DRT : Sujet de thèse SL-DRT-17-0752 - instn
publicité
DRT : Sujet de thèse SL-DRT-17-0752 DOMAINE DE RECHERCHE Biotechnologie, biophotonique / Sciences pour l'ingénieur INTITULÉ DU SUJET Techniques holographiques pour la détection et la classification de micro-colonies bactériennes sur milieux gélosés RÉSUMÉ DU SUJET En microbiologie, le développement de nouvelles méthodes d’imagerie permettant le suivi de cultures bactériennes sur boite de Petri est crucial pour l’automatisation et l’accélération du diagnostic. Le CEA/LETI-DTBS propose de développer une technique d’holographie numérique visant à localiser et classifier précocement les colonies bactériennes en croissance sur tous types de milieux gélosés. Les retombées directes dans le domaine du diagnostic sont nombreuses : tests de stérilité, contrôle des aliments (Listeria, Salmonella, etc.) ou encore tests cliniques de dépistage (tuberculose, staphylocoque doré, bactéries multirésistantes). La méthode développée fournira des images haute-résolution et contrastées couvrant une portion significative d’une boite de Petri. On s’intéressera de plus à la mesure quantitative du volume et/ou de l’indice de réfraction des micro-colonies. Ce travail s’intégrera dans l’activité de développement de méthodes originales pour la microbiologie menée dans le Laboratoire. La technique sera validée régulièrement par des mesures sur des colonies bactériennes pertinentes vis-à-vis des applications. La thèse s’adresse à un étudiant en optique possédant de fortes compétences expérimentales (montages optiques, caractérisation, validation) et en traitement d’images. Le candidat devra montrer un intérêt pour le domaine d’application de la microbiologie. FORMATION NIVEAU MASTER RECOMMANDÉ Master d'Optique avec majeures en Instrumentation et Traitement d'Images INFORMATIONS PRATIQUES Département Microtechnologies pour la Biologie et la Santé (LETI) Service Technologies pour la Détection Laboratoire Imagerie et Systèmes d'Acquisition Centre : Grenoble Date souhaitée pour le début de la thèse : 01/09/2017 PERSONNE À CONTACTER PAR LE CANDIDAT Jean-Charles BARITAUX CEA DRT/DTBS/STD/LISA 17 Avenue des Martyrs, 38000 Grenoble Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives Institut national des sciences et techniques nucléaires www­instn.cea.fr 1 UNIVERSITÉ / ÉCOLE DOCTORALE Paris-Descartes (Paris 5) Physique en Île-de-France (EDPIF) DIRECTEUR DE THÈSE Gilles TESSIER Université Paris-Descartes (Paris 5) Faculté des sciences biomédicales et fondamentales Laboratoire de Neurophotonique, CNRS UMR8250 Faculté des sciences biomédicales et fondamentales Université Paris Descartes 45, rue des Saints Pères 75270 Paris Cedex 06, France Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives Institut national des sciences et techniques nucléaires www­instn.cea.fr Powered by TCPDF (www.tcpdf.org) 2
