Détection de mutations somatiques par NGS sur Ion Torrent.

Détection de mutations somatiques par
séquençage haut débit
– Ion Torrent –
Martin Figeac
Plate­forme de génomique fonctionnelle et structurale
Service commun de l'Université de Lille 2
IFR114 – IMPRT
Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille
Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille
1 place de Verdun
59045 Lille Cedex
PGM / ion torrent
Janus Kinase 2
Muta quant
Protocole
Mutation
- Fusion PCR
- Amplification sur la sphère
- séquençage
Dilution et reproductibilité
JAK2 V617F
Dilution
1,00000
0,10000
Dilution
PGM
0,01000
0,00100
0,00010
0,00001
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
JAK2 V617F
Dilution
1,00000
0,10000
0,01000
Dilution
PGM
0,00100
0,00010
0,00001
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
Tests à l'aveugle
JAK2 V617F
Lille
1,00000
p < 10-16
0,10000
Lille
PGM
JAK2 V617F
0,01000
St-Louis
1,00000
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
0,10000
JAK2 V617F
St Louis
PGM
Bordeaux
1,00000
0,01000
0,10000
Bordeaux
PGM
0,01000
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
0,00100
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Conclusions
Janus Kinase 2 mais adaptable à toutes les mutations
●
La sensibilité dépend de la couverture choisie
●
Pas de gamme, quantification absolue
●
Mais :
Temps de réalisation
●
Problème des homopolymers
●
Prix ?
●
Intégration à l'hôpital ?
●
Travail réalisé par : Thomas Boyer, Olivier Nibourel, Valérie Coiteux, Sandrine Geffroy, Sabine Quief, Martin Figeac, Céline Villenet, Aline
Renneville, Claude Preudhomme, Eric Lippert, Bruno Cassina.
8
Quelques informations sur l'enrichissement HaloPlex (Agilent Technologies)
9
10
Couverture non homogène due aux enzymes de restriction
11
Il est nécessaire d'avoir une couverture moyenne importante
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Des régions « trop » largement ciblées par défaut
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Des régions « trop » largement ciblées par défaut
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Des régions « trop » largement ciblées par défaut
Mais risque de perdre en couverture au niveau des extrémités des exons
15
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