Gestion de la contrainte topologique de l`ADN

Gestion de la contrainte topologique de l'ADN surenroulé dans des simulations de Monte-­‐Carlo Thibault Lepage La structure spatiale de l'adn est fortement affectée par le surenroulement. Lorsqu'il est surenroulé, l'ADN circulaire (ou linéaire et contraint topologiquement aux extrémités) se replie et forme des boucles appelées plectonèmes, rapprochant dans l'espace des régions éloignées du chromosome, perturbant ainsi le réseau de régulation de la transcription de la cellule. Les chromosomes bactériens sont surenroulés négativement et ce surenroulement est connu pour jouer un rôle important dans la régulation de la transcription. Cependant, à cause de la nature globale de la contrainte topologique imposée à l'ADN, les méthodes de Monte-­‐Carlo actuelles ne sont capables de simuler que de petites molécules (jusqu'à quelques milliers de paires de bases, kb). Je présenterai un nouvel algorithme utilisé pour réaliser des simulations de Monte-­‐
Carlo d'ADN surenroulé, basé sur une approche locale de la contrainte topologique, via le calcul du twist de la molécule. Cet algorithme a été utilisé pour réaliser des simulations de longues molécules (plusieurs dizaines de kb) et apporter un nouvel éclairage sur des questions encore débattues à propos de la structure de l'ADN surenroulé à cette échelle.