAN2) Candida albicans Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans Candida albicans 99.9 Candida albicans Candida albicans Candida albicans 99.9 C.albicans (CAN2) Candida albicans Candida albicans 99.9 C.albicans (CAN2) Candida albicans Candida albicans 99.9 C.albicans (CAN2) Candida albicans Candida albicans 99.9 C.albicans (Vitek2) 96 Candida albicans Candida albicans 99.9 C.albicans (Vitek2) 96 Candida albicans Candida dubliniensis 99.9 Pas de résultat (Vitek2) Candia glabrata 99.9 Candia glabrata (Vitek2) 99 Candida glabrata Candia glabrata 99.9 Candia glabrata (Vitek2) 99 Candida glabrata Candia glabrata 99.9 Candia glabrata (Vitek2) 99 Candida glabrata 21103-08264 7 21103-13865 8 21103-15433 9 21103-10431 10 21012-30064 11 21012-14531 12 21105-38455 13 21105-40082 122 21006-17304 14 10.1.17 N° 1 NLAB Vitek MS % 2ème méthode % C.albicans 88.5 C.albicans (Vitek2) 99 C.albicans (Vitek2) 99 C.albicans (Vitek2) 98 99 21103-25080 C.albicans 2 4 5 99.9 21103-24306 C.albicans 3 21105-37204 Levures 99.9 21103-28940 C.albicans 99.9 C.albicans (Vitek2) C.albicans 99.9 C.albicans (CAN2) Confirmation Identification Candida albicans Candida albicans Candida albicans Candida albicans 15 16 17 18 19 21105-15590 21106-04246 21105-37258 21106-05931 21105-26316 21104-24735 21104-38092 Candida albicans 21 21105-08234 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 71 % Confirmation Identification Candida dubliniensis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 22 23 NLAB Vitek MS % 2ème méthode % C.glabrata 99.9 Candia glabrata (Vitek2) C.glabrata 99.9 Candia glabrata (Vitek2) 21103-18881 21104-10349 Confirmation Identification N° NLAB 99 Candida glabrata 35 21103-04146 99 Candida glabrata 36 21010-29966 C.glabrata 21103-15421 Low discrimation (Vitek2) C.glabrata (ID32C) Candida glabrata Candida glabrata 21103-07594 Candida sphaerica (Vitek2) Candida glabrata (ID 32 C) Candida glabrata Candida glabrata 99.9 21103-41446 Candida glabrata (Vitek2) 99.9 21104-01171 Candida glabrata (Vitek2) 99.9 21104-04852 Candida glabrata (Vitek2) 99.9 21103-37676 C.glabrata C.magnoliae (Vitek2) Candida glabrata 99.9 96 21104-20198 Candida glabrata (Vitek2) Candida glabrata 99 30 21104-20256 Candida glabrata (Vitek2) 31 21005-11550 24 25 26 Candida glabrata 27 Candida glabrata 28 Candida glabrata 29 Candida glabrata 29 Candida glabrata Candida glabrata Candida glabrata 32 99.9 99.9 21105-26554 Candida kefir 34 99.9 21104-12598 Candida glabrata 33 99.9 21104-00995 99.9 99 Candida glabrata 99 Candida glabrata 95 Candida glabrata Candida glabrata Candida glabrata C.lipolytica C. famata C.sake (Vitek2) Candida glabrata Pas de résultat (Vitek2) Candida kefir (Vitek2) Candida glabrata 37 38 39 40 41 21106-24012 21106-04260 21106-13626 21105-07904 21103-05784 43 21104-16517 45 46 21104-04056 21103-37676 48 21007-04643 Candida kefir 21105-37781 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % Candida krusei 99.9 Candida krusei (Vitek2) 99 Candida krusei 99.9 Candida krusei Candida lusitaniae 99.9 Candida lusitaniae (Vitek2) 99 Candida lusitaniae Candia parapsilosis 99.9 Candia parapsilosis (Vitek2) 97 Candida parapsilosis Candia parapsilosis 99.9 Candia parapsilosis (Vitek2) 96 Candida parapsilosis Candia parapsilosis 99.9 Candia parapsilosis (Vitek2) 97 Candida parapsilosis Candia parapsilosis 99.9 Candia parapsilosis (Vitek2) 99 Candida parapsilosis C. parapsilosis 96.8 C. famata C. parapsilosis (Vitek2) C.parapsilosis 99.9 C.parapsilosis (Vitek2) 95 Candida parapsilosis C.parapsilosis 99.9 Stephanoascus ciferri (Vitek2) 88 Candida parapsilosis C.parapsilosis 98.7 C.haemulonii C.parapsilosis (Vitek2) Candida parapsilosis 99.9 Candida parapsilosis (Vitek2) 95 Candida parapsilosis Candida parapsilosis 99.9 Candida parapsilosis (Vitek2) 93 Candida parapsilosis Candida parapsilosis 99.9 Candida parapsilosis Candida parapsilosis 99.9 Candida parapsilosis (Vitek2) 21103-21206 47 49 2ème méthode 21104-18810 Candida glabrata 99 % 21106-03000 42 44 Vitek MS 72 Confirmation Identification Candida krusei Candida krusei Candida parapsilosis Candida parapsilosis Candida parapsilosis 97 Candida parapsilosis La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 50 NLAB Vitek MS % 2ème méthode % C.pelliculosa 99.9 C.pelliculosa (Vitek2) 90 21104-31163 Low discrimation (Vitek2) S.cerevisiae 51 21003-13759 C.tropicalis 52 21104-19038 Candida tropicalis 53 60 61 63 C.tropicalis (Vitek2) 99 C.tropicalis (Vitek2) 99.9 99 21105-08404 99.9 99 21106-04236 Candida tropicalis (Vitek2) 99.9 Souche BM Cryptococcus neoformans (Vitek2) 99.9 Geotrichum capitatum (Vitek2) 99.9 21103-17744 Rhod. mucilaginosa Rhod.glutinis (Vitek2) 99.9 21106-08215 Rhod. glutinis / mucilaginosa (Vitek2) 21103-35821 Rhodotorula mucilaginosa NLAB Candida pelliculosa 64 21106-22638 Candida sp Candida tropicalis Candida tropicalis Candida tropicalis (Vitek2) Geotrichum capitatum N° Candida tropicalis C.tropicalis (Vitek2) 21105-27050 Cryptococcus neoformans Identification Candida tropicalis 99 99.9 Rhodotorula mucilaginosa 62 98 Candida tropicalis (Vitek2) 21007-16583 Candida tropicalis 59 C.tropicalis (Vitek2) Candida tropicalis Candida tropicalis 58 Candida sp (ID 32C) 99.9 Candida tropicalis 57 99.9 21104-21001 Candida tropicalis 56 99 21104-10190 Candida tropicalis 55 95.4 21103-29237 Candida tropicalis 54 99.9 Confirmation Candida tropicalis Candida tropicalis 96 Candida tropicalis Candida tropicalis Cryptococcus neoformans 96 65 1 2 3 NLAB S.cerevisiae 99.9 S.cerevisiae (Vitek2) 95 S.cerevisiae 99.9 Low discrimination (Vitek2) Saccharomyces cerevisiae Saccharomyces cerevisiae 2ème méthode Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus flavus Aspergillus flavus Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus flavus Aspergillus flavus Aspergillus flavus 99.9 Aspergillus flavus Aspergillus flavus Aspergillus fumigatus 99.9 Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus 99.9 Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus 99.9 Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus 99.9 Aspergillus fumigatus Aspergillus fumigatus Aspergillus niger 99.9 Aspergillus niger Aspergillus niger Aspergillus niger Aspergillus niger Aspergillus niger Aspergillus niger Aspergillus terreus Aspergillus terreus 902-04596 5 CQ 2110205525 CQ 702-05830 21003-03024 Geotrichum capitatum 8 CQ 603-12330 Rhodotorula mucilaginosa 9 603-12330 10 809-26073 Aspergillus niger Rhodotorula mucilaginosa 11 Identification % Pas de résultat Rhod. mucilaginosa (ID 32C) Confirmation Vitek MS 706-04725 21102-01079 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % CQ 902-04596 CQ 501-15832 7 2ème méthode Champignons 4 6 % 21106-26515 10.1.18 N° Vitek MS 73 Pas de résultats (pas dans la base de données) 99.9 % Confirmation Identification La spectrométrie de masse MALDI-TOF et le diagnostic microbiologique N° 12 13 14 15 16 NLAB 1 2 3 4 5 6 % 21104-15136 21102-11941 21103-00599 Identification Pas de résultat Aspergillus versicolor Aspergillus versicolor Pas de résultats Aspergillus versicolor Aspergillus versicolor Pas de résultat Aspergillus versicolor Aspergillus versicolor Trichosporon mucoides Trichosporon mucoides 21103-37974 21104-34222 Confirmation Aspergillus versicolor 802-06455 NLAB % Aspergillus versicolor CQ 2008-2720 909-34841 2ème méthode Pas de résultat CQ 906-18909 10.1.19 N° Vitek MS Trichosporon mucoides 97.4 N° 7 NLAB 21102-09866 % 2ème méthode Mycobact. fortuitum 99.9 Mycobact. Fortuitum (envoi CHUV) % Confirmation Mycobact. fortuitum Mycobact. fortuitum 99.9 Mycobact. fortuitum (envoi CHUV) Mycobact. fortuitum Mycobact. fortuitum 99.9 Mycobact. fortuitum (envoi CHUV) Mycobact. fortuitum M.tuberculosis M. bovis M.scrofulaceum (pas dans la base de données) 99.9 99.9 99.9 Mycobact. goodii (envoi CHUV) Mycobact. goodii M.kansasii (pas dans la base de données) 99.9 Mycobact. gordonae (envoi CHUV) Mycobact. gordonae M.tuberculosis M. bovis (pas dans la base de données) 99.9 99.9 Mycobact. gordonae (envoi CHUV) Mycobact. gordonae 8 21104-20871 Identification 21103-09866 21103-13868 Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 % 2ème méthode M.tuberculosis M. bovis (pas dans la base de données) 99.9 99.9 Mycobact. Gordonae (envoi CHUV) Mycobact. gordonae Mycobact. sp (envoiCHUV) Mycobact. sp Pas de résultat Mycobactéries Vitek MS Vitek MS 74 % Confirmation Identification 10.2 Annexe 2: Tableau des galeries de tests biochimiques Temp/Atm. Vol. cupule Tests complémentaires 0.5 35°C Aérobie 55 µl IND : James NaCl 0.5 35°C Aérobie 55 µl IND : James Streptococcus NaCl 4 35°C Aérobie 55 µl VP : VP A + VP B HIP : NIN APPA à GTA : FB 24-48 h Levures Susp. Medium 2 30°C Aérobies 135 µl - Rapid ID ANA ll System 4h Anaérobies Liquide d’inoc. RapID 3 35°C Aérobie - Réactif RapID ANA Rapid ID 32 A 4-5 h Anaérobies NaCl 4 35°C Aérobie 55 µl ID 32 STAPH 24 h Staphylococcus NaCl 0.5 35°C Aérobie 55 µl >6 35°C Aérobie/Hum. - 4 35°C Aérobie/Hum. - ProA, GGT : ZYM B IND : James 30°C Aérobie/Hum. - NO3 : NIT1 + NIT2 Si NO3 Θ : Zn TRP : James 35°C Aérobie/Hum. - 35°C Aérobie/Hum. - Galerie Incubation Bactéries Suspension Mc farland Rapid ID 32 E 4-5 h Entérobactéries NaCl Id 32 E 18-24 h Entérobactéries Rapid ID 32 STREP 4-5 h ID 32 C API Coryne 24 h Corynebactéries Susp. Medium 3 ml API NH 2h Neisseria Haemophilus NaCl API 20 NE 24-48 h Bacilles GramNon-fermentatifs NaCl 0.5 API 20 E 18-24 h Entérobactéries H2O dist. 5 ml 1 colonie Streptococcus Susp. Medium 2 ml API 20 STREP 4-24 h 4 Volume transféré 250 µl 500 µl 200 µl 500 µl Milieu d’inoc. C Medium NIT → GEL : idem milieu susp. GP Medium NO3 → PNPG : idem milieu susp. AUX Medium VP → ADH : idem milieu susp. GP Medium Cristina Cariello Travail de diplôme 2011-2012 75 NIT: NIT1 + NIT2 IND: James PAL → SerA : FB NIT : NIT1 + NIT2 VP : VP A + VP B βGAL → PyrA : FB NIT : NIT1 + NIT2 PYZ : PYZ PyrA → βNAG : ZYM A + ZYM B TDA : TDA IND : James VP : VP1 + VP2 VP : VP1 + VP2 HIP : NIN PyrA → LAP : ZYM A + ZYM B